Resumen Lehninger Nucleótidos y Ácidos Nucleicos

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Nucleótidos y Ácidos Nucleicos

 Los nucleótidos desempeñan funciones en el metabolismo celular como garantizar los


intercambios energéticos, actúan como señales químicas en los sistemas celulares en
respuesta a hormonas y otros estímulos extracelulares y son componentes estructurales de
una serie de cofactores enzimáticos e intermediarios metabólicos
 Son constituyentes de los ácidos nucleicos, DNA y ARN, que son depositarios moleculares
de la información genética
 La estructura de todas proteínas, de todas las biomoléculas y de cada uno de los
componentes celulares, es producto de la información programadas en la secuencia de
nucleótidos de los ácidos nucleicos
 La capacidad de almacenar y trasmitir información genética de una generación a la siguiente
es un requisito esencial para la vida
 Nucleótidos: constituyentes básicos de los ácidos nucleicos
 En la secuencia del DNA se encuentran especificadas las secuencias de aminoácidos de todas
las proteínas y las secuencias de nucleótidos de todas las moléculas de RNA de la célula
 Gen: segmento de DNA que contenga la información necesaria para la síntesis de un
producto biológico, se trate de una proteína o de un RNA
 Una célula tiene miles de genes y por ello las moléculas de ADN son grandes
 DNA tiene la función de almacenar y transmitir la información biológica

 RNA ribosómico (rRNA): son componentes de los ribosomas, llevan a cabo la síntesis de
proteínas
 RNA mensajero (mRNA): actúan de intermediarios, transportando la información genética
desde un o unos pocos genes hasta el ribosoma donde se sintetizan las proteínas
correspondientes.
 RNA de transferencia (tRNA): son moléculas adaptadas que traducen con fidelidad la
información contenida en el mRNA a secuencias específicas de aminoácidos,
 Hay otras moléculas de RNA que desempeñan otras funciones

Los nucleótidos y Ácidos nucleicos están formados por bases y pentosas características

 Los nucleótidos están formados por tres componentes característicos


1. Una base nitrogenada
2. Una pentosa
3. Uno o más fosfatos
 En los desoxirribonucleótidos un –H reemplaza al grupo –OH del carbono 2’
 Nucleósido: molécula sin el grupo fosfato
 Las bases nitrogenadas se derivan de dos compuestos parentales, primidina y purina
 Las bases y las pentosas de los nucleótidos comunes son heterocíclicos
 La base de un nucleótido está unida covalentemente por el N-1 en las pirimidinas y en el N-
9 en las purinas
 Por un enlace N-β-glucosídico con el car carbono 1’ de la pentosa y el fosfato está
esterificado con el carbono 5’
 El enlace N-β-glucosídico se forma por eliminación de agua
 El DNA y el RNA tienen dos bases purínicas principales: adenina (A) y guanina (G) y dos bases
pirimídicas principales: citosina (C), pero la segunda base pirimidínica es timina (T) en el
DNA y uracilo (U), en el RNA
 Los desoxiribonucleótidos del DNA tienen 2’desoxi-D-ribosa y los ribonucleótidos del RNA
D-ribosa, ambas pentosas en forma de β-furanosa. RNA contiene solo forma cíclica y puede
tener 4 conformaciones distintas
 El anillo de pentosa no es plano, presenta diversas conformaciones, designadas como
ahuecadas
 Diferencias entre DNA y RNA: diferentes pentosas, U en RNA y T en DNA
 Enlace o-glucosídico en C5

 4 desoxirribonucleótidos principales: Desoxiadenilato (desoxiadenosina-5’monofosfato),


desoxiguanilato (desoxiguanosina-5’-monofosfato), desoxitimidilato (desoxitimidina-
5’monofosfato) y desoxicitidina (desoxicitidina-5’-monofosfato), unidades estructurales del
DNA
 4 ribonucleótidos principales: adenilato (adenosina-5’monofosfato), guanilato (gunilosina-
5’monofosfato), uridilato (uridina5’-monofosfato), citidilato (citidina5’-monofosfato),
unidades estructurales del RNA
 DNA y RNA contienen bases secundarias o minoritarias además de purinas y pirimidinas,
son variantes en bases de sustitución en regiones específicas
 Las bases secundarias más comunes, son las bases metiladas de las bases principales.
Algunos virus pueden estar hidroximetiladas o glucosiladas
 Las bases alteradas o poco comunes del DNA sirven para la regulación o protección de la
información genética
 5-metilcitidina está en el DNA de animales y plantas superiores, La N6-metiladenosina está
en el DNA bacteriano y la 5-hidroximetilcitidina en el DNA de animales y bacterias infectadas
por bacteriófagos
 tRNA, la inoisina contiene la base hipoxantina, la pseudoridina y la uridina tienen uracilo
que se une por N-1, punto de unión normal para las pirimidinas, mientras que pseudouracilo
se una por C5
 Las células contienen nucleótidos en posiciones diferentes al C5
 Los ribonuleósidos 2’,3’-monofosfato cíclicos son intermedios aislables y los ribonucleósidos
3’-monofosfato cíclico (cAMP) y la guanosina 3’5’-monofosfato cíclico (cGMP)

Los nucleótidos sucesivos de los ácidos nucleicos están unidos por enlaces fosfodiéster
 Los nucléotidos sucesivos del DNA y del RNA están unidos covalentemente por puentes de
grupo fosfato
 Los grupos fosfato 5´de un nucleótido están unidos al grupo 3’ del nucleótido siguiente,
mediante un enlace fosfodiéster
 Los esqueletos de ácidos nucleicos consisten en alternados de fosfato y pentosa
 Las bases pueden considerarse como grupos laterales unidos al esqueleto a intervalos
regulares
 Los esqueletos del DNA y RNA son hidrofílicos, los grupos OH de los residuos de azúcar
forman enlaces de hidrógeno con el agua.
 Los grupos fosfato con un Pka cercano a 0, se encuentran ionizados o cargados
negativamente a PH 7 y las cargas negativas se encuentran neutralizadas por interacciones
iónicas con cargas positivas de proteínas, iones metálicos o poliaminas
 todos los enlaces fosfodiéster tienen la misma orientación a lo largo de la cadena, cada ANco
tiene una polaridad específica y extremos 3’5’ diferenciados
 El extremo 5’ carece de nucleótido en posición 5, mientras que el extremo 3’ carece de
nucleótido en posición 3
 La orientación 5’ a 3’ se refiere a los extremos de la cadena, no a la orientación de los enlaces
fosfodiéster
 El esqueleto covalente del DNa y RNA experimenta un lenta hidrólisis no enzimática de los
enlaces fosfodiéster
 el DNA y RNA in vitro se hidroliza con rapidez en 2’ del RNA (ausentes en DNA)
 Los primeros productos de la acción del álcali sobre RNA son nucleótidos 2’y3’-monofosfato
cíclicos, que se hidrolizan rápidamente por una mezcla de 2’-3’-nucleósidos monofosfato

 Las secuencias de nucleótidos de los ácidos nucleicos pueden representarse de forma


esquemática.
 Los grupos fosfato se representan con el símbolo (P) y cada una de las desoxirb mediante
una línea vertical que va del C-1 en la parte superior de la línea vertical al C5 en el inferior.
Las líneas que conectan el nucleótido pasan a través de (P), se dibujan uniendo en diagonal
el punto medio, C3 con la desoxrb de un nucleótido con el extremo inferior C5
 La secuencia de una cadena se escribe con el extremo 5 a la izquierda y el 3 a la derecha:
53
 Oligonucleótido: un AN’ corto, polímeros de hasta 50 nucleótidos
 Polinucleótidos: AN’ de mayor longitud

Las propiedades de las bases de los nucleótidos influyen en la estructura tridimensional de los
AN’s

 Las piridinas y purinas libres son compuestos débilmente básicos y por ello se denominan
bases
 Las purinas y pirimidinas presentes en el DNA y RNA son moléculas aromáticas y tiene
efectos en la estructura, distribución electrónica y capacidad de absorción de luz
 La deslocalización de los e- entre los átomos del anillo confiere carácter de doble enlace
parcial
 Las pirimidinas son planas y las purinas casi planas, con una ligera deformación
 Las bases purínicas y pirimidínicas pueden existir en dos o más formas tauroméricas según
su PH
 Las bases son hidrofóbicas e insolublesen agua a PH celular
 A PH alcalino o ácido las bases adquieren cargas y aumenta su solubilidad
 Las interacciones hidrofóbicas de apilamiento se sitúan paralelamente a los anillos de dos
o más bases, que ayuda a minimizar el contacto de las bases con el agua y ayuda a la
estabilización de la estructura 3D de los ácidos nucleicos
 El apilamiento también involucra interacciones de van der Waals y dipolo-dipolo
 Los grupos funcionales de las bases son los grupos carbonilo y los áromos del N del anillo y
los grupos amino exocíclicos
 La formación de enlaces de hidrógeno en los que participan los grupos amino y carbonilo
constituyen el tipo principal de interacción entre cadenas complementarias de AN’s
 Los patrones de enlaces de hidrógeno más frecuentes fueron definidos por James Watson
y Francis Crick en 1953
 A la A se le une T o U y la G se une con la C, son los pares de bases
 Este apareamiento permite la duplicación de la información genética

Estructura de los ácidos nucleicos


 La estructura primaria está definida por su estructura covalente y por su secuencia
de nucleótidos fosfato-pentosa
 La estructura secundaria, es cualquier estructura regular y estable adoptada por
algunos o por todos los nucleótidos de un AN
 Estructura terciaria: el plegamiento complejo de los grandes cromosomas en la
cromatina eucariótica y en el nucleoide bacteriano, o el elaborado plegamiento del
tRNA o rRNA
Histonas enrollan al AND (nucleosomas)
DNA es una doble hélice que almacena información genética:
 DNA aislado y caracterizado por Friedrich Miescher en 1868, a la sustancia que contenía
fósforo le denomino nucleína
 1940 oswald T. Avery, Colin McLeod y Maclyn McCarty, experimento con bacteria,
 1952 Alfres D. Hershey y Martha Chase estudiaron la infección de células bacterianas por
virus concluyeron que el DNA transportaba el material genético
 1940, Chargaff y colaboradores encontraton cantidades de las cuatro bases cambiaban
según el organismo y que las cantidades de ciertas bases eran equivalentes y llegó a
concluir:
1. La composición de bases del DNA generalmente varía de una especie a otra
2. Las muestras de DNA asiladas a partir de tejidos diferentes de la misma especie
tienen la misma composición de bases
3. La composición de bases del DNA de una determinada especie no varía con la edad
del organismo, ni con el estado nutricional, ni las variaciones ambientales
4. En todos los DNA, independientemente de la especie, el número de residuos A=T y
G=C, A+G=T+C, pero A+T no es igual que G+C
 1950 Rosalind Franklin y Maurice Wilkins, utilizaron el método de difracción de rayos X, para
analizar las fibras del DNA
 El análisis de los diagramas permitió deducir que las moléculas de DNA son helicoidales, con
dos peridiocidades a lo largo del eje longitudinal, una primaria de 3,4 A y otra secundaria de
34 A 1 vuelta secundaria.
 Pero no tenían un modelo 3D que pudiera explicar la difracción y las reglas de Chargaff
 1953 James Watson y Francis Crick se basaron en esta información detallada sobre el DNA
para intentar deducir su estructura
 Propusieron un modelo 3D que consiste en dos cadenas helicoidales alrededor del mismo
eje, que forman una hélice dextrógira
 Las cadenas hidrofílicas formadas por la desoxirribosa y los grupos fosfato y pentosa
alternados se encuentran en el exterior de la doble hélice en contacto con el agua. Apolares
 Las BN’s están en el interior de la doble hélice con sus estructuras hidrofóbicas
prácticamente planas, situadas a corta distancia una de otras y en posición perpendicular al
eje longitudinal de la hélice
 La relación espacial de las dos cadenas forma un surco mayor y un surco menor en la
superficie de la doble hélice
 Cada base de nucleótico de cada cadena, está apareada en el mimo plano con una base de
la otra cadena
 Se pueden formar tres enlaces de hidrógeno entre G-C, con respecto a A-T que soslo dos
 La disposición antiparalela (los enlaces no tienen la misma dirección) mostró el modelo más
satisfactorio
 Las bases apiladas verticalmente en el interior de la hélice, separadas por 3,4 A, la repetición
secundaria de 36 A, fue
 10 pb en cada vuelta completa de la doble hélice
 En disolución acuosa la estructura es ligeramente diferente de la encontrada en las fibras y
posee 10,5 pares de bases por vuelta

 Las dos cadenas antiparalelas no son idénticas ni en secuencias, ni en composición de bases,


pero son complementarias
 Siempre con una A, se encontrará una T y con una G, una C
 La doble hélice o dúplex se mantienen unidos por enlaces de hidrógeno entre los pb 3 ph
entre CyG y 2 entre AyT
 Las interacciones de apilamiento de las bases son inespecíficas y constituyen la contribución
principal a la estabilidad de la hélice
 Según Watson y Crick, la replicación tiene lugar naturalmente a través de
1. la separación de dos hebras
2. La síntesis de hebras complementarias cada una de ellas. Los nucleótidos de cada
hebra nueva están unidos según la secuencia determinada por las reglas de
apareamiento.
 Cada hebra preexistente hace de molde para dirigir la síntesis de la hebra complementaria

El DNA puede adoptar diferentes formas 3D

 El DNA es una molécula flexible, tiene rotación de varios enlaces y fluctuaciones térmicas
 La rotación se da alrededor de varios tipos de enlaces de cadena azúcar –fosfato
(fosfodesoxirribosa)
 Las fluctuaciones térmicas pueden provocar la curvatura, el estiramiento y el
desapareamiento (fusión) de las hebras
 Las variaciones estructurales no tienen ningún efecto sobre las propiedades fundamentales
del DNA: la complementarierdad, las hebras antiparalelas, el requerimiento de los pares de
base A-T, doble enlace y G-C triple enlace
 Se producen curvaturas, estiramientos, desampareamiento (Fusión de hebras)
 Debido a impedimentos estéricos las purinas están limitadas a conformaciones estables
respecto a la desoxirb que se denominan syn y anti
 Las pirimidinas están limitadas a la conformación anti, a causa de la interferencia estérica
entre el azúcar y el oxígeno en C2
 Forma B: es la estructura de Watson y Crick, es la más estable y es el punto de referencia
estándar en los estudios del DNA
 Formas A y Z: son variantes caracterizadas en estructuras cristalinas
 Forma A: predomina en disoluciones pobres en agua, la hélice es más gruesa, tiene 11 pb
por vuelta en lugar de 10,5 del B-DNA, los pb no son tan perpendiculares al eje de la hélice.
El surco ancho es más profundo y el estrecho más superficial, la cristalización se da por
deshidratación, ángulo de 20°, 1 vuelta 28A
 Forma Z: tiene rotación L, 12 pb por vuelta, la estructura es más delgada y alargada, tiene
plegamiento en zig-zag. Las purinas adoptan conformación syn, alternado con pirimidinas
anti. El surco mayor es apenas perceptible, el menor es ancho y profundo

Algunas secuencias de DNA adoptan estructuras no habituales

 En cromosomas se han encontrado otras variaciones estructurales dependientes de la


secuencia que pueden afectar a las funciones y al metabolismo de fracciones de DNA
 cada 4 o más adenosinas consecutivas produce una curvatura de la hélice
 Seis adenosinas producen una curvatura de 18°
 Palíndromo: secuencia común en el DNA, que se detecta de manera idéntica leyéndola al
derecho o del revés. Son secuencias de AN’s con doble cadena con simetría binaria
 DNA con repeticiones invertidas de secuencias de bases con simetría binarias en las dos
hebras
 Secuencias autocomplementarias en cada una de las hebras y pueden formar horquillas o
estructuras cruciformes
 Repetición especular: cuando la secuencia invertida se encuentra en ambas hebras de DNA,
no tienen secuencias complementarias y no pueden formar estructuras en horquillas o
estructuras cruciformes
 La horquilla se forma solo en una hebra de ADN y la estructura cruciforme implica dos
hebras, complementarias
 Las secuencias de este tipo pueden abarcar entrepocos y miles de pb
 Escherichia coli forma estructuras cruciformes
 Estructuras poco comunes del DNA constan de tres o cuatro hebras, los pb pueden formar
puente hidrógenos adicionales, sobre todo con los pares de base del surco mayor como G-
C y A-T
 Posiciones de hoogseteen: los átomos N-7 y N6 de las purinas que participan en los puentes
de hidrógrno triplex
 Apareamiento de Hoogsteen: cuando el apareamiento no sigue el protpuesto de Watson y
Crick
 DNA triplex: requieren de citocisa protonada, con un Pka >7.5, se forman con largas
secuencias que contengan o solo pirimidinas o solo purinas.
 También es posible en apareamiento de cuatro hebras y forman tetráplex (cuadrúplex),
pero solo se forma en secuencias de DNA con alta proporción de guaninosa, también se
llama tetráplex G. Pueden ser paralelas y antiparalelas

El RNA mensajero codifica las cadenas polipeptídicas

 Segundo tipo principal de ácido nucleico. Se forma a partir de transcripción


 En la expresión génica actúa de intermediario en la conversión de la información codificada
en el DNA en la secuencia de aminoácidos de las proteínas funcionales
 En eucariotas se encuentra mayormente en el núcleo, mientras que la síntesis de proteínas
tiene lugar en los ribosomas del citoplasma.
 1950 era considerado como el candidato natural, se encuentra en el núcleo como en el
citoplasma
 El RNA trasporta información genética del DNA a los ribosomas, donde se sintetizan
proteínas. regiones codificantes exones, no codificantes intrones
 RNA mensajero: fracción de RNA celular total que traslada la información genética desde el
DNA a los ribosomas, donde los mensajeros actúan como molde para especificar las
secuencias de aminoácidos de las cadenas polipeptídicas
 Normalmente tienen un tamaño definifo
 Transcripción: proceso de formación del mRNA sobre un molde de DNA
 Las bacterias y arqueas, tienen una sola molécula de mRNA que puede codificar una o varias
cadenas polipeptídicas
 Monocistrónico: cuando solo tiene información para la síntesis de un solo polipéptido
 Policistrónico: si codifica dos o más polipéptidos diferentes
 La mayoría de los mRNA eucarióticos son monocistrónicos
 Los mRNA transcritos a partir del DNa simpre son algo más largos de los estrictamente
necesario para codificar una secuencia o secuencias
 El RNA no codificante adicional incluye secuencias que regulan el proceso de síntesis
proteíca

Muchos RNA tienen estructuras 3D complejas

 Tiene una sola hebra


 El RNA mensajero es solo una de las varias clases de RNA celulares
 tRNA actúan como moléculas adaptadoras en la síntesis proteica, unidos covalentemente a
un aminoácido por un extremo, se aparean con el mRNA de tal forma que los aa se unen a
la cadena polipeptídica en procesos de crecimiento con la secuencia correcta. Codón, 3 aa
que codifican un aa. Segmento de ARN es un intrón
 rLos RNA son componentes de los ribosomas, unido a proteínas
 RNA con funciones especiales, incluyendo algunos con actividad enzimática
 las complejas funciones del RNA son reflejo de una diversidad de estructuras mucha más
rica que las observadas en el DNA
 El producto de la transcripción del DNA es siempre un RNA de cadena sencilla
 Las monohebras adoptan una conformación helicoidal dextrógira D, determinada por las
interacciones de apilamiento de las bases, que son más fuertes entre dos purinas que entre
una purina y una pirimidina o dos pirimidinas
 La interacción purina-purina es tan fuerte que una pirimidina que se encuentre entre dos
purinas suele ser desplazada de las estructuras de las bases apiladas para que puedan
interaccionar las dos purinas
 Cualquier secuencia autocomplementaria de la molécula dará lugar a estructuras más
complejas
 El RNA puede formar pb con regiones complementarias de RNA o de DNA
 Las reglas de apareamiento son las mismas que en el DNA
 Las hebras apareadas de RNA o de dúplex RNA-DNA son antiparalelas, como en el DNA
 Cuando se aparean dos hebras de RNA de secuencias perfectamente complementarias, la
estructura en doble hebra predominante es una doble hélice D, en forma A
 No son tan comunes las hebras de RNA perfectamente apareadas en un largo trecho
 Estructuras 3D únicas
 Interacciones débiles y las de apareamiento de bases, son importantes en la estabilización
de la estructura del RNA, como en el DNA
 Se han conseguido hélices Z en condiciones de muy alta fuerza iónica o elevada temperatura
 No se han observado formas B en RNA
 Son frecuentes las interrupciones en la hélice A, acuosa de bases no apareadas o
incorrectamente apareadas en una o en las dos hebras, lo que da lugar a la formación de
protuberancias o bucles internos
 Los bucles en horquilla se forman entre secuencias autocomplementarias (palindrómicas),
cercanas en la hebra del RNA
 El potencial de estructuras helicoidales con apareamiento de bases es muy grande muchos
RNA y las horquillas son el tipo de estructura secundaria más común en el RNA
 UUCG se encuentran en los extremos de las horquillas, se forman bucles rígidos y estables.
Son de importancia en la nucleación del plegamiento de las moléculas de RNA
 Otros enlaces de hidrógeno diferentes al estándar contribuyen a la estructura

Química de los ácidos nucleicos


 El papel del DNA como depositario en la información genética depende en parte de su
estabilidad intrínseca
 Las transformaciones químicas del DNA en ausencia de un catalizador son lentas
 El almacenamiento de la información a largo plazo sin que sufra alteraciones es tan
importante para la célula, que las reacciones lentas que alteren la estructura pueden tener
repercusiones físicas significativas
 Carcinogénes y envejecimiento, están asociados a la lenta acumulación de alteraciones
irreversibles en el DNA
 Otras alteraciones no destructivas como la separación de las hebras previa a la separación
de las hebras previa a la replicación o la transcripción del DNA
 Las alteraciones proporcionan información de procesos biológicos
 El conocimiento de su química da una gama de metodologías para su estudio
 Aplicación en biología molecular, medicina y medicina forense

El DNA y el RNA pueden desnaturalizarse

 Las disoluciones de ADN nativo viscoso, se encuentran a PH 7 y temperatura ambiente 25°C


 Cuando estas disoluciones se someten a valores extremos de PH o a temperaturas
superiores a los 80°C, desciende su viscosidad, lo que indica que el DNA ha sufrido un
cambio en su estado físico
 La rotura de los enlaces de hidrógeno de los pares de bases y del apilamiento de las bases
provoca el desenrollamiento de la doble hélice, para formar dos hebras sencillas separadas,
en toda o en parte de su extensión (desnaturalización parcial)
 La desnaturalización no rompe ningún enlace covalente del DNA
 La renaturalización de una molécula de DNA es un proceso rápido de un sol paso, siempre
que haya un segmento de doble hélice de una docena o más
 Cuando la temperatura o el PH retornan a valores situados dentro de los márgenes, los
segmentos desenrollados vuelven a enrollarse espontáneamente o a hibridar, para
reestablecer el dúplex intacto
 Si las dos hebras están separadas la renaturalización se da en dos pasos
1. Es lento, se reconocen las hebras mediante colisiones al azar hasta formar un
fragmento corto de doble hélice complementaria
2. Más rápido, las bases no apareadas restantes entran en registro y se aparean
sucesivamente como en una “cremallera” para formar la doble hélice
 Las interacciones de apilamiento de las bases de AN’s causan una disminución de la
absorción la luz UV, en relación con la absorción de una disolución de nucleótidos de la
misma concentración, la absorción disminuye cuando se forma la doble cadena
complementaria, este efecto se denomina efecto hipocrómico
 La desnaturalización de un ácido nucleico de doble cadena produce el efecto contrario,
incrementa la absorción o efecto hiperocrómico
 La transición del DNA de cadena doble a la forma de la cadena sencilla desnaturalizada
puede seguirse, midiendo la absorción de luz UV de 260 nm
 Las moléculas de DNA de origen bacteriano o vírico en disolución se desnaturalizan cuando
se calientan lentamente
 Cada especie de DNA tienen una temperatura de desnaturalización característica,
denominada punto de fusión. (tm, la temperatura a la cual la mitad del DNA se encuentra
como hebras sencillas separadas)
 Cuando mayor es el contenido de G---C, más alto es el punto de fusión del DNa, debiso a
que los pb con tres puentes de H requieren más energía calorífica para disociarse que los
pares A—T
 La medición del punto de fusión de una muestra de DNA, en condiciones de pH y fuerza
iónica definidas, puede proporcionar una estimación de su composición en bases
 Si se controlan con cuidado las condiciones de desnaturalización, las regiones ricas en apres
A-T se desnaturalizan, mientras que la mayor parte del DNA seguirá en forma de hebra
 Estas regiones desnaturalizadas (burbujas) pueden observarse con el microscopio
 Las separaciones de las hebras del DNA deben tener lugar in vivo durante proceso dtales
como la replicación y la transcripción
 Los sitios de DNA donde se inicias estos procesos suelen ser ricos en pb A=T
 Los dúplex formados por hebras de RNA o por una RNA y otra de DNA (híbridos) también
pueden desnaturalizarse
 Los dúplex de RNA son más estables que los de DNA frente a la desnaturalización térmica
 A PH neutro, un RNA de doble hélice se desnaturaliza a una temperatura de 20°C, o más,
superior a la temperatura de desnaturalización de una molécula de DNA de secuencia
comparable, suponiendo que las hebras de ambas moléculas sean supuestamente
complementarias
 La estabilidad de un híbrido RNA-DNA es normalmente intermedia entre la de los dúplex de
RNA y de DNA
 Se desconoce la base física de estas diferencias de estabilidad

Los ácidos nucleicos de especies diferentes pueden formar híbridos

 La capacidad de dos hebras complementarias para aparearse entre sí puede aprovecharse


para detectar secuencias de DNA similares en dos especies diferentes o en el genoma de
una misma especie
 Si los dúplex de DNA aislados de células humanas y de ratos se desnaturalizan
completamente por acción del calor y a continuación se mezclan y se mantienen a 25°C
por debajo de su tm durante muchas horas, una gran parte del DNA se renaturalizará
 La velocidad de renaturalización del DNA depende de la temperatura, la longitud y la
concentración de los fragmentos de DNA, la concentración de sales en la mezcla de
reacción y propiedades de la propia secuencia
 Si la temperatura es demasiado baja, secuencias cortas que se parezcan a secuencias
heterólogas distantes de las moléculas del DNA hibridará improductivamente,
interfiriendo con el alineamiento global de las hebras complementarias del DNA
 Las temperaturas demasiado altas favorecerán la desnaturalización
 Dúplex híbridos: los fragmentos de una cadena de DNA de ratón estarán apareados con
fragmentos de DNA humano.
 Pone de manifiesto una herencia evolutiva común, diferentes organismos poseen
generalmente muchas proteínas y RNA con funciones similares y, a menudo, estructuras
similares.
 Los DNA que codifican estas proteínas y estos RNA tienen secuencias similares
 Cuanto más cercana es la relación evolutiva entre dos especies, mayor será el grado de
hibridación de sus DNA
 La hibridación de hebras de DNA de orígenes diferentes es la base de un conjunto de
poderosas técnicas, esenciales para la práctica de genética moderna
 Es posible detectar un gen o una secuencia específica de DNA en presencia de otras
muchas secuencias si se dispone de antemano la hebra de DNA complementario que
pueda hibridar con ella
 El DNA complementario puede pertenecer a una especie diferente o a la misma
 El aislamiento e identificación de genes y RNA específicos se basa en técnicas de
hibridación

Los nucleótidos y los ácidos nucleicos experimentan transformaciones no enzimáticas

 Las purinas y pirimidinas, junto con los nucleótidos de los que forman parte, experimentan
una serie de alteraciones espontáneas de su estructura covalente
 Estas reacciones son muy lentas, pero son significativas a causa de la baja tolerancia de las
células a alteraciones genéticas
 Mutaciones: alteraciones en la estructura del DNA que dan lugar a cambios permanentes
en la información genética codificada por la molécula
 Hay relación entre las mutaciones y los procesos de cáncer y envejecimiento

 Desaminación: Varias bn sufren la pérdida espontánea de sus grupos amino exocíclicos


 En condiciones intracelulares típicas, la desaminación de citosina del DNA para dar lugar a
U, se produce en una de cada 107 residuos de C cada 24 horas
 Equivale a 100 mutaciones espontáneas por día en una célula de mamífero
 La desaminación de la A y G es 100 veces más lenta, razón por la que el DNA tiene timina en
lugar de uracilo
 La desaminación de la citosina sería más difícil y los U no reparados darían lugar a cambios
permanentes en la secuencia al aparearse con adeninas en la replicación
 La desaminación de la C provocaría una disminución en pb G-C y un aumento A-U en el DNA
 Es posible que la fijación de la timina haya sido un momento de la evolución, hizo posible el
almacenamiento de información genérica a largo plazo

 Desapuranación
 Reacción importante en los Desoxirbn, es la hidrólisis del enlace N-B-glucosídico entre la
base y la pentosa, que produce una lesión denominada AP (apurínico, apirimidínico) o
abásico
 Ocurre más fácil en las purinas que en las pirimidinas
 En el DNA, se pierde una de cada 105 purinas cada 24 h en condiciones celulares típicas
(10.000 por célula de mamífero).
 En RNA es mucho más lenta y no se considera fisiológicamente significativa
 En laboratorio se puede acelerar la pérdida de purina por tratamientos con ácidos diluido
 La incubación del DNA a pH 3 provoca la eliminación selectiva de las bases purínicas y
produce un derivado denominado ácido apurínico.

 Otras reacciones están favorecidas por la radiación


 La luz UV induce la condensación de dos grupos etileno para formar un anillo de ciclobutano
 En la célula, la misma reacción entre bases pirimidínicas adyacentes en los ácidos nucleicos
da lugar a dímeros de pirimidina en ciclobutano
 Se observa con mayor frecuencia entre residuos adyacentes de timina situados en la misma
hebra del DNA
 Otro dímero de pirmidina es el fotoproducto 6-4, se forma durante la irradiación con luz UV.
 Las radiaciones ionizantes pueden provocar la abertura de los anillos y la fragmentación de
las bases, así como lroturas en el esquleto covalente de los a´cidos nucleicos
 Todas las formas de vida están expuestas a la acción de radiaciones de alta energía que
provocan cambios químicos en el DNA
 La radiación UV con longitudes entre 200 y 400 nm, puede producir la dimerización de las
pirimidinas y otros cambios químicos en el DNa de las bacterias y de las células cutáneas
humanas
 Radiación por elementos radioactivos como radio, plutonio, uranio, radón, 14C y 3H.
 Los rayos X utilizados en exámenes médicos o la radioterapia, son radiación ionizante

La luz UV y las radiaciones ionizantes son responsables del 10% de lesiones en la estructura del DNA
causada por agentes medioambientales

 El DNA también puede sufrir daños por reactivos químicos, introducidos al medio ambiente
por actividad industrial
 No son peligrosos en sí, pero producen daños por su metabolización por las células
 Hay dos principalmente
1. Agentes desnaminantes, ácido nitroso (HNO2) o compuestos que dan lugar a la
formación metabólica de ácido nitroso o nitritos, que acelera la desaminación de
las bases
2. Agentes alquilantes
 El bisulfito tiene efectos similares a los nitritos
 Se usan como conservantes en los alimentos, para evitar el crecimiento de bacterias tóxicas
 Su utilización no aumenta el riesgo de cáncer
 Los agentes alquilantes alteran ciertas bases del DNA
 Dimetilsulfato, puede metilar a la G y dar lugar a la O6-metilguaniana y no se aparea con C
 La causa principal de las alteraciones mutagénicas son los procesos oxidativos
 peróxido de hidrógeno, radicales de hidroxilo y radicales de superóxido (productos
secundarios del metabolismo aeróbico)
 Los radicales de hidroxilo son los responsables de la mayor parte de las lesiones oxidativas
del DNA
 Las células poseen un sistema de defensa para destruir las especies de oxígeno reactivas,
como las catalasas y la superóxido dismutasa, pero una fracción pasa las defensas celulares
 Producen lesiones como la oxidación de la desoxirb y de las bases, hasta la rotura de las
hebras

Otras funciones de los ácidos nucleicos


 Son transportadores de energía, componentes de cofactores enzimáticos y mensajeros
químicos
 Transportan energía química
 el grupo fosfato unido al grupo hidroxilo en 5’ de un rbn puede tener uno o dos fosfatos
adicionales
 Se les conoce como nucleósidos, mono, di, y trifosfatos
 son alfa, beta y gama
 La hidrólisis de los nucleósidos trifosfato suministra energía química para impulsar
reacciones celulares
 La adenosina 5’-trifosfato, ATP, libera energía. El fosfato alfa es éster. La hidrólisis del enlace
éster libera 14 Kj/mol
 La síntesis del ATP desplaza el equilibrio del proceso global a favor de la formación del
producto

Los nucleótidos de adenina forman parte de muchos cofactores

 un buen número de cofactores enzimáticos llevan a cabo una amplia gama de funciones
químicas con adenosina, no tienen relación estructural entre ellos, además de tener A
 En ninguno de los cofactores la posición de la A de la molécula participa directamente en
una función primaria, pero si se elimina l A, el resultado da una reducción de su actividad
 La eliminación del nucleótido de A en 3’-fosfoadenosina difosfato, del acetoacetil CoA,
reduce su reactividad como sustrato de la B-cetoacetil-CoA transferasa un 106
 La A tiene relación con la energía de unión entre el enzima y el sustrato o cofactor, que
interviene en la catálisis, como en la estabilización del complejo ES inical
 NAS y FAD

Algunos nucleótidos son moléculas reguladoras

 las células responden a su entorno exterior captando señales hormonales y de otro tipo
 La interacción de señales químicas extracelulares (Primeros mensajeros) con receptores de
la superficie celular, promuevan la producción de segundos mensajeros en el interior de la
célula y provocan cambios adaptativos en el interior de la célula
 El segundo mensajero es a menudo un nucleótido, uno de los más comunes es la
adenosina3’,5’-monofosfato cíclico (AMP cíclico o cAMP) que se forma apartir del ATP en
una reacción catalizada por adenil ciclasa
 AMP tien funciones reguladoras en todas las células que no pertenecen al reino vegetal
 El nucleótido guanosina 3’,5’-monofosfato cíclico (cGMP) se encuentra en muchas células
 ppGpp se produce en bacterias como respuesta a la disminución de la síntesis proteica
provocada por el agotamiento del medio de cultivo, inhibe la síntesis de rRNA y tRNA

Es posible determinar las secuencias de largas cadenas de DNA

 La propiedad más importante del DNA es su secuencia de nucleótidos


 La electroforesis del DNA es similar a la de proteínas, se utiliza poliacrilamida como matriz
de los geles cortos. Para la separación de DNa más largos se usa agarosa
 Según Maxam y Gilbert, se generan cuatro grupos de fragmentos marcados
 El método de Sanger (método desoxi) utiliza síntesis por DNA polimerasas, que requieren
un cebador (cadena corta) a al que se añaden nucleótidos y una hebra molde que dirija la
selección de cada nuevo nucleótido. El grupo hidroxilo 3’ de cebador reacciona con el
desocinucleósido dNTP, formando un enlace dosdodiéster
 Utiliza análogos del tipo desoxinucleósidos trifosfato ddNTP, para interrumpir la síntesis

Código genético

 Codón = 3 nt’s que se traducen en 1 aminoácido


 Según los tipos de nucleótidos, así es el aminoácido codificado
 Mutaciones o cambios en un nucleótido puede provocar cambio del aminoácido codificado,
pero no siempre según este código

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