A continuación, encontrarán un ejercicio llevado a cabo con una proteína pequeña.

La idea es que se
familiaricen con el software para que más adelante lo puedan aplicar a la enzima que seleccionen
para trabajar.

Estructura de proteínas

1. ¿A qué se refiere el término estructura primaria de una proteína?

- La estructura primaria de una proteína hace referencia a la secuencia de aminoácidos
que la componen.

Ejercicio 1

a) Copia la secuencia aminoacídica de la siguiente proteína :

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQK
ESTLHLVLRLRGG

b) Entra al siguiente sitio web:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAU
LTS=on&LINK_LOC=blasthome

c) Ingresa la secuencia aminoacídica en donde se te indica

Selecciona la base de datos del Protein Data Bank

Y presiona el botón de BLAST localizado en la parte inferior de la página

Posteriormente se te mostrará una hoja de resultados en donde observarás que proteínas se

parecen y en que porcentaje a la secuencia aminoacídica ingresaste.

2. Cuando se dice “haz un BLAST” ¿Qué se esta pidiendo? ¿Para que puede servir?
- BLAST son las siglas de Basic Local Alignment Search Tool, y lo que hace es comparar
secuencias de nucleótidos o proteínas con secuencias reportadas en bases de datos, para
 calcular en qué porcentaje se parece la secuencia que se ingresa con proteínas ya
secuenciadas.

3. ¿A qué proteína crees que pertenezca esta secuencia aminoacídica de arriba?

- A la ubiquitina

4. ¿Qué función tiene esta proteína?

- Funge como un marcador de las proteínas que serán degradadas por la célula, uniéndose a
residuos de lisina de dichas proteínas.
5. ¿Qué importancia tiene la estructura primaria de una proteína y que información podría
darnos acerca de ésta?
- Da los aminoácidos que conforman a la proteína, además de presentarlos en la posición
específica donde están localizados.
6. ¿Qué es lo que da origen a la estructura secundaria de una proteína?
- La estructura secundaria se da por la formación de puentes de hidrógeno entre los grupos
amino y carboxilo del enlace peptídico.
 Ejercicio 2.

Con base en la secuencia aminoacídica, ayudándote con los datos que se muestran en la siguiente
tabla, analiza si hay algo que puedas concluir relativo a la estructura más probable:

α Hélice Hoja β
Designations: H = Strong Former, h = Former, I = Weak
A.A. Former, i = Indifferent, B = Strong Breaker, b = Breaker
Designation Designation

A H I
C i h
D i i
E H B
F h h
G B i
H h b
I I H
K I b
L H h
M h H
N b b
P B b
Q h h
R i i
S i b
T i h
V h H
W h h
Y b h
 Aminoácid Alfa hélice Hoja beta
o H h I i B b H h I i B b
A 2               2      
C       0       0        
D       5           5    
E 6                   6  
F   2           2        
G         6         6    
H   1                   1
I     7       7          
K     7                 7
L 9             9        
M   1         1          
N           2           2
P         3             3
Q   6           6        
R       4           4    
S       3               3
T       7       7        
V   4         4          
W   0           0        
Y           1   1        
% 22.4 18.4 18.4 25.0 11.8 3.9 15.8 32.9 2.6 19.7 7.9 21.1

% %
  Formación Rompimiento
Alfa hélice 59.2 51.3
Hoja beta 15.8 28.9

De acuerdo con los resultados de las tablas anteriores, se puede decir que es más factible que la
estructura de la enzima sea una hélice alfa, debido a que tiene mayor probabilidad de formación y
menor de rompimiento.
Ejercicio 3

¿Qué representa el diagrama de Ramachandran?

- El diagrama de Ramachandran predice las combinaciones posibles y las no posibles para

los giros que presentan los aminoácidos en sus ángulos φ (N-C) y ψ (C-C). Las hélices alfa
con giro a la derecha se dan en valores aproximados de φ = -60 y ψ = - 50 (es decir, en la
zona del cuadrante 3), por otro lado, las hojas beta se dan en valores de φ = -140 y ψ = +
130 (en el cuadrante 2). En el cuadrante 1 se encuentran las hélices alfa con giro a la
izquierda y por último, en el cuadrante 4 están las estructuras improbables de la proteína.

Utilizando el siguiente diagrama de Ramachandran, predice que tipo de estructuras secundarias

podrías encontrar en la estructura de la proteína.

- Debido a que la zona de predominancia se encuentra en el cuadrante número 2, es más

probable que se presenten estructuras tipo hojas beta.
Ejercicio 4

Con el programa pymol que descargaste ( http://pymol.softonic.com/ ) y con la enzima que

seleccionaste para trabajar analiza la estructura detenidamente: destaca algunos detalles.

Enzima: Taka Alfa-amilasa

1- ¿Tiene puentes disulfuro en la estructura de la proteína?

- Sí, presenta aproximadamente 12 zonas en donde se pueden encontrar puentes disulfuro.

2.- ¿Qué importancia tienen los puentes disulfuro dentro de la estructura de una proteína?
Muéstralos en una diapositiva (si los hay). De otra forma, selecciona un elemento estructural de
interés.
3.-Menciona al menos 5 aminoácidos con su respectivo número en la secuencia que se encuentren
en la superficie de tu proteína. Haz una diapositiva

Aminoácido Número en la proteína Estructura

Cisteína
30
(C)

Prolina
174
(P)

Serina
281
(S)

Asparagina
306
(N)

Ácido aspártico
476
(D)

4.- ¿Qué tipo de aminoácidos son y a que crees que se deba que se encuentren en esta parte de la
estructura?

Aminoácido Tipo
Cisteína
Alifático, polar sin carga
(C)
Prolina
Alifático, no polar
(P)
Serina
Alifático, polar sin carga
(S)
Asparagina
Alifático, polar sin carga
(N)
Ácido aspártico Alifático, polar cargado
(D) negativamente
5. Haz un esquema tipo: Cartoon. Elabora una diapositiva.

6.- ¿Qué tipos de estructuras secundarias observas?

- Predominan las hélices alfa, sin embargo, se aprecian algunas hojas beta.

7.- ¿Cuántos puentes de hidrógeno forma la hélice más grande que encuentres en la estructura?

- Las zonas marcas en blanco corresponden a los puentes de hidrógeno en la proteína y

cada región de color distinto corresponde a una cadena diferente. La zona encerrada en
rojo es una de las hélices más grandes en la proteína, donde se localizan aproximadamente
14 puentes de hidrógeno.
8.-¿Observas interacciones hidrofóbicas dentro de la estructura? Selecciona un par e ilústralo en tu
archivo de diapositivas.

Las zonas encerradas en rosa corresponden a las interacciones hidrofóbicas dentro de la proteína.
9.- ¿Qué otro tipo de interacciones estabilizan la estructura terciaria de una proteína? y da una breve
descripción de éstas.

- La estructura terciaria presenta las siguientes interacciones:

Interacción Descripción
Hidrofóbicas Se produce cuando al formarse una
estructura secundaria los radicales
hidrofóbicos de los aminoácidos se acercan
entre sí.
Puentes de hidrógeno Son interacciones electrostáticas que se dan
entre un átomo de hidrógeno unido a un
átomo electronegativo (como puede ser O,
N o S) y otro átomo electronegativo, por
ejemplo H-O, H-N o H-S
Electrostáticas Pueden ser atracciones o repulsiones entre
moléculas cargadas, como iones o
moléculas que presentan dipolos.
Puentes disulfuro Es un enlace covalente que se da entre dos
átomos de azufre, generalmente se presenta
entre grupos tiol (-HS)
Fuerzas de Van der Waals Se da entre moléculas que presentan
dipolos, ya sea permanentes o inducidos.

10.- Menciona un ejemplo de estructura supersecundaria o motivo (que no se haya visto en clase) y
en que proteína se encuentra.

- Cuatro alfa hélices pequeñas conectadas entre si mediante un tramo sin estructura.
11.- ¿A qué se refiere la estructura cuaternaria de las proteínas? Menciona un ejemplo.

- La estructura cuaternaria de una proteína se presenta cuando está constituida por más de
una cadena polipeptídica o subunidades y es el ordenamiento espacial de dichas
subunidades. Se estabiliza por las mismas interacciones que la estructura terciaria
(hidrofóbicas, puentes de hidrógeno, electrostáticas, puentes disulfuro y fuerzas de Van der
Waals).
- Ejemplo: hemoglobina humana, la cual está compuesta por 4 subunidades de globinas.