Tema 22-La Traducción

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Tema 22: La traducción

1. El dogma central de la biología molecular (The central dogma of molecular


biology)

¿Quién postulo el dogma central de la biología moléculas? ¿Quien descubrió la


reversotranscripción?
Francis Crick descubrió el dogma central de la biología molecular.

2. La traducción o síntesis de proteínas.

Es el proceso de lectura del mensaje genético para fabricar las proteínas de la célula que tiene
lugar en los ribosomas. Se trata de traducir el mensaje escrito en forma de nucleótidos a
aminoácidos para formar las proteínas.

3. Los ribosomas

Pueden estar libres formando polisomas o asociados a las membranas del retículo
endoplasmático rugoso.
Diferentes entre eucariotas y procariotas.
Compuesto por RNA y proteínas.
El RNA ribosómico es el mas abundante en la célula.
Los ribosomas tienen 3 lugares de fijación del tRNA:

- Sitio E (exit): lugar de salida de los tRNA no “cargados”


- Sitio P (Peptidil): lugar peptidilo (une amnoacil-tRNA)
- Sitio A (aminoacil) lugar aminoacilo (une aminoacil-tRNA)

4. ¿Cuál es la dirección desde síntesis de las proteínas?

¿De N-terminal a C-terminal o de C-t a N-t?

El experimento de Dintzis (1960)


Condiciones experimentales:
1) Reticulocitos de conejo (RET)
2) mRNA-globina muy predominante
3) Incubar RET con Leu radioactiva
4) Aislar cadenas de globina a distintos tiempos y ver la distribución de la radioactividad.

*Leu radiactiva
La proteína se sintetiza de N-terminal a C- terminal, porque cuando añadimos Leucina
radioactiva y paramos la síntesis, esto quiere decir que todo lo anterior ya estaba sintetizado.
Quedaba por sintetizarse el final, que es el extremo C-terminal.
El N-terminal estaba sintetizado porque al cabo de un tiempo cortito el C-terminal está marcado
(quiere decir que no está puesto), pero el N-terminal no aparece marcado (ya se ha
sintetizado).
El marcaje radioactivo aparece en aquello que todavía no se ha sintetizado, que es el C-
terminal.
La traducción ocurre de N-terminal a C-terminal.

5. Preguntas con respuestas conocidas

P1: ¿Cómo está codificada la información en el RNA?


R1: en el código genético
Un triplete o codón equivale a un aminoácido
Hay tripletes que no equivalen a ningún aminoácido.

Cuáles son los dos aminoácidos que tienen un triplete son: Metionina (AUG) y triptófano.
Todos los demás tienen 2 hasta un máximo de 6 codones. Serina tiene 6 tripletes y son 2 los
que mas se utilizan, distintos a los 2 que utilizan las bacterias.

P2: ¿Cuál es la naturaleza de la molécula adaptadora?


R2: La molécula adaptadora es el tRNA.
Estructura del tRNA
Plegamiento de la hélice de tRNA

P3: ¿Cómo se reconocen el RNA y el adaptador?


R3: a través del reconocimiento codón-anticodón
Reconocimiento codón-anticodón: The wobble hypothesis.
The wobble hypothesis: the 5 base of anticodón, which binds to the 3’ base of mRNA, coud
have non-standard base pairing. Movement (“wobble”) of the base in the 5’ anticodón position is
necesarry for this capability. A wobble base pair is a non-Watson-Crick base pairing.

La inosina y el tRNA
La inosina es un nucleósido que se forma en el metabolismo de los nucleótidos de la purina. La
aparición frecuente de la inosina maximiza el número de codones que puedan leerse por un
tRNA particular. De ahí su abundancia e importancia en los tRNAs.

Las bases de inosina en los tRNAs se forman por la desaminación de la Adenosina después de
la síntesis del transcrito primario.

P4: ¿Cómo y quién une el aa al adaptador?


6. Overview of Translation

7. Fases y principales componentes requeridos para la síntesis de proteínas en


E.Coli.
Table 27-5: Components Required for the Five Major Stages of Protein Synthesis in E.Coli.

8. Activación de Aminoácidos

Union del aminoácido a su tRNA específico: formación del aminoacil-tRNA


Las Aminoacil-tRNA sintetasas.
8.1. Activación de Aas: formación del aminoacil-tRNA

Las Aminaocil-tRNA sintetasas


La reacción catalizada por la aminoacil-tRNA sintetasa ocurre en 2 fases.
¿Cuántos enlaces fosfato ricos en energía se gastan en la formación de un aminoacil-tRNA?
Se gastan 2 enlaces fosfato
AA+ ATP + tRNA aminoacil-tRNA + AMP + PPi.

9. La especificidad de las Aminoacil-tRNA sintetasas: reconocen el aa y el tRNA

- Hay un aminoacil-tRNA sintetasa por cada AA. Son muy específicas y tienen capacidad
de corrección de errores.
- Estas enzimas tienen lugares para la activación de los AA (en el centro activo) con gran
capacidad discriminatoria.
- Poseen además del centro activo un centro para la corrección de errores
- Para identificar el tRNA correcto, reconocen los bucles anticodón y los tallos aceptores
de las moléculas de tRNA.

9.1. Las aminoacil-tRNA sintetasas

Figure 30-12 Biochemistry


Posiciones de NT en los tRNA reconocidos por las aminoacil-tRNA sintetasas

10. El ejemplo Ile-tRNA sintetasa

La Ile-tRNA sintetasa favorece la activación de la Ile para formar Ile-AMP sobre la Val en un
factor de 200. No obstante, la Val se incorpora a las proteínas en posiciones ocupadas por la
Ile en una frecuencia menor de la esperada (1/3000). ¿Cómo se obtiene esta mejora de más de
10 veces en la precisión? Por la función correctora de la E.

La Ile-tRNA sintetasa tiene 3 filtros:


El 1º filtro es la unión inicial del aa y su activación a Ile-AMP.
El 2º filtro consiste en la unión de los aminoacil-AMP a un centro corrector distinto del centro
activo y los incorrectos (Val-AMP) encajan el sitio hidrolítico y son hidrolizados (Val entra Ile no
porque es mayor).
El 3º filtro funciona…

11. La iniciación de la Traducción

¿Cómo comienza la síntesis de proteínas?


11.1. Iniciación en procariotas

The initiator tRNA is special since it recognizes and binds to the AUG initation codón and
carries an N-formylmethionine (fMet) instead of Met. The formyl group is added after charging of
the tRNA , by a Transformylase that recognizes the particular tRNAfMet and transfers a formyl
group…

11.2. Formación del complejo de iniciación en bacterias

E, P & A : lugares del ribosoma


IF: Factores de iniciación
La secuencia de S-D permite que el mRNA se sitúe correctamente en el ribosoma.
La unión de IF1 e IF3 evita la formación de un complejo de iniciación 70 s prematuro (sin
mRNA y Met-tRNA fMet)
El sitio P es el único al que se puede unir el tRNA iniciador (fMet-tRNA fMet) guiado por el IF-2-
GTP.Figure 27-25 part 1 lenhinger
11.3. Iniciación de la Traducción en Procariotas

La secuencia de Shine-Dalgarno (posible pregunta examen)


Es una secuencia rica en purinas presente en el mRNA, aprox. a 10 NT del codón de iniciación,
que interacción con una secuencia del rRNA, 16 S de la subunidad pequeña del ribosoma.

11.4. Formación del complejo de iniciación en bacterias

La unión correcta del fMet-tRNAfMet al sitio P del complejo de iniciación 70 S está asegurada
de al menos por 3 interacciones:
1. Codón-anticodon entre el tRNAi y el AUG del mRNA
2. entre la secuencia Shine-Dalgarno el mRNA y el rRNA 16 S.
3.Las interaciones de unión entre el sitio P del ribosoma y fMet-tRNA fMet.

Figure 27-25 part 2

11.5. Iniciación en eucariotas

1º se realiza el ensamblaje de la subunidad 40 S unida al tRNAi sobre el 5’ cap y este complejo


con los eIFs, recorre el RNA hasta encontrar el primer AUG. Este movimiento en dirección 3’
del mRNA requiere gasto de ATP.

Figure 30-27 biochemistry

1º Union de eIF1, eIF1A y el eIF3 a la subunidad 40S:


- eIF1A Bloquea a la unión del tRNA al sitio A
- eIF3 Bloquea la unión de las 2 subunidades del ribosoma.
- eIF1 Bloquea el sitio E.
2º Union del GTP-eIF2- tRNA, del complejo 40 S; el eIF5-GTP también se une para formar el
complejo preiniciación 43S.

3º Union del eIF4F- mRNA al complejo 43 S: formación del complejo 48 S.


El complejo eIF4F está formado por:
- eIF4E: se une al cap 5’
- eIF4A: una ATPasa y el RNA helicasa
- eIF4G: se une a eiF3 y el eIF4E y a la PABP …

4) El complejo 48 S se mueve a través del mRNA desde el cap-5º hasta encontrar un codón
AUG.
5) una vez detectado el AUG iniciador se une la subunidad grande (60S) del ribosoma
formándose el complejo 80S. Se liberan muchos de los factores de iniciación.

12. Etapa de elongación

Hay 3 pasos secuenciales:


1) entrada del nuevo aminoacil-tRNA
2) formación del enlace peptídico
3) Translocación (movimiento del ribosoma)
Figure40-7 biochemistry

12.1. Elongación en Procariotas:

1) Entrada del nuevo aminoacil-tRNA

1. Entrada del nuevo aminoacil-tRNA en el sitio A del ribosoma guiado por EF-Tu-GTP
(actividad GTPasa)
2. Hidrólisis del GTP y liberación del complejo EF-Tu-GDP del ribosoma
3. regeneración del complejo EF-Tu-GTP para unir un nuevo aminoacil-tRNA

Figure 27-29 Lenhinger


2) formación del Enlace Peptídico
La actividad Peptidil Transferasa que forma el enlace peptídico la realiza rRNA 23 S (ribozima).
Figure 27-30

3) Translocación del Ribosoma


El polipéptido permanece unido al tRNA del ultimo aminoácido incorporado.
1. Entrada del EF-G-GTP (actividad translocasa) al ribosoma
2. la hidrolisis del GTP suministra la energía para la translocación del ribosoma
3. liberación del complejo EF-G-GDP del ribosoma
4. liberación del tRNA descargado

Figure 27-31
13. La terminación de la traducción

13.1. Terminación

El factor RF (Releasing Factor) reconoce el codón de terminación y se une al sitio A


bloqueando la traducción.
Se produce la hidrolisis del enlace éster entre el polipéptido en crecimiento y el tRNA en el sitio
P y se libera el polipéptido recién formado.
Para el reciclaje de los ribosomas es necesaria la disociación de los componentes de la
traducción. Para ello intervienen el EF-G-GTP, IF3 y los RRF (Ribosome Recicling Factor).
Mediante estos factores se disocia el tRNA, los RF y las subunidades del ribosoma.

Figure 27-32.
13.2. Polisomas o polirribosomas

14. Transcripción y Traducción simultanea

¡En bacterias!

15. Traducción
Procariotas vs Eucariotas

Saber diferencias entre procariotas y eucariotas


16. Inhibición de la síntesis de proteínas: Antibióticos

No aprender esta tabla

17. Inhibición de la síntesis proteica por acción del antibiótico PUROMICINA


(esto no hay que aprenderlo)

La PUROMICINA la produce el hongo Streptomyces alboniger.


La puromicina se parece al extremo aminoacil de un tRNA cargado pudiendo fijarse al sitio A
del ribosoma y participar en …

18. Inhibición de la síntesis de Proteinas: TOXINAS (no aprender)

La toxina difitérica cataliza la ADP-ribosilación de un residuo de eIF2.


La ricina es una proteína que inactiva la subunidad 60 S del ribosoma al despurinar una
adenosina especifica del rRNA 23S.

19. Plegamiento, Modificaciones Post-traduccionales y exportación de las


proteínas

1) Modificaciones en los aminoácidos


2) Glucosilación (Adición de glúcidos)
3) Isoprenilación (Adición de grupos isoprenilo).
4) Adición de grupos prostéticos
5) Modificaciones proteolíticas
6) Formación de puentes disulfuro

20. Proteínas de secreción y proteínas de membrana

The new polypeptide chain (the pro-protein) complexes with SecB (chaperonina), which
prevents complete folding during transport to the membrane.
At the membrane an ATPase, SecA, drives translocation through the membrane with the aid of
SecYEG, which forms a membrane pore.
The leader sequence is then cleaved off the secreted protein by a membrane peptidase.
21. Exportación de proteínas en eucariotas

La secuencia señal

Figure 27-37 lenhinger


AA básicos
Secuencia hidrofóbica
Punto de corte
Sirve para dirigir proteínas al RE rugoso.

22. Exportación de proteínas en eucariotas: envio al RER

1) Inicio. Traducción.
2) Emerge la secuencia señal.
3) Reconocimiento de SS por SRP
4) Translocación
5) Ciclo de la SRP
6) Introducción de la proteína y finalización de la síntesis
7) Eliminación de SS
8) Disociación del ribosoma
9) Plegamiento

23. Exportación de proteínas al exterior de la célula, a la membrana, a los


lisosomas

Figure 27-40 Lenhinger

24. Direccionamiento de proteínas nucleares

Figure 27-42 a
En el caso de las proteínas que van al núcleo, tiene una secuencia NLS. Una vez que esta
sintetizada, se va a unir al complejo y a la dirige a través del poro al interior del núcleo.
Dentro del núcleo, se disocia de la importina, para que la proteína quede libre y para esa
disociación es necesario la proteína Ran-GTP que se une a la subunidad beta y Ran-GTP-CAS
que se une a la subunidad alfa. Estos van al citosol, se eliminan y la importina se vuelve a
sintetizar para un nuevo ciclo. Ahora hay que reconstruir Ran-GDP, que se une al NTF2, pasa
al núcleo, hay un intercambio de GDP por GTP, se suelta NTF2 y Ran-GTP, queda disponible
para un nuevo ciclo. Así se importan las proteínas que van al núcleo.

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