Taller de Bioquímica Proteínas-Far

Taller
de Bioquímica Proteínas, enzimas, vitaminas y carbohidratos

Bioquímica Básica
Mauricio Urquiza

1. Aminoácido se define como:
a. Una molécula orgánica formada principalmente por C, H, O, N y S.
b. Una molécula inorgánica formada principalmente por H, O y N.

c. Una molécula orgánica formada principalmente por C y N
d. Una molécula inorgánica formada principalmente por Cu, H, O, N y S.
e. Una molécula orgánica formada principalmente por C, N, O, y P.

2. Cómo se pueden clasificar los aminoácidos de acuerdo a su cadena lateral
3. Un enlace peptídico se forma:
a. Entre el grupo R de un aminoácido y el NH2 del segundo aminoácido
b. Entre el grupo COOH de un aminoácido y el NH2 del segundo aa

c. Entre el grupo R y el COOH de 2 aminoácidos
d. Entre el Carbono alfa del primer aminoácido y el COOH del segundo
aminoácido
e. Entre el H de un aminoácido y el COOH del segundo aminoácido
4. Las proteínas humanas están constituidas por aminoácidos dextrógiros o
aminoácidos levógiros
5. Que son las proteínas? Como se puede explicar la gran diversidad de proteínas
que hay en un organismo vivo
6. ¿Cuál es la importancia de las proteínas para los organismos vivos?
7. ¿Puede la misma cantidad de aminoácidos crear diferentes proteínas, por ejemplo

cuantos péptidos diferentes de 4 residuos se pueden obtener?
8. ¿Las proteínas con la misma composición de aminoácidos son necesariamente
idénticas?
9. ¿Cuál es la estructura primaria de una proteína? ¿Cuál es la importancia de la
estructura primaria?
10. ¿Cuál es la estructura secundaria de una proteína?
11. ¿Cuál es la diferencia entre las conformaciones de alfa-hélice y de hoja beta?
12. ¿Cuál es la estructura terciaria de una proteína?

13. ¿Cuál es la estructura cuaternaria de una proteína? ¿Todas las proteínas tienen
una estructura cuaternaria?
14. ¿Los cambios en la estructura primaria, secundaria o terciaria de una proteína

normalmente tienen consecuencias para su función?
15. ¿Cuál es la naturaleza de una enzima?
a) vitamina
b) lípidos
c) carbohidratos
d) Proteína
16. ¿Nombre la coenzima de riboflavina (B2)?
a) NAD o NADP
b) FAD y FMN
c) Coenzima A
d) pirofosfato de tiamina
17. ¿Cuál de esta vitamina está asociada con la coenzima Biocytin?
a) ácido nicotínico
b) tiamina
c) biotina
d) Piridoxina
18. ¿Nombre la enzima que cataliza la reacción de oxidación-reducción?
a) transaminasa
b) Glutamina sintetasa
c) fosfofructoquinasa
d) Oxidorreductasa
19. En el siguiente experimento con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo
germinadas se varió la concentración de la enzima en cubeta a dos concentraciones de
sustrato y se obtuvieron los resultados siguientes, utilizando la ecuación de Michelis-
Menten explique sus respuestas:
Sustrato
[Enz] (ml) [FP] 0.1 mM [FP] 10 mM
Vo (nmol/min) Vo (nmol/min)
5 1.920 6.307
10 4.059 13.169
15 5.956 19.145
20 7.766 25.694
25 9.479 32.282
30 11.844 37.882
a) ¿Como varia la velocidad de la reacción en función de la cantidad de enzima añadida?

b) ¿Qué pasa si dividimos la velocidad registrada por la cantidad de enzima añadida al
ensayo?
20. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes

concentraciones de enzima y a diferentes concentraciones de sustrato fué la siguiente:
[Enz] (mg de proteína) 0.1 0.2 0.5

[AcetilCoA] (mM) Vo (mmol/ min)
0.05 0.275 0.546 1.373
0.14 0.482 1.001 2.502
0.23 0.580 1.185 2.891
0.32 0.642 1.385 3.463
0.50 0.755 1.494 3.656
0.59 0.766 1.497 3.810
a) Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.

b) ¿Son los valores de Km y Vmax iguales o diferentes?
c) Explique si lo que observó es lo que esperaba obtener
d) Sabiendo que la enzima pesa 220 000 g/mol, haga una gráfica de Vmax vs mmol de
enzima.
e) ¿Qué representa la pendiente de esta gráfica?
f) ¿En qué se parece el valor anterior a la Actividad específica = Vmax/mg de proteína
en mmolxmin-1 x mg de enzima-1?
g) ¿Qué pasa con la medida de actividad específica cuando la enzima no está pura?
21. La enzima Aspartato transaminasa, que cataliza la reacción:
Aspartato + Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato
se realizaron los siguientes tres experimentos:
[Asp] =1 mM [OxG] =0.02 mM [OxG] =0.5 mM

[OxG] Vo [Asp] Vo [Asp] Vo
(mM) (mmol/min) (mM) (mmol/min) (mM) (mmol/min)
0.002 0.444 0.007 0.411 0.007 0.468
0.018 2.031 0.048 1.268 0.048 2.017
0.037 2.781 0.171 1.722 0.171 3.317
0.063 3.336 0.335 1.850 0.335 3.866
0.094 3.756 0.547 1.983 0.547 4.123
0.493 4.324 1.016 2.031 1.016 4.324
a) Calcule Km y Vmax para cada sustrato.

b) ¿Cambian las Vmax? Explique su respuesta
c) Explique que pasó en el segundo experimento, con respecto al tercero.
d) ¿Cúantos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de la
enzima por sus substratos?
e) ¿Qué conclusión se podría sacar de esos datos?
22. Los valores de Km y Vmax siguientes se determinaron midiendo la hidrólisis de

bromuro de acetilcolina catalizada por la esterasa bovina a diferentes temperaturas:
T (ºC) KM (mM) kcat [(mmol-S)/(pmol-E) x min-1)]

20 0.403 0.307
25 0.375 0.322
30 0.335 0.340
35 0.305 0.362
45 1.500 0.013
a) ¿Qué intervalo de temperaturas deberían emplearse como datos para calcular la energía
de activación de la reacción catalizada por la enzima?.
c) Para realizar el cálculo anterior: ¿debería emplearse los valores de Km o de kcat.
b)-¿Por qué varía Km con la temperatura? (sugerencia: vea la definición de KM).
23. Los siguientes valores de velocidad inicial de enzimas fueron obtenidos para la a-
Quimotripsina actuando sobre un sustrato artificial (ester etílico de acetil-L-triptofano):
pH V (UI) pH V (UI)
5.4 300 6.8 60
5.6 290 7.2 40
5.8 250 7.4 20
6.4 210 7.8 10
6.5 110 8.0 30
6.6 80 8.4 50
9.0 150
UI = Se define la unidad de actividad enzimática (U) como la cantidad de enzima que

cataliza la conversión de 1 µmol de sustrato en un minuto
a) Diga que residuos de aminoácido podrían ser responsables de esta respuesta.
b) Si el experimento se extendiera hacia la región más alcalina de la escala de pH que
cabría esperar (explique su respuesta).
24. Se realizaron estudios de inhibición para dos enzimas diferentes presentes en el suero
bovino. Se varió la concentración de sustrato en ausencia y en presencia de tres
concentraciones diferentes de inhibidores de cada enzima. En cada caso encontrar:
a) El tipo de inhibición.
b) El valor de Km y Vmax.
c) El valor de Ki para el inhibidor.
Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol
[Bromolevamisol] (mM) 0 8 16 40
[Sustrato] [FP](mM) Velocidades iniciales (mmolxmin-
1
/ mgProt.-1)
0.1 0.231 0.210 0.191 0.158
0.3 0.431 0.369 0.309 0.239
0.7 0.607 0.488 0.425 0.277
1.3 0.751 0.599 0.467 0.304
1.8 0.811 0.657 0.530 0.319
2.6 0.912 0.657 0.546 0.328
4.1 0.957 0.688 0.561 0.351
5.8 0.981 0.741 0.558 0.344
Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.
[2hidroxisuccínico] 0.0 1.0 2.0 5.1

(mM)
[Sustrato] [Glu](mM) Velocidades iniciales (mmol / min /mgProt)
0.6 0.59 0.48 0.38 0.24
1.4 1.12 0.91 0.78 0.51
2.9 1.63 1.43 1.19 0.87
5.2 1.94 1.70 1.64 1.19
8.0 2.19 1.94 1.94 1.56
10.3 2.28 2.06 1.99 1.74
16.0 2.32 2.33 2.24 1.89
25.1 2.62 2.53 2.25 2.09
25. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa

de streptococcus sp. Este enzima participa en la síntesis de la pared celular de las
bacterias y cataliza la transferencia de un grupo piruvico a un precursor del
péptidoglicano, liberando fosfato. La fosfomicina (FSM) es un antibiótico sintetizado por
ciertas bacterias del grupo streptomyces que inhibe a esta enzima. Usando el
fosfoenolpiruvato (PEP) como sustrato a dos diferentes niveles de concentración, se
estudió la inhibición de esta enzima por fosfomicina.
[PEP] (mM) 75 200

[FSM] (mM) V (nmolxmin xmgProt-1)
-1
0 0.73 2.49
5 0.53 2.29
10 0.42 2.15
25 0.26 1.78
50 0.16 1.4
100 0.09 0.98
a) Identifique el tipo de inhibición que se presenta

b) Calcule el valor de la I50 para este inhibidor a la concentraciones más baja y más alta
de sustrato empleadas en el experimento.
b) ¿Qué diferencias observa entre este parámetro calculado con diferentes
concentraciones de sustrato?
26. ¿Cuáles son los principales factores que alteran la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
27. ¿Cómo afecta la concentración del sustrato a la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
28. ¿Qué son los cofactores enzimáticos?

29. ¿Cuál es la relación entre las vitaminas y los cofactores enzimáticos?
30. Los siguientes resultados describen el efecto de un inhibidor sobre la actividad
enzimática de una enzima. Determinar:
a. Vmax en presencia y ausencia de un inhibidor
b. Km en presencia y ausencia de un inhibidor
c. Ki
d. Tipo de inhibición
31. Un bioquímico estudia las propiedades de una enzima metabólica que acaba de aislar.
Obtiene datos cinéticos en presencia y en ausencia de dos inhibidores diferentes (A y B).
La identidad de los inhibidores es desconocida, pero sabemos que uno de ellos es un
análogo de sustrato mientras que el otro es un agente alquilante. Determinar:
a. Km y Vmax de la enzima;
b. ¿Cuál inhibidor es el análogo de sustrato? ¿Cuál es el agente alquilante?
c. Ki para ambos inhibidores;
d. Cuál sería la Vo para esta reacción enzimática en [S] = 3 x 10-4 M y en presencia
de la Inhibidor [A] = 2 x 10 -5 M ?
32. Se estudian las propiedades cinéticas de dos enzimas (A y B). A partir de los
resultados que se muestran a continuación, determine si constituyen una enzima ordinaria
o una enzima alostérica. Explicar la forma de las curvas que representan la velocidad, v,
en relación a la concentración de sustrato, [S].
33. Que es una vitamina y como se clasifican?

33. Cuales son las principales funciones biológicas de las siguientes vitaminas: A,
complejo B, C, D, E y K
34. ¿Cuales son las características moleculares de los carbohidratos?
35. ¿Qué son los monosacáridos y como se pueden clasificar los monosacáridos?
36. ¿Cómo se clasifican los carbohidratos teniendo en cuenta el número de
monosacáridos que los componen?
37. ¿Qué es un carbono quiral o asimétrico?
38. ¿Qué propiedad característica presentan las moléculas que contienen carbonos
asimétricos?
39. Los monosacáridos se agrupan en dos grandes clases, las series D y L ¿Cómo se
determina la pertenencia de un monosacárido a la serie D ó L?
40. ¿Qué son monosacáridos epímeros?
41. ¿Qué son esteroisómeros?
42. ¿Qué es un enlace hemiacetálico?
43. ¿Cómo debe estar formado el enlace glicosídico de un disacárido reductor? ¿Y

cuando no es reductor?
44. ¿Cuáles son las analogías y diferencias entre celulosa, el almidón y el glucógeno?

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de Bioquímica Proteínas, enzimas, vitaminas y carbohidratos

b. Una molécula inorgánica formada principalmente por H, O y N.

e. Una molécula orgánica formada principalmente por C, N, O, y P.

b. Entre el grupo COOH de un aminoácido y el NH2 del segundo aa

7. ¿Puede la misma cantidad de aminoácidos crear diferentes proteínas, por ejemplo

12. ¿Cuál es la estructura terciaria de una proteína?

14. ¿Los cambios en la estructura primaria, secundaria o terciaria de una proteína

a) ¿Como varia la velocidad de la reacción en función de la cantidad de enzima añadida?

20. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes

[Enz] (mg de proteína) 0.1 0.2 0.5

a) Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.

21. La enzima Aspartato transaminasa, que cataliza la reacción:

Aspartato + Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato

se realizaron los siguientes tres experimentos:

[Asp] =1 mM [OxG] =0.02 mM [OxG] =0.5 mM

a) Calcule Km y Vmax para cada sustrato.

22. Los valores de Km y Vmax siguientes se determinaron midiendo la hidrólisis de

T (ºC) KM (mM) kcat [(mmol-S)/(pmol-E) x min-1)]

UI = Se define la unidad de actividad enzimática (U) como la cantidad de enzima que

Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol

Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.

[2hidroxisuccínico] 0.0 1.0 2.0 5.1

25. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa

[PEP] (mM) 75 200

a) Identifique el tipo de inhibición que se presenta

28. ¿Qué son los cofactores enzimáticos?

33. Que es una vitamina y como se clasifican?

43. ¿Cómo debe estar formado el enlace glicosídico de un disacárido reductor? ¿Y

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