BIOLOGÍA CELUL AR

El caos ordenado
de las proteínas
En contra de lo aceptado, las proteínas no necesitarían adoptar
formas rígidas para llevar a cabo sus funciones en la célula
A. Keith Dunker y Richard W. Kriwacki

L
aĉ ĆĈoĊûīĄaĉ ĉoĄ Ăa ăaĊûria de la vida. Representan los ojos,
los brazos y las piernas de las células vivas. Incluso el ADN, el
EN SÍNTESIS icono supremo de todas las moléculas biológicas, resulta im-
portante sobre todo porque contiene los genes que especifican
Según el conocimiento tradicional, las
proteínas deben adoptar una configu- la síntesis de proteínas. Y las células de nuestro organismo
ración rígida para desempeñar tareas —como las neuronas, los leucocitos o las células olfatorias—
tales como la unión a determinadas se diferencian unas de otras en gran medida porque acti-
moléculas diana. Pero trabajos recien- van distintos conjuntos de genes y, en consecuencia, producen diferentes
tes indican que una tercera parte de grupos de proteínas.
las proteínas humanas se hallan total Dada la importancia de esas moléculas, muchos podrían pensar que
o parcialmente desestructuradas. los aspectos básicos de su morfología y funcionamiento se conocen des-
Aunque durante mucho tiempo la de hace tiempo. Sin embargo, durante decenios los científicos aceptaron
falta de plegamiento se consideraba una idea que resultó incompleta. Dedujeron, acertadamente, que las proteínas
una patología, se sabe ahora que ese se hallaban compuestas por aminoácidos unidos entre sí como las cuentas de un
rasgo no impide necesariamente la
collar. Además, para que una proteína ejerciera su función, su cadena de ami-
operatividad de la proteína. De hecho,
noácidos debía primero plegarse y adoptar una configuración precisa y rígida.
a menudo resulta crucial para su fun-
cionamiento.
No obstante, hoy se hace cada vez más evidente que ciertas proteínas desempe-
Las proteínas desestructuradas pue- ñan sus funciones biológicas sin haber llegado nunca a plegarse por completo,
den haber desempeñado un papel im- mientras que otras se pliegan solo cuando se las necesita. De hecho, quizás una
portante durante la evolución. Un mejor tercera parte de las proteínas humanas son «intrínsicamente desordenadas» y
conocimiento de su naturaleza contri- poseen al menos algunas regiones desplegadas o desordenadas.
XXXXXXXX

buiría al diseño de nuevos fármacos. Desde hace tiempo se sabía que las polimerasas (enzimas que copian el ADN
o lo transcriben a ARN) representan complicadas nanomáquinas constituidas por

60 INVESTIGACIÓN Y CIENCIA, junio 2011

 A. Keith Dunker es biofísico de la facultad de medicina de la Universidad
de Indiana, donde dirige el Centro de Biología Computacional y Bioinformática.
Investigó los virus durante treinta años antes de adentrarse en el estudio
de las proteínas desestructuradas en 1995.

Richard W. Kriwacki es biólogo estructural en el Hospital de

Investigación Pediátrica St. Jude de Menfis. En 1996, cuando trabajaba
en el Instituto Scripps de Investigación en La Jolla, California,
descubrió, junto con otros, uno de los primeros ejemplos de proteínas
desordenadas.

La proteína flexible p27 (verde), al plegarse

en múltiples formas, puede enrollarse en
torno a distintas moléculas asociadas, algo
XXXXXXXX

que las proteínas con una estructura

tridimensional única no pueden hacer.

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 61

numerosas partes móviles; gracias a una suerte de bisagras, los región, junto con otras de menor tamaño descubiertas poste-
distintos segmentos proteicos pivotan unos en torno a otros. riormente, desempeñaba un papel crucial en la coagulación de
Pero a menudo uno se imagina esas moléculas como combina- la sangre. Más tarde, en ese mismo decenio, la proteína de la
ciones de piezas rígidas, de modo similar a las secciones de una envoltura externa, o cápside, del virus del mosaico del tabaco
silla plegable. Las proteínas intrínsicamente desordenadas se ofrecía otro ejemplo revelador. Cuando la cápside se halla va-
parecen más bien a unos espaguetis revueltos en un puchero de cía, la proteína presenta grandes regiones desestructuradas que
agua hirviendo. cuelgan en la cavidad; esa laxitud permite que el ARN recién
Hace quince años esa afirmación se hubiese considerado una sintetizado, formado durante la reproducción vírica en una cé-
herejía. Hoy en día, se reconoce que ese carácter amorfo y flexi- lula infectada, se empaquete en su interior. Pero a medida que
ble probablemente contribuyó al origen de la vida sobre la Tierra el ARN va entrando, la proteína se une a él y adopta una estruc-
y que la flexibilidad sigue desempeñando un papel crucial en tura rígida.
las células, en concreto, durante la división celular y la activa- Mientras tanto, la imposibilidad de inducir experimental-
ción génica. Esta reciente perspectiva proporciona conocimien- mente el plegamiento de determinadas proteínas hacía su-
tos nuevos y asombrosos sobre la biología básica de las células poner que se cometía algún error: seguramente las cadenas
y apunta hacia formas novedosas de tratar las enfermedades, de aminoácidos solo podrían adoptar una forma plegada
entre ellas el cáncer. «correcta» en el ambiente interno de la célula. Así, cuando los
investigadores colocaban disoluciones de proteínas purifica-
ENCAJES PERFECTOS das en viales para examinarlas con un espectrómetro de reso-
La idea de que una estructura tridimensional rígida determina- nancia magnética nuclear (RMN) —una de las técnicas más
ba la función de una proteína se planteó en 1894. Emil Fischer, utilizadas para estudiar proteínas— obtenían a veces datos bo-
químico de la Universidad de Berlín, propuso que las enzimas rrosos, algo que interpretaban como un fallo en el plegamien-
(los catalizadores de las reacciones bioquímicas) interacciona- to de las moléculas.
ban con otras moléculas al unirse a contornos específicos de su Pero esos resultados encerraban una información mucho
superficie externa; en cambio, las enzimas no reconocerían otras más interesante. La espectroscopia de RMN exige la aplicación
moléculas con características superficiales ligeramente distin- de potentes pulsos de radiofrecuencia para inducir el giro sin-
tas. En otras palabras, una enzima y la molécula a la que se une cronizado de los núcleos atómicos de determinados elementos,
encajan entre sí como una llave y una cerradura. como el hidrógeno. Los ligeros cambios de frecuencia en la res-
En la época en que Fischer formuló su modelo se desconocía puesta de los núcleos guardan una estrecha relación con la po-
la naturaleza de las proteínas. Durante los 60 años siguientes, sición de los átomos en el interior de los aminoácidos y con la
se descubrió que las proteínas estaban formadas por cadenas de ubicación de un aminoácido respecto a otro. Así, a partir de los
aminoácidos y se concluyó que, para funcionar correctamen- cambios de frecuencia se suele establecer la estructura de una
te, debían plegarse y adoptar una forma precisa. En 1931, el bio- proteína rígida. Pero si los aminoácidos se mueven mucho
químico Hsien Wu proporcionó un sólido respaldo a esa idea al —como sucedería en una proteína desestructurada— los cam-
demostrar que la desnaturalización de las proteínas (la elimina- bios de frecuencia se vuelven borrosos.
ción de su estructura tridimensional natural) daba lugar a una En 1996, uno de los autores (Kriwacki, a la sazón en el Ins-
pérdida total de su función. Tras determinar la estructura tridi- tituto Scripps de Investigación) examinaba la proteína p21,
mensional de la mioglobina de cachalote en 1958, se ha analiza- implicada en el control de la división celular, cuando se dio
do la arquitectura de más de 50.000 tipos de proteínas. Para tal cuenta de un hecho sorprendente. Según los datos de RMN, la
fin, primero se provoca la transformación de las estructuras rí- proteína presentaba una desorganización casi total. Los ami-
gidas en cristales; posteriormente, estos se irradian con rayos X noácidos rotaban libremente en torno a los enlaces químicos
y se estudia su difracción. que los mantenían unidos, nunca permanecían en una confor-
Pero ese mundo estructurado de las proteínas, basado en el mación determinada durante más de una fracción de segundo.
modelo de llave y cerradura, no resultaba en realidad tan está- Y sin embargo —y este fue el aspecto que le chocó—, p21 seguía
tico. A principios del siglo ĎĎ ya se sabía que muchos anticuer- ejerciendo su indispensable función reguladora. Constituía la
pos se unían a diversas moléculas diana, o antígenos, una ob- primera prueba convincente de que la falta de estructura en
servación que contradecía el modelo de llave y cerradura. En una proteína no inutiliza su función.
los años cuarenta, el célebre químico Linus Pauling sugirió que La espectroscopía de RMN sigue representando la principal
ciertos anticuerpos podían plegarse de distintos modos y que técnica para determinar si una proteína se halla plegada o
las diversas configuraciones adoptadas dependían del ajuste desordenada. Gracias a ella, junto con otros métodos, se ha con-
entre anticuerpo y antígeno. firmado que numerosas proteínas son intrínsecamente desor-
A partir de los años cuarenta, otras observaciones indicaron denadas. Esas moléculas cambian constantemente de forma
PÁGINAS ANTERIORES: AXS BIOMEDICAL ANIMATION STUDIO

que no todas las proteínas se atenían al dogma según el cual la como consecuencia del movimiento browniano y de sus pro-
función era consecuencia de una estructura tridimensional rí- pias fluctuaciones térmicas y, sin embargo, son perfectamente
gida. Pero, por lo general, aquellas que no lo hacían se conside- funcionales.
raban un caso aislado, insólitas excepciones a la norma. Uno de
los autores (Dunker) describió varios de esos ejemplos y se dio MARAÑA PROTEICA
cuenta de que tal vez debía reexaminarse el dogma. En 1953, se Esta visión nueva y más amplia queda muy bien reflejada en
descubrió que la caseína (la proteína de la leche) se hallaba de- la proteína p27, presente en la mayoría de los vertebrados. Al
sestructurada en su mayor parte; esa flexibilidad probablemen- igual que p21, p27 es una de las proteínas fundamentales que
te facilitaba su digestión en los mamíferos lactantes. A princi- regulan la división celular para que las células no se multipli-
pios de los setenta, se observó que la proteína fibrinógeno con- quen de manera descontrolada. La RMN muestra que p27 es
tenía una región de gran tamaño sin una estructura fija; esa muy flexible, con regiones que se pliegan y despliegan rápida-

62 INVESTIGACIÓN Y CIENCIA, junio 2011

 U NA V I S I Ó N M Á S A M P L I A

Orden frente a desorden

La maquinaria molecular de las células transcribe la (secuencia superior) para desempeñar su función; por
información codificada en las secuencias de ADN ejemplo, para unirse a una molécula específica del
(los genes) en moléculas de ARN y traduce el ARN mismo modo en que una llave encaja en una cerradura.
en las largas cadenas de aminoácidos que com- Sin embargo, muchas proteínas permanecen desplega-
ponen las proteínas. Los libros de texto de bio- das, al menos en parte. Esta flexibilidad las capacita para
logía afirman que, a continuación, una proteína unirse a distintas moléculas (secuencia inferior) o para
debe plegarse y adoptar una forma peculiar realizar otras funciones.

ADN Visión clásica de la actividad proteica

ARN
Unión del tipo Al disociarse,
La proteína se pliega llave-cerradura la proteína sigue plegada

Proteína incipiente

Ribosoma
ARN

Proceso descubierto recientemente

La proteína La proteína se puede La proteína se pliega y se une Al disociarse,

permanece extendida unir a diversas dianas (asumiendo formas distintas en función la proteína
de la estructura de la diana) se extiende

mente para dar lugar a estructuras lábiles con forma de saca- el centro activo de la enzima, que funciona según el modelo
corchos o de lámina. En la mayoría de las células cancerosas clásico de llave y cerradura para retirar los grupos fosfato de
humanas la cantidad de p27 se reduce, y cuanto menor sea el otras proteínas que han sido fosforiladas. Pero también cuen-
valor, peor resulta el pronóstico para el paciente. ta con una región desordenada que se une al centro activo de
La molécula p27 frena la división celular al unirse al menos la propia enzima y lo anula cuando no hay necesidad de reti-
con seis tipos de enzimas quinasas e inhibir su actividad. Las rar grupos fosfato. Por tanto, la calcineurina puede conside-
quinasas son las principales reguladoras de la replicación del rarse como dos proteínas en una: la región estructurada lle-
ADN y de la división celular. Añaden grupos fosfato va a cabo la catálisis y la región desestructurada regula esa
(PO 3–
4 ) a otras proteínas (las «fosforila»), una reacción que pone función catalítica.
en marcha una cascada de sucesos. Para llevar a cabo su tarea, Los ejemplos mencionados hasta aquí hacen referencia a
la dinámica molécula p27, con forma de cordón, se enrolla alre- proteínas que se pliegan —bien sobre sí mismas o en torno a
dedor de una quinasa —que posee una estructura básicamente otras— para realizar su función. Pero a menudo el desorden
rígida— y recubre una parte importante de su superficie, entre forma parte del mecanismo operativo de una proteína. En un
ellos los lugares químicamente reactivos, o «centros activos». caso conocido, la longitud de una región desestructurada ac-
Ese bloqueo impide la fosforilación y, por tanto, detiene la di- túa a modo de mecanismo temporizador, al controlar la velo-
visión celular. Gracias a su flexibilidad, p27 puede amoldarse a cidad a la que dos lugares de unión se acercan entre sí: cuan-
distintos tipos de enzimas, enrollándose en torno a ellas e inhi- do la región desorganizada es más larga, los dos puntos de
biéndolas. Cuando una proteína posee esta característica se dice unión emplean más tiempo en reconocerse que cuando esa
que es promiscua o que está pluriempleada. región es más corta. En otro caso, la desestructuración per-
En una escala que abarcara desde un estado de máximo mite a la proteína colarse a través de una estrecha abertura y
desorden (sin ninguna estructura) hasta otro de máximo or- atravesar la membrana celular. Y también existen proteínas
den (plegamiento rígido), la proteína p27 se situaría cerca del desordenadas en los axones de las neuronas, donde forman
primer extremo, y las quinasas, del extremo opuesto. Muchas estructuras con forma de cepillo que evitan el colapso de los
otras proteínas ocupan alguna posición intermedia, ya que axones.
poseen unas regiones estructuradas y otras desestructuradas. Al contrario de lo que podíamos esperar, algunas proteí-
La calcineurina, que interviene en la respuesta inmunitaria nas permanecen desestructuradas incluso después de unirse.
(por lo que constituye la diana de los fármacos antirrechazo), En el Hospital para Niños Enfermos de Toronto, Tanja Mittag
actúa al revés que una quinasa. Posee una región organizada, (que trabaja en la misma facultad que Kriwacki), descubrió

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 63

 D E T E R M I N AC I Ó N D E L A E S T R U C T U R A

Proteínas escurridizas
Ante la imposibilidad de conocer su estructura por los medios usuales,
debe recurrirse al refinado de modelos estadísticos
SANTI ESTEBAN MARTÍN, CARLOS W. BERTONCINI Y XAVIER SALVATELLA

Existen solo veinte aminoácidos naturales para la biosíntesis de pro- (alzhéimer y párkinson), reviste suma importancia conocer sus pro-
teínas de acuerdo con las instrucciones codificadas en el genoma. piedades estructurales. Existe por ello un gran interés en averiguar
Siendo tan simples en su composición química, ¿cómo es posible que si presentan patrones estructurales de baja estabilidad, es decir, ple-
estas macromoléculas puedan ejecutar funciones de suma diversidad gamientos adoptados por una pequeña fracción de las estructuras
y complejidad? Ello se debe a que la actividad biológica de cada pro- que colectivamente las describen y que, por lo tanto, no se pueden
teína no depende tanto de la naturaleza de los aminoácidos que la com- estudiar con las técnicas de determinación estructural usuales. Carac-
ponen como del modo en que se combinan y, por tanto, de la estruc- terizar a resolución atómica cada una de estas estructuras constituye
tura tridimensional que esta adopta al plegarse —para una proteína uno de los principales retos de la biología estructural moderna. Debido
mediana, de unos 200 aminoácidos, el número de combinaciones posi- a su complejidad, esta cuestión solo puede abordarse desde una
bles para los veinte aminoácidos disponibles asciende a 20200. aproximación interdisciplinaria, que combine el uso de mediciones
La estrecha relación entre la estructura y la función en las proteí- experimentales con modelos teóricos basados en el análisis de estruc-
nas ha originado programas de investigación que tienen por objeto la turas de proteínas depositadas en bases de datos.
determinación sistemática de la estructura de todas las proteínas del Un paso importante en esa dirección fue descubrir que las prefe-
genoma. Estos estudios han revelado, sorprendentemente, que existe rencias estructurales de cada uno de los veinte aminoácidos naturales
un número elevado de proteínas que, aunque no adoptan estructuras en proteínas desordenadas son en gran medida independientes del
tridimensionales definidas, llevan a cabo importantes funciones bio- contexto (la secuencia); asimismo, guardan una estrecha semejanza
lógicas. Esta nueva clase de proteínas, que desafían en parte el dogma con las preferencias observadas en las regiones flexibles de proteínas
central de la biología molecular formulado por Francis Crick en 1958 ordenadas, tales como los bucles que conectan elementos de estruc-
(a cada secuencia aminoacídica le corresponde una estructura tridi- tura secundaria.
mensional), recibe el nombre de proteínas intrínsecamente desorde-
nadas (IDP, por sus siglas en inglés). Modelos refinados
Las IDP no pueden ser descritas por una sola conformación, puesto Ese condicionante (preferencias estructurales) permite generar mode-
que adoptan múltiples estructuras. Deben representarse como un con- los para proteínas desordenadas que, pese a contener notables aproxi-
junto de estas —algunas compactas, otras extendidas— de estabilidad maciones, presentan un elevado grado de acuerdo con las mediciones
similar y que se intercambian a una gran velocidad: más de un millón experimentales de resonancia magnética nuclear (RMN) y de disper-
de veces por segundo. sión de rayos X a ángulo pequeño. Sin embargo, estos modelos preli-
Dado que estas macromoléculas desempeñan funciones impor- minares, aproximados, carecen de la resolución necesaria para estu-
tantes y se hallan implicadas en enfermedades neurodegenerativas diar la presencia de patrones de baja estabilidad, posiblemente

Secuenciación ...
Estructura primaria

Modelo computacional
aproximado

1 2

Proteína
Experimento

Experimento

intrínsecamente
desordenada

Descripción estructural de proteínas intrínsecamente desordenadas. A partir de la

Modelo Modelo
estructura primaria de la proteína (cadena de aminoácidos), se propone un conjunto de
estructuras tridimensionales basadas en las preferencias que presenta cada uno de los nética nuclear (RMN). El método se basa en comparar los valores experimentales de esos
20 aminoácidos naturales en las regiones flexibles de proteínas conocidas. Se obtiene así parámetros con los valores teóricos (calculados a partir del modelo) correspondientes (1).
un primer modelo teórico aproximado (hebras verdes). Para refinar esta descripción de Según el grado de coincidencia, se modifica el modelo inicial. Se obtiene entonces un
la proteína, se recurre a parámetros estructurales obtenidos mediante resonancia mag- segundo modelo, mejorado (hebra granate) y se procede a una segunda comparación

64 INVESTIGACIÓN Y CIENCIA, junio 2011

 hace poco la proteína inhibidora Sic1 en la levadura. La mo-
lécula se mantiene unida a su compañera a través de varios
implicados en la función de las IDP. Es necesario, pues, mejorar los
segmentos cortos que se juntan y separan continuamente en
modelos actuales a través de técnicas de refinado estructural.
un único punto, mientras que el resto de Sic1 permanece de-
La RMN es una técnica particularmente adecuada para el refi-
sestructurado.
nado estructural, dado que algunos de los parámetros experimenta-
El desorden también se da en las proteínas de organismos
les accesibles, como los acoplamientos dipolares residuales (RDC,
más sencillos, e incluso en virus. Los fagos, virus especializados
por sus siglas en inglés), dependen tanto de la estructura local y
en infectar bacterias, se adhieren a la membrana de una célula
secundaria como de la topología de la proteína. Los métodos de refi-
huésped mediante proteínas que se mantienen unidas al cuer-
nado corrigen la posición de los átomos de cada una de las estruc-
po principal del fago por medio de conectores flexibles. A con-
turas hasta que estas reproducen, en conjunto, los datos de RMN
tinuación, la proteína de adhesión, de menor tamaño y mayor
obtenidos experimentalmente.
movilidad que el fago entero, puede reorientarse con rapidez y
En nuestro laboratorio hemos desarrollado una herramienta que
optimizar su alineamiento durante el acoplamiento.
permite mejorar la precisión de modelos aproximados para el estu-
PROMISCUIDAD GENERALIZADA
dio de IDP. A partir de valores de RDC obtenidos mediante RMN,
hemos determinado un modelo estructural de la proteína ubiquitina
Hasta la fecha, se han identificado unas 600 proteínas to-
en su estado desordenado. El conjunto refinado obtenido reproduce,
tal o parcialmente desestructuradas y se ha descrito su fun-
además de los datos de RDC, otros parámetros de RMN medidos
ción en laboratorios de todo el mundo. Pero sospechamos que
de forma independiente, lo que valida el cálculo estructural llevado
existen muchas más. Después de todo, hasta hoy tan solo se ha
a cabo. La característica más importante de este conjunto es, sin
descifrado la estructura de una pequeña parte de las 100.000 pro-
embargo, que reproduce los patrones estructurales de baja estabi-
teínas que se estima que hay en el cuerpo humano. Además,
lidad de la molécula en estudio.
recientes estudios «bioinformáticos» llevados a cabo por
Los resultados, que se publicaron en marzo de 2010 en el Journal
Dunker y sus colaboradores apuntan en esa dirección.
of the American Chemical Society, indican que el refinado de mode-
El enfoque bioinformático se basa en los primeros estu-
los estadísticos a partir de datos de RMN, como los acoplamientos
dios teóricos de proteínas individuales. Estos sugerían que,
dipolares residuales, abre las puertas a la caracterización de las pro-
después de que una célula sintetiza una cadena de aminoáci-
piedades estructurales de IDP a alta resolución. Ello permitirá ahon-
dos para fabricar una proteína, la cadena se pliega de una
dar en el conocimiento del origen de la actividad biológica de esta
manera que depende de su composición. En concreto, los ami-
misteriosa clase de proteínas así como en su implicación en enfer-
noácidos voluminosos e hidrofóbicos (los que repelen las mo-
medades neurodegenerativas con importante impacto personal
léculas de agua que, de forma natural, rodean a las proteínas)
y social.
tienden a situarse en la parte interior de la molécula. Por el
contrario, los aminoácidos que acaban localizándose sobre la
superficie de una proteína plegada suelen ser pequeños e hi-
Santi Esteban Martín, Carlos W. Bertoncini y Xavier Salvatella
drofílicos (tienden a interaccionar con las moléculas de agua
Laboratorio de biofísica molecular
circundantes).
Instituto de Investigaciones Biomédicas de Barcelona
La idea de Dunker consistía en comparar las secuencias de
aminoácidos de proteínas que se sabía eran intrínsecamente de-
sordenadas con las que presentaban formas plegadas rígidas.
Mediante el empleo de algoritmos de computación, su equipo
descubrió en 1997 que las proteínas intrínsecamente desorde-
nadas presentaban más aminoácidos hidrofílicos que las pro-
... teínas rígidas. Por tanto, el balance entre aminoácidos hidrofí-
licos e hidrofóbicos permitiría pronosticar el grado de plega-
miento o desorganización de una proteína concreta.
Para explorar las implicaciones biológicas de sus hallazgos
Modelo refinado preliminares, el equipo de Dunker realizó en el año 2000 una
Conjunto final
de estructuras comparación entre los diversos reinos de la vida. Se examina-
ron los genomas de varios organismos mediante algoritmos que
N buscaban segmentos de ADN que codificaban largas cadenas de
aminoácidos hidrofílicos. Las proteínas correspondientes resul-
tarían las más idóneas para presentar, al menos, cierto grado
de desorganización. En los organismos más sencillos, las bacte-
Experimento

rias y las arqueobacterias, se previó que muy pocas proteínas

exhibirían un desorden intrínseco. Pero en eucariotas (organis-
mos más complejos con células nucleadas, como levaduras, mos-
cas de la fruta y seres humanos) las proteínas desestructuradas
Modelo serían mucho más frecuentes.
con los datos experimentales de referencia (2). Y así sucesivamente hasta que los valo- Esos resultados fueron ampliados en 2004 por un equipo
res teóricos coinciden con los experimentales (N). El modelo refinado, de gran precisión, liderado por David T. Jones, de la Universidad de Londres, que
que se obtiene al final del proceso resulta de gran utilidad para estudiar las propiedades realizó comparaciones con datos relativos a seres humanos.
estructurales de la proteína. De modo sorprendente, se descubrió que hasta el 35 por cien-
to de todas las proteínas humanas contendrían amplias regio-

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 65

 EN LA CÉLULA

Flexibilidad Transportador monorraíl

Una máquina molecular formada por dos copias Cargamento
operativa de la proteína kinesina «camina» a lo largo de los
microtúbulos para arrastrar una vesícula u otro tipo
En sus diversas funciones como enzimas, componen- de cargamento de una parte a otra de la célula. Kinesina
tes estructurales o máquinas moleculares, las proteí- Cada paso está impulsado por una molécula de ATP,
nas dirigen casi todas las actividades celulares. Se que reacciona con el «pie» adelantado y obliga a que
ilustran tres ejemplos, en una célula humana, en que una región «conectora» desestructurada de la pro-
teína se pliegue en torno a ese pie. Al mismo tiempo,
la ausencia de una estructura predeterminada en la
el conector también empuja al pie posterior, obli- Región
proteína resulta crucial para el funcionamiento de gándolo a girar hacia delante, donde se vuelve desestructurada
la misma. a unir al microtúbulo.
ATP
Microtúbulo

Protector contra el cáncer

Cuando una célula resulta dañada por la radiación
o por otros motivos, la proteína p53 entra en acción.
Una agrupación de cuatro copias de p53 se adhiere a lugares
específicos del ADN para poner en marcha la producción de
enzimas reparadoras del ADN. Las regiones desestructu-
radas de p53 permiten al complejo proteico enrollarse en
torno a la doble hélice. Aparte del ADN, la proteína puede Complejo
del poro nuclear
interaccionar con el ARN y con más de 100 tipos de
proteínas.

ADN
p53
Región Proteínas desplegadas
desestructurada
de p53

Controlador de acceso al núcleo

Incrustado en la membrana nuclear, el complejo

M STRUCTURES TO DRUG DISCOVERY», POR ANDREAS C. JOERGER

del poro nuclear está formado por unos 30 tipos de
proteínas ensambladas con una perfecta simetría

ERSPECTIVES IN BIOLOGY, VOL. 3, N. O 2; FEBRERO DE 2011

octogonal y regula las moléculas que entran y
salen. La abertura está rellena de un «gel» de
proteínas totalmente desplegadas. Las moléculas
pequeñas como el agua atraviesan el gel sin ningún
impedimento, mientras que las moléculas grandes
necesitan de un medio de transporte activo.
Y ALAN R. FERSHT EN COLD SPRING HARBOR PERSPECTIVES
FUENTE: «THE TUMOR SUPPRESSOR P53: FROM

nes desestructuradas. Es decir, en un tercio de nuestras pro- rían en la señalización y la regulación. Las bacterias sencillas
teínas el concepto de llave y cerradura resultaría, sencillamen- reúnen todos sus elementos constituyentes en un único espa-
te, irrelevante. cio. Los organismos complejos, en cambio, poseen numerosos
Las razones de esta discrepancia todavía no se han aclara- compartimentos intracelulares como el núcleo, el aparato de
do. Una posible explicación sería que las proteínas con caracte- Golgi, las mitocondrias, etcétera; por tanto, necesitan una ma-
rísticas estructurales del tipo llave-cerradura demostrarían la yor señalización entre sus componentes y una regulación más
máxima eficacia en funciones como la actividad enzimática, extensa. Los organismos pluricelulares requieren además es-
mientras que las proteínas intrínsecamente desordenadas lo ha- quemas de señalización para coordinar la actividad de los di-

66 INVESTIGACIÓN Y CIENCIA, junio 2011

v
versos tipos de células y tejidos. En el ejemplo de la proteína UN ARMA DE DOBLE FILO
p27 comentado anteriormente, la flexibilidad de la molécula le A la vista de la importancia biológica de las proteínas, no debe-
permite transmitir mensajes químicos a lo largo de las rutas de ría sorprendernos que muchas de ellas sean responsables de en-
señalización de una célula: la información se halla en su confi- fermedades. El nuevo paradigma del desorden intrínseco en las
guración, en sus modificaciones químicas (como la fosforila- proteínas cambiará por completo la forma en que entendemos
ción) y en el tipo de unión que establece con otras moléculas, a y tratamos las dolencias humanas.
las que inhibe o regula. En algunos casos, la ausencia de estructura en una proteí-
na resultará perjudicial. Si una célula las sintetiza en exceso,
EL SECRETO DE LA EVOLUCIÓN ciertas proteínas desorganizadas tenderán a agregarse y a for-
La escasez de proteínas intrínsecamente desordenadas en las mar placas. En el cerebro, se piensa que estas placas ocasionan
bacterias
b indicaría que ese tipo de moléculas habría surgido una serie de patologías neurodegenerativas devastadoras, en-
tarde en la evolución. Sin embargo, diversas líneas de investi- tre ellas las enfermedades de Alzheimer, Parkinson y Hunting-
gación sugieren lo contrario. Por un lado, numerosos sistemas ton. Parece que las proteínas desestructuradas deben mante-
de señalización importantes en bacterias utilizan proteínas de- nerse bajo un control escrupuloso para evitar que se vuelvan
sestructuradas, y no proteínas estructuradas. Además, en las dañinas. En 2008, un estudio a gran escala realizado en leva-
máquinas moleculares evolutivamente antiguas, formadas por duras, ratones y humanos, encabezado por M. Madan Babu, del
asociaciones de ARN y proteínas, casi todas las proteínas se Laboratorio de Biología Molecular del Medical Research Coun-
hallan total o parcialmente desestructuradas cuando no están cil en Cambridge, demostró que las células regulan de forma
unidas a su ARN correspondiente. Entre estos complejos híbri- más estricta las proteínas desestructuradas que las que se hallan
dos cabe citar los somites cirujanos (spliceosome, una máquina plegadas.
molecular que mediante diversos cortes y empalmes edita, o El descubrimiento de la posible implicación de proteínas
procesa, el ARN en una de las etapas intermedias de la síntesis intrínsecamente desordenadas en ciertas enfermedades está
proteica) y el ribosoma (el complejo que enlaza los aminoáci- generando nuevas ideas sobre futuros tratamientos. En casi to-
dos entre sí para formar proteínas). dos los procesos biológicos se producen interacciones entre
Las investigaciones sobre el origen de la vida también in- proteínas, por lo que durante mucho tiempo han sido objeto
dican la antigüedad de las proteínas desestructuradas. Una de de interés en el desarrollo de medicamentos; pero hasta la fe-
las principales hipótesis sostiene que la vida de los primeros cha se han obtenido escasos resultados, si se compara con las
organismos se basaba en el ARN. La molécula ejercía a la vez estrategias dirigidas contra las interacciones entre enzimas y
una función catalítica y de almacenamiento de información moléculas más pequeñas. Las proteínas que interaccionan con
genética, tareas que en las células modernas desempeñan las proteínas desestructuradas a menudo ofrecen a sus compañe-
proteínas y el ADN, respectivamente. Un problema importan- ras puntos de anclaje que los investigadores podrían aprove-
te relacionado con esta teoría es que el ARN se pliega de ma- char para introducir nuevos fármacos. En concreto, mediante
nera muy poco eficiente para adoptar su forma catalítica y a moléculas que anulan una interacción entre un gen importan-
menudo se queda atascado en conformaciones inactivas. En te para la supresión del cáncer y una de sus parejas regulado-
las células actuales, las proteínas chaperonas del ARN ayudan ras, se ha conseguido detener el cáncer de animales de labora-
al ácido nucleico a plegarse correctamente. Otras proteínas es- torio; en la actualidad, esas moléculas se están ensayando en
tabilizan un ARN determinado en su configuración activa, lo humanos. El equipo de Kriwacki está desarrollando una línea
que sugiere que la aparición de esas moléculas habría resuel- de ataque parecida para tratar el retinoblastoma, un cáncer del
to la dificultad de plegamiento del ARN. Tanto las chaperonas ojo que afecta especialmente a los niños. Los ensayos prelimi-
como las proteínas estabilizantes carecen de estructura antes nares en animales han ofrecido resultados prometedores. Otros
de unirse al ARN. laboratorios están trabajando en proyectos similares.
Otro dato que respalda la antigüedad de las proteínas de- Los investigadores interesados en el modo de acción de las
sordenadas procede del análisis del origen del código genéti- proteínas están empezando a dejar de lado el antiguo modelo
co, el conjunto de reglas que utilizan las células para traducir de la llave-cerradura. Se están dando cuenta de que algunas fun-
la información almacenada en los ácidos nucleicos (ARN o ciones biológicas están mejor dirigidas por proteínas rígidas, y
ADN) en una secuencia de aminoácidos. Se piensa que deter-
A otras, por proteínas muy dinámicas. El amanecer de una nue-
minados aminoácidos fueron codificados en las etapas inicia- va era en la estructura y función de las proteínas tiene el poten-
les de la creación de la vida, mientras que otros lo fueron más cial necesario para trasformar nuestros conocimientos sobre la
tarde. Probablemente, los aminoácidos voluminosos e hidrofó- vida, y quizá para salvarla.
bicos
b que dirigen el plegamiento de una proteína aparecieron
tarde, de modo que las proteínas sintetizadas a partir de los
primeros aminoácidos muy probablemente permanecerían des-
PA R A S A B E R M Á S
plegadas cuando se hallaban aisladas. De ser cierta la idea so-
bre
b la evolución del código genético, las primeras proteínas que Structural studies of p21Waf1/Cip1/Sdi1in the free and Cdk2-bound state: Conformational dis-
order mediates binding diversity. Richard W. Kriwacki et al. en Proceedings of the National
se crearon presentarían un plegamiento precario o carecerían
Academy of Sciences USA, vol. 93, n.o 21, págs. 11.504-11.509, 15 de octubre de 1996.
de él. Sin duda, los aminoácidos que surgieron más tarde per- Intrinsically unstructured proteins and their functions. H. Jane Dyson y Peter E. Wright en
mitieron que las proteínas adquirieran una estructura; esos Nature Reviews Molecular Cell Biology, vol. 6, págs. 197-208, marzo de 2005.
aminoácidos sirvieron de base para la formación de centros ac- Structural disorder throws new light on moonlighting. Peter Tompa et al. en Trends in Bio-
tivos del tipo llave-cerradura en las enzimas y ofrecieron la chemical Sciences, vol. 30, n.o 9, págs. 484-489, 1 de septiembre de 2005.
Understanding protein non-folding. Vladimir N. Uversky y A. Keith Dunker en Biochimica et
oportunidad para que, a lo largo de millones de años, las pro- Biophysica Acta, vol. 1804, págs. 1231-1264, junio de 2010.
teínas reemplazaran al ARN como centro neurálgico de la ac- Base de datos de proteínas desordenadas: www.disprot.org
tividad catalítica de la célula. Base de datos de proteínas estructuradas www.rcsb.org/pdb

Junio 2011, InvestigacionyCiencia.es 67