UNIVERSIDAD NACIONAL

AUTNOMA DE MXICO

CURSO TALLER

MANUAL DEL CURSO TALLER SPARTAN

EN SU PC

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Pgina 1

DR. JUAN MANUEL ACEVES HERNANDEZ

OBJETIVO
El taller tiene como objetivo proveer las destrezas mnimas necesarias para
la utilizacin de herramientas computacionales orientadas al estudio de
estructuras moleculares, as como algunas de sus propiedades fsicas
qumicas.
Con este curso-taller se pretende que el participante haga de la qumica
computacional una herramienta ms a la par de las tcnicas utilizadas
experimentalmente para estudiar propiedades moleculares.
El contenido del curso-taller ser el siguiente:

Construccin de una serie de molculas

Anlisis conformacional
Estructura de mnima energa (optimizacin)
Anlisis de propiedades estructurales (distancia y ngulos de enlace)
Anlisis de propiedades electrnicas (cargas y orbitales moleculares)

CURSO-TALLER
Enseanza de la Qumica Asistida por Computadora
La utilizacin intensiva de la computadora ha transformado la actividad
cientfica, convirtiendo la computacin en una disciplina con sus propios
mtodos y soluciones. Indiscutiblemente, una de las reas de mayor
impacto y recuperacin tanto a nivel acadmico como a nivel industrial es lo
que se ha denominado Qumica Computacional. Actualmente existe un
inters creciente en las universidades nacionales, la industria petrolera y
farmacutica por desarrollar experiencia del conjunto de tcnicas y
herramientas en el rea de la qumica computacional. Este taller busca
incentivar el inters por esta importante disciplina al ofrecer a los
investigadores de la academia, un conjunto de tcnicas y herramientas
contemporneas con aplicaciones en el rea de qumica computacional.

La qumica computacional es una disciplina que se extiende ms all de los

lmites tradicionales que separan la qumica, la fsica, la biologa y la ciencia

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de la computacin, permitiendo la investigacin de molculas y

macromolculas mediante una computadora, cuando la investigacin en el
laboratorio sea inapropiada, impracticable o imposible:
La qumica computacional incluye aspectos como:

El modelado molecular por computadora

Los modelos computacionales
El diseo de sntesis orgnica
La busca de datos en bases qumicas

Mientras el modelado molecular nos da un modelo en 2D y 3D de la

estructura de una molcula y sus propiedades, los mtodos
computacionales calculan la estructura y los datos necesarios para realizar
el modelo.

La qumica computacional abarca un amplio rango de mtodos matemticos

que pueden dividirse en dos grandes categoras:

La mecnica molecular: que aplica que las leyes de la fsica clsica al

ncleo molecular sin considerar explcitamente a los electrones.
La mecnica cuntica: se basa en la ecuacin de Schrdinger para
descubrir una molcula con tratamiento directo de la estructura
electrnica y que se subdivide a su vez en dos clases, segn el
tratamiento realizado, mtodos semiempricos y mtodos ab-inito
(desde el principio).

Nuestro inters inmediato es utiliza el modelaje molecular para establecer

relaciones cuantitativas entre la estructura y la actividad qumica de
algunos compuestos de inters qumica. La modelacin molecular es una
generacin, visualizacin, manipulacin y prediccin de estructuras
moleculares y sus propiedades fisicoqumicas asociadas.
1.- QUMICA COMPUTACIONAL
INTRODUCCIN AL MANEJO DE PC SPARTAN02
Entrar y Salir del programa
Para entrar al programa, dar clic en el botn Inicio; despus, en Todos
los Programas y finalmente en Spartan 02. Para salir del programa,
seleccionar Exit en el men File.

Barra de Mens

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Mediante la barra de mens se puede accesar a varias funciones del

programa, por ejemplo, el men SETUP da las siguientes opciones:

Barra de Herramientas
La barra de herramientas permite un acceso directo a las funciones
incluidas en los mens de File, Geometry y Buil.
Algunos de los iconos ms usados son:

Nuevo

Ver

Romper
enlace

Abrir

Agregar

Cerrar

Eliminar

Guardar
como

Formar
enlace

Minimiz
a
Reacci
n
Distanci
a de
enlace

ngulo
de
enlace
ngulo
dihedro

rea de Edicin
En el lugar en que se insertan tomos, fragmentos, anillos y/o grupos para
construir molculas.

Cuadro de Herramientas
Contiene las pestaas Entry, Expert ,Peptide y nucleic.

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Uso del Teclado y Ratn

En la tabla 1 se muestran las funciones del ratn de los dos botones.

Tabla 1.
Usos del ratn y teclado en PC Spartan`02.
Teclado
_
Shift

Control
Control+S
hift

Botn Izquierdo
Seleccionar, Movimiento libre
X/Y (a)
Rotacin Z (b)
Modo Visualizar (
Movimiento libre X/Y Global
Rotacin Z Global

Botn Derecho
Traslacin X/Y
Aumento/Disminucin de
Tamao
Activado)
Traslacin X/Y Global
Aumento/Disminucin de
Tamao

Modo Construir (
Activado)
Control
Movimiento libre X/Y de un
Traslacin X/Y de un
Fragmento
Fragmento
Control+S Rotacin Z de un Fragmento
Aumento/Disminucin de
hift
Tamao
Alt
Rotacin de un enlace
Alargamiento de enlace
(a)
X/Y = sobre el plano XY, el cual es el plano de la pantalla.
(b)
= sobre el eje Z
El botn izquierdo del ratn se usa tanto para sealar (ya sean objetos
grficos u opciones de men) como para rotar objetos, y el botn derecho
es usado para la traslacin de objetos as como para aumentar o disminuir

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su tamao. Las funciones de rotacin y traslacin pueden ser modificadas al

presionar alguna tecla especfica del teclado como Shift, Control y Alt.

Sin presionar ninguna tecla, el botn izquierdo del ratn permite mover
libremente al objeto seleccionado sobre el plano XY, el cual corresponde a
la pantalla; el botn derecho permite trasladar las figuras sobre este mismo
plano (XY). Al presionar la tecla Shift, el botn izquierdo proporciona una
rotacin sobre el eje Z, el cual se encuentra perpendicular a la pantalla y el
botn derecho modifica el tamao de las molculas en estudio.
NOTA: En el modo visualizar, se modifica el tamao de todas las
figuras mostradas en la pantalla; en el modo de construccin, se modifica el
de todos los fragmentos.
En el modo visualizar, al presionar la tecla Control en conjunto con el
botn izquierdo y derecho, se realiza un movimiento libre y una traslacin
en el plano XY de todas las molculas abiertas que se visualizan, de manera
que se observa un efecto global. Tambin se logra un efecto global en la
rotacin sobre el eje Z con el botn izquierdo y las teclas Control+Shift.

En cambio, en el modo de construir se realizan las mismas acciones

(rotacin y traslacin) de los fragmentos seleccionados. As mismo, en este
modo con el botn izquierdo y las teclas Control + Shift se logra una
rotacin de un fragmento o de una molcula especfica. Estas opciones son
muy tiles cuando se quiere llevar a cabo una reaccin y acomodar en un
lugar determinado a una molcula.

Al presionar la tecla Alt junto con los botones izquierdo y derecho slo
tiene un efecto en el modo construir. Con el primero se puede rotar y con el
segundo se puede aumentar y disminuir el tamao de un enlace
seleccionado.

Construccin de una Molcula sencilla: Acrilonitrilo, (H2C=CH=CN).

Mediante el estudio del Acrilonitrilo se mostrar la manera de construir
molculas en PC Spartan Pro, as como la forma de realizar clculos
qumicos cunticos.
1. Hacer clic1 en

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(Nuevo).

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En el lado derecho de la pantalla aparecer un cuadro de herramientas que

contiene cuatro pestaas: Entry, Expert, Peptide y Nucleic. Cada
pestaa contiene un cuadro superior en el que se puede previsualizar el
tomo o especie a insertar en el rea de edicin.

Barra de

Barra de herramientas

rea de edicin

Cuadro de

En la opcin Entry se encuentran los principales tomos utilizados en el

modelaje qumico, as como algunos grupos funcionales y anillos. En Expert
es posible dar caractersticas especficas a cada tomo de la tabla
peridica, como hibridacin y geometra. Adems, contiene algunos
ligandos utilizados en compuestos de coordinacin. En Peptidepueden
construirse polipptidos y protenas con estereoqumica definida.

2. Hacer clic en
(carbono sp2).
3. Hacer clic en cualquier parte de la pantalla. 2
4. Rotar el tomo:
Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn izquierdo.
_______________________________________________

Cuando se indique Hacer clic, realizarlo con el botn izquierdo del ratn, a menos que se
pida lo contrario.
2
Se refiere a realizar la accin en el rea de edicin
1

5. Mover el tomo:
Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn derecho.

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Pgina 7

6. Cambiar el tamao del tomo:

Presionar y dejar oprimida la tecla Shift
Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn
derecho.

7. Girar el tomo sobre el eje Z3

Presionar y dejar oprimida la tecla Shift
Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn
izquierdo.
El carbono sp2 insertado tiene sus valencias libres. Esto se indica con
las lneas terminales de color amarillo. Sobre cada valencia se pueden ir
aadiendo ms tomos.

8. Como el botn
(carbono sp2) sigue seleccionado, hacer
doble clic en la doble valencia libre (lneas amarillas) del carbono
anteriormente insertado. Esto har que se forme la molcula del
eteno:

9. Hacer clic en el botn

pantalla.
10.Seleccionar al grupo Cyano.

en la parte inferior derecha de la

11.Hacer clic en una de las cuatro valencias libres del eteno. Con esta
accin se termina de construir la molcula del Acrilonitrilo.

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12.Hacer clic en el botn

(Minimizar), al hacer esto el programa ayuda
a visualizar la estructura y calcula la energa de tensin de la
molcula (8.65 Kcal/mol).
13.Dar clic en
(ver) de la barra de herramientas. Con esta accin
desaparece el cuadro de herramientas, quedando en la pantalla el
modelo de esferas y barras del acrilonitrilo.

_______________________________
3
El plano de la pantalla en que se observan los tomos y molculas corresponde del plano XY.

NOTA: El programa automticamente coloca hidrgenos en las valencias

libres, por lo que no hay necesidad de agregar cada uno de ellos.

14.Al hacer clic en el men Modely seleccionar, por separado, Wire

(lneas), Ball and Wire (esferas y lneas); Tube (tubos), Ball and Spoke
(esferas y barras) y SpaceFilling (espacio relleno).

NOTA: El modelo de esferas y barras es predeterminado para nuevas

molculas.

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[Escribir texto]

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EJERCICIOS
1.- Alcanfor

H3C

CH3

H3C
O

Construir la molcula de ciclohexanona y guardar empleando Save

as con el nombre Alcanfor.
Seleccionar AddFragment del men Build. Agregar carbono sp3 en
la posicin 2-axial con respecto al carbonilo.
Seleccionar Make Bond del menuBuild. Dar clic en una de las tres
valencias libres del carbono agregado y luego en la valencia libre
ecuatorial en el lado opuesto del anillo de seis miembros.

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Terminar la estructura agregando los tres grupos metilo restantes de

acuerdo a la figura. Dar clic en Minimize para producir una
estructura refinada.

2. Vitamina E
CH3
H3C

OH

OH

CH3

HO
CH3

HO
CH3

Construir la molcula empezando con Bencene del men Rings.

Agregar a este anillo una secuencia de tres carbonos sp 3 y un oxgeno
sp3 y unirlos mediante Make Bond.
Agregar la cadena saturada de carbonos, el OH y los metilos
faltantes. Dar clic en Minimize para producir la estructura final.

3. Androsterona

CH3 O
CH3

H
HO
H

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4. Benceno Tricarbonil Cromo (se construye con la opcinExpert)

presionar ligands y seleccionar la opcin benzene
presionar insert

2.- CLCULO DE PARMETROS GEOMTRICOS

CON DIFERENTES MTODOS DE LA QUMICA COMPUTACIONAL
1. Construir la molcula del agua.
2. Hacer clic en el botn .
3. Ir al men Setup y seleccionar la opcin Calculations Aparecer la
siguiente ventana.

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Esta ventana recibe el nombre de Calculations. En ella, entre otras cosas,

puede escogerse el mtodo a utilizar para el clculo de las propiedades del
compuesto en estudio.

4. En Calculate, la opcin Equilibrium Geometry debe estar

seleccionada. En with elegir la opcin Molecular Mechanics y
MMFF.
5. Hacer clic en OK.
6. En el men Setup, hacer clic en Submit.
7. Si no se ha grabado el archivo, el programa pedir un nombre para
guardarlo.
8. Aparecern dos ventanas, una de ellas indicar que los clculos han
comenzado y la otra indicar que los clculos han finalizado. Hacer
clic en Aceptar en cada una de estas ventanas.
9. En el men Geometry, seleccionar la opcin MeasureDistance (o
hacer clic en

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)[distancia de enlace] en la barra de herramientas).

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10.Selecciona dos tomos consecutivos (unidos por un enlace) de la

molcula. Al hacer esto, cada tomo adquirir un color dorado y la
distancia entre ellos aparecer en la parte inferior derecha de la
pantalla.

Otra manera de medir la distancia de enlace, es seleccionando la lnea de

enlace deseado. As, la lnea de enlace tendr un color dorado y en la parte
inferior derecha de la pantalla aparecer lo siguiente:

11.Para medir el ngulo de enlace, dar clic en

(o seleccionar la
opcin MeasureAngle del men Geometry). Despus, seleccionar
en orden consecutivo tres tomos. En la parte inferior derecha de la
pantalla, aparecern los tomos seleccionados y el ngulo presente
entre ellos.
12.Utilizando los diferentes mtodos sealados en la Tabla 1, y siguiendo
el procedimiento indicado en los pasos anteriores, calcular y registrar
parmetros geomtricos (distancia y ngulo de enlace) obtenidos
para el agua.
13.Abrir el archivo Output del men Display y registrar el tiempo de
procesamiento (CPU Time) para cada uno de los mtodos
empleados. Este tiempo viene indicado por el mtodo a utilizar.
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Tabla 1
Distancias de Enlace y ngulos de Enlace para el Agua Calculados
en PC Spartan Pro
Utilizando Diferentes Mtodos de Clculo.

Mtodo
Experimental
Molecular
MMFF
Mechanics
Semi-Empirical
AM1
PM3
Hartree-Fock
6-31G**
6311+G**
DensityFunctiona pBP/DN*
l
*

Distancia
de Enlace
()
0.958

ngulo de
Enlace
(Grados)
104.5

Tiempo de
Procesamie
nto (seg)

EJERCICIOS.
Llenar las siguientes tablas siguiendo el procedimiento utilizado para la
molcula de agua.

Tabla 2
Distancias de Enlace y ngulos de Enlace para el Etano, Eteno y
Etino Calculados en PC SpartanProUtilizando Diferentes Mtodos
de Clculo.
Mtodo

Experimental

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DC-C()
Etan
o
1.54

Eten
o
1.33

DC-H()
Etin
o
1.2
0

Etan
o
1.10

Pgina 16

Eten
o
1.08

Etin
o
1.06

Etan
o
109.
6

C-C-H

Eten
o
121.
7

()
Etin
o
180

SemiEmpiric
al
HartreeFock
DensityFunctio
nal

AM1
6-31G**
pBP/DN
**

Tabla 3
Tiempos de Procesamiento Empleados
Mtodo

Tiempo de Procesamiento
(seg)
Etano
Eteno
Etino

Semi-Empirical

AM1

Hartree-Fock

6-31G**

Density-Functional

pBP/DN**

CUESTIONARIO.
1. De acuerdo a los resultados de la tabla 1, En cul de los mtodos
utilizados, los valores obtenidos se acercan ms a los
experimentales?
2. Qu relacin existe entre la distancia d enlace C-C, C-H y el tipo de
hibridacin presente en el tomo de carbono?
3. Qu relacin existe entre la distancia de enlace C-C y la energa del
enlace?
4. Para el etano, el tiempo de procesamiento con pBP/DN** es mucho
mayor que el tiempo de procesamiento para etino utilizando el mismo
mtodo. A qu se debe esto?
5. Sera posible utilizar un mismo mtodo para calcula parmetros
fisicoqumicos de cualquier sistema de molculas como agua,
metano, acrilonitrilo, insulina y ADN? porqu?

3.- CLCULO DE MAPAS DE POTENCIAL ELECTROSTTICO.

1. Construir la molcula de acrilonitrilo.4

2. Hacer clic en
.
3. En el men Setup, seleccionar la opcin Calculations
4. En el cuadro SetupCalculations seleccionar:

[Escribir texto]

Pgina 17

 En Calculate escoger la opcin EquilibriumGeometry.

En With escoger Semi-Empirical y PM3.
En Compute, activar las opciones E. Solvation y Elect. Charges.
En Print, activar la casilla AtomicCharges.
5. Hacer clic en OK.

6. Hacer clic en Submit en el men Setup.

7. Guardar el archivo.
8. Aparecern dos recuadros hacer clic en aceptar.
9. Dar clic en Output, en el men Display.
10.Aparecer un cuadro que mostrar los resultados de los clculos,
entre ellos la energa de solvatacin de la molcula, la carga de los
tomos, el momento dipolar, entre otras propiedades. Una vez
revisado el cuadro, cerrarlo.
11.Hacer clic en Properties, en el men Display.
12.En este cuadro pueden verse algunas propiedades de la molcula,
como su energa, dipolo, peso, rea y volumen.
13.Hacer clic en el men Model y elegir la opcin Dipole. (Sin cerrar el
cuadro MoleculeProperties).
14.Esto hace que aparezca una flecha sobre la molcula que indica el
sentido y direccin del momento dipolar. Esto solo ocurre cuando la
molcula es visualizada como Wire y Ball and Wire.
15.Desactivar la opcin Dipole para que desaparezca la flecha.

_______________________________________________

Ver Construccin de una molcula sencilla: Acrilonitrilo.

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16.Sin cerrar el cuadro MoleculeProperties, seleccionar cualquier tomo.

17.Aparecer el cuadroAtomProperties, en el que puede observarse la
quiralidad, peso y carga del tomo seleccionado.
18.Cerrar el cuadro de AtomProperties.

Clculo de Mapas de Potencial Electrosttico (MEP).

19.Hacer clic en la opcin Surfaces ya sea en el men Setup o
Display.
20.Dar clic en el botn
aparecer al cuadro Surfaces.
En Surface elegir la opcin density.
En Property elegir la opcin potential.
En Resolution no seleccionar opcin, aunque puede elegir una de
las siguientes: Low (8x Faster), Medium, Intermediate (4x Slower) y
High (8x Slower).
21.Hacer clic en OK.
22.En el cuadro SurfacesList se aparecer indicada la superficie
anteriormente agregada.
Nota: En caso de haber insertado alguna superficie no deseada, en el
cuadro Surface List, se puede seleccionar dicha superficie y hacer clic en el
botn

para as eliminarla.

23.Sin cerrar el cuadro de SurfacesList, ir al men Setup y seleccionar la

opcin Submit.
24.En el cuadro de SurfacesList se ha coloreado de amarillo un cuadro,
indicando as que ese mapa ha sido calculado correctamente. En caso
de que el cuadro no se coloree de amarillo, quiere decir que el
programa no pudo calcular dicho mapa.
25.Activar el cuadro amarillo, haciendo clic en l. De esta manera
aparecer el MEP de la molcula.
26.Hacer clic en cualquier parte del mapa.
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Pgina 19

27.En la parten inferior derecha de la pantalla aparecern varias

opciones: Dots, Mesh, solid y Transparent.
28.Seleccionar cada una de ellas por separado. Observndose lo
siguiente:
DOTS (PUNTOS)

MESH (RED)

SOLID (SLIDO)

TRANSPARENT (TRANSPARENT)

29.Las regiones azules corresponden a una deficiencia electrnica; en

cambio las regiones rojas corresponden a una concentracin
electrnica.

4.- CARGAS ATMICAS

Y ACIDEZ DEL CIDO ACTICO Y DERIVADOS.
Las cargas atmicas son parte importante en el lenguaje de la qumica
orgnica. Las distribuciones de carga indican donde se encuentran los
electrones en las molculas, y esto a su vez nos dice algo acerca de la
qumica de estas.
En esta prctica se calcularn las cargas atmicas del cido actico con el
fin de observar la variacin entre dos mtodos (cargas de Mulliken y las

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Pgina 20

obtenidas a partir del potencial electrosttico). Posteriormente se

correlacionar la carga del hidrgeno hidroxlico con la acidez de algunos
derivados monohalogenados del cido actico.

A).- Clculo de cargas y MEP del cido Actico.

1. Construir la molcula del cido actico.

2. Optimizar su geometra utilizando la opcin

EquilibriumGeometrycon el mtodo PM3 (Semi-Empirical).
3. Activar las casillas Elect. Charges y AtomicCharges.
4. Hacer clic en OK.
5. Obtener el MEP del cido usando la opcin Surfaces del men
Setup.
6. En el cuadro SurfacesListdar clic en Add y seleccionar density en
Surface y potential en Property.
7. Dar clic en OK y cerrar el cuadro.
8. Mandar el clculo con submit del men Setup.
9. Una vez terminado el clculo, dar clic en Properties del men
Display. Seleccionar cada tomo para conocer su carga y registrarla
en la tabla 1.
10.En el men Display, dar clic en la opcin Surfaces.
11.Activar el cuadro amarillo haciendo clic en l. De esta manera,
aparecer el MEP del cido actico.

Tabla 1.
Cargas de Mulliken y electrostticas del cido actico utilizando el
mtodo PM3.
Cargas
tomo
Mulliken
Potencial
Electrosttico
C1
C2
O1
O2
H1
H2
H3
H4
[Escribir texto]

Pgina 21

Cuestionario 1.
1. Las cargas obtenidas son qumicamente razonables? Explique.
2. Las diferentes tonalidades que aparecen en el MEP del cido actico
son congruentes con la distribucin de carga esperada? Explique.
3. Debera el hidrgeno del grupo hidroxilo ser ms positivo que los
hidrgenos del grupo metilo? Explique.
4. La carga del carbono del carbonilo tendra que ser positiva?
Explique.
5. Las cargas de Mulliken y las de potencial electrosttico siguen la
misma tendencia? Explique.

B).- Clculo de cargas y MEP de algunos derivados

monohalogenados del cido actico.
12.Para la realizacin de esta segunda parte de la prctica, repetir los
pasos 1 a 11 Para obtener la carga y los MEP de los cidos indicados
en la tabla 2.
13.Anotar la carga del hidrgeno hidroxlico obtenida en el punto
anterior.

Tabla 2.
Cargas del hidrgeno hidroxlico del derivados monohalogenados
del cido actico.
cido
pka
Carga del
Carga del
hidrgeno
hidrgeno
hidroxlico
hidroxlico
(Mulliken)
(Electrosttica)
CH3COOH
4.8
ClCH2COOH
2.8
Cl2CHCOOH
1.3
Cl3CCOOH
0.64
14.Trazar las grficas: pka vs carga de Mulliken, y pka vs carga
Electrosttica.

Cuestionario 2.

[Escribir texto]

Pgina 22

1. Qu conclusin obtiene al observar la grfica de pk a vs carga de

Mulliken en el hidrgeno del hidroxilo?
2. Qu conclusin obtiene al observar la grfica de pk a vs carga
Electrosttica en el hidrgeno del hidroxilo?
3. Explicar las tendencias observadas en los incisos anteriores
considerando la teora cido-base.
4. Podra existir alguna relacin entre el pk a del cido carboxlico y la
carga presente en el tomo de oxgeno de su correspondiente base
conjugada? Cmo demostrara usted esta aseveracin empleando la
qumica computacional?
5. Las diferentes tonalidades que aparecen en el MEP de los derivados
halogenados del cido actico son congruentes con la distribucin de
carga esperada? Explique.

5.- PROPIEDADES FSICAS

Y REA SUPERFICIAL MOLECULAR.
Las propiedades fsicas de los lquidos dependen de las fuerzas
intermoleculares existentes entre sus molculas. Entre las molculas
orgnicas
neutras
pueden
presentarse
las
siguientes
fuerzas
intermoleculares dipolo-dipolo, dipolo inducido-dipolo y dipolo inducidodipolo inducido. Las ltimas (fuerzas de dispersin de London) sern las ms
importantes al evaluar las propiedades en una serie homloga. La magnitud
de estas fuerzas depende de la polarizabilidad de la molcula, la cual su vez
depende del tamao molecular.

Por consiguiente, parece adecuado explorar la relacin entre el rea

superficial molecular y algunas propiedades fsicas tales como punto de
ebullicin y solubilidad.

A).- Punto de Ebullicin.

La tabla siguiente presenta los puntos de ebullicin de una serie homloga
de n-alcanos y n-alcoholes.
Compue
sto

Punto de
Eb. (oC)

Etano
Propano
Butano
Pentano
Hexano
Heptano
Octano
[Escribir
texto]
Nonano
Decano

n-Alcanos
-88.6
-42.1
-0.5
36.1
69
98.4
125.7
150.8
174.1

rea
Superfic
ial

Compue
sto

Punto
rea
de Eb.
Superfi
(oC)
cial
n-Alcoholes
Etanol
78.5
Propanol
97.4
Butanol
117.2
Pentanol
137.3
Hexanol
158
Heptanol
176
Octanol
194.4
Pgina 23
Nonanol
213.5
Decanol
229

Construir las molculas de la tabla anterior y optimizarlas. (Equilibrium

Geometry) usando el mtodo AM1, guardar con ayuda de SETUP y
haciendo clic en SUBMIT, escribir QSAR en Options en la parte inferior
derecha en Calculations.

Una vez terminado el clculo, dar clic en Output del men Display.
Registrar el rea de superficial que aparece bajo el subttulo Molecular
descriptors.

Trazar una grfica utilizando el punto de ebullicin en grados Celsius vs los

valores calculados de rea superficial.

Cuestionario 1.
1. Se observa alguna correlacin entre el rea superficial y el punto de
ebullicin en los alcanos?
2. Se observa alguna correlacin entre el rea superficial y el punto de
ebullicin en los alcoholes?
3. Debera observarse alguna correlacin? Explique.
4. Observa alguna tendencia al comparar ambas grficas?

B).- Solubilidad.
La tabla siguiente presenta la solubilidad de una serie homloga de 2alcanonas.
Compuesto
2propanona
2-butanona
2pentanona
[Escribir texto]

Solubilidad
(g/100mL H2O)
100

rea
Superficial

25.6
5.5

Pgina 24

Momento
Dipolar

2-hexanona
2heptanona
2-octanona

1.6
1.4
0

Construir las molculas indicadas en la tabla anterior y optimizarlas

(Equlibrium Geometry) usando el mtodo AM1 y escribir QSAR en
Options en la parte inferior derecha en Calculations. Registrar el rea
superficial y el momento dipolar que aparece en el archivo Output.
Trazar las grficas indicadas a continuacin, utilizando los valores obtenidos
de rea superficial y momento dipolar.

Cuestionario 2.
1. Explique la tendencia observada en las grficas.
2. Existe alguna correlacin entre el rea superficial de los compuestos
y su orden relativo de solubilidad?
3. Existen alguna correlacin entre el momento dipolar de los
compuestos y su orden relativo de solubilidad?
4. En cul de los dos casos los resultados computacionales predicen
mejor los datos experimentales? Explique.
5. Existen alguna correlacin entre la solubilidad de los compuestos
estudiados y su peso molecular? (Registrar este dato en Properties
del men Display y construir la grfica correspondiente).

[Escribir texto]

Pgina 25

6.- ANLISIS CONFORMACIONAL.

A).- Anlisis Conformacional del Butano.
La estereoqumica es la rama de la qumica que se ocupa de los aspectos
tridimensionales de las molculas. Los diversos arreglos de los tomos,
resultado de la rotacin en torno a un enlace sencillo, se llaman
conformaciones.
Una
conformacin
determinada
se
denomina
confrmero. En esta prctica se realizar un anlisis energtico de los
principales confrmeros del butano. Para esta molcula existen
conformaciones de tipo anti, gauche (oblicua) o eclipsada.

1. Construir la molcula de Butano.

2. Hacer clic en
.
3. Seleccionar, en orden consecutivo, cada uno de los carbonos que
forman parte del butano.
4. En la parte inferior derecha aparecer la cantidad de -180.00, que
corresponde al ngulo dihedro que forman estos tomos.
5. Reemplazar dicha cantidad por 180 y despus presionar Enter.
6. Hacer clic en
(restringir dihedro) y despus, en orden
consecutivo, en cada uno de los 4 carbonos.
7. Hacer clic en
(restriccin) que aparecer en la parte inferior
derecha de la pantalla.
8. Hacer clic en Properties, en el men Display.
9. Hacer clic sobre la lnea morada que aparece en medio de los
carbonos centrales.
10.Hacer clic en el cuadro blanco que esta junto a la Dynamic con el fin
de que seleccionar esta opcin.
11.Aparecern dos cuadros con el valor numrico de 180.00o. Dejar el
valor que se encuentra en el cuadro de la izquierda y el valor que
est en el cuadro de la derecha cambiarlo por 0 y despus presiona
Enter.
12.Cerrar el cuadro de Constraint Properties.
13.Hacer clic en Calculations en el men Setup.
14.En Calculate: escoger la opcin Energy Profile y donde dice with:
escoger Semi-Empirical y AM1.
15.Hacer clic en OK.
16.Grabar el archivo, de preferencia, con el siguiente nombre: Butano
AM1.
17.Hacer clic en OK.

[Escribir texto]

Pgina 26

18.Aparecern dos cuadros, uno de ellos indicar que los clculos han
comenzado y el otro indicar que los clculos han finalizado. Estos
clculos tardan en realizarse menos de un minuto.
19.Cerrar el archivo haciendo clic en Close en el men File.
20.Abrir el archivo Butano AM1.Profile1 que se gener en la misma
carpeta donde grab el archivo del paso 16.
21.Hacer clic en
o en su defecto, hacer clic en los botones
para visualizar el movimiento del enlace, para formar los distintos
confrmeros.
22.Hacer clic en
(alinear).
23.Seleccionar, uno a uno, tres tomos consecutivos. Por ejemplo,
los siguientes tres carbonos.

24.Hacer clic en
pantalla.
25.Hacer, de nuevo clic en
siguiente manera:

[Escribir texto]

que aparece en la parte inferior derecha de la

y las conformaciones se podrn ver de la

Pgina 27

Gauche

26.Visualizar a la molcula de butano desde diversas perspectivas y con

diferentes modelos: Por ejemplo, puede moverse la molcula para
que se asemeje una Proyeccin de Newman utilizando el modelo de
esferas y barras.

Cuestionario 1.
1. Explique por qu la conformacin eclipsada es menos estable que la
conformacin anti.
2. Esquematice la proyeccin de Newman para las conformaciones anti,
gauche y las dos eclipsadas del butano.
3. Por qu la conformacin gauche tiene un mnimo de energa en la
grfica observada? Explique.

[Escribir texto]

Pgina 28

B).- Construccin de la Grfica de Energa vs ngulo Dihedro para el

Anlisis Conformacional del Butano.
No todas las conformaciones escalonadas del butano tienen la misma
energa, como tampoco todas las conformaciones eclipsadas. En la molcula
de butano, al girar el enlace C2C3 se llega a una conformacin eclipsada en
que hay dos interacciones entre metilo e hidrgeno y una interaccin entre
hidrgeno e hidrgeno. Al continuar la rotacin del enlace, se llega a un
mnimo de energa en la conformacin escalonada en que los grupos metilo
forman un ngulo de 60o. Esta es la conformacin gauche.
Al construir la grfica de calor de formacin vs el ngulo dihedro del butano
se podr establecer la estabilidad relativa de los distintos confrmeros
respecto a la conformacin anti.
1. Construir la molcula de Butano.
2. Medir el ngulo dihedro utilizando la opcin Measure Dihedral, en el
men Geometry, o el botn
.
3. Cambiar el ngulo dihedro que aparece en la parte inferior derecha
de la pantalla (-180.00o) por 0o.
4. Forzar este ngulo dihedro haciendo clic en el botn
seleccionando los 4 tomos de carbono y por ltimo oprimiendo el
botn

5. Minimizar las interacciones de la molcula utilizando el botn

.
6. Mandar el clculo utilizando el mtodo Molecular Mechanics y
MMFF. Activar la opcin Constrains a la derecha de Subject to,
dentro del men Setup Calculations.
7. Registrar en la tabla 1 el valor de la energa que se encuentra
activando la opcin Properties del men Display.
8. Repetir los incisos 1 al 8 para los distintos ngulos dihedros
reportados en la tabla 1.
ngulo Dihedro
(Grad)
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180

[Escribir texto]

Energa
(Kcal/mol)

Pgina 29

Energa5
(KJ/mol)

9. Trazar la grfica colocando en el eje de las abscisas (x) los valores de

ngulo dihedro y en el eje de las ordenadas (y) el valor de Energa en
KJ/mol.

Cuestionario 2.
1. Explique el orden de estabilidad de los distintos confrmeros del
butano.
2. El orden de las energas relativas obtenidas de los principales
confrmeros del butano es similar al observado experimentalmente?
Explique.

_______________________________________________

1 cal= 4.184 J

C).- Anlisis Conformacional de Ciclohexanos Monosustituidos.

Un sustituyente en un anillo de ciclohexano (en la conformacin de silla)
puede ocupar una posicin ya sea axial o ecuatorial.

La conformacin de silla que tiene al grupo R en posicin ecuatorial es la

ms estable, puesto que dicho grupo no presenta interacciones 1,3
diaxiales.

[Escribir texto]

Pgina 30

En esta prctica, se analizar la estabilidad de los distintos ismeros

metilciclohexano, isobutilciclohexano, y terc-butilciclohexano calculando su
calor de formacin en Kcal/mol.

1. Construir los derivados monosustituidos del ciclohexano presentes en

la tabla 2. (Puede realizarse utilizando la opcin Rings de la pestaa
Entry).
2. Minimizar las molculas y mandar el clculo utilizando el mtodo
Semi-Empirical AM1.
3. Registrar el calor de formacin (Energa) en la tabla 2 haciendo clic en
el men Display y en la opcin Properties.

Tabla 2. Calores de Formacin y Energas Relativas de Algunos

Derivados Monosustituidos del Ciclohexano.
Sustituye
nte

Calor de
Formacin
(Kcal/mol)
Axial
Ecuato
rial

Energa Relativa
(Kcal/mol)
Axial

Metilo
Isobutilo
terc-Butilo

[Escribir texto]

Pgina 31

Ecuatori
al

Energa Relativa
Experimental
(Kcal/mol)

Cuestionario 3.
1. Qu posicin (axial o ecuatorial) presenta menos interacciones
estricas? Explique.
2. Los valores tericos se acercan a los experimentales? El orden de
energa relativa es igual en ambos casos? Explique.

D).- Anlisis Conformacional de Ciclohexanos Disustituidos.

El impedimento estrico entre sustituyentes en posiciones axiales es
especialmente fuerte cuando hay sustituyentes grandes en tomos de
carbono que tienen relacin 1,3 diaxial.
En la siguiente parte se analizar la estabilidad de los diversos ismeros, cis
y trans, para algunos derivados 1,2 y 1,4 disustituidos del ciclohexano.
1. Construir los derivados disustituidos del ciclohexano indicados en la
tabla 3.
2. Minimizar las molculas y mandar el clculo utilizando el mtodo
Semi-Empirical AM1.
3. Registrar el calor de formacin en la tabla 3 haciendo clic en el men
Display y en la opcin Properties.

Tabla 4. Calores de Formacin para los Principales Confrmeros de

1,2 y 1,3 Derivados Disustituidos del Ciclohexano.

Sustituyente

trans-1,2dimetilciclohexano
trans-1,4dimetilciclohexano
cis-1-ter-butil-4metilciclohexano

Calor de
Formacin
(Kcal/mol)

Energa
Relativa
(Kcal/mol)

(a,a)

(e,e)

(a,a)

(e,e)

(a,a)

(e,e)

(a,a)

(e,e)

(a,e)

(e,a)

(a,e)

(e,a)

Energa
Relativa
Estimada
(Kcal/mol)
(a,a)
(e,e)
3.6
0.9
(a,a)
(e,e)
3.6
0.0
(a,e)
(e,a)
5.4
1.8

Cuestionario 4.
1. Indicar en cada par, cul confrmero es ms aceptable. Explique.
[Escribir texto]

Pgina 32

2. Comparar el valor de energa obtenido con el estimado. Explicar las

diferencias observadas.

7.- REACCIN SN2 ENTRE BROMURO Y CLORURO DE METILO.

1. Construir Cloruro de Metilo.

2. Oprimir el botn Insert, que aparece en la parte inferior derecha de
la pantalla.
3. Seleccionar Br del grupo de molculas y dar clic en cualquier parte
del rea de edicin.
4. Aparecern dos fragmentos: cloruro de metilo y bromuro de
hidrgeno.
5. Borrar la valencia libre del bromo con el botn

6. Hacer clic en
.
7. Manipular los fragmentos de tal forma que el bromuro quede en
posicin de atacar al tomo de carbono del cloruro de metilo. Para
mover un solo fragmento en la pantalla, primero seleccionarlo y a
continuacin mover el ratn mientras se oprime la tecla Ctrl y el
botn derecho de ste.
NOTA: Estos movimientos slo funcionan cuando est activado el icono
8. No minimizar el sistema.
9. Dar clic en
los fragmentos debern aparecer orientados de la
siguiente manera:

10.Seleccionar
, despus el bromuro y, mientras se presiona la tecla
Shift, hacer clic de nuevo en el bromuro (oprimir bromuro Shift,
bromuro Shift) y luego en el tomo de carbono.

[Escribir texto]

Pgina 33

NOTA: Deber aparecer una flecha curva que sale del bromuro y apunta al
carbono.
11.Una vez que aparece la flecha curva hacer clic en el enlace C-Cl y
despus en el cloro.
12.Deber observarse lo siguiente:

13.Oprimir el botn
pantalla).

(se encuentra en la parte inferior derecha de la

NOTA: No mover ni girar las molculas mientras el programa este corriendo.

Se puede hacer movimientos despus de que aparezcan las palabras No
Match en la parte inferior derecha de la pantalla.

En este momento se visualizar una estructura propuesta para el estado de

transicin.

14.Hacer clic en
, y luego en el enlace C-Br.
15.En la parte inferior derecha de la pantalla aparecer 1.935 .
Reemplazar esta distancia por 3.8 (3.8 ) y presione Enter.
16.Seleccionar

[Escribir texto]

, y despus el enlace C-Br.

Pgina 34

17.Oprimir
ubicado en la parte inferior derecha de la pantalla.
18.Ir a la opcin Properties, ubicada en el men Display.
19.Hacer clic sobre la marca presente en el enlace C-Br.
20.Activar la casilla ubicada junto a la palabra Dynamic.
21.Aparecern dos cuadros con el valor numrico de 3.8 . El de la
izquierda dejarlo con este valor, pero el de la derecha borrarlo y
escribir 1.9. Despus presionar Enter.
22.Cerrar el cuadro de Constraint Properties.
23.Hacer clic en Calculations en el men Setup.
En Calculate: escoger la opcin EnergyProfile y donde dice with:
escoger Semi-Empirical y AM1.
Donde dice Compute: elegir las tres opciones; E. Solvation,
Frequencies y Elect. Charges.
Adems, en Total Charge: elegir la opcin Anion.
Dar OK.
24.Ir al men Setup, y seleccionar la opcin Submit.
25.Guardar el archivo con el nombre: Bromuro+Cloruro_Metilo_AM1.
26.Si todos los pasos anteriores se han realizado correctamente,
aparecern los cuadros que indican que los clculos han comenzado y
terminado.
27.Cerrar el archivo en uso.
28.Abrir el archivo Bromuro+Cloruro_Metilo_AM1.Profile1 que se
gener en la misma carpeta donde se grab el anterior.
29.Hacer clic en
o en su defecto, hacer clic en los botones
para visualizar la reaccin. Esta deber verse como indica la imagen.
30.Dar clic en
, seleccionar los tres hidrgenos y presionar el botn
Align, ubicado en la parte inferior derecha de la pantalla. Hacer clic
en
.
31.Seleccionar Spreadsheet, del men Display. Hacer clic en el cuadro
a la derecha de Molecule Name y luego en el botn
.
32.Escoger la opcin E de la lista y kcal/mol. Oprimir OK. Deber
aparecer una lista con las energas de las molculas.
33.Hacer clic en
, seleccionar el enlace C-Br. Oprimir el botn
en la
parte inferior derecha de la pantalla. En el cuadro de Spreadsheet
deber aparecer ahora una columna con nmeros con el nombre
Length (Con1). Dar clic en

[Escribir texto]

Pgina 35

34.No cerrar el cuadro de Spreadsheet y seleccionar Properties del

men Display. Despus seleccionar el tomo de bromo. Aparecern
tres tipos de cargas. Hacer clic en el botn , que aparece a la
izquierda de la palabra Electrostatic. En el cuadro de Spreadsheet
deber aparecer ahora una nueva columna que tenga como ttulo
Electrostatic (Br1).
35.Ir al men Display y escoger Plots
36.Seleccionar para X Axis la opcin Length (Con1).
37.Seleccionar para Y Axes las opciones E (kcal/mol) y Electrostatic
(Br1).
38.Hacer clic en OK.
39.Deber aparecer lo siguiente:

[Escribir texto]

Pgina 36

40.Para visualizar la reaccin dar clic en el botn

o en

8.- ADICIN DE CARBENOS A ALQUENOS.

Los carbenos en estado singulete se adicionan a los alquenos para dar

ciclopropanos. Estos carbenos presentan un HOMO en el plano de la
molcula y un LUMO fuera de este plano, como indica la figura siguiente:

LUMO

HOMO

Es claro que resulta ms favorable para LUMO del carbeno interaccionar con
el sistema de la olefina. Sin embargo, esto conduce a un producto con la
geometra incorrecta, por consiguiente, el carbeno se debe torcer 90
durante el curso de la reaccin.

[Escribir texto]

Pgina 37

En este ejercicio, se utilizar el modelo HF 3-21G para encontrar el estado

de transicin y analizar el movimiento de los fragmentos.
1. Dar clic en New del men File y construir al Eteno de la manera
usual.
2. Seleccionar el carbono sp3. Dar clic en el botn Insert y en la parte
inferior derecha de la pantalla. Adicionar F en dos de las valencias
libres del carbono sp3. Dar clic en

y en las dos valencias libres

del carbono sp3. Finalmente, dar clic en

.
3. Manipular los fragmentos de tal forma que el carbeno quede en la
posicin adecuada para adicionarse al eteno.
4. Para realizar estos movimientos deber seleccionar primero el
fragmento, despus mover el ratn mientras se mantiene presionado
uno de sus botones y la tecla Ctrl.

5. Dar clic en
. Hacer clic en el fragmento CF2 y luego, manteniendo
presionada la tecla Shift, dar clic en el carbono de CF2 y luego en uno
de los carbonos del eteno.
6. Despus hacer clic en el doble enlace, mientras presiona la tecla
Shift, dar clic en el otro carbono del eteno y finalmente en el carbono
CF2.
7. Una segunda flecha se agregar a la estructura. Dar clic en
la
parte inferior de la pantalla. Aparecer una estructura propuesta para
el estado de transicin.

[Escribir texto]

Pgina 38

8. Entrar al cuadro de dilogo de Calculations en el men Setup y

especificar Transition State-Geometry usando el modelo HartreeFock 3-21G*. Seleccionar Frecuencies a la derecha de Compute. Esto
permitir examinar el movimiento a lo largo de la coordenada de
reaccin. Clic en Submit, nombrar el trabajo como
difluorocarbeno+eteno_3-21G.
9. Cuando el clculo termine, examinar la estructura del estado de
transicin, podra describirlo como parecido a reactivos?, a
productos? Seleccionar Vibrations del men Display. Dar clic en la
frecuencia imaginaria que aparecer en la parte superior de la lista
de frecuencias. Con esto se observar la animacin que muestra la
reorientacin del carbeno cuando se aproxima al doble enlace.
10.Calcular la energa de optimizacin del producto (1,1difluorociclopropano) y de los reactivos (eteno y difluorocarbeno)
utilizando el Hartree-Fock 3-21G*.
11.Construir una tabla con los valores obtenidos.

Energas (Hartrees)
3-21G*

Energas de R, TS y P

Difluorocarbeno
Eteno
Estado de Transicin
1,1Difluorociclopropano
12.Trazar un diagrama de energa vs el avance de la reaccin.

CONTROL TERMODINMICO vs CONTROL CINTICO.

INTRODUCCIN.

[Escribir texto]

Pgina 39

Las reacciones qumicas pueden dar diferentes productos dependiendo de

las condiciones bajo las cuales se lleven a cabo. Las temperaturas altas y
tiempos de reaccin prolongados se favorece la formacin del producto ms
estable (producto termodinmico), mientras que a bajas temperaturas y
tiempos de reaccin cortos se favorece la formacin del producto ms fcil
obtener (producto cintico). Por ejemplo, en la reaccin de Diels-Alder entre
el ciclopentadieno y el anhdrido maleico, se obtiene el producto cintico es
el aductoendo, mientras que el producto menos impedido estricamente, el
aductoexo, es el producto termodinmico.

En el presente experimento el alumno obtendr el perfil de energa para las

reacciones que llevan a ambos aductos, endo y exo, empleando el mtodo
semiemprico PM3. Posteriormente, se recalcularn los puntos estacionarios
obtenidos (reactivos, estados de transicin y productos) usando el mtodo
de Hartree-Fock 3-21G* para obtener una mejor estimacin de las energas
de activacin.

PROCEDIMIENTO.
A).- OBTENCIN DE LA GRFICA DE ENERGA DE ACTIVACIN DE LOS
ADUCTOS ENDO Y EXO.
1. Construir el aducto exo Diels-Alder del ciclopentadieno y el anhdrido
maleico y minimizar.

[Escribir texto]

Pgina 40

2. Seleccionar Constrain Distance ubicado dentro del men Geometry (o

dar clic en el icono

localizado en la barra de herramientas),

despus dar clic al enlace a y dar clic en el icono

el cual se
encuentra colocado en la parte inferior derecha de la pantalla (este se
ver as
figura 1).

), despus realizar lo mismo para el enlace b, (Ver

Marca de los

enlaces a y b

Figura 1. Al finalizar este paso se ver algo

as en la pantalla.

3. Seleccionar la opcin Properties del men Display, hacer clic en la

marca del enlace a (ver figura 1); aparecer el cuadro de dilogo
Constrain Properties, en el cual se encuentra evaluado la coaccin
de la distancia del enlace a en la parte derecha del cuadro (Value
1.54), cambiar este valor por 1.5 y presionar Enter, dar clic al
cuadro blanco que se encuentra ubicado en la parte izquierda de
Dynamic (ver figura 2).

[Escribir texto]

Pgina 41

Valor a cambiar

Figura 2. Cuadro de dialgo Constraint Properties

4. Aparecer un cuadro como el de la figura 3 en el cual se cambiar el

segundo valor que aparece despus de la palabra to por 3.5, se
presiona Enter y se cierra el cuadro.

Valor a
cambia
r

Figura 3. Segundo cuadro de dialogo de Constraint Properties

5. Se realiza lo mismo para el enlace b.

6. Una vez realizado esto para ambos enlaces se enva el clculo
seleccionando la opcin EnergyProfile del men Calculate, y SemiEmpirical con PM3 (figura 4), presionar OK, mandar el clculo con
la opcin Submit y guardar el trabajo con el nombre
ciclopentadieno+anhdridomaleico endo_PM3 (esperar a que
aparezcan 2 cuadros, uno indicando que los clculos han comenzado
y otro que indicaran que ha terminado).

[Escribir texto]

Pgina 42

Figura 4. Cuadro de dialogo Calculations

7. Una vez terminado el clculo cerrar el archivo y abrir el creado por el

clculo bajo el nombre ciclopentadieno+anhdridomaleico
endo_PM3.Profile1, el cual contiene la animacin con los 10 pasos
solicitados.
8. Ir al men Display y elegir la opcin Spreadsheet (figura 5),
aparecer un cuadro como se muestra en la figura 6 y dar clic en Add
seleccionar la opcin E de la lista y Kcal/mol en la opcin Energy del
men, dar clic en OK (aceptar) (figura 7). Deber aparecer una lista
con las energas de las molculas.

Figura 5.
Figura 7. Cuadro de dialogo

Figura 6. Cuadro de dialogo Spreadsheet

9. Hacer clic en
, seleccionar uno de los dos enlaces C-C que varan
en su perfil de energa (figura 8).

[Escribir texto]

Pgina 43

Figura 8. Muestra el enlace seleccionado C-C.

10.Oprimir el botn , que est ubicado en la parte inferior derecha de

la pantalla. En el cuadro de Spreadsheet deber aparecer ahora una
columna con nmeros con el nombre Length (Con1) o Distance (C5,
C6) (figura 9). Dar clic en

Figura 9. Cuadro de dialogo Spreadsheet, mostrando las columnas.

11.Cerrar el cuadro de Spreadsheet y seleccionar Plots del men

Display.
12.Seleccionar para X Axis la opcin Length (Con1) o Distance (C5,
C6).
13.Seleccionar para Y Axes la opcin E (kcal/mol).
14.Hacer clic en OK (aceptar).

15.Deber aparecer lo siguiente:

[Escribir texto]

Pgina 44

16.Para visualizar la reaccin dar clic en el botn

o en
.
17.Una vez obtenido esto, generar una nueva copia bajo el nombre de
ciclopentadieno+anhdrido_maleico_endo3-21G.
18.Mandar el clculo con Single Point Energy en la parte de Calculate
usando Hartree-Fock3-21G(*). OK y Submit.
19.Cuando se haya completado, realizar lo mismo que en los pasos 8 al
14.
20.Realizar lo mismo para el aductoendo.
21.Abrir los dos archivos en la misma pantalla y contestar lo siguiente:
Cul es el producto cintico y cul es el termodinmico?

B).- OBTENCIN DEL GRFICO DE ENERGA DE ACTIVACIN PASO A PASO.

1.
2.
3.
4.

Construir la molcula del ciclopentadieno.

Optimizar su geometra con Semi-Empirical PM3.
Mandar el clculo con Submit.
Realizar lo mismo para las molculas de anhdrido maleico, y los dos
aductos endo y exo.
5. Para obtener la energa de los estados de transicin deber abrir los
archivos Profile que contiene la grfica de cada aducto.
6. Una vez hecho esto, colocar en el punto mximo la bolita que seala
la energa en la grfica, despus borrar el grfico.
7. Hacer un guardar como con extensin .pdb
8. Ese mismo archivo cerrarlo y abrirlo con PC Spartan
9. Mandar el clculo con Transition State Geometry en la parte de
Calculate con Semi-Empirical PM3.
10.Activar la casilla Frecuencies en Compute.
11.En Print Vibrations Modes.
12.Dar OK y mandar el clculo con Submit.
13.Al finalizar los clculos llenar la siguiente tabla:
[Escribir texto]

Pgina 45

Energas de R, TS
y P (kcal/mol)
Ciclopentadieno
Anhdrido maleico
TS endo
TS exo
Aductoendo
Aductoexo

Energas Relativas6 de
R, TS y P (kcal/mol)
0.0

14.Trazar una grfica como se muestra a continuacin:

Donde:
El 1 corresponder a la energa relativa de los reactivos (R).
El 2 corresponder a la energa relativa de los TS (Estado de Transicin).
El 3 corresponder a la energa relativa de los productos (P).
15.Trazar los perfiles de energa de reaccin correspondientes al
aductoendo y al exo en la misma grfica. Mediante esta grfica se
podr establecer cul es el producto termodinmico (ms estable) y
cual el cintico (de menor energa de activacin).

--------------------------------------------6
Este se obtendr a partir de la suma de la energa de reactivos, el resultado se le restar al resto de las
energas incluyendo a s misma para que los reactivos tengan energa de 0.

[Escribir texto]

Pgina 46

DIENFILOS EN LA REACCIN DE DIELS-CARBOXLICOS.

INTRODUCCIN.
La reaccin comn de Diels-Alder involucra dienos ricos en electrones y
dienfilos (alquenos) deficientes de electrones.

La rapidez de la reaccin se incrementa al aumentar la capacidad electrodonadora de los grupos presentes en el dieno, y con el aumento del
poder -electroatractor de los sustituyentes unidos al dienfilo. Lo anterior
puede explicarse considerando que los grupos donadores aumentan la
energa del orbital molecular ms alto ocupado (HOMO), mientras que los
grupos aceptores disminuyen la energa del orbital ms bajo desocupado
(LUMO), de acuerdo a la teora de las orbitales fronteras (FMO). De esta
manera, al reducirse la diferencia HOMO-LUMO, aumenta la estabilizacin
del sistema.

Con el propsito de comprobar la hiptesis anterior, en este experimento se

examinar la posible correlacin entre la rapidez de reaccin y la energa
del LUMO de los respectivos dienfilos.

PROCEDIMIENTO.
1. Construir y optimizar las siguientes molculas (1-6), empleando el
mtodo Semi-Empirical AM1.

[Escribir texto]

Pgina 47

2. Recalcule cada molcula usando la opcin Single Point y el mtodo

Hartree-Fock3-21G(*).

3. Dar clic en Properties del men Display. Registre la energa de

LUMO (en la tabla 1) que aparece en el cuadro de dilogo.

[Escribir texto]

Pgina 48

VALOR A
REPORTAR

Tabla 1. Presenta la rapidez relativa de la cicloadicin de DielsAlder del ciclopentadieno con varios etenos ciano-sustituidos.
DIENFILO
(1) Acrilonitrilo
(2) trans-1,2dicianoeteno
(3) cis-1,2dicianoeteno
(4) 1,1-dicianoeteno
(5) tricianoetileno
(6) tetracianoetileno

RAPIDEZ
RELATIVA
1
81

ENERGA DE
LUMO

91
4.55 x 104
4.80 x 105
4.30 x 107

4. Trace una grfica utilizando las energas calculadas para LUMO vs log
de las constantes de rapidez relativas.

5. Se observa una correlacin razonable?

[Escribir texto]

Pgina 49