Estrategias Catalticas de las Enzimas

ESTRATEGIAS CATALTICAS DE LAS ENZIMAS

INTRODUCCIN
Los principios de la termodinmica ayudan a predecir si una reaccin puede ocurrir o no, pero no
indican nada acerca de la velocidad de esa reaccin. El desdoblamiento de la glucosa, por ejemplo,
es una reaccin exergnica, pese a lo cual una solucin de dicho azcar se conserva por tiempo
indefinido en un frasco si se mantiene libre de bacterias y mohos, adems de no someterla a
temperaturas altas ni cidos o bases fuertes.
Las clulas no pueden esperar siglos para que las molculas de glucosa se desdoblen en forma
espontnea, ni tampoco pueden utilizar condiciones extremas para hidrolizarlas. Las clulas regulan
las reacciones qumicas con enzimas, que son catalizadores protenicos que modifican la velocidad
de las reacciones qumicas sin consumirse en stas.
Las clulas requieren la liberacin constante de energa, y deben ser capaces de regularla para
satisfacer las necesidades energticas del metabolismo. El metabolismo suele proceder en una
sucesin de pasos, de modo que una molcula experimenta hasta 20 o 30 transformaciones qumicas
antes de alcanzar algn estado final. Incluso entonces, la molcula al parecer definitiva puede pasar
a otro mecanismo metablico y ser transformada por completo o consumirse en la produccin de
energa. Las necesidades cambiantes de las clulas hacen necesario un sistema de control
metablico flexible. Los directores clave de este sistema de control son las enzimas.
La catlisis enzimtica comienza con la unin del sustrato. La formacin del complejo enzimasustrato es favorecida termodinmicamente porque hay un cambio negativo en la energa libre
durante la formacin del complejo, debido a que se crea un gran nmero de interacciones dbiles
entre la enzima y el sustrato. Se puede prever que sta energa de unin sirve para dos propsitos:
Establecer la especificidad del sustrato y aumentar la eficacia cataltica. Slo el sustrato correcto
puede participar en la mayor parte de las interacciones con la enzima, potenciando as la energa de
unin, lo que explica la alta especificidad por el sustrato exhibida por muchas enzimas. Adems, el
complemento perfecto para dichas interacciones solamente se forma cuando el sustrato se encuentra
en el estado de transicin. De este modo, las interacciones entre la enzima y el sustrato no slo
favorecen la unin del sustrato, sino que tambin estabilizan al estado de transicin, disminuyendo
as la energa de activacin. La energa de unin puede promover tambin cambios estructurales,
tanto en la enzima como en el sustrato, los que favorecen la catlisis, en un proceso denominado
ajuste inducido.
Para esto en este informe vamos a explicar las diferentes estrategias que las enzimas utilizan para
catalizar reacciones especficas, algunos ejemplos de stas y describiendo los respectivos
mecanismos.

LISOZIMA

Estrategias Catalticas de las Enzimas

La lisozima fue descubierta por Fleming como

agente antibacteriano del moco nasal. Se encuentra
en muchos tejidos y secreciones corporales y
abunda en la clara de huevo. Interviene en la
defensa natural contra las infecciones. Su nombre
se debe a su accin ltica sobre las clulas
bacterianas.Carece de actividad como proteasa,
quinasa, amilasa, lipasa o fosfatasa1
Las lisozimas constituyen una sper familia de
protenas, las mismas que estn clasificadas como
protenas alfa + beta. Cada molcula de lisozima es
una cadena polipeptdica simple. Existen varios
tipos de lisozimas2
La lisozima de la clara del huevo (CGH) es la que
se ha estudiado con ms profundidad y en la que
mejor se conoce su mecanismo de accin. Es una
protena pequea con un peso molecular del alrededor 14, 7 kDa. Cuya cadena polipeptdica
presenta 129 residuos de aminocidos y tiene cuatro enlaces cruzados internos de disulfuro. Fue la
primera enzima analizada con alta resolucin gracias al trabajo de Phillips en 1965, la cadena
polipeptdica se pliega en dos dominios: unos de ellos contiene alfa- hlice y el otro una hoja betaantiparalela formada por tres hebras. 2,3
La lisozima rompe polisacridos de la pared celular de ciertas bacterias, las que estallan por falta de
soporte mecnico o por la presin osmtica intracelular. El polisacrido de la pared celular
bacteriana

est formada por dos clases de azucares: La N- acetilglucosamina (NAG) y N-

acetilmuramato (NAM), ambos derivados de la glucosamina. stos estn unidos por enlaces Glucosdicos entre el C-1 de un azcar y el C-4 del otro. La lisozima hidroliza el enlace entre C.1
de NAM y C-4 de NAG. Los otros enlaces glucosdicos entre C-1 de NAG y C-4 de NAM no son
rotos.1
PROCESO CATALTICO:

Estrategias Catalticas de las Enzimas

La reaccin catalizada por la lisozima, la hidrolisis
de un glucsido, es la conversin de un acetal en
hemiacetal. La hidrolisis no enzimtica del acetal es
una reaccin catalizada por acido que involucra la
protonacin de un tomo de oxigeno reactante
seguido por el corte de su enlace C-O. Esto produce
la formacin de un carbocatin estabilizado por
resonancia que se denomina ion oxonio. Luego el
ion oxonio agrega agua para formar el hemiacetal y
regenerar el catalizador acido.2
Los nicos grupos funcionales en la vecindad
inmediata del centro de reaccin de la lisozima que
tiene propiedades catalticas requeridas son las
cadenas laterales Glu 35 y Asp 52, residuos invariables en la familia de las lizosimas de las que el
prototipo es la lisozima (CHG).2
Mecanismo de Phillips
1. La lisozima se adhiere

a la pared celular de la bacteria fijando en el centro activo un

hexascarido con la alternancia NAG-NAM-NAG-NAM-NAG-NAM. En el cuarto residuo D

(NAM) se distorsiona hacia una conformacin de media silla, en respuesta a que de otro modo se
producirn contactos desfavorables entre el grupo CH2OH (del C6) y la protena.
2. El glutamato 35

transfiere su protn al O-1 de su

anillo D polar (catlisis acida), en

consecuencia, el enlace CI-O1 se corta, lo que genera un ion oxonio estabilizado por resonancia al
C1.
3. El grupo carboxilo ionizado de Aspartato 52 acta para estabilizar el ion oxonio mediante
interacciones entre las cargas( catlisis electrosttica). Al parecer este carboxilato no puede formar
un enlace covalente con el sustrato, porque la distancia de 3 entre el C1 y tomo de O del
carboxilo del Asp 52 es mucho mayor que los 1,4 de longitud de un enlace covalente C-O. es
decir la reaccin paree producirse por medio de un mecanismo de sustitucin nucleoflica
unimolecular para generar un ion oxonio, no por medio de un mecanismo que implica la formacin
transitoria de un enlace covalente C-O a la enzima. La reaccin de corte del enlace se facilita por la
tensin en el anillo D que lo distorsiona hacia la conformacin planar de media silla.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

4. La enzima libera el anillo E hidrolizado con su correspondiente polisacrido unido, que rinde un
intermediario glucosil-enzima, catinico, no covalente. Posteriormente el carbanin adiciona
unin hidrxilo procedente del agua de la solucin, y se puede de esta manera protonar al mismo
tiempo el Glu 35. Entonces la enzima libera en producto anillo D que esta adherido al sacrido,
mientras se completa el ciclo cataltico.
El pH tiene influencia en este mecanismo de catlisis porque cuando este aumenta el Glu se ioniza,
mientras que si el pH disminuye es el Asp el que se protona (2)

Estrategias Catalticas de las Enzimas

RIBONUCLEASA A.
Una enzima muy bien conocida en sus relaciones estructurafuncin llamada Ribonucleasa pancretica (RNAasa A). Es una
protena muy pequea, tiene un peso molecular de 13700 daltons,
es estable en un amplio margen de pH y

posee remarcada

resistencia al calor en disoluciones ligeramente acidas, aunque es

fcilmente inactiva con lcali. No acta sobre el ADN y es
fuertemente angnica4.
Se trata de una enzima que hidroliza polirribonucletidos en los
enlaces Py-X, siendo Py un nucletido pirimidnico (C, U) y X
cualquier otro nucletido. La enzima consta de una sola cadena de
124 aminocidos, que ha sido cocristalizada con un tetradesoxinucletido (ATAA) que ocupa
parcialmente el centro activo de la enzima:
En el sitio cataltico encontramos tres aminocidos dibsicos: His 12, Lys 41, e His 119. Los
residuos His 12 e His 119 estn alrededor del enlace escindible, de cuyo lado 3' hay un nucletido
pirimidnico; puede apreciarse que en la estructura proteica en torno a este residuo, slo puede
alojarse una pirimidina (una purina sera demasiado grande): La enzima presenta cuatro puentes
disulfuro que estabilizan su estructura terciaria 4.
MECANISMO CATALTICO
La accin cataltica de la ribonucleasa pancretica se debe a tres aminocidos absolutamente
conservados: His 12, His 119 y Lys 41. No est an bien determinado el papel de esta ltima, pero
la accin de los dos residuos de histidina ilustra cmo este aminocido se comporta a la vez como
cido y como base4.
As, en el estado basal de la enzima, el Centro Activo consta de esos tres aminocidos, de tal
manera que la His 12 aparece como base y la His 119 como cido (protonada, imidazolio) 4.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

A esta configuracin se une el substrato que sera un polirribonucletido; en este caso se representa
nicamente el dinucletido UA. La RNAasa pancretica hidroliza enlaces en los que del lado 3' hay
un nucletido pirimidnico (U o C) dando lugar a una rotura tipo b, es decir, dejando el fosfato
unido al 3' del enlace escindido4.
Cuando se forma el Complejo Enzima-Substrato el polinucletido se aloja en un surco de la
molcula, segn vimos anteriormente, el cual est flanqueado por los tres aminocidos del centro
activo, segn se indica en el modelo4.

A continuacin la His 12 captura un protn del grupo 2'OH del nucletido pirimidnico, el cual lleva
a cabo un ataque nucleoflico sobre el substrato de manera que se forma el Estado de transicin
inestable (con P pentacovalente), al tiempo que la His 119 cede su protn al oxgeno en 5' del enlace
atacado; el estado de ionizacin de las histidinas es justo el contrario que el visto en el estado basal
de la enzima4.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

Este estado de transicin se resuelve con la Liberacin del primer producto (3'-AMP)
quedando unido a la enzima el nucletido cclico 3',5' UMP.
Entra entonces al centro activo una molcula de agua, que es el segundo substrato de la
reaccin4.

La histidina 119 sustrae uno de los dos protones del agua, que queda convertida en un ion
hidroxilo, que a su vez ataca al fosfato cclico, dando lugar al Estado de transicin 2.

ste se resuelve rompindose el enlace entre el

fosfato y el oxgeno que sustituye al carbono 2' de la ribosa, el cual recibe a su vez el

Estrategias Catalticas de las Enzimas

protn de la histidina 12, para dar lugar a la liberacin del segundo producto, que es el
nucletido 3',5' uridinbisfosfato4.

CARBOXIPEPTIDASA A.
I.

Generalidades

Es una enzima digestiva secretada en el jugo pancretico que hidroliza el enlace peptdico
carboxiterminal en las cadenas polipeptdicas 1.
La hidrlisis se produce ms fcilmente en el residuo carboxiterminal que tiene una cadena lateral
aromtica o una cadena aliftica. Esta enzima contiene regiones y la hoja plegada 1.
La carboxipeptidasa A cataliza la hidrolisis del enlace peptdico carboxiloterminal de la cadena
polipeptdica. La hidrlisis es ms fcil si el residuo carboxlico terminal tiene una cadena lateral
aromtica o una cadena lateral aliftica voluminosa 1.
La Carboxipeptidasa A es una enzima proteoltica que cataliza la ruptura del enlace peptdico,
denominada, proteinasa. Segn el grupo funcional en el sitio activo, es posible clasificarla como
una metaloenzima, llamada as ya que los iones unidos actan de una forma muy parecida a las
coenzimas, confirindole una propiedad que no poseera en su ausencia 1.
Es as que la Carboxipeptidasa A lleva a cabo la hidrlisis del enlace peptdico con la ayuda de
metales, generalmente Zn+2, unidos a su sitio activo, este ion acta como una catalizador metlico
para las reacciones hidrolticas, adems participa en la estabilizacin como intermediario de la
hidrlisis de una forma muy similar a la accin de la serina en la quimiotripsina 1.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

La CarboxipeptidasaA debido a su funcin tambin constituye una exopeptidasa ya que cataliza la
remocin del aminocido situado en el extremo carbonilo del sustrato, siendo especfica para
aminocidos voluminosos1.
II.

Estructura de sitio activo de la Carboxipeptidasa A

El sitio activo consta de un surco poco profundo en la superficie de la enzima que conduce a una
bolsa profunda, forrada con cadenas laterales alifticas y polares y partes de la cadena polipeptdica
para fijar el aminocido C-terminal1.
La cadena lateral de este residuo es conformacionalmente muy mvil. La cadena lateral fenlica
puede rotar alrededor del enlace C -C y un 80% de su densidad electrnica en el mapa de la
estructura cristalina se encuentra en una orientacin en la superficie de la molcula apuntando hacia
la solucin1.
A partir de la estructura del complejo de la enzima con glicil-L-tirosina, se ha extrapolado un
modelo para la fijacin de los sustratos. Las restantes caractersticas del complejo se han utilizado
en la construccin del modelo para la fijacin productiva:
La cadena lateral aromtica se fija en la bolsa de fijacin; el ion carboxilato del C-terminal forma
un enlace salino con la Arg-145; el oxgeno carbonlico del enlace escindible se constituye en el
cuarto ligando del ion zinc; y el oxgenofenolito de la Tyr-248 se encuentra a 3 A del enlace
escindible despus de que la cadena lateral haya girado 120 desde su orientacin predominante en
la enzima libre1.
III.

Mecanismo de accin cataltica:

Hay una adaptacin inducida del centro activo cuando se une al substrato. La enzima es una
cadena polipeptdica de 307 residuos de aminocidos. Tiene un ion Zn 2+ fuertemente unido, que
esencial para la actividad enzimtica y que est localizado en un surco de la superficie de la
molcula donde coordina a dos cadenas laterales de histidina, a una cadena lateral de glutamato
y a una molcula de agua. La cadena lateral del residuo terminal del substrato se acomoda en un
gran bolsillo cerca del ion Zn2+.
De los estudios de rayos X y qumicos realizados por varios investigadores, se puede inferir un
posible mecanismo cataltico de la carboxipeptidasa A. Hay tres grupos fundamentales en la
catlisis: el in Zn, el grupo guanidina de la arginina 127 y el grupo carboxilo del glutamato
270. El tomo de carbono carbonilo es atacado por el carboxilato del glutamato 270. Se forma
un anhdrido carboxlico intermediario que facilita el ataque del enlace por una molcula de
agua unida al Zn2+.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

La molcula de agua altamente polarizada transfiere un protn al grupo NH escindiendo el enlace.
Alternativamente, la molcula de agua puede atacar directamente el carbono carbonlico del
enlace1.
La polarizacin del grupo carbonlico por el Zn 2+ facilita el ataque, sea por el glutamato 270 o la
molcula activada de agua. La induccin de un dipolo es impulsada por el ambiente no polar del
ion Zn, el que incrementa su carga. De este modo, carboxipeptidasa A acelera la catlisis
induciendo una tensin electrnica en el substrato. An ms, la carga negativa del oxgeno en el
intermediario tetradrico es estabilizada por la arginina 127 positivamente cargada. 1

SERINPROTEASAS
Enzimas que tienen serina en su sitio activo. Las enzimas proteolticas o proteasas
catalizan la hidrlisis de los enlaces peptdicos de las protenas. Una de las caractersticas
ms importantes de las proteasas es su alta especificidad. El hecho de que un enlace
peptdico sea hidrolizado o no por una proteasa depende de varios factores, entre ellos, la
secuencia de aminocidos alrededor del enlace, ya que la mayora reconocen aminocidos o
secuencias especificas5.
Otro requisito para tenga lugar la hidrlisis es la accesibilidad estrica del enlace, de
manera que si ste se encuentra en el interior hidrofobia) de las protenas globulares o en
zonas hidrofbicas poco accesibles, no podr ser atacado por la proteasa a menos que se
produzca una desestructuracin de la protena que aumente la accesibilidad. Por ltimo, se
han de considerar las condiciones fsico-qumicas del medio, dado que las proteasas

Estrategias Catalticas de las Enzimas

presentan un rendimiento ptimo a unas determinadas condiciones de pH, fuerza inica,

temperatura y presencia de factores orgnicos yo metlico5.
MECANISMO CATALTICO DE LAS SERIN PROTEINASAS
Las serinproteinasas presentan un mecanismo cataltico bien conocido, compartido por
otras enzimas no necesariamente proteolticas. Este mecanismo consiste en una fase de
acilacin en la que se forma un intermediario covalente acil-enzima, con liberacin del
primer producto, y una fase de desacilacin en la que una molcula de agua rompe el
intermediario con liberacin del segundo producto5.
Todas estas enzimas tienen un
centro activo formado por tres
aminocidos
absolutamente
conservados, Serina, Histidina y
Aspartato, conjunto que recibe
el
nombre de trada cataltica. Al
centro activo de la enzima se
une el substrato. En este caso, se
representa como substrato un
cromgeno muy utilizado en los
ensayos de quimotripsina, la N-succinil-L-fenilalanina 4-nitroanilida. La unin da lugar al
complejo enzima-substrato. La especificidad se logra dado que el anillo aromtico de la
fenilalanina va a ocupar un sitio especfico sobre la superficie de la enzima (no
representado). La accin cataltica comienza cuando His 57 retira un protn del grupo
alcohlico de la serina, quedando la histidina en forma de imidazolio, con carga positiva
(en azul en el modelo) y la serina como enolato, con carga negativa (en rojo en el
modelo), tal como puede apreciarse en la imagen del complejo Substrato, serin-enolato e
imidazolio5.

El enolato es un nuclefilo potente que va a atacar al grupo carbonilo (C=O) del enlace
escindible, dando lugar al Estado de transicin 1 (fase de acilacin) en el que se observa
un intermediario tetradrico (as llamado porque el carbono sp2 del grupo carbonilo del
enlace escindible se convierte transitoriamente en un carbono sp3, tetradrico)5.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

continuacin, la histidina 57 cede su protn a este complejo, con lo que se separa el primer
producto (4-nitroanilina) y el complejo queda como Acilenzima y primer producto5.

Tras la retirada del primer producto, el complejo Acilenzima queda listo para comenzar la
segunda fase de la reaccin. sta tiene lugar por la entrada de una molcula de agua (el
segundo substrato) al centro activo, dando lugar al Complejo Acilenzima - H2O

Estrategias Catalticas de las Enzimas

La histidina 57 retira entonces un protn de la

molcula de agua, que queda convertida en un
ion hidroxilo (OH-); el conjunto Acilenzima,
imidazolio e hidroxilo que se forma es anlogo
al conjunto substrato, imidazolio y enolato que
veamos en la fase de acilacin5.

El Ion hidroxilo es un nuclefilo que

ataca al acilenzima dando lugar al
Estado de transicin 2 (fase de
desacilacin) en el que nuevamente
vemos que el grupo carbonilo del
enlace escindible pasa transitoriamente
a ser sp3, de geometra tetradrica5.

Este segundo estado de transicin se

resuelve con la Salida del producto 2
(N-succinil-L-fenilalanina)5.

Por ltimo, el grupo imidazolio de la histidina cede

su protn al enolato de la serina, con lo cual tiene
lugar la vuelta al estado inicial5.
El papel del aspartato, segn se cree, es la
estabilizacin del imidazolio de la histidina5.

Estrategias Catalticas de las Enzimas

REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS
1.- VILLAVICENCIO, Marino (1996). Bioqumica Tomo I (2 ed).Lima- Per. Ed. CONCYTEC.
Pp: 130-133, 135
2.- VOET, Donald (2006). Bioqumica. (3 ed). Buenos Aires- Argentina.Ed. Medica
Panamericana.Pp: 524-525,529

Estrategias Catalticas de las Enzimas

3.- LAGUNA J y PIA E (2009). Bioqumica de Laguna. (6ed). Mexico. Ed. Manuel Moderno. P:
121
4.- Laguna,J.: Bioqumica. 5 edi. Edit Manual Moderno.Mxico.2002. pp. 173-177. Matheus.
Bioquimica 3 ed. Ed Pearson Addison Wesley. Espaa. 2004. pp.437-438
5.- Mathews,V: BIOQUIMICA. 3ed. Ed Pearson educacin. Espaa 2002. Pp.202-204