Das Instrument überstand die Wirren der französischen Revolution, wurde allerdings stark beschädigt und war zur Zeit Louis-Philippes nur noch eingeschränkt spielbar. 1871 baute der Orgelbauer Aristide Cavaillé-Coll ein neues Orgelwerk; das Pfeifenwerk der Clicquot-Orgel verwendete er sorgsam wieder für eine andere Kapelle des Schlosses. Da das Cavaillé-Coll-Werk 1938 nicht mehr dem neo-klassischen Zeitgeschmack entsprach, transferierte man das Instrument in eine bretonische Kirche und beauftragte Victor Gonzalez mit dem Bau einer neuen Orgel im zeitgenössischen Stil der orgue néoclassique.
Als in den 1990er Jahren die Restaurierung der Kapelle anstand, wurden auch Überlegungen zum Baukonzept der Orgel angestellt. Man entschied sich für einen Nachbau der Clicquot-Orgel, d. h. einer klassisch französischen Barockorgel, mit 34 Registern auf vier Manualen und Pedal durch Jean Loup Boisseau und Bertrand Cattiaux. Im heutigen Orgelwerk wurden etwa zwei Prozent des historischen Materials der ersten Clicquot-Orgel wiederverwendet. Der alte Spielschrank war noch erhalten und wurde originalgetreu rekonstruiert.
Beschreibung der Baugeschichte der Orgel durch: Marina Tchebourkina: L’Orgue de la Chapelle royale de Versailles, Trois siècles d’histoire. Natives, 2010, ISBN 978-2-911662-09-6, S.256ff.
Nanon Bertrand: La reconstruction de l'orgue de la Chapelle royale de Versailles. In: L’Orgue. Nr.237, 1996, S.3–7.
Frédéric Denis: L’Orgue du Roi. Les Grandes Orgues historiques de la Cathédrale Saint-Louis de Versailles. In: Organ – Journal für die Orgel. Band11, Nr.3, 2008, S.14–23.
Alain Gillouard: De la Chapelle royale du Palais de Versailles à l'église Saint-Martin de Rennes: itinéraire d'un orgue célèbre. In: L’Orgue Francophone. Band24/25, 1998, S.32–53.
Pastór de Lasala: A Return for the Better: An Inevitable Option. In: OHTA News. Band21, Nr.3, 1997, S.24–33.
Jean-Pierre Millioud: Le Grand Orgue historique de la Cathédrale Saint-Louis de Versailles ou les vicissitudes d'un grand 16 pieds … In: L’Orgue. Nr.198, 1986, S.12–16.
Marina Tchebourkina: The Organ of the Royal Chapel of Versailles: from the Sun King to… well after the French Revolution. In: Livret CD – Du Roy-Soleil à la Révolution, l’orgue de la Chapelle royale de Versailles. Natives, CDNAT03, EAN 13 : 3760075340032. 2004, S.39–48.
Marina Tchebourkina: Nouveaux regards sur Le Marché ancien : Ce qui fut fait, fut-il fourni ? In: Livret CD – Du Roy-Soleil à la Révolution, l’orgue de la Chapelle royale de Versailles. Natives, CDNAT03, EAN 13 : 3760075340032. 2004, S.51–54.
Marina Tchebourkina: Nouveaux regards sur Le Marché ancien : Le jeu des nouveaux jeux. In: Livret CD – Louis Claude Daquin, l’œuvre intégrale pour orgue. Natives, CDNAT04, EAN 13 : 3760075340049. 2004, S.47–50.
Marina Tchebourkina: L’Orgue de la chapelle Royale de Versailles : À la recherche d’une composition perdue. In: L’Orgue. Nr.280, 2007, ISSN0030-5170, S.3–112.
Marina Tchebourkina: Tricentenaire de l’orgue de la chapelle royale de Versailles (1710–2010) : De la première mise en service de l’orgue. In: L’Orgue. Nr.287–288, 2009, ISSN0030-5170, S.258–260.
Marina Tchebourkina: Tricentenaire de l’orgue de la chapelle Royale de Versailles (1710–2010) : Les progrès de la connaissance ou L’art difficile de l’humilité. In: L’Orgue. Nr.291, 2010, ISSN0030-5170, S.35–69.
Marina Tchebourkina: Tricentenaire de l’orgue de la Chapelle royale de Versailles (1710–2010). In: Versalia. Nr.14, 2011, ISSN1285-8412, S.143–175.
Du Roy-Soleil à la Révolution, l’orgue de la Chapelle royale de Versailles – Marina Tchebourkina aux Grandes Orgues de la Chapelle royale du château de Versailles. – Paris : Natives / CDNAT03, 2004. EAN 13 : 3760075340032
Louis Claude Daquin, l’œuvre intégrale pour orgue – Marina Tchebourkina aux Grandes Orgues de la Chapelle royale du château de Versailles. – Paris : Natives / CDNAT04, 2004. EAN 13 : 3760075340049
Louis Marchand, l’œuvre intégrale pour orgue – Marina Tchebourkina aux Grandes Orgues de la Chapelle royale du château de Versailles. CD I–II. – Paris : Natives / CDNAT05, 2005. EAN 13 : 3760075340056
François Couperin, l’œuvre intégrale pour orgue – Marina Tchebourkina aux Grandes Orgues de la Chapelle royale du château de Versailles. CD I–II. – Paris : Natives / CDNAT06, 2005. EAN 13 : 3760075340063
↑M. Tchebourkina. L’Orgue de la Chapelle royale de Versailles, Trois siècles d’histoire. Natives, Paris 2010, S. 104.
↑M. Tchebourkina. L’Orgue de la Chapelle royale de Versailles, Trois siècles d’histoire. Natives, Paris 2010, S. 20.
↑M. Tchebourkina. L’Orgue de la Chapelle royale de Versailles, Trois siècles d’histoire. Natives, Paris 2010, S. 175–178.
↑M. Tchebourkina. Tricentenaire de l’orgue de la Chapelle royale de Versailles (1710–2010) : De la première mise en service de l’orgue // L’Orgue. – Lyon, 2009. 2009–III–IV № 287–288. – P. 258–260.