Otevřené laboratorní deníky
Otevřené laboratorní deníky, (anglicky open-notebook science), je označení pro online zpřístupnění a sdílení záznamů z výzkumného projektu. Toto veřejné sdílení je prováděno současně s výzkumnou činností, takže jsou zveřejňovány informace i o právě probíhajících a nedokončených projektech, nikoliv pouze o projektech uzavřených. Veřejnost má přístup k osobním i laboratorním poznámkám výzkumníka, dále také k veškerým výzkumným datům (již zpracovaným nebo nezpracovaným) a dalším souvisejícím materiálům. V těchto zápiscích jsou zahrnuté také tzv. “dark data”, což je označení pro neúspěšné experimenty, včetně těch méně významných, které se běžně nezveřejňují.[1]
Otevřeným deníkem může být jakýkoli druh webové stránky, pokud vyhovuje potřebám badatele a je veřejně dostupný. Cílem sdílení informací je zamezení duplicity dalšího výzkumu, vytvoření diskuze k výzkumu a zároveň podpora ve spolupráci výzkumných pracovníků. Praxe otevřených laboratorních deníků se netýká pouze akademického prostředí. Princip otevřených laboratorních deníků je založen na open source software.[2]
Otevřené laboratorní deníky si v poslední době získaly významnou pozornost ve výzkumných a obecných médiích jako součást trendu, který směřuje k otevřenějšímu přístupu ve výzkumné praxi a publikování výzkumných postupů široké veřejnosti. Věda a praxe o otevřených laboratorních denících může být označena jako součást širšího hnutí za otevřenou vědu, která zahrnuje obhajobu a přijetí publikací s otevřeným přístupem (anglicky označováno jako open acess), otevřená data (anglicky označováno jako open data), crowdsourcingová data (anglicky označováno jako crowdsourcing), a občanské vědy.[3]
Historie
[editovat | editovat zdroj]Termín otevřené laboratorní deníky byl poprvé použit Jeanem-Claudem Bradleym (Drexel University) v roce 2006. Zároveň se stal prvním vědcem, který online zveřejňoval své vědecké poznatky. Dle jeho názoru vědecké články velmi stručně informují o vypracování výzkumu a nabízejí elementární postupy, které jsou nedostatečné pro jeho další replikaci. Kromě toho odhadl, že 87 % jeho vlastní vědecké produkce by nikdy nebylo publikováno. Záznamy z laboratorního deníku totiž obsahovaly experimenty, které se nezdařily a z tohoto důvodu by nemohly být zveřejněny ve vědeckých periodicích. Vědu dle jeho názoru tvoří "úspěchy“, ale také „neúspěchy“.
První praktické pokusy s otevřeným laboratorním deníkem byly provedeny v rámci projektu UsefulChem, který byl zahájen v roce 2005.
„... existuje URL na laboratorní deník, který je volně dostupný a indexovaný na běžných vyhledávačích. Nemusí to nutně vypadat jako papírový zápisník, ale je nezbytné, aby byl veškerý výzkum zpřístupněn veřejnosti a v reálném čase…“[4]
Výhody používání otevřených laboratorních deníků
[editovat | editovat zdroj]- Otevřené laboratorní deníky usnadňují citování zdrojů a příkladů z experimentů, které jsou použity jako podpora argumentů ve článcích.
- Otevřené laboratorní deníky znamenají, že výzkum a jeho vývoj je veřejně zveřejňován bez nepřiměřeného zpoždění, nebo filtrování jakýchkoli informací.
- Umožňují ostatním přesněji porozumět, jakým způsobem výzkum probíhal a jedná se tedy o cenné informace, které využívají spolupracovníci, potenciální studenti nebo budoucí zaměstnavatelé z daného oboru.[5]
- Vědci v rané fázi kariéry se mohou pomocí otevřených laboratorních deníků snadno spojit se svými kolegy v oboru.
- Použití otevřených laboratorních deníků poskytuje příležitost prezentovat práci jasně a stručně, jak odborníkům, tak laikům.
- Pro mladé vědce je to užitečný nástroj pro další rozvoj kariéry.[4]
Nevýhody používání otevřených laboratorních deníků
[editovat | editovat zdroj]- Krádeže dat, tyto obavy vyvstávají především v oblasti biologického a lékařského bádání. Záměr publikovat výsledky z výzkumu jako první, vede mnohé k diskutabilním praktikám. Nelibost vůči otevřeným deníkům vzniká také v oblastech, ve kterých je publikovaný recenzovaný dokument hlavní metrikou kariérního úspěchu.[6]
- Znemožnění patentování nových poznatků, které již byly veřejně sdíleny. Z tohoto důvodů nejsou otevřené laboratorní deníky vhodné pro výzkum, ve kterých je patent cílem bádání.
- Narušení nezávislosti konkurenčního výzkumu, z důsledku toho nemusí být výsledky výzkumu objektivní. Data, která vycházejí z více současně probíhajících výzkumů, mohou jednotlivé výzkumy vzájemně ovlivňovat.[7]
Platformy pro sdílení otevřených deníků
[editovat | editovat zdroj]V současné době existuje několik zajímavých webových stránek, kde je možné pohodlně a rychle sdílet záznamy z výzkumu. Mezi nejvýznamnější patří:
- Openlabnotebooks.org
- Open Source Malaria
- Jupyter Notebooks
- Zenodo.org[8]
Reference
[editovat | editovat zdroj]- ↑ GOETZ, Thomas. Freeing the Dark Data of Failed Scientific Experiments. Wired. Dostupné online [cit. 2021-12-07]. ISSN 1059-1028. (anglicky)
- ↑ Introduction to Open Notebook Science – #SciFund Challenge [online]. [cit. 2021-12-06]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ SCHAPIRA, Matthieu; CONSORTIUM, The Open Lab Notebook; HARDING, Rachel J. Open laboratory notebooks: good for science, good for society, good for scientists. [s.l.]: [s.n.] Dostupné online. (anglicky) Type: article.
- ↑ a b Drexel CoAS E-Learning: Open Notebook Science [online]. [cit. 2021-12-06]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ SINGH, Seema. India Takes an Open Source Approach to Drug Discovery. Cell. 2008-04-18, roč. 133, čís. 2, s. 201–203. PMID: 18423188. Dostupné online [cit. 2021-12-07]. ISSN 0092-8674. DOI 10.1016/j.cell.2008.04.003. PMID 18423188. (English)
- ↑ RESNICK, Brian. Science is too secretive and slow. So this researcher is live-blogging her work.. Vox [online]. 2016-03-03 [cit. 2021-12-07]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ Open science: University of Toronto researchers to publish lab notes in real time. University of Toronto News [online]. [cit. 2021-12-06]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ MORGAN, Maxwell Robert; ROBERTS, Owen Gwilym; EDWARDS, Aled Morgan. Ideation and implementation of an open science drug discovery business model – M4K Pharma. [s.l.]: [s.n.] Dostupné online. (anglicky) Type: article.