EAPP
| EAPP | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | EAPP | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 609486 MGI: 1913516 HomoloGene: 10206 GeneCards: EAPP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 14: 34.52 – 34.54 Mb | Chr 12: 54.72 – 54.74 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
E2F-pridruženi fosfoprotein je protein koji je kod ljudi kodiran genom EAPP.[5][6]
Kamnasaran et al. (2005) utvrdili su da gen C14ORF11 sadrži 6 egzona. Analizom BAC i genom ske sekvence mapirali su ga na poziciji 14q13 hromosoma 14.[7] Ovaj gen kodira fosfoprotein koji stupa u interakciju s nekoliko članova porodice proteina E2F. Protein se lokalizuje u jedru i prisutan je tokom ćelijskog ciklusa, osim tokom mitoze. Funkcionira kako bi modulirao transkripciju reguliranu E2F i stimulirao proliferaciju.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 285 aminokiselina, a molekulska težina 32.762 Da.[8]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MNRLPDDYDP | YAVEEPSDEE | PALSSSEDEV | DVLLHGTPDQ | KRKLIRECLT | ||||
| GESESSSEDE | FEKEMEAELN | STMKTMEDKL | SSLGTGSSSG | NGKVATAPTR | ||||
| YYDDIYFDSD | SEDEDRAVQV | TKKKKKKQHK | IPTNDELLYD | PEKDNRDQAW | ||||
| VDAQRRGYHG | LGPQRSRQQQ | PVPNSDAVLN | CPACMTTLCL | DCQRHESYKT | ||||
| QYRAMFVMNC | SINKEEVLRY | KASENRKKRR | VHKKMRSNRE | DAAEKAETDV | ||||
| EEIYHPVMCT | ECSTEVAVYD | KDEVFHFFNV | LASHS |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Novy et al. (2005) su, pomoću 2-hibridne analize kvasca i imunoprecipitacije proteina koji djeluju u interakciji iz kotransficiranih ćelija, potvrdili da je EAPP direktno komunicirao s E2F1. Testovi s in vitro translatiranim proteinima pokazali su da se EAPP veže za E2F1, E2F2 i E2F3, ali ne i za E2F4. Analiza mutacije pokazala je da je interakcija s E2F1 posredovana C-terminalnim dijelom EAPP. EAPP je pojačao promotorsku aktivnost E2F1 prema reporterskom genu koji sadrži 3 E2F-vezujuća mjesta. Samo EAPP pokazao je nisku, ali o dozi ovisnu aktivaciju reporterskog gena. Prekomerna ekspresija EAPP u ćelijskoj liniji osteosarkoma rezultirala je većim udjelom ćelija u S fazi, dok je interferencija RNK uzrokovala smanjenje broja ćelija u S-fazi ćelijskog ciklusa.[9]
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Korištenje N-terminalnog domena E2F1 kao sonde na 2-hibridnom skriningu kvasca u biblioteci cDNK B-ćelija, nakon čega slijedi PCR, gorepomenuti Novy et al. (2005) klonirali su EAPP. Izvedeni protein od 281 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od oko 36 kD. EAPP sadrži nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacija, a pomak njegove prividne molekulne mase nakon tretmana fosfatazom ukazao je da je EAPP fosforiliran. Northern blot analizom otkriven je 1,4-kb EAPP transkript u svim ispitivanim tkivima, s najvišim nivoima u srcu, posteljici, skeletnim mišićima i gušterači, srednjim nivoima u mozgu, plućima i bubrezima i niskom ekspresijom u jetri. EAPP sa ili bez fluorescentne oznake eksprimiran je gotovo isključivo u jedrima transficiranih ćelija osteosarkoma. Western blot analiza otkrila je EAPP tokom ćelijskog ciklusa u ćelijskoj liniji osteosarkoma, ali nije otkrivena u mitotskim ćelijama.
Traženjem gena u minimalnom kritičnom području za holoprosencefaliju na. hromosomu 14 (HPE8), Kamnasaran et al. (2005) identificirali su C14ORF11. Izvedeni protein od 233 aminokiseline ima mogući domen upredenih zavojnica N-terminala. Northern blot analizom otkriven je transkript od 1,7 kb u različitim nivoima u svim ispitivanim tkivima i određenim regijama mozga. C14ORF11 koji nosi C-terminalnu fluorescentnu oznaku lokaliziran je u citoplazmi transficiranih COS-1 ćelija i transformiranih fibroblasta ljudske kože. RT-PCR analizom mišjeg embriona pronašli su C14orf11 eksprimiran u svim ispitivanim razvojnim fazama, a hibridizacijom in situ C14orf11 eksprimiran je u centralnom nervnom sistemu, kičmi, licu, ždrijelu, udovima i unutrašnjim organima.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000129518 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000054302 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Novy M, Pohn R, Andorfer P, Novy-Weiland T, Galos B, Schwarzmayr L, Rotheneder H (Apr 2005). "EAPP, a novel E2F binding protein that modulates E2F-dependent transcription". Mol Biol Cell. 16 (5): 2181–90. doi:10.1091/mbc.E04-11-0975. PMC 1087227. PMID 15716352.
- ^ a b "Entrez Gene: C14orf11 chromosome 14 open reading frame 11".
- ^ Kamnasaran, D., Chen, C.-P., Devriendt, K., Mehta, L., Cox, D. W. Defining a holoprosencephaly locus on human chromosome 14q13 and characterization of potential candidate genes. Genomics 85: 608-621, 2005. PubMed: 15820313
- ^ "UniProt, Q56P03". Pristupljeno 24. 7. 2021.
- ^ Novy, M., Pohn, R., Andorfer, P., Novy-Weiland, T., Galos, B., Schwarzmayr, L., Rotheneder, H. EAPP, a novel E2F binding protein that modulates E2F-dependent transcription. Molec. Biol. Cell 16: 2181-2190, 2005. PubMed: 15716352
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Zhang QH, Ye M, Wu XY, et al. (2001). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Kamnasaran D, Chen CP, Devriendt K, et al. (2005). "Defining a holoprosencephaly locus on human chromosome 14q13 and characterization of potential candidate genes". Genomics. 85 (5): 608–21. doi:10.1016/j.ygeno.2005.01.010. PMID 15820313.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514.
- Lim J, Hao T, Shaw C, et al. (2006). "A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration". Cell. 125 (4): 801–14. doi:10.1016/j.cell.2006.03.032. PMID 16713569.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.