وضع الاتحاد الآسيوي إجراءات لتحديد الاتحادات المشاركة وتخصيص عدد المقاعد، على أن يتخذ الاتحاد الآسيوي القرار النهائي في نوفمبر 2012.[1] ويمكن إجراء التغييرات التالية على قائمة الاتحادات المشاركة من كأس الاتحاد الآسيوي 2012 إذا يوافق الاتحاد الآسيوي على الطلبات التالية التي أدلى بها أي اتحاد:
اتحاد يشارك بالأصل في كأس الاتحاد الآسيوي قد يقدم طلب للمشاركة في دوري أبطال آسيا 2013. وربما يشارك اتحاد في كل من دوري أبطال آسيا وكأس الاتحاد الآسيوي إذا كان فقط يفي جزئياً بمعايير دوري أبطال آسيا.
اتحاد يشارك بالأصل في كأس رئيس الاتحاد الآسيوي قد يقدم طلب للمشاركة في كأس الاتحاد الآسيوي 2013.
يتم منح كل اتحاد مشارك مقعدين.
الفريق 1 (بطل الدوري) من كل اتحاد يدخل مباشرة إلى دور المجموعات.
الفريق 2 (فائز الكأس أو وصيف الدوري) من كل اتحاد يدخل مباشرة إلى دور المجموعات أو ملحق التصفيات، اعتماداً على تقييم الاتحاد الآسيوي.
تم إجراء التغييرات التالية في الاتحادات المشاركة مقارنة مع العام الماضي:
لم يعد ينتقل الخاسرين بملحق التصفيات في دوري أبطال آسيا إلى كأس الاتحاد الآسيوي.
تم ترقية مشاركات أندية طاجيكستان من كأس رئيس الاتحاد الآسيوي إلى كأس الاتحاد الآسيوي بدءاً من 2013 من قبل الاتحاد الآسيوي.[2]
†المحرق انسحب بعد أن أجريت القرعة. نتيجة لذالك، سيشارك ريغار-تاداز الذي كان من المفترض أن يخوض ملحق التفصيات مباشرة كبديل في دور المجموعات، ولم يشارك سوى فريقين ملحق التصفيات.
أقيمت قرعة ملحق التصفيات يوم 6 ديسمبر 2012.[1]
تلعب كل مواجهة في مباراة واحدة فقط، ويتم اللجوء إلى وقت إضافيوركلات ترجيحية لتحديد الفائز إذا لزم الأمر.[6]
بسبب انسحاب المحرق بعد إجراء القرعة، تم ادخال ريغار-تاداز الذي كان من المقرر أن يلتقي مع الفائز بين الوحدةوأهلي تعز من أجل مكان في دور المجموعات مباشرة في المجموعة الأولى، في حين دخل الفائز بين الوحدة وأهلي تعز إلى المجموعة الثانية بدلاً من المحرق.[7]
أقيمت قرعة دور المجموعات يوم 6 ديسمبر 2012.[1] تم تقسيم الفرق الـ32 على ثماني مجموعات من أربعة. الفرق التي تنتمي لنفس البلد لن تقع في نفس المجموعة. كل مجموعة تلعب على أساس الدوري المشترك بنظام الذهاب والإياب. يتم ترتيب الفرق وفقاً للنقاط (3 نقاط للفوز، نقطة واحدة للتعادل، 0 من نقاط للخسارة) والمعايير الظاهرة في الترتيب التالي:[6]
أكبر عدد من النقاط التي حصل عليها في مباريات المجموعة بين الفرق المعنية
فارق الأهداف الناتج من مباريات المجموعة بين الفرق المعنية
أقل نتيجة محتسبة وفقاً لعدد من البطاقات الصفراء والحمراء التي أشهرت في مباريات المجموعة (نقطة 1 لكل بطاقة صفراء و 3 نقاط لكل بطاقة حمراء نتيجة لاثنين من البطاقات صفراء و 3 نقاط عن كل بطاقة حمراء مباشرة، و 4 نقاط لكل بطاقة صفراء تتبعها بطاقة حمراء مباشرة)
سحب القرعة
يتأهل الفائز والوصيف من كل مجموعة إلى دور الستة عشر.
في مرحلة خروج المغلوب، سيلعب كل دور بنظام المواجهتين على أساس الذهاب والإياب. وسيتم استخدام قانون أهداف خارج القواعد، الوقت الإضافي (الأهداف خارج القواعد لا تطبق في الوقت الإضافي) وركلات الترجيح لتحديد الفائز إذا لزم الأمر.[6]
يتم تحديد جدول مباريات دور الستة عشر استناداً لنتائج دور المجموعات، على أن يلعب الفائز من إحدى المجموعات مع وصيف المجموعة الأخرى. في كل مواجهة، يستضيف فائز المجموعة المباراة.[6]