同源：修订间差异

在生物学[[种系发生]]理论中，若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们'''同源'''（'''Homology'''）。这里相同的祖先既可以指[[进演化论]]意义上的祖先，即两个结构由一个共同的祖先进演化而来（在这个意义上，[[蝙蝠]]的翅膀与人类的手臂是同源的），也可以指发育意义上的祖先，即两个结构由[[胚胎]]时期的同一[[组织 (生物学)|组织]]发育而来（在这个意义上，人类女性的[[卵巢]]与男性的[[睾丸]]同源）。

蛋白质和DNA的同源性常常通过它们序列的相似性来判定，在[[生物信息学]]中尤其是如此。例如，如果两个[[基因]]有着几乎一样的[[DNA序列]]，那么它们很可能同源，但也有例外：它们可能没有共同的祖先，而为了适应绑定（bind to）某特殊的蛋白质的需要而进演化成了一样的形式（如[[转录因子]]）。这样的序列是相似的，但却不同源。

非专业人士偶尔会使用诸如“同源百分比”（percent homology）这样的术语，这是不对的。“相似百分比”(percent”（percent similarity)similarity）这样的术语的确存在，但只能用于衡量生物分子序列的相似性，而不能度量它们的同源性。不过，若有若干条序列只有一部分被认为同源（are presumed to share descent），我们可称它们'''部分同源'''。

===直系同源与旁系同源===

同源序列可分为两种：直系同源（orthology）和旁系同源（paralogy）。直系同源的序列因物种形成（speciation）而被区分开（separated）：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的；旁系同源的序列因基因繁殖复制（gene duplication）而被区分开（separated）：若生物体中的某个基因被複製了，那么两个副本序列就是旁系同源的。直系同源的一对序列称为直系同源体（orthologs），旁系同源的一对序列称为旁系同源体（paralogs）。若两个旁系同源基因（paralogs）的基因拷贝（gene duplication）是已发生在物种形成前，则这两个旁系同源（paralogs）可互称为“前重复同源基因”（outparalogs），可简称为“前重复”（outparalogs）；若于物种形成后某个直系同源基因（an ortholog）才发生基因复制（gene duplication），则互称为“后重复”（inparalogs）。<ref>{{cite journal en | author = O'Brien KP, Remm M and Sonnhammer EL | title = Inparanoid: a comprehensive database of eukaryotic orthologs. | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 33 | issue = | pages = D476 – D480 | year = 2005}}</ref>