Protein in Human Body

dr. Huda Marlina Wati

 Protein
Protein large molecules that contain
carbon, hydrogen, oxygen, and nitrogen.
Some proteins also contain sulfur
Struktur lebih kompleks dibanding
Karbohidrat dan lipid
12 18% in lean adult
Banyak peranan struktur, kerja kimiawi
(enzim), imunologi (antibodies, ect)
 Amino acid
Monomers of proteins are amino acids
Each of the 20 different amino acids
has a hydrogen (H) atom and three
important functional groups.
1) an amino group (!NH2),
2) an acidic carboxyl group (!COOH), and (
3) a side chain (R group).
) At the normal pH of body fluids, both
the amino group and the carboxyl
group are ionized
) The different side chains give each
amino acid its distinctive chemical
identity
Amino acids
 Protein synthesized
A protein is synthesized in stepwise fashionone
amino acid is joined to a second, a third is then
added to the first two, and so on.
The covalent bond = peptide bond.
forms between carboxyl group and the nitrogen of
the amino group (!NH2)
polypeptide (102000 or more amino acids)

Small proteins may consist of a single

polypeptide chain with as few as 50 amino
acids.
Larger proteins have hundreds or thousands of
amino acids and may consist of two or more
polypeptide chains folded together.
Levels of Structural Organization
in Proteins
four levels of structural
organization :
1). Primary structure
2). Secondary structure
3). Tertiary structure
4). Quaternary structure
 1. Primary structure
is the unique sequence of aa that are
linked by covalent peptide bonds to
form a polypeptide chain
A proteins primary structure is genetically
determined, and any changes in a
proteins amino acid sequence can have
serious consequences for body cells
Ex. Sickle cell anemia (asam amino valin
glutamat, akibat kemampuan Hb mengikat
O2 sangat berkurang)
 2. Secondary structure
The secondary structure of a protein is the
repeated twisting or folding of neighboring
amino acids in the polypeptide chain.
Two common secondary structures are alpha
helixes(clockwise spirals) and beta pleated
sheets
The secondary structure of a protein is
stabilized by hydrogen bonds, which form at
regular intervals along the polypeptide
backbone
 3. Tertiary structure
Refers to the three dimensional shape of a
polypeptide chain.
Each protein has a unique tertiary structure that
determines how it will function.
The tertiary folding pattern may allow amino acids
at opposite ends of the chain to be close
neighbors
Several types of bonds can contribute :
The strongest but least common bonds, S-S
covalent bonds called disulfide bridges,
Many weak bonds hydrogen bonds, ionic bonds,
and hydrophobic interactions
 3. Tertiary structure
Some parts of a polypeptide are attracted
to water (hydrophilic), and
other parts are repelled by it
(hydrophobic) Because most proteins in
our body exist in watery surroundings, the
folding process places most amino acids
with hydrophobic side chains in the central
core, away from the proteins surface.
Helper molecules known as chaperones
aid the folding process.
 4. Quartenary structure
In those proteins that contain more
than one polypeptide chain, the
arrangement of the
individualpolypeptide chains relative
to one another is the quaternary
structure
The bonds that hold polypeptide
chains together are similar to those
that maintain the tertiary structure
 So, protein
Proteins vary tremendously in structure.
Different proteins have different architectures
and different three-dimensional shapes.
This variation in structure and shape is
directly related to their diverse functions.
In practically every case, the function of a
protein depends on its ability to recognize
and bind to some other molecule.
Ex. Hormon, antibodies, enzym has spesifitas
 Enzym

dr. Huda Marlina Wati

Pengertian Enzim
Biokatalisator
Protein yang berfungsi
untuk mempercepat reaksi
dg menurunkan energi
aktivasi tanpa mengubah
kesetimbangan reaksi.

Sifat enzim yg
paling menonjol
1. daya katalitik, dan
2. spesifisitas.
3. Kemampuan utk
diregulasi
 Sifat katalitik enzim
Enzim mpcepat Rx .paling sedikit SEJUTA KALI.
Misalnya karbonik anhidrase
rx. pmindahan CO2 jaringan ke darah, kmdn
ke alveoli dipercepat 107x lipat dibandingkan
tanpa enzim.
Sbg katalis enzim tdk bereaksi dg substrat
atu produknya. TDK DIRUSAK dlm suatu rx. ,
enzim tetap tidak berubah, dan dpt digunakan
kembali.
 Spesifisitas Enzim
1. Spesifisitas substrat
. Absolut hanya punya SATU substrat.
.Relatif spesifik thd gugusan struktural ttu,
misalnya pd gugus fosforilasi.

2. Spesifisitas thd reaksi yg diolahnya.

. Menjamin tjdnya reaksi sampingan yg
mhasilkan produk sampingan yg tdk berguna.
Cth : DNA polimerase, tripsin.
Bagian-bagian enzim
Kita mengenal istilah:
Holoenzim
Apoenzim/
apoprotein
Gugus prostetik
Koenzim
Kofaktor
Bagian-bagian enzim (lanjutan)

Spt halnya protein lain, enzim memiliki BM

antara 12,000 1 juta kd
Bbrp enzim tdk mbutuhkan molekul
kimiawi lain untuk aktifitasnya, bbrp butuh
kofaktor / koenzim
Kofaktor ion-ion inorganik yg dibutuhkan
enzim utk melakukan fungsinya.
Koenzim molekul organik (komplek)
yang dibutuhkan enzim utk melakukan
fungsinya
 Koenzim atau kofaktor yang terikat
sangat kuat bahkan terikat dg ikatan
kovalen dg enzim gugus prostetik
Enzim aktif lengkap dg semua
komponennya holoenzim
Bagian yg tdd protein saja pada suatu
enzim Apoenzim / apoprotein
Fx koenzim adlh sebagai karier
sementara dari gugus fungsional yg
bperan dalam reaksi ensimatis tsb.
Penamaan Enzim

akhiran ase
Menunjukkan substrat yg bereaksi
sucrase mereaksikan sucrosa
lipase - reaksi lipid
menggambarkan fungsi enzim
oxidase mengkatalisis rx. oksidasi
hydrolase mengkatallisis rx. hidrolisis
Biasanya untuk enzim pencernaan
penamaan enzim masih menggunanakan in
cth : pepsin, trypsin

22
 Klasifikasi enzim mnrt fungsi

n enzim Fungsi katalitik

o
1 Oksidoreduktas Rx. Oksidasi-reduksi
e
2 Transsferase Rx. Transfer gugusan
3 Hidrolase Rx. Hidrolitik
4 Liase Rx. Eliminasi/penambahan
gugusan pd suatu ikatan
5 Isomerase Rx. Yg melibatkan isomerisasi
6 ligase Rx. Yg menggabungkan 2
molekul dg hidrolasi ikatan
pirofosfat energi tinggi
Bagaimana enzim bekerja?
Reaksi tanpa enzim:
Lambat
Membutuhkan suhu yang tinggi
Tekanan yang tinggi
Reaksi enzimatis
Enzim memberikan suatu lingkungan yg
spesifik di dalam sisi aktifnya, sehingga
reaksi secara energetik dapat lebih
mudah terjadi
 Perbedaan antara energi reaktan (fase awal)
dgn energi produk (fase akhir) selisih
energi bebas standar (G)

Agar reaksi berjalan

spontan,
bagaimanakah nilai
G
Enzim mempercepat reaksi tetapi tidak
mengubah keseimbangan reaksi atau G
Kesetimbangan reaksi antara Reaktan dan produk
mencerminkan perbedaan energi bebas pada fase
awal
Kecepatan reaksi tergantung energi aktifasi G
suatu pasokan energi dibutuhkan untuk mengawali
suatu reaksi
Energi aktifasi untuk reaksi yg dikatalis dengan enzim
lebih rendah dr reaksi tanpa ensim
Glukosa + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O G = -2880
kJ/mol
Enzim penting untuk menurunkan energi aktifasi
untuk memulai suatu reaksi
Enzim mengikat substrat menciptakan jalan
reaksi yg berbeda yg mempunyai fase transisi lebih
rendah dbanding reaksi tanpa enzim
Inti dr reaksi katalisis ikatan yg spesifik pd fase
transisi
Gambar sisi aktif enzim dan asam amino
yang terlibat
Teori kerja enzim:
Lock and Key analogy
Enzim memiliki struktur sisi spesifik yang cocok
dengan substrat.
Mampu menerangkan spesifitas ensim ttp tidak
dapat menerangkan stabilitas fase transisi
ensim

Induced Fit theory

mempertimbangkan fleksibilitas protein,
sehingga pengikatan suatu substrat pada enzim
menyebabkan sisi aktif mengubah
konformasinya sehingga cocok dgn substratnya.
dpt menerangkan fase transisi ES komplek
 Lock and key model

Induced Fit model

Faktor-faktor yg
mempengaruhi kerja enzim
Temperatur
pH
[S] dan atau [E]
Temperatur / Suhu
setiap kenaikan suhu 10C (sampai 40C),
kecepatan reaksi naik 2 x lipatnya dan
reaksi terhambat dan berhenti pada 60C.
Mengapa?
Aktivitas enzim menurun pada
suhu rendah
Kecepatan meningkat sesuai
kenaikan suhu (suhu optimum =
biasanya 37C pd mns)
Aktivitas enzim akan hilang
karena denaturasi pada suhu
tinggi
34
 Temperatur / Suhu

Optimum temperature

Reaction
Rate

Low High
Temperature
35
Konsentrasi substrat
Konsentrasi enzim
Peningkatan konsentrasi substrat
mningkatkan kecepatan rx
(konsentrasi enzym konstan)
Aktivitas maksimum dicapai bila
semua enzim berikatan dengan
substrat

36
Factors Affecting Enzyme Action

Maximum activity

Reaction
Rate

substrate concentration

37
 pH

Aktivitas maksimumdidapatkan
pada PH optimum
Sebagian besar enzim akan
kehilangan aktivitasnya pada PH
tinggi atau rendah
setiap enzim mempunyai pH
optimum utk bekerja.
contoh : pepsin pH 2, amylase
pH 7.0

38
Factors Affecting Enzyme Action

Reaction
Rate
Optimum pH

3 5 7 9 11
pH

39
Penghambatan Reaksi Enzimatis
Kerja enzim dapat dihambat secara
reversible atau irreversible
Irreversible pembentukan atau
pemecahan ikatan kovalen dalam enzim
enzim mjd inaktif
Reversible suatu senyawa dapat terikat
dan kemudian dpt lepas kembali

Reversible inhibitor ini dpt dibagi :

competitive
non-competitive
un-competitive
 penghambatan
competitive
Inhibitor bersaing dgn substrat untuk terikat pd sisi
aktif

Biasanya inhibitor berupa senyawa yg menyerupai

substratnya & mengikat enzim membentuk
komplek EI

krn terikat scr reversible penghambatan nya

bias, yaitu ketika ditambah substrat maka
penghambatan berkurang
penghambatan non-
competitive
TDK terikat pd sisi aktif enzim
melainkan pd sisi lain enzim atau pd
komplek E-S.
jadi TDK memblok pembentukan komplek
E-S
Enzim mjd tidak aktif ketika inhibitor
terikat walau enzim mengikat substrat
Inhibitor mengurangi konsentrasi enzim
yg aktif, sehingga mempengaruhi Vmax
nya
Penghambatan Un-
Competitive
Terikat pd sisi selain sisi aktif enzim
TDK mengaktifkan enzim dg
berikatan kovalen pd tempat
aktifnya.
Berbeda dgn non-competitive
inhibitor ini hanya terikat pd ES
komplek, tidak terikat pd enzim
bebas
Vmax berubah, dan Km jg berubah.
 Pemeriksaan enzim
diagnostik
Enzim plasma fungsional normal ada
dalam plasma
Enzim plasma non fungsional dapat
ditemukan pada plasma. Dpt
menunjukkan patofisiologi sel atau organ
Misalnya peningkatan kadar LDH pada
infark miocard
Atau peningkatan kadar SGOT dan SGPT
padakerusakan sel hepar
Selamat
Belajar