Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)

http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021

e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

KARAKTERISASI BAKTERI LIPOLITIK Bacillus sp. PADA WADI ORGAN

PENCERNAAN IKAN SIDAT (Anguilla sp.)

[Characterization of Lipolitic Bacteria Bacillus sp. in Wadi of Digestive Organs of Sidat Fish
(Anguilla sp.)]

Vicky Mahendra Nurzhulian1) Ayu Rahmawati Sulistyaningtyas2) Stalis

Norma Ethica3)*
1)
Program Studi DIV Analis Kesehatan, Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan, Universitas
Muhammadiyah Semarang
2)
Program Studi DIII Analis Kesehatan, Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan, Universitas
Muhammadiyah Semarang
3)
Program Studi Magister Ilmu Laboratorium Klinis, Sekolah Pascasarjana, Universitas
Muhammadiyah Semarang

*email: [email protected]

Diterima 25 November 2021/ Disetujui 3 Januari 2022

ABSTRACT

One of the leading enzymes having the potential to donate profit of billions of dollars in food and health sector is
lipase. Lipase can be produced from microorganisms including bacteria. Lipolytic bacteria can be found in the digestive tract
of fish. This study aims to obtain lipolytic bacteria ifrom the wadi fermentation products of digestive organs of Sidat Fish
(Anguilla sp.) and to identify bacterial species based on the 16S rRNA gene sequence. Samples of wadi fermentation products
of fish digestive organs were serially diluted and cultured on Nutrient Agar (NA). The purified bacterial isolates were
microscopically identified and tested for their lipolytic activity using Tween-80 agar media. Bacterial isolates with the highest
lipolytic index were subjected to bacterial identification based on the 16S rRNA gene using the Polymerase Chain Reaction
(PCR) method. The results showed that from the prepared wadi samples, five bacterial isolates coded WFAD-1 to WFAD-5
(WFAD stands for Wadi Fermentation of Anguilla sp. Digestive organs) could be obtained. Of these 5 isolates, two of them,
WFAD-1 and WFAD-3, were capable of producing lipase and in particular, WFAD-1 had the highest lipolytic index of 2.95.
BLAST analysis result on the amplified 16S rRNA gene of WFAD-1 isolate revealed a similarity level 85.79% and query
coverage of 61% with Bacillus velezensis. Based on microscopic and molecular identification results, the lipolytic isolate
WFAD-1 can be categorized into the genus Bacillus. As conclusion, Bacillus sp. WFAD-1 isolated from wadi fermentation
product of digestive organs of ikan sidat has a potential as a source of bacterial lipase.

Keywords: Sidat fish, wadi fermentation, lipase, intestine organ, Anguilla sp.

ABSTRAK

Salah satu enzim utama berpotensi menyumbang keuntungan miliaran rupiah di bidang pangan dan kesehatan adalah
lipase. Lipase dapat dihasilkan dari mikroorganisme termasuk bakteri. Bakteri lipolitik dapat ditemukan di saluran pencernaan
ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri lipolitik pada produk fermentasi wadi organ pencernaan ikan Sidat
(Anguilla sp.) dan mengidentifikasi spesies bakteri tersebut berdasarkan urutan gen 16S rRNA. Sampel hasil fermentasi wadi
organ pencernaan sidat diencerkan bertingkat lalu dikultur pada media Nutrient Agar (NA). Isolat bakteri yang telah
dimurnikan diidentifikasi secara mikroskopis dan diuji aktivitas lipolitiknya menggunakan media agar Tween-80. Isolat bakteri
dengan indeks lipolitik tertinggi diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari sampel wadi yang telah dibuat, dapat diperoleh lima isolat bakteri yang diberi
kode WFAD-1 hingga WFAD-5 (WFAD singkatan dari Wadi Fermentation of Anguilla sp. Digestive organ). Dari 5 isolat
tersebut, dua di antaranya yaitu WFAD-1 dan WFAD-3 mampu menghasilkan lipase dan khususnya WFAD-1 memiliki indeks
lipolitik tertinggi yaitu 2,95. Hasil analisis BLAST pada produk amplifikasi gen 16S rRNA isolat WFAD-1 menunjukkan tingkat
kemiripan 85,79% dan cakupan query 61% dengan Bacillus velezensis. Berdasarkan hasil identifikasi mikroskopis dan
molekuler, WFAD-1 lipolitik dapat dikategorikan dalam genus Bacillus. Sebagai kesimpulan, Bacillus sp. WFAD-1 yang
diisolasi dari produk fermentasi wadi organ pencernaan ikan sidat berpotensi sebagai sumber lipase bakterial.

Kata kunci: Ikan sidat, fermentasi wadi, lipase, organ pencernaan, Anguilla sp.

59
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

PENDAHULUAN protein yang tinggi dalam ikan sidat dapat

dimanfaatkan oleh manusia untuk pemenuhan
Kemampuan enzim yang unik dan kebutuhan gizi. Kandungan nutrisi dalam ikan
spesifik mendorong penggunaannya dalam sidat ditentukan oleh spesies, usia, jenis
proses industri yang dikenal dengan istilah kelamin, pakan ikan, dan kondisi habitat ikan.
teknologi enzim (Susanti dan Fibriana, 2017). Saat ini ikan sidat mentah telah menjadi
Salah satu enzim terkemuka dan berpotensi komoditi ekspor bahan pangan bagi Indonesia
menyumbangkan dana miliaran dolar, yaitu (Nafsiyah dkk., 2018)
enzim lipase (Zheng, 2018). Salah satu Binatang akuatik seperti ikan sidat
keunggulan enzim lipase dibandingkan enzim adalah bagian yang sering dikolonisasi oleh
lainnya adalah ketahanan terhadap suhu, pH, bakteri, khususnya pada saluran pencernaan
dan zat kimia terlarut. Sayangnya, produksi dan insangnya. Sementara bagian kulitnya
enzim lipase dalam pasar global masih jarang dikolonisasi oleh bakteri karena bagian
tergolong rendah dibandingkan enzim lainnya, ini berhubungan langsung dengan air (Lestari
yaitu sebesar kurang dari 10% (Guerrand, dkk., 2016). Saluran pencernaan ikan
2017). Hal ini disebabkan biaya yang merupakan bagian yang digemari bakteri
dikeluarkan untuk memproduksi golongan karena bagian tersebut kaya akan nutrisi yang
enzim ini sangat tinggi (Verma dkk., 2012). dibutuhkan untuk pertumbuhan. Keberadaan
Enzim lipase dapat diproduksi dari bakteri di dalam saluran pencernaan ikan laut
mikroorganisme, hewan, dan tumbuhan. dan air tawar telah banyak diteliti. Organ
Kelebihan mikroorganisme sebagai sumber pencernaan ikan dapat ditemukan bakteri
enzim lipase karena stabil pada pH netral atau penghasil enzim ekstraseluler, meliputi
basa, memiliki lama generasi yang pendek, amilase, selulase, protease, dan lipase.
dapat dimanipulasi secara genetik, dan biaya Kemampuan bakteri dalam menghasilkan
produksi yang lebih rendah (Lee dkk., 2015). enzim-enzim tersebut didasarkan pada jenis
Aplikasi enzim lipase telah diterapkan di makanan yang dikonsumsi oleh ikan. Bakteri
bidang industri makanan, detergen, kertas, lipolitik dapat ditemukan pada saluran
kosmetik, sebagai bioremediasi bagi pencernaan ikan omnivora dan karnivora (Das
lingkungan, dan dunia kesehatan. Bagi dunia dkk., 2014).
kesehatan lipase digunakan untuk biosensor Saat ini identifikasi bakteri lipolitik
penyakit pankreatitis akut, agen bakterisida dapat dilakukan dengan metode berbasis
terhadap Mycobacterium tuberculosis, dan biologi molekuler, di mana metode tersebut
digunakan untuk sintesis obat Iovastatin, yaitu dinilai cepat serta memiliki spesifisitas dan
obat untuk menurunkan kadar kolesterol sensitivitas yang tinggi. Metode tersebut yaitu
(Verma dkk., 2012). Keanekaragaman hayati analisis sekuen gen 16S rRNA. Gen 16S rRNA
Indonesia memberi peluang temuan sumber memiliki bagian yang lestari dan pada setiap
enzim baru untuk mengembangkan produksi organisme gen tersebut dapat ditemukan.
enzim lipase (Ervina dkk., 2020; Arifiani & Oleh karena itu, gen 16S rRNA dapat
Ethica, 2018). digunakan dalam PCR dan analisis sekuen
Wadi merupakan salah satu makanan (Fazri dkk., 2019; Islami dkk., 2019).
tradisional berbahan dasar ikan yang berasal Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi
dari Kalimantan Tengah. Pembuatan wadi bakteri lipolitik yang terdapat pada produk
menerapkan prinsip fermentasi dengan fermentasi wadi organ pencernaan ikan sidat
penambahan lumu dan garam. Lumu berdasarkan sekuen Gen 16S rRNA.
merupakan bahan pendukung untuk
pertumbuhan beberapa spesies bakteri, baik BAHAN DAN METODE
bakteri kontaminan maupun bakteri Bahan
menguntungkan. Kelompok bakteri Sampel berupa produk fermentasi wadi
menguntungkan tersebut setelah dilakukan dibuat dari organ pencernaan ikan sidat segar
penelitian bersifat amilolitik, proteolitik, dan seberat 0,5 g yang dipotong-potong dengan
lipolitik (Dewi dkk., 2018; 2017). gunting steril. Potongan sampel kemudian
Ikan sidat (Anguilla sp.) adalah salah dicampur dengan garam koser dan lumu
satu komoditas perikanan bernilai ekonomis untuk menghasilkan wadi. Tween-80
tinggi yang berpotensi untuk dikembangkan di digunakan sebagai bahan utama atau substrat
Indonesia (Dzikri dkk., 2020). Kandungan pada media selektif untuk pertumbuhan
protein ikan sidat tergolong tinggi karena bakteri lipolitik. Alat utama berupa 1 set
berkisar antara 15-20%. Kandungan nutrisi thermacylcer dan elektroforesis dengan merek

60
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

Biorad digunakan dalam analisis Polymerase suhu 37°C. Zona kalsinasi di sekitar koloni
Chain Reaction. Sepasang primer yang bakteri diukur diameternya dengan jangka
digunakan dalam amplifikasi gen 16S rRNA sorong dan indeks lipolitiknya dihitung (Rizky
bakteri lipolitik hasil isolasi adalah 27F (5’- dkk., 2017; Ilesanmi dkk., 2020).
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’) dan primer Isolat bakteri dengan indeks lipolitik
1492R (5’-GGTTACCTTGTTACGACTT-3’). tertinggi dilakukan ekstraksi DNA
Piranti bioinformatika BLASTn (Basic Local menggunakan protokol dan reagen PrestoTM
Alignment Search Tool - nucleotide) Mini gDNA Bacteria Kit GBB100 (Geneaid).
digunakan dalam analisis sekuen produk Tahap preparasi sampel dalam protokol kit
amplifikasi gen 16S rRNA (Ethica & Raharjo, dilakukan dengan penambahan Gram+ Buffer
2014). (berisi lisozim) dan Proteinase K. Tahap lisis
sel dilakukan dengan penambahan buffer.
Metode Tahap pengikatan DNA dilakukan dengan
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium penambahan etanol absolut dalam GD
Terpadu Universitas Muhammadiyah Column. Tahap pencucian DNA dilakukan
Semarang pada bulan Mei-Juni 2021. Tahap dengan penambahan W1 Buffer dan Wash
pertama penelitian adalah pembuatan produk Buffer. Tahap elusi dilakukan dengan
wadi yang dibuat dari lumu. Lumu disiapkan penambahan Elution Buffer. Ekstrak DNA
dengan cara menyangrai beras dan ditumbuk genomik bakteri diukur kemurnian dan
hingga halus. Organ pencernaan ikan sidat konsentrasinya dengan alat spektrofotometer
dicuci hingga bersih dan dicampur dengan NanoDrop pada λ260 nm dan λ280 nm
garam koser dengan perbandingan 1:1 hingga (Pambudiono dkk., 2016).
merata. Organ pencernaan tersebut Formulasi PCR disiapkan dalam
didiamkan dalam toples yang tertutup selama microtube 0,2 ml yang terdiri dari : 6 µl DNA
± 24 jam. Organ pencernaan dicuci kembali, genomik (1,32 ng/µl); masing-masing 2 µl
kemudian dicampur dengan lumu hingga primer 27F dan 1492R (10 µM); 12,5 µl
merata. Organ pencernaan tersebut GoTaq® Green Master Mix; dan 2,5 µl NFW
didiamkan kembali dalam toples yang tertutup (Nuclease Free Water). Microtube dimasukkan
selama 7-10 hari (Restu, 2018; Waty dkk., ke dalam alat thermalcycler. Thermalcycler
2019). diprogram sebagai berikut: pra-denaturation
Tabung reaksi steril sebanyak 6 buah pada 95°C selama 4 menit, denaturation pada
diisi dengan NaCl fisiologis masing-masing 95°C selama 30 detik, annealing pada 55°C
sebanyak 4,5 ml. Sampel dimasukkan ke selama 30 detik, extention pada 72°C selama
dalam tabung tanpa pengenceran dan 2 menit, dan final extention pada 72°C selama
dihomogenkan. Pengenceran secara 10 menit. Hasil PCR diamati pada gel
bertingkat dilakukan dari seri 10-1 hingga 10- elektroforesis agarosa 2% (Ethica dan
5, lalu diinokulasikan pada media Nutrient Raharjo, 2014).
Agar (NA). Media NA diinkubasi selama 24 jam Produk PCR dikirimkan ke PT Indolab
pada suhu 37°C (Sabrina dkk., 2018). Utama, Jakarta Barat untuk dilakukan proses
Morfologi koloni diamati dan pewarnaan Gram sekuensing gen 16S rRNA dengan metode
dilakukan untuk mengamati morfologi sel. Sanger. Software Geneious digunakan untuk
Koloni-koloni bakteri dipisahkan berdasarkan memperoleh sekuen konsensus yang berasal
perbedaan karakteristik makroskopik dan dari hasil sekuensing. Sekuen konsensus
mikroskopik, dipurifikasi pada media NA baru tersebut dicek dengan program BLAST (Basic
dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37°C Local Alignment Search Tool) untuk mencari
(Rau dkk., 2018; Safitri dkk., 2018). Isolat kesamaan sekuen 16S rRNA dari bakteri lain
bakteri yang telah murni diuji aktivitas yang tersimpan dalam database GenBank
lipolitiknya pada media agar Tween-80 secara (Ethica dan Raharjo, 2014; Untu dkk., 2015).
dotting dan diinkubasi selama 48 jam pada

Tabel 1. Karakteristik Makroskopik Isolat Bakteri

Kode Bentuk Warna Ukuran (mm) Konsistensi Elevasi Tepi

WFAD-1 circular putih 4 kasar umbonate erose
WFAD-2 circular putih 2 halus convex entire
WFAD-3 circular krem 2 halus flat entire
WFAD-4 circular kuning 3 halus flat entire
WFAD-5 punctiform putih 0,5 halus flat entire

61
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

HASIL DAN PEMBAHASAN Karakteristik mikroskopik dari lima isolat bakteri

dapat ditunjukkan oleh Gambar 3 dan Tabel 2.
Penelitian ini menggunakan sampel
berupa produk fermentasi wadi organ
pencernaan ikan sidat (Anguilla sp.). Proses
fermentasi berlangsung selama tujuh hari
setelah proses penggaraman. Karakteristik dari
produk fermentasi wadi organ pencernaan ikan
sidat: berwarna coklat, berbau asam khas
beras, dan tekstur lunak sedikit berair. Produk
fermentasi wadi organ pencernaan ikan sidat
ditunjukkan oleh Gambar 1.

Gambar 3. Hasil Pewarnaan Gram Isolat Bakteri (a)

WFAD-1, (b) WFAD-2, (c) WFAD-3, (d) WFAD-4,
dan (e) WFAD-5

Gambar 1. Produk fermentasi wadi organ

pencernaan ikan Sidat Tabel 2. Karakteristik Mikroskopik Isolat Bakteri
Kode Bentuk Susunan Gram
Dari sampel diperoleh lima isolat bakteri basil
WFAD-1 berderet positif
berspora
berbeda setelah dikultur pada media Nutrient
WFAD-2 kokus duplo positif
Agar (NA). Kelima isolat tersebut diberi kode WFAD-3 basil soliter negatif
WFAD-1, WFAD-2, WFAD-3, WFAD-4, dan WFAD-4 kokus bergerombol positif
WFAD-5. WFAD merupakan singkatan dari WFAD-5 kokus duplo positif
Wadi Fermentation of Anguilla sp. Digestive
organs. Karakteristik makroskopik seluruh Lima isolat bakteri yang telah murni pada
isolat bakteri ditunjukkan pada Gambar 2 dan media NA diuji aktivitas lipolitiknya secara
Tabel 1. kualitatif dengan media agar Tween-80. Isolat
bakteri yang bersifat lipolitik akan membentuk
zona kalsinasi di sekitar koloni bakteri yang
tampak sebagai krital tak terlarut. Isolat bakteri
WFAD-1 dan WFAD-3 dapat tumbuh pada media
agar Tween-80 dan mampu membentuk zona
kalsinasi. Indeks lipolitik dari isolat bakteri
WFAD-3 memiliki nilai sebesar 2,08 sedangkan
isolat bakteri WFAD-1 memiliki nilai indeks
lipolitik sebesar 2,95 dan merupakan indeks
lipolitik tertinggi. Hasil pengujian aktivitas
lipolitik dari kelima isolat bakteri dapat diamati
pada Gambar 4.

Gambar 2. Hasil kultur bakteri isolat wadi organ

pencernaan ikan Sidat pada Media NA (a) WFAD-1,
(b) WFAD-2, (c) WFAD-3, (d) WFAD-4, dan (e)
WFAD-5

Masing-masing isolat bakteri dengan kode

WFAD-1, WFAD-2, WFAD-3, WFAD-4, dan
WFAD-5 dilakukan pewarnaan Gram. Pewarnaan
Gram bertujuan untuk mengidentifikasi
Gambar 4. Hasil Uji Aktivitas Lipolitik bakteri isolate
karakteristik mikroskopik, sifat Gram, dan wadi produk organ pencernaan ikan Sidat pada Media
memastikan bahwa sel-sel bakteri sejenis. Agar Tween-80

62
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

Penelitian yang terkait dengan isolasi

bakteri proteolitik untuk mencari sumber baru
enzim lipase telah banyak dilakukan. Namun
produk enzim lipase bakteri tidak semuanya
dapat diklasifikasikan dalam kelompok food-
grade karena diisolasi dari limbah. Sebagai
contoh Arifiani & Ethica (2018) serta
Purwaningrum dkk. (2021) melaporkan bakteri
proteolitik yang berasal dari limbah biomedis.
Dalam penelitian tersebut dilaporkan adanya
bakteri lipolitik namun indeks lipolitiknya tidak
diinformasikan. Mazhar dkk. (2018) melaporkan
sejumlah strain bakteri lipolitik Bacillus cereus
yang diisolasi dari tanah menggunakan media
tributyrin yang memiliki rentang nilai indeks
lipolitik 0,53 – 1,97. Rizky dkk. (2017) juga telah
melaporkan sejumlah isolat bakteri penghasil Gambar 5. Hasil Elektroforesis Gel Agarosa 2%
lipase pada wadi, dengan rentang nilai indeks
lipolitik sebesar 1,51-1,94. Rentang nilai indeks Hasil sekuensing yaitu urutan basa
lipolitik ini lebih rendah dibandingkan yang nukleotida primer forward dan reverse gen 16S
diperoleh dari penelitian ini (2,95). Isolasi bakteri rRNA berupa file dengan format ab1. File
lipolitik pada organ pencernaan ikan lele tersebut dikonversikan menjadi format fasta
dilaporkan oleh Kurniasih dkk. (2014), namun agar dapat dilakukan proses editing.
indeks lipolitik bakteri yang diperoleh tidak Pensejajaran hasil pembacaan primer forward
diukur. Penelitian Sarastiti dkk. (2020) juga dan reverse dengan software Geneious
berhasil mengisolasi bakteri lipolitik dari organ menghasilkan sekuen konsensus dengan
pencernaan udang namun pada penelitian panjang 1557 bp. Sekuen konsensus tersebut
tersebut pengamatan zona lipolitik hanya kemudian dicek dengan program BLAST yang
dilakukan secara kuantitatif dapat diakses melalui website
Isolat bakteri WFAD-1 diesktrak DNA https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Hasil
genomnya dan hasilnya berupa sampel DNA analisis BLAST menunjukkan bahwa sekuen gen
genomik bakteri sebanyak 50 µl. Sampel DNA 16S rRNA isolat bakteri WFAD-1 memiliki nilai
genomik bakteri selanjutnya diukur kemiripan tertinggi sebesar 85,79% dan query
kemurniannya menggunakan alat coverage sebesar 61% dengan sekuen spesies
spektrofotometer NanoDrop pada λ260 nm dan bakteri Bacillus velezensis.
λ280 nm. Hasil pengukuran kemurnian sampel
DNA genomik bakteri dapat diamati pada Tabel DISKUSI
3.
Tabel 3. Hasil Pengukuran Kemurnian Sampel DNA Isolasi bakteri diawali dengan pengenceran
Genomik Bakteri bertingkat sampel yang bertujuan untuk
Sample mengurangi jumlah mikroorganisme yang
Konsentrasi A260 A280 A260/280
ID
tersuspensi di dalam cairan. Koloni bakteri dari
WFAD-
1,32 ng/µl 0,026 0,008 1,923 pengenceran sampel dilakukan purifikasi yang
1
bertujuan untuk memperoleh koloni-koloni
bakteri tunggal terpisah yang murni (Fitriani
Sampel DNA genomik bakteri dengan
dkk., 2016). Koloni bakteri dapat dikatakan
konsentrasi 1,32 ng/µl digunakan sebagai DNA
murni apabila koloni tersebut memiliki morfologi
template untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA
yang sama karena berasal dari pembelahan satu
dengan metode PCR. Primer 27F dan 1492R
sel. Morfologi koloni tersebut didasarkan pada
digunakan dalam proses amplifikasi gen 16S
bentuk, warna, ukuran, konsistensi, elevasi, dan
rRNA yang akan menghasilkan amplikon
tepi (Restuati dan Gultom, 2012).
berukuran ~1500 bp. Amplikon di-run pada alat
Isolat bakteri hasil purifikasi dilakukan
elektroforesis gel agarosa 2% untuk mengetahui
pewarnaan Gram untuk mengetahui sifat
apakah amplikon tersebut memiliki panjang
Gramnya dan memastikan bahwa isolat terdiri
spesifik ~1500 bp dibandingkan dengan marker.
dari satu jenis sel bakteri yang seragam. Bakteri
Hasil dari running elektroforesis gel agarosa 2%
Gram-positif berwarna ungu karena memiliki
dapat ditunjukkan oleh Gambar 5.
struktur dinding sel yang tebal dan mengandung

63
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

sedikit lapisan lipid pada membran selnya. diberlakukan minimal 75% (Narita dkk., 2012).
Kompleks kristal violet-iodin terbentuk karena Nilai homologi sekuen gen 16S rRNA sebesar
pemberian cat Gram A dan Gram B yang <97,5% menunjukkan spesies yang berbeda
mewarnai seluruh permukaan bakteri. atau dapat dipertimbangkan sebagai spesies
Pemberian cat Gram C yang berisi etanol 96% bakteri baru (Akihary dan Kolondam, 2020; Putri
akan mengakibatkan denaturasi protein pada dan Nurkanto, 2016). Isolat WFAD-1 memiliki
dinding sel bakteri Gram-positif, sehingga pori- nilai query coverage sebesar 61% dan percent
pori mengecil dan kompleks kristal violet-iodin identity sebesar 85,79%, sehingga tidak dapat
yang berwarna ungu dapat dipertahankan. dikategorikan sebagai spesies bakteri Bacillus
Bakteri Gram-negatif memiliki banyak lapisan velezensis. Nama spesies isolat bakteri WFAD-1
lipid pada membran selnya, sehingga etanol belum dapat ditentukan dan hanya dapat
96% akan melarutkan lipid tersebut. Pori-pori dikategorikan ke dalam genus Bacillus. Hasil
bakteri Gram-negatif akan membesar dan zat identifikasi tersebut diperkuat dengan kesamaan
warna kristal violet mudah terlepas. Pemberian morfologi koloni dan sel dari isolat bakteri WFAD-
cat Gram D yang berisi safranin berwarna merah 1 yang diperoleh dari penelitian ini yaitu memiliki
menjadi zat pewarna utama bagi bakteri Gram- karakteristik sel berbentuk batang, bersifat
negatif (Mubarak dkk., 2016). Gram-positif, menghasilkan endospora, motil
Masing-masing isolat bakteri dilakukan uji dengan tipe flagel peritrikus, dan bersifat
aktivitas lipolitik dengan media agar Tween-80. katalase positif. Umumnya koloni bakteri Bacillus
Isolat bakteri yang bersifat lipolitik akan sp. berwarna putih kekuningan hingga putih
membentuk zona buram (kalsinasi) di sekitar suram, permukaannya kering kasar, dan
koloni bakteri. Zona tersebut dapat terbentuk berukuran besar (Purwadi et al., 2020).
karena isolat bakteri mampu menghasilkan Kemampuan produksi protease yang dimiliki
enzim lipase untuk menghidrolisis Tween-80 Bacillus sp. berpotensi untuk dikembangkan
menjadi asam lemak. Asam lemak tersebut akan dalam industri bioteknologi. Kemampuan Bacillus
berikatan dengan ion kalsium yang berasal dari sp. yang telah diketahui antara lain: bersifat
penggunaan CaCl2.2H2O dalam media. Kompleks aerob atau fakultatif anaerob, memiliki
asam lemak dengan ion kalsium tersebut kemampuan enzimatik yang bervariasi, tidak
teramati sebagai endapan putih keruh di sekitar memerlukan faktor penumbuh yang relatif
koloni bakteri (Mazhar dkk., 2018). mahal, dan memiliki kisaran suhu pertumbuhan
Tahap ekstraksi DNA isolat bakteri pada yang luas (Napitupulu dkk., 2019).
penelitian ini menggunakan metode spin column.
Proses pengikatan DNA di dalam GD Column KESIMPULAN
dapat terjadi karena terdapat membran silika.
Partikel silika bermuatan positif akan mengikat Kesimpulan diambil dari hasil dan
DNA bermuatan negatif dan menahannya pembahasan serta mengacu pada tujuan
selama proses sentrifugasi (Ariyanti dan Sianturi, penelitian. Berdasarkan hasil penelitian dapat
2019). Nilai kemurnian DNA dihitung dengan disimpulkan bahwa dari sampel produk
cara membagi nilai absorbansi λ260 nm dan nilai fermentasi wadi organ pencernaan ikan sidat
absorbansi λ280 nm. Isolat DNA dikatakan murni (Anguilla sp.) diperoleh lima isolat bakteri yang
apabila rasio absorbansi berada pada rentang diberi kode WFAD-1 hingga WFAD-5. Dari lima
1,8-2,0. Rasio absorbansi yang menunjukkan isolat bakteri tersebut yang bersifat lipolitik
nilai di bawah 1,8 berarti terdapat kontaminan adalah isolat bakteri WFAD-1 dan WFAD-3.
berupa protein. Rasio absorbansi yang Isolat WFAD-1 memiliki indeks lipolitik
menunjukkan nilai di atas 2,0 berarti terdapat tertinggi, yaitu sebesar 2,95 sehingga
kontaminan berupa RNA (Setiawan dkk., 2021). diidentifikasi secara molekuler. Hasil
Gambaran pita DNA menandakan bahwa identifikasi berbasis gen 16S rRNA
penelitian ini telah berhasil mengamplifikasi gen menunjukkan bahwa isolat bakteri WFAD-1
16S rRNA. Keberhasilan amplifikasi fragmen DNA masuk dalam Bacillus sp. Bacillus sp. WFAD-1
dipengaruhi oleh : DNA Template, primer, MgCl2, pada produk fermentasi wadi organ
enzim polimerase, suhu, waktu, dan jumlah pencernaan ikan sidat (Anguilla sp.) dapat
siklus. Penelitian ini menggunakan kondisi PCR dijadikan sumber alternatif enzim lipase.
yang tepat, sehingga dihasilkan amplikon yang
spesifik (Muhsinin dkk., 2018). UCAPAN TERIMA KASIH
Persentase minimal query coverage yang
dapat diterima adalah sebesar 95%, kecuali Penulis menyampaikan ucapan terima
sekuen dengan bacaan yang lebih rendah kasih disampaikan kepada institusi Universitas

64
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

Muhammadiyah Semarang atas dukungan Eksperimen dan Keanekaragaman

finansial yang telah diberikan dalam bentuk Hayati, 7(1), pp.31-34.
hibah penelitian internal untuk mendukung Ethica, S.N. and Raharjo, T.J., 2014. Detection
pekerjaan penelitian ini. of genes involved in glycerol metabolism
of Alcaligenes sp. JG3. Doctoral
DAFTAR PUSTAKA dissertation, Universitas Gadjah Mada.
http://etd.repository.ugm.ac.id/home/det
Akihary, C.V., Kolondam, B.J., 2020. ail_pencarian/75357
Pemanfaatan Gen 16S rRNA sebagai Fazri, M., Kartika, A.I., Darmawati, S. and
Perangkat Identifikasi Bakteri untuk Ethica, S.N., 2019. Isolasi dan Identifikasi
Penelitian-Penelitian di Indonesia. Molekuler Bakteri Staphylococcus
Pharmacon 9, 16–22. epidermidis pada Rusip Udang Windu
Arifiani, N. and Ethica, S.N., 2018, November. (Penaeus monodon) Pasca Fermentasi 24
Isolasi Bakteri Penghasil Lipase dan Jam Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA.
Protease yang Berpotensi sebagaiAgen In Prosiding Seminar Nasional Mahasiswa
Bioremediasi dari Limbah Biomedis Cair Unimus (Vol. 2).
Puskesmas Halmahera Kota Semarang. https://prosiding.unimus.ac.id/index.php/
In Prosiding Seminar Nasional Mahasiswa mahasiswa/article/view/463
Unimus (Vol. 1). Fitriani, Meylina, L., Rijai, L., 2016. Isolasi dan
https://prosiding.unimus.ac.id/index.php/ Karakterisasi Bakteri Penghasil Antibiotik
mahasiswa/article/view/156 dari Tanah Sawah, in: Proceeding of
Ariyanti, Y., Sianturi, S., 2019. Ekstraksi DNA Mulawarman Pharmaceuticals
Total dari Sumber Jaringan Hewan (Ikan Conferences. pp. 125–132.
Kerapu) Menggunakan Metode Kit for Guerrand, D., 2017. Lipases Industrial
Animal Tissue. J. Sci. Appl. Technol. 3, 40– Applications : Focus on Food and
45. Agroindustries. OCL - Oilseeds fats, Crop.
Das, P., Mandal, S., Khan, A., Manna, S.K., Lipids 24, 0–7.
Ghosh, K., 2014. Distribution of https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/p
Extracellular Enzyme-Producing Bacteria harmacon/article/view/27405
in the Digestive Tracts of 4 Brackish Water Ilesanmi, O.I., Adekunle, A.E., Omolaiye, J.A.,
Fish Species. Turkish J. Zool. 38, 79–88. Olorode, E.M., Ogunkanmi, A.L., 2020.
https://dergipark.org.tr/en/download/arti Isolation, Optimization and Molecular
cle-file/134348 Characterization of Lipase Producing
Dewi, I.S., Hastuti, U.S., Lestari, U., Suwono, Bacteria from Contaminated Soil. Sci.
H., 2017. The Effects of Kinds of Lumus African 8, 1–10.
and the Storage Period on the Quality of Islami, H.N., Sulistyaningtyas, A.R.,
Patin Wadi Based on the Results of Darmawati, S. and Ethica, S.N., 2019.
Nutrient Tests, in: AIP Conference Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri
Proceedings. AIP Publishing, pp. 0–8. Proteolitik Staphylococcus warneri Strain
https://aip.scitation.org/doi/abs/10.1063/ IRLV2 pada Udang Putih (Litopeaneus
1.4983430 vannemei) Berdasarkan Sekuen Gen 16S
Dewi, I.S., Hastuti, U.S., Lestari, U., Suwono, rRNA. In Prosiding Seminar Nasional
H., 2018. Consumer Preference Toward Mahasiswa Unimus (Vol. 2).
Catfish Wadi Based on the Organoleptic https://prosiding.unimus.ac.id/index.php/
Quality Regarding The Types of Lumu in mahasiswa/article/view/436
Various Concentration, in: AIP Conference Kurniasih, T., Lusiastuti, A.M., Azwar, Z.I. and
Proceedings. AIP Publishing, pp. 0–7. Melati, I., 2014. Isolasi Dan Seleksi Bakteri
Dzikri, M., Shafruddin, D. and Supriyono, E., Saluran Pencernaan Ikan Lele Sebagai
2020. Potensi Besar Budidaya Ikan Sidat Upaya Mendapatkan Kandidat Probiotik
(Anguilla sp.) di Kecamatan Simpenan, Untuk Efisiensi Pakan Ikan. Jurnal Riset
Sukabumi. Jurnal Pusat Inovasi Akuakultur, 9(1), pp.99-109.
Masyarakat (PIM), 2(2), pp.268-274. http://ejournal-
https://journal.ipb.ac.id/index.php/pim/ar balitbang.kkp.go.id/index.php/jra/article/
ticle/view/30407 viewFile/511/517
Ervina, E., Sumardi, S., Ekowati, C.N. and Rosa, Lee, L.P., Karbul, H.M., Citartan, M., Gopinath,
E., 2020. Lipolytic-screening of Bacillus S.C.B., Lakshmipriya, T., Tang, T.-H.,
genera as Biocontrol candidate In Coffee 2015. Lipase-Secreting Bacillus Species in
Plantation. Jurnal Ilmiah Biologi an Oil-Contaminated Habitat : Promising

65
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

Strains to Alleviate Oil Pollution. Biomed https://prosiding.unimus.ac.id/index.php/

Res. Int. 2015, 1–9. mahasiswa/article/view/462
Lestari, N.W., Budiharjo, A., 2016. Bakteri Purwaningrum, E., Zulaikhah, S.T. and Ethica,
Heterotrof Aerobik Asal Saluran S.N., Characterization Of Bacteria From
Pencernaan Ikan Sidat (Anguilla bicolor Liquid Clinical Laboratory Waste With
bicolor) dan Potensinya sebagai Probiotik. Potential As Bioremediation Agent. World
Bioteknologi 13, 9–17. Journal of Pharmaceutical & Lifa Sciences.
Mazhar, H., Abbas, N., Zamir, T., Hussain, Z. 7(9), pp.1626.
and Ali, S.S., 2018. Optimization study of https://www.wjpls.org/admin/assets/artic
lipolytic enzyme from Bacillus cereus, le_issue/69082021/1630407963.pdf
PCSIR NL-37. Punjab University Journal of Putri, A.L., Nurkanto, A., 2016. Keragaman
Zoology, 33(2), pp.217-224. Aktinomisetes Serasah, Sedimen, dan
Mubarak, Z., Chismirina, S., Daulay, H.H., Tanah Pulau Enggano, Bengkulu. Ber.
2016. Aktivitas Antibakteri Ekstrak Biol. 15, 217–225. https://e-
Propolis Alami dari Sarang Lebah terhadap journal.biologi.lipi.go.id/index.php/berita_
Pertumbuhan Enterococcus faecalis. J. biologi/article/view/2238
Syiah Kuala Dent. Soc. 1, 175–186. Rau, C.H., Yudistira, A., Simbala, H.E.I., 2018.
Muhsinin, S., Sulastri, M.M., Supriadi, D., 2018. Isolasi, Identifikasi secara Molekuler
Deteksi Cepat Gen InvA pada Salmonella Menggunakan Gen 16S rRNA, dan Uji
spp. dengan Metode PCR. J. Sains Farm. Aktivitas Antibakteri bakteri Simbion
Klin. 5, 191–200. Endofit yang Diisolasi dari Alga Halimeda
http://jsfk.ffarmasi.unand.ac.id/index.php opuntia. Pharmacon 7, 53–61.
/jsfk/article/view/290 Restu, 2018. Pengolahan Wadi Ikan Bawal Air
Nafsiyah, I., Nurilmala, M., Abdullah, A., 2018. Tawar (Colossoma macropomum). J. Ilmu
Komposisi Nutrisi Ikan Sidat Anguilla Hewani Trop. 7, 70–73.
bicolor bicolor dan Anguilla marmorata. J. https://garuda.ristekbrin.go.id/documents
Pengolah. Has. Perikan. Indones. 21, /detail/1157360
504–512. Restuati, M., Gultom, E.S., 2012. Uji Potensi
https://doi.org/10.17844/jphpi.v21i3.247 Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons
33 Asal Pulau Ngge (Sibolga) sebagai Sumber
Napitupulu, H.G., Rumengan, I.F.M., Wullur, Antibakteri. J. Saintika 12, 98–104.
S., Ginting, E.L., Rimper, J.R.T.S.L., Toloh, Rizky, M.Y., Fitri, R.D., Hastuti, U.S.,
B.H., 2019. Bacillus sp. sebagai Agensia Prabaningtyas, S., 2017. Identifikasi Uji
Pengurai dalam Pemeliharaan Brachionus Kemampuan Hidrolisis Lemak dan
rotundiformis yang Menggunakan Ikan Penentuan Indeks Zona Bening Asam
Mentah sebagai Sumber Nutrisi. J. Ilm. Laktat pada Bakteri Dalam Wadi Makanan
Platax 7, 158–169. Traditional Kalimantan Tengah. Bionature
Narita, V., Arum, A.L., Isnaeni, S., Fawzya, 18, 87–98.
N.Y., 2012. Analisis Bioinformatika Sabrina, A.N. and Ethica, S.N., 2018,
Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim November. Potensi Bakteri Indigen
Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Penghasil Enzim Protease dan Lipase
Sekuens. J. Al-Azhar Indones. Seri Sains sebagai Agen Bioremediasi Limbah
dan Teknol. 1, 197–203. Biomedis Puskesmas Tlogosari Kulon.
https://jurnal.uai.ac.id/index.php/SST/arti In Prosiding Seminar Nasional Mahasiswa
cle/view/84 Unimus (Vol. 1).
Pambudiono, A., Suarsini, E., Amin, M., 2016. https://prosiding.unimus.ac.id/index.php/
Isolasi DNA Genom Bakteri Potensial mahasiswa/article/view/157
Pengkelat Logam Berat Kadmium dari Safitri, R., Muchlissin, S.I., Mukaromah, A.H.,
Limbah Cair Penepungan Agar. Semin. Darmawati, S., Ethica, S.N., 2018. Isolasi
Nas. Pendidik. dan Saintek 103–107. Bakteri Penghasil Enzim Protease Bacillus
http://hdl.handle.net/11617/7565 thuringiensis pada Oncom Merah Pasca
Purwadi, A.A., Darmawati, S., Sulistyaningtyas, Fermentasi 24 Jam. Semin. Nas.
A.R. and Ethica, S.N., 2019. Isolasi dan Edusainstek FMIPA UNIMUS 2018 62–69.
Identifikasi Bakteri Proteolitik Bacillus https://jurnal.unimus.ac.id/index.php/psn
cereus strain IRPMD-3 pada Rusip Udang 12012010/article/view/4239
Windu (Penaeus monodon) Berdasarkan Sarastiti, S., Suminto, S. and Sarjito, S., 2019.
Gen 16S rRNA. In Prosiding Seminar Identifikasi Molekuler Spesies Bakteri
Nasional Mahasiswa Unimus (Vol. 2). Kandidat Probiotik Yang Diisolasi Dari

66
Versi Online: Pro Food (Jurnal Ilmu dan Teknologi Pangan)
http://www.profood.unram.ac.id/index.php/profood Vol 7 No. 2 November 2021
e-ISSN: 2443-3446 ISSN: 2443-1095

Usus Udang Vaname (Litopenaeus

vannamei) Koleksi Dari Kabupaten
Subang, Jawa Barat. Jurnal Pasir
Laut, 4(1), pp.9-15.
https://doi.org/10.14710/pasir%20laut.2
020.30519
Setiawan, A., Sebastian, A., Purwestri, Y.A.,
2021. Deteksi Gen Ketahanan Hawar Daun
Bakteri Xa21 pada Padi (Oryza sativa L.)
Hitam dan Merah Lokal Indonesia.
Vegetalika 10, 120–132.
Susanti, R., Fibriana, F., 2017. Teknologi
Enzim, 1st ed. CV ANDI OFFSET,
Yogyakarta.
Untu, P., Rumengan, I.F.M., Ginting, E.L.,
2015. Identifikasi Mikroba yang Koeksis
dengan Ascidia Lissoclinum patella
Menggunakan Sekuens Gen 16S rRNA. J.
Pesisir dan Laut Trop. 2, 23–33.
Verma, N., Thakur, S., Bhatt, A.K., 2012.
Microbial Lipases : Industrial Applications
and Properties (A Review). Int. Res. J.
Biol. Sci. 1, 88–92.
http://www.isca.me/IJBS/Archive/v1/i8/1
5.ISCA-IRJBS-2012-180.pdf
Waty, K., Purwijantiningsih, E., Pranata, S.,
2019. Kualitas Fermentasi Spontan Wadi
Ikan Patin (Pangasius Sp.) dengan Variasi
Konsentrasi Garam. J. Biota 4, 24–32.
Zheng C. Screening and identification of lipase
producing bacterium. In IOP Conference
Series: Earth and Environmental Science
2018 (Vol. 108, No. 4, p. 042088). IOP
Publishing
https://iopscience.iop.org/article/10.1088
/1755-1315/108/4/042088/pdf

67