STEREOCHEMISTRY

B PHARM II

Prepared by

Dr.M.D.GAME

1
Stereochemistry
chemistry in three
dimensions
2
IMPORTANT TERMS IN STEREOCHEMISTRY 

n Types of isomers
n Types of Stereoisomers
n Optical Activity
n Chirality
n Internal Plane of Symmetry 
n Important role of stereochemistry

3
:

 STEREOCHEMISTRY & STEREOISOMERS

 Stereochemistry  :That  part  of  the  science  which  deals 

with structure of molecules in three dimensions is called 
stereochemistry.
 Stereoisomers:
 Isomers are  the  compounds  having  same  molecular 
formula but different structure formula .  For example 
    Diethyl ether and ethyl alcohol
 Same  molecular  formula,  same  bonding  sequence, 
different  spatial  orientation  are  Stereoisomers i.e. 
these isomers are different from each other only in the  4
way the atoms are oriented in space.
Structural (constitutional) Isomers - Compounds of the same 
molecular formula with different connectivity (structure, constitution)

Conformational Isomers - Compounds of the same structure 
that differ in rotation around one or more single bonds

5
Configurational Isomers  or  Stereoisomers  - 
Compounds of the same structure that differ in one or 
more  aspects  of  stereochemistry  (how  groups  are 
oriented in space - enantiomers or diastereomers

6
Isomers – different compounds with the same molecular 
formula.

Structural Isomers – isomers that differ in which atoms are 
bonded to which atoms.
                                                                               CH3
eg.  C4H10                        CH3CH2CH2CH3 CH3CHCH3
                                   n-butane  isobutane
Stereoisomers – isomers that differ in the way the atoms are 
oriented in space, but not in which atoms are bonded to which 
atoms.

        eg.  cis-2-butene    trans-2-butene

DIFFERENCE BETWEEN CONFIGURATIONAL ISOMERS
&CONFORMATIONAL ISOMERS

Difference  between  Configurational  &Conformational 

Isomers  is  that  Configurational Isomers cannot  be 
obtained    by  rotation  of  molecuies  around  a  single  bond 
whereas  Conformational Isomers can  be  obtained    by 
rotation of molecuies around a single bond 

9
TYPES OF STEREOISOMERS
 Two types of stereoisomers:
 enantiomers
Two compounds that are non superimposable mirror 
images of each other

 Diastereomers
 Two stereoisomers that are not mirror images of each 
other

 Geometric isomers (cis-trans isomers) are one type of 
diastereomer. 10
 OPTICAL ACTIVITY
PLANE-POLARIZED LIGHT

Ordinary light is a moving wave whose vibrations take place in all 
directions perpendicular to the direction in which the light is travelling.  
One can envisage each vibration as the vector of two vibrations which 
are mutually at right angles.

One of these components of ordinary light when passed through a 
polarizer - Polaroid filter. The resulting light is said to be polarized - 
11
all its vibrations are parallel to a single plane.
plane polarized light  –  Ordinary  light  when  passed 
through a nicol prism or other polarizing medium ,all of the 
vibrations  are  in  the  same  plane  called  plane polarized
light  or in simple words we can say Ordinary light  can be 
converted to plane polarized light by passing through nicol 
prism.(it is the lens made up of polaroid or calcite )

non-polarized polarized
12
OPTICAL ACTIVITY

An optically active compound is one which rotates the 
plane of polarization.
If  from  the  point  of    observer  the  rotation  is  in  the 
clockwise  direction,  the  sample  is  said  to  be 
dextrorotatory.  The angle of rotation, is considered to 
be positive (+).
If the rotation is in the counterclockwise direction, the 
sample is said to be levorotatory and the angle, is then 
negative (-).
There is no correlation between (+)/(-) and (R)/(S). Thus 
(R)-2-chlorobutane is the levorotatory enantiomer.
13
BY OPTICAL ROTATION
An enantiomer can be named by the direction in 
which it rotates the plane of polarized light. If it rotates the 
light  clockwise  (as  seen  by  a  viewer  towards  whom  the 
light is traveling), that enantiomer is labeled (+). Its mirror-
image  is  labeled  (−).  The  (+)  and  (−)  isomers  have  also 
been  termed d- and l-,  respectively  (for 
dextrorotatory and levorotatory).  Naming  with d- and l- is 
easy  to  confuse  with D-  and L-  labeling  and  is  therefore 
discouraged by IUPAC.

14
  An optical isomer can be named by the spatial 
configuration  of  its  atoms.  The D/L system  not  to  be  confused 
with  the d- and l-system,  does  this  by  relating  the  molecule 
to glyceraldehyde.  Glyceraldehyde  is  chiral  itself,  and  its  two 
isomers are labeled D and L. Certain chemical manipulations can 
be  performed  on  glyceraldehyde  without  affecting  its 
configuration, and its historical use for this purpose has resulted 
in its use for nomenclature. 

15
Optical activity is measured by a polarimeter, and is dependent 
on  several  factors:  concentration  of  the  sample,  temperature, 
length  of  the  sample  tube  or  cell,  and  wavelength  of  the  light 
passing  through  the  sample.  Rotation  is  given  in  +/-  degrees, 
depending  on  whether  the  sample  has  d-  (positive)  or  l- 
(negative) enantiomers. The standard measurement for rotation 
for a specific chemical compound is called the specific rotation, 
defined as an angle measured at a path length of 1 decimeter and 
a concentration of 1g/ml. 

16
polarimeter – an instrument used to measure optical activity.

polarizer analyzer

light source sample tube

17
 Optical Rotation and Polarimetry

The amount (in degrees) that a chiral material will rotate light is called the optical rotation. Different chiral
molecules will have optical rotations that vary in direction and size of the optical rotation. Enantiomers will
always have equal optical rotations but in opposite directions.

The optical purity of a substance can be measured by comparing the optical rotation of the sample to the
known optical rotation of a single entantiomer of that compound. Optical purity is usually reported in percent
entantiomeric excess (%ee).

Enantiomeric excess is the % of the sample that is non-racemic. For example, 80% ee means that there is
90% of one enantiomer and 10% of the other.
 Vocabulary

•(R) or (S):  identifies the configuration of a stereocenter using 

the CIP priority system

•d- or (+): indicates that a (chiral) compound rotates light in a 

clockwise direction (this has no correlation with S or R) 

•l or (-): indicates that a (chiral) compound rotates light in a 
counterclockwise direction (this has no correlation with S or R)

•dl or (+/-) or rac-: indicates a racemate

So we can see that when a beam of plane polarized light  is 
passed through a optically  active  compound like  2-chloro 
butane,glucose,lactic acid,it is found that thr-e beam which 
emerges out of  the solution vibrates in different plane.
Specific Rotation For measurement of optical rotation the 
term specific rotation is used .It is defined as the angle of 
rotation [] in degrees produced by the solution containing 
1  gram  of  optically  active  substance  in  1  ml  of  solvent 
taken in polarimeter tube of 1dm (10cm) in length.

20
SPECIFIC ROTATION
 is proportional to the concentration of the sample and the 
length of the sample tube:

[]t = 
l x c
 - angle of rotation measured in degrees
t - temperature
 - wavelength of light
l - length of sample cell
c - concentration in grams of substance contained in21
1 mL of solution
CHIRAL
 Enantiomers are chiral:
 Chiral:
Not superimposable on its mirror image

 Many natural and man-made objects are chiral:

 hands
 scissors
 screws (left-handed vs. right-handed threads)

Right hand threads

slope up to the right.
22
CHIRAL CENTER

Is a carbon that is bonded to four different groups 
of atoms. 
              *
CH3CH2CHBrCH3
       

23
CHIRAL
 Some molecules are chiral:

24
Asymmetric (chiral)
carbon
ASYMMETRIC CARBONS
 The most common feature that leads to chirality in 
organic compounds is the presence of an asymmetric (or 
chiral) carbon atom.
 A carbon atom that is bonded to four different groups

 In general:
 no asymmetric C usually achiral
 1 asymmetric C always chiral
 > 2 asymmetric C may or may not be
chiral
25
ACHIRAL
 Many molecules and objects are achiral:
 identical to its mirror image
 not chiral

26
INTERNAL PLANE OF SYMMETRY
 Cis-1,2-dichlorocyclopentane  contains  two  asymmetric 
carbons but is achiral.
 contains an internal mirror plane of symmetry
s

 Any  molecule  that  has  an  internal  mirror  plane  of 

symmetry  is  achiral  even  if  it  contains  asymmetric 
carbon atoms. 27
INTERNAL PLANE OF SYMMETRY
 Cis-1,2-dichlorocyclopentane is a meso compound:
 an achiral compound that contains chiral centers
 often contains an internal mirror plane of symmetry

28
CHIRAL VS. ACHIRAL
 To determine if a compound is chiral:
 0 asymmetric carbons: Usually achiral
 1 asymmetric carbon: Always chiral
 2 asymmetric carbons: Chiral or achiral
 Does the compound have an internal plane of symmetry?
 Yes: achiral
 No:

 If mirror image is non-superimposable, then it’s chiral.

 If mirror image is superimposable, then it’s achiral.

29
TEST FOR OPTICAL ACTIVITY: CHIRAL MOLECULES
ARE OPTICALLY ACTIVE.

 Racemic modification  –  equimolar  molar  mixture  of 

enantiomers (will be optically inactive)  (+).
   compounds  with  one  chiral  center  will  show  optical 
activity
  compounds without chiral centers do not normally show 
optical acitivity
  compounds with more than one chiral center may or may 
not  show  optical  activity  depending  on  whether  or  not 
they  are  non-superimposable  on  their  mirror  image 
(chiral) or superimposable (achiral).
30
STEREOCHEMISTRY:

THE STUDY OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF

MOLECULES

 Stereochemistry plays an important role in

determining the properties and reactions of
organic compounds:

Caraway seed spearmint 31

STEREOCHEMISTRY
 The properties of many drugs depends on their
stereochemistry:

(S)-ketamine (R)-ketamine

32
anesthetic hallucinogen
 REFERENCES

 Organic Chemistry: Morrison & Boyd.

 Textbook of Organic Chemistry: Arun Bahl,
B.S.Bahl.
 Essentialsof Physical Chemistry Arun Bahl,
B.S.Bahl.G.D.Tuli
 Advanced general Organic Chemistry Sachin K.
Ghosh
 Textbook of Organic Chemistry for Pharmacy
students K.S.Mukherjee

33
Thank you- - -

34