VOLUME 6 NOMOR 2 DESEMBER 2019 ISSN 2548 – 611X

JURNAL
BIOTEKNOLOGI & BIOSAINS INDONESIA

Homepage Jurnal: http://ejurnal.bppt.go.id/index.php/JBBI

KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER UBI KAYU

(Manihot esculenta Crantz) HASIL PERBANYAKAN IN VITRO

Morphological and Molecular Diversity of Cassava (Manihot esculenta Crantz)

Resulted from In Vitro Propagation

Fajri Hartanti1, Miftahudin2, N Sri Hartati3*

1
Biologi Tumbuhan, Departmen Biologi, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia
2
Departmen Biologi, Fakultas Matematika dan Sains, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia
3
Pusat Penelitian Bioteknologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Bogor, Indonesia
Email: hartati12@yahoo.com

ABSTRACT
In vitro propagation of cassava (Manihot esculenta Crantz) on medium containing plant growth
regulator (PGR) may induce morphological variation. This study aimed to analyze the
morphological and genetic diversity of 13 genotypes of cassava resulted from in vitro
propagation and stem cuttings based on 11 vegetative characters and 7 ISSR markers.
Morphological and genetic characters were scored and used for clustering using NTSYS-pc
2.11a. Roti control and Adira 4 control genotypes that were in vitro propagated without PGR
addition showed different morphological characters with Roti variant and FEC-25 genotypes
that were in vitro propagated with the addition of PGR. Morphological and molecular
characters of 13 genotypes showed high diversity. Clustering analysis based on morphological
characters classified the in vitro propagated and control plants into four groups at 45.6%
similarity. Clustering analysis based on molecular characters classified the plants into three
groups at 66.0% similarity.

Keywords: cassava, diversity, in vitro, ISSR, morphology

ABSTRAK
Perbanyakan tanaman ubi kayu (Manihot esculenta Crantz) secara in vitro menggunakan zat
pengatur tumbuh (ZPT) diyakini dapat menginduksi variasi morfologi. Tujuan dari penelitian ini
adalah untuk menganalisis keragaman morfologi dan molekuler dari 13 genotipe ubi kayu hasil
perbanyakan in vitro dan perbanyakan dengan stek batang berdasarkan 11 karakter vegetatif dan
7 penanda ISSR. Karakter morfologi dan molekuler diskor untuk analisis kelompok menggunakan
program NTSYS-pc 2.11a. Genotipe Roti kontrol dan Adira 4 kontrol yang merupakan hasil
perbanyakan in vitro tanpa penambahan ZPT menunjukkan perbedaan variasi morfologi dengan
genotipe Roti varian dan FEC-25 yang merupakan tanaman hasil perbanyakan dengan
penambahan ZPT. Hasil analisis pada 13 genotipe menunjukkan adanya keragaman yang tinggi.
Hasil analisis kelompok berdasarkan penanda morfologi memisahkan antara genotipe hasil
perbanyakan secara in vitro yang ditambah ZPT dengan tanaman kontrolnya ke dalam 4 kelompok
dengan nilai koefisen similaritas 45,6%. Hasil analisis kelompok berdasarkan penanda molekuler
memisahkan antara genotipe hasil perbanyakan secara in vitro yang ditambah ZPT dengan
tanaman kontrolnya ke dalam 3 kelompok dengan nilai koefisen similaritas 66,0%.

Kata Kunci: in vitro, ISSR, keragaman, morfologi, ubi kayu

Received: 26 September 2018 Accepted: 26 September 2019 Published: 31 January 2020

288
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

PENDAHULUAN 2014). Pada penelitian lain yang telah

dilakukan, perbanyakan bibit ubi kayu
Ubi kayu (Manihot esculenta Crantz) secara in vitro pada media MS ditambah
merupakan bahan makanan pokok nomor dengan 0,5 mg/L Benzyl Amino Purin
tiga setelah padi dan jagung. Bagian (BAP) pada genotipe Roti dan hasilnya
tanaman ubi kayu yang dimanfaatkan menunjukkan adanya variasi morfologi.
sebagai bahan makanan adalah umbinya. Perubahan morfologi pada planlet kultur in
Umbi ubi kayu memiliki nilai nutrisi berupa vitro terjadi sampai subkultur ke-9.
karbohidrat, protein, lemak, Fe, Zn, natrium, Perbedaan yang secara signifikan mudah
kalium, magnesium (Oluwaniyi dan Oladipo terlihat adalah warna tangkai daun yang
2017), dan beta karoten (Adetoro et al. berbeda dengan tanaman asal. Tanaman
2018; Hartati et al. 2012). Selain hasil kultur in vitro yang memiliki variasi
dimanfaatkan sebagai bahan makanan, ubi morfologi selanjutnya disebut sebagai Roti
kayu dapat pula digunakan sebagai bahan varian (Hartati et al. 2012). Genotipe lain
baku pembuatan bioetanol dan sebagai telah dicoba, adalah Adira 4 yang memiliki
pakan ternak (Ademiluyi dan Mepba 2013; morfologi berbeda setelah disubkultur
Wanapat dan Kang 2015). Konsumsi dan beberapa kali dalam media MS yang
pemanfaatan ubi kayu yang cukup banyak ditambah dengan 0,5 mg/L Picloram.
menyebabkan tanaman ini banyak Tanaman ubi kayu Adira 4 yang memiliki
dibudidayakan di berbagai daerah, morfologi yang berbeda dengan tanaman
diantaranya Lampung, Jawa Tengah, Jawa asalnya selanjutnya disebut FEC-25
Timur, dan Jawa Barat (BPS 2016). (Fitriani et al. 2014).
Perbanyakan ubi kayu yang dilakukan Munculnya variasi pada tanaman ubi
secara generatif menggunakan biji mampu kayu hasil perbanyakan secara in vitro
menghasilkan variasi genetik yang tinggi, dengan penambahan ZPT diduga dapat
tetapi umumnya perbanyakan tanaman ubi menambah variasi keragaman sumber
kayu dilakukan secara vegetatif daya genetik yang bermanfaat dalam
menggunakan stek batang (Shigaki 2016). upaya perakitan varietas baru.
Perbanyakan tanaman secara vegetatif Selanjutnya, perlu dilakukan evaluasi
lainnya dapat dilakukan melalui teknik kultur morfologi dan molekuler tanaman hasil
in vitro. Teknik perbanyakan secara in vitro perbanyakan in vitro di lapang. Salah satu
telah digunakan pada ubi kayu upaya untuk mengetahui keragaman
menggunakan media Murashige dan Skoog morfologi adalah dengan melakukan
(MS) dengan penambahan beberapa zat deskripsi dan karakterisasi terhadap
pengatur tumbuh (ZPT) (Khumaida dan tanaman hasil perbanyakan in vitro.
Fauzi 2013) dan media MS tanpa ZPT Pengkajian keragaman lebih lanjut dapat
dengan modifikasi jenis pemadat juga telah dilakukan dengan penanda molekuler.
dicoba pada ubi kayu (Priadi et al. 2008). Beberapa penanda molekuler seperti
Zat pengatur tumbuh 2,4- RAPD (Randomly Amplified Polymorphism
Dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) telah DNA) (Mahmood et al. 2010), ISSR (Inter
banyak digunakan dalam beberapa studi Simple Sequence Repeat) (Vidal et al.
untuk melihat adanya variasi pada 2015), SSR (Simple Sequence Repeat)
tanaman. Contohnya antara lain (Khan et al 2012) telah digunakan untuk
pemberian ZPT 2,4-D dengan konsentrasi mendeteksi dan mengidentifikasi
1, 2, dan 4 mg/L diberikan pada tanaman keragaman genetik yang berpotensi variasi
kentang varietas Cardinal, Diamant, dan somaklonal pada tanaman hasil
Asterix yang dikoleksi pada Tuber Crops mikropropagasi.
Research Centre (TCRC), Bangladesh Hasil analisis deskripsi, karakterisasi,
Agricultural Research Institute (BARI) di dan pengelompokan genotipe dapat
Gazipur, Bangladesh. Ketiga konsentrasi digunakan sebagai data dasar untuk
2,4-D yang diberikan mampu membantu pengembangan koleksi inti dan
menumbuhkan kalus pada semua varietas plasma nutfah yang selanjutnya akan
kentang, namun hanya 4 mg/L 2,4-D yang membantu program pengembangan
menunjukkan adanya variasi pada varietas dan perakitan varietas baru
pertumbuhan kalus (Hoque dan Morshad berdasarkan sifat unggul yang ditentukan.

289
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

Tabel 1. Nama dan asal daerah 13 genotipe ubi kayu

Genotipe/Simbol
No. Asal Daerah/Koleksi Metode Perbanyakan
tanaman /sampel
1 Adira4 (Adira4) Cibinong, Bogor Stek batang
2 Adira4 kontrol (Adirak4) Cibinong, Bogor Stek batang hasil in vitro tanpa ZPT
3 FEC-25 (FEC25) Wageningen, Belanda Stek batang hasil in vitro dengan ZPT (Picloram)
4 Roti (Roti) LIPI, Bogor Stek batang
5 Roti kontrol (Rotik) LIPI, Bogor Stek batang hasil in vitro tanpa ZPT
6 Roti varian (Rotiv) LIPI, Bogor Stek batang hasil in vitro dengan ZPT (BAP)
7 Adira1 (Adira1) Bogor Stek batang
8 Mentega1 (Ment1) Singaparna, Tasikmalaya Stek batang
9 Mentega2 (Ment2) Sariwangi, Tasikmalaya Stek batang
10 Ubi Kuning (Ubik) NTT Stek batang
11 Gebang (Gebang) Cibinong, Bogor Stek batang
12 Lombok2 (Lomb2) Lombok Stek batang
13 Iding (Iding) Nagrak, Sukabumi Stek batang

Hasil analisis deskripsi, karakterisasi, Bahan tanaman

dan pengelompokan genotipe dapat Bahan tanaman yang diperoleh dari
digunakan sebagai data dasar untuk koleksi kebun plasma nutfah Pusat Penelitian
membantu pengembangan koleksi inti dan Bioteknologi LIPI yang digunakan berasal tiga
plasma nutfah yang selanjutnya akan belas genotipe ubi kayu terdiri dari stek hasil
membantu program pengembangan perbanyakan in vitro tanpa perlakuan ZPT,
varietas dan perakitan varietas baru stek hasil perbanyakan in vitro dengan
berdasarkan sifat unggul yang ditentukan. perlakuan ZPT 0,5 mg/L BAP dan Pikloram,
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk dan hasil perbanyakan dengan stek batang
menganalisis keragaman morfologi dan sebagai pembanding (Tabel 1).
genetik 13 genotipe ubi kayu yang
diperbanyak dengan stek biasa dan hasil Penanaman dan karakterisasi morfologi
perbanyakan secara in vitro yang Analisis keragaman 13 genotipe ubi
selanjutnya diharapkan dapat digunakan kayu yang berasal dari berbagai daerah di
untuk program pemuliaan tanaman. Indonesia dan hasil kultur in vitro ditanam di
kebun Koleksi Plasma Nutfah Pusat
BAHAN DAN METODE Penelitian (Puslit) Bioteknologi – LIPI,
Cibinong Science Center (CSC) – Botanical
Waktu dan lokasi penelitian Garden (CSC-BG) (Tabel 1). Penanaman
Penelitian dilakukan dari bulan Agustus untuk evaluasi morfologi di lapang dilakukan
2014 hingga Juni 2018. Pengamatan pada tahun 2014. Sumber bibit yang
morfologi dilakukan di kebun plasma digunakan berupa batang tanaman dewasa
nutfah, Cibinong Science Center – Botanical berukuran ±5 cm sebagai sumber stek yang
Garden (CSC-BG) Pusat Penelitian sebelumnya ditanam di kebun pembibitan.
Bioteknologi, sedangkan analisis molekuler Jarak tanam adalah 80 × 100 cm. Jumlah
dilakukan di Laboratorium Genetika tanaman yang dianalisis sebanyak 4 tanaman
Molekuler dan Modifikasi Jalur Biosisntesis untuk setiap genotipe yang diambil dari 4 blok
Tanaman, Pusat Penelitian Bioteknologi, berbeda.
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Karakterisasi morfologi dilakukan
serta Laboratorium Fisiologi dan Biologi berdasarkan Panduan Pengujian Individual
Molekuler Tumbuhan, Departemen Biologi, Kebaruan, Keunikan, Keseragaman, dan
Fakultas Matematika Ilmu Pengetahuan Alam Kestabilan Ubi Kayu Kementerian Pertanian
(FMIPA), Institut Pertanian Bogor (IPB), (PPVT 2007) dengan sebelas karakter
Bogor. morfologi (Tabel 2).

290
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

Tabel 2. Karakter morfologi yang digunakan untuk kontaminasi protein dan konsentrasinya diuji
identifikasi keragaman 13 genotipe ubi kayu menggunakan nanospektrofotometer
(Genequant 1300) yang diukur dengan
Jenis Karakter
No.
Morfologi
Jenis Variasi perbandingan panjang gelombang 260/280
1 Sudut cabang 1) 0º, nm (λ260/ λ280).
2) < 25º,
3) 35–50º, Amplifikasi polimorfisme ISSR
4) > 65º Sampel DNA hasil isolasi kemudian
2 Warna batang 1) Hijau abu, diamplifikasi menggunakan 7 primer ISSR
bagian bawah 2) Abu-abu,
3) Cokelat terang, (Tabel 3). Total volume reaksi amplifikasi
4) Cokelat kekuningan, DNA adalah 13 µL, dengan rincian 6 µL
5) Silver Thermo Scientific DreamTaq green PCR
3 Bentuk lobus 1) Lanset, master Mix (2×), 6 µL ddH2O, 2 µL primer 1
2) Lanset eliptik,
3) Pendurate
µM, dan 3 µL dari 50 ng sampel DNA. Reaksi
4 Jumlah lobus 1) 5 lobus, amplifikasi dengan kondisi sbb: predenaturasi
2) 7 lobus, pada 94ºC selama 5 menit, diikuti 35 siklus,
3) 9 lobus denaturasi pada 94ºC selama 30 detik,
5 Warna tulang 1) Hijau kekuningan, annealing hasil optimasi pada suhu 45,7–
daun bagian atas 2) Merah muda,
3) Merah
49,7ºC selama 45 detik; ekstensi pada 72ºC
6 Warna tangkai 1) Hijau, selama 45 detik; dan ekstensi akhir pada
daun bagian atas 2) Hijau muda, 72ºC selama 5 menit, terminasi pada suhu
di batang bagian 3) Merah dengan warna 15ºC selama 5 menit. Alat yang digunakan
atas hijau dekat batang, untuk mengamplifikasi DNA 13 genotipe ubi
4) Merah,
5) Hijau dengan spot
kayu adalah PCR ESCO SwiftTM Maxi model
merah ditangkai tengah, SWT-MY-BLC-7 (Korea). Produk PCR
6) Hijau kekuningan, selanjutnya dielektroforesis dan
7) Merah semburat kuning, divisualisasikan pada UV-transiluminator
8) Hijau dengan merah
(Wisedoc Germany).
keunguan dekat daun
7 Warna tangkai 1) Hijau,
daun bagian 2) Hijau kemerahan, Analisis data
bawah di batang 3) Hijau muda, Hasil karakterisasi morfologi dan
bagian tengah 4) Merah, molekuler berdasarkan penanda ISSR diskor
5) Hijau kekuningan, untuk analisis keragaman genetik dan
6) Merah kekuningan
analisis kelompok. Perhitungan nilai
8 Warna kulit 1) Krem,
luar umbi 2) Cokelat terang,
similaritas dihitung berdasarkan koefisien
3) Cokelat gelap kemiripan data kualitatif. Nilai similaritas
9 Warna lapisan 1) Pink, digunakan untuk mengkonstruksi dendogram
kortek umbi 2) Krem berdasarkan unweighted pair group method
10 Warna 1) Putih, with arithmetic mean (UPGMA)
daging umbi 2) Agak kuning, menggunakan program NTSYS-pc 2.11a,
3) Kuning sedangkan diagram analisis komponen
11 Jumlah 1) Tidak ada,
lekukan umbi 2) Sedikit,
utama (PCA) menggunakan Past3.
3) Sedang,
4) Banyak HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis kualitatif dan kuantitatif DNA Tiga variasi bentuk lobus daun yang
Isolasi DNA dilakukan menggunakan ditemukan pada 13 genotipe ubi kayu yang
metode cetyltrimethylammonium bromide diamati, adalah lanset, lanset eliptik, dan
(CTAB). Pengujian kualitatif dilakukan pendurate. Variasi bentuk lobus daun yang
dengan memvisualisasikan pada agarosa 1% paling berbeda ditemui pada genotipe
yang ditambah dengan 5 µL peqgreen Gebang dengan bentuk pendurate,
kemudian dielektroforesis pada tangki berisi sedangkan genotipe lainnya berbentuk lanset
Tris base EDTA (TBE) selama 55 menit pada hingga lanset eliptik. Tiga variasi warna pada
100 V. Selanjutnya, divisualisasikan pada warna tulang daun bagian atas, yaitu hijau
geldoc. Rasio kemurnian DNA terhadap kekuningan, merah muda, dan merah.

291
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

Tabel 3. Urutan sekuen DNA primer terpilih yang menghasilkan produk PCR polimorfik

Sekuen Primer (5’-3’) Annealing (ºC) Ukuran Fragmen JP JPP PPP %

(GA)9T 48,7 750–1625 6 3 50,0

(CT)8T 48,7 500–1400 5 4 80,0

(GT)8T 48,7 675–1700 6 2 33,3

(AG)8T 45,7 500–1000 4 2 50,0

(AG)8C 45,7 675–1400 5 4 80,0

(AC)8T 45,7 450–1100 4 3 80,0

(AC)8YA 49,7 250–1300 5 3 60,0

Total 35 21 433,33
Rata-rata 5 3 62

Keterangan:
Genotipe JP= Jumlahmemiliki
yang Pita, JPP= Jumlah
warnaPita Polimorfik,
hijau PPP= Persentase
1). Variasi Pita Polimorfik
warna batang bagian bawah pada
kekuningan pada tulang daun bagian atas, genotipe FEC-25, Roti kontrol, Roti, Roti
adalah Adira 4, Adira 4 kontrol, Roti, Roti varian, Ubi kuning, Mentega 1, Mentega 2,
kontrol. Genotipe dengan warna merah muda Lombok 2, dan Gebang adalah cokelat
pada tulang daun bagian atas ditemukan terang. Genotipe Adira 1 memiliki warna
pada FEC-25. Genotipe dengan warna merah batang bagian bawah cokelat kekuningan.
pada tulang daun bagian atas, adalah Genotipe Iding memiliki warna batang bagian
Mentega 2, Adira 1, Ubi kuning, dan Lombok bawah berwarna silver. Genotipe Adira 4 dan
2. Empat genotipe lainnya, yaitu Roti varian, Adira 4 kontrol memiliki batang bagian bawah
Gebang, Iding, dan Mentega 1 memiliki berwarna hijau abu-abu dan beberapa
warna tulang daun bagian atas merah muda berwarna abu-abu.
dan merah. Permukaan kulit luar umbi pada
Variasi karakter tangkai daun terdapat genotipe Adira 4, Roti kontrol, Roti varian,
pada warna tangkai daun bagian atas di Adira 4 kontrol, Adira 1, Lombok 2, Gebang
batang bagian atas dan warna tangkai daun berwarna cokelat gelap, sedangkan genotipe
bagian bawah di batang bagian tengah FEC-25, Ubi kuning, Roti, Mentega 1, Iding,
(Gambar 1). Berdasarkan hasil pengamatan dan genotipe Mentega 2 berwarna krem.
warna tangkai daun bagian atas di batang Variasi warna lapisan kortek yang
bagian atas berbeda dengan warna tangkai teridentifikasi adalah pink dan krem. Lapisan
daun pada bagian yang lainnya. Hal ini kortek berwarna pink terdapat pada genotipe
disebabkan pada tangkai daun di batang Adira 4, Adira 4 kontrol, Iding, sedangkan
bagian atas belum dewasa, masih ada genotipe lainnya memiliki lapisan kortek
perubahan warna. Warna tangkai daun yang berwarna krem. Pengamatan terhadap warna
bervariasi dapat dijadikan sebagai pembeda daging umbi menunjukkan bahwa terdapat 3
antar genotipe (Laila et al. 2015). Perbedaan variasi warna, yaitu putih, agak kuning, dan
warna tangkai daun bagian atas di batang kuning (Gambar 1).
bagian atas salah satunya ditemui pada Keragaman ubi kayu yang
genotipe Roti varian dengan warna tangkai teridentifikasi pada 13 genotipe yang diuji
daun merah kehijauan, sedangkan genotipe menunjukkan adanya variasi morfologi.
Roti kontrol berwarna hijau muda. Varasi morfologi juga ditemukan pada 181
Sudut pada batang yang memiliki aksesi ubi kayu yang berasal dari seluruh
cabang bervariasi antara 36-70 derajat. pulau di Indonesia yang di identifikasi
Genotipe Roti kontrol, FEC-25, Adira 1, berdasarkan 19 karakter morfologi (Laila et
Mentega 1, dan Mentega 2 memiliki tipe al. 2015). Lebih lanjut Derso dan Mahmud
percabangan satu dan dua, sehingga (2018) melaporkan adanya variasi warna
genotipe tersebut ada yang memiliki sudut pada daun, tangkai daun, ujung daun, dan
cabang dan ada yang tidak. Variasi warna permukaan kulit luar batang yang ditemukan
terdapat pada batang bagian bawah (Gambar pada empat varietas ubi kayu di Ethiopia.

292
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

Genotip

Genotip
Karakter Karakter
e

e
Warna Warna Warna Warna Warna Warna
Tangkai Batang Umbi Tangkai Batang Umbi
Adira-4

Adira-1
Adira-4 kontrol

Mentega-2
Ubi kuning
FEC-25

Gebang
Roti
Roti-kontrol

Lombok-2
Roti-varian

Iding

Karakter warna tangkai daun juga menjadi

Mentega-1

karakter penting dalam membedakan antar

43 aksesi ubi kayu koleksi plasma nutfah di
Ghana (Asare et al. 2011) dan digunakan
sebagai karakter spesifik yang dapat
membedakan 11 genotipe ubi kayu
(Sudarmonowati et al. 2008). Sedangkan
Gambar 1. Variasi morfologi 13 genotipe ubi kayu hasil
in vitro dan kontrol
hasil penelitian Zago et al. (2017) 37 dari 38

293
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

penanda morfologi yang digunakan untuk umum sama dengan hasil pengamatan yang
menganalisis aksesi ubi kayu di State of Mato telah dilakukan pada musim tanam pertama.
Grosso, Brazil menunjukan variasi. Hal ini menunjukkan bahwa variasi yang
Pengamatan terhadap variasi morfologi ditimbulkan akibat pemberian ZPT stabil pada
ubi kayu hasil perbanyakan in vitro pada 2 periode penanaman menggunakan stek
genotipe Roti kontrol, Roti varian, Adira 4 batang.
kontrol, dan FEC-25 telah dilakukan pada
penanaman pertama oleh peneliti di Analisis kelompok 13 genotipe ubi kayu
Laboratorium Genetika Molekuler dan Hubungan kemiripan pada 13 genotipe
Modifikasi Jalur Biosintesis Tanaman, Pusat berdasarkan 11 karakter morfologi memiliki
Penelitian Bioteknologi, LIPI (Fitriani et al. nilai koefisien similaritas 36–100%.
2014). Hasil pengamatan morfologi ke-4 Dendogram menunjukkan 4 kelompok utama
genotipe pada penanaman kedua secara memiliki nilai koefisen similaritas 45,6%

3
|

Gambar 2. Dendogram 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 11 karakter morfologi yang
dikonstruksi menggunakan UPGMA-NTSYS 2.11a

294
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

(Gambar 2). Kelompok 1 terdiri atas 4 genotipe Iding dan 3 tanaman dari genotipe
genotipe dan satu tanaman dari roti varian. Roti varian.
Kelompok 2 terdiri atas 5 genotipe (FEC-25, Hasil analisis dendogram menunjukkan
Mentega 1, Mentega 2, Ubi kuning, Lombok bahwa genotipe FEC-25 (Kelompok 2)
2). Kelompok 3 terdiri atas 2 genotipe (Adira terpisah dengan genotipe Adira 4 ataupun
1 dan Gebang). Kelompok 4 terdiri atas Adira 4 kontrol (kelompok 1). Hal yang sama
terjadi pada genotipe Roti varian (kelompok

Gambar 3. PCA 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 11 karakter morfologi yang dikonstruksi
menggunakan Past3. A: Sudut cabang, B: Warna batang bagian bawah, C: Bentuk lobus, D: Jumlah lobus,
E: Warna tulang daun bagian atas, F: Warna tangkai daun bagian atas di batang bagian atas, G: Warna
tangkai daun bagian bawah di batang bagian tengah, H: Warna kulit luar umbi, I: Warna lapisan korteks
umbi, J: Warna daging umbi, K: Jumlah lekukan umbi

Adira 4 kontrol Adira 4 FEC-25 Roti Roti varian Ubi kuning

1620 pb 1100 pb—

1400 pb 750 pb—
1000 pb 675 pb—
750 pb 450 pb—

Roti kontrol Roti Roti varian

Mentega 2 Mentega 1 Adira 1
1620 pb 1100 pb—
1400 pb 750 pb—
1000 pb 675 pb—
750 pb 450 pb—

(a) (b)

Gambar 4. Profil pita DNA hasil amplifikasi dengan primer (GA)9T (a) dan (AC)8T (b) pada 6 genotipe ubi kayu hasil
perbanyakan secara in vitro

295
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

4) yang terpisah dengan genotipe Roti kontrol karakter warna tangkai daun dan warna
dan Roti (kelompok 1). Hasil ini dapat terjadi permukaan atas tulang daun. Persamaan
karena adanya perbedaan karakter kualitatif karakter antara genotipe FEC-25 dengan
pada daun, batang, dan umbi. Genotipe FEC- genotipe Roti kontrol dan Roti adalah karakter
25 dan Roti varian berbeda secara morfologi bentuk lobus.
dengan tanaman asalnya. Secara morfologi Berdasarkan hasil dendogram,
genotipe FEC-25 berbeda dengan genotipe pengelompokan genotipe ubi kayu tidak
Adira 4 kontrol disebabkan karena karakter dipengaruhi oleh asal daerah, karena tidak
warna batang bagian bawah, warna kulit luar adanya relevansi dan konsistensi. Genotipe
umbi, dan warna lapisan kortek. Genotipe yang berasal dari Bogor, seperti Adira 4,
Roti varian berbeda dengan genotipe Roti Adira 1, dan Gebang tidak terdapat dalam
kontrol disebabkan karena perbedaan pada satu kelompok yang sama, sedangkan

Koefisien similaritas

Gambar 5. Dendogram 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 7 primer ISSR yang dikonstruksi
menggunakan UPGMA-NTSYS 2.11a

296
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

genotipe Mentega 1 dan Mentega 2 berasal pita polimorf dengan kisaran ukuran 250–
dari daerah Tasikmalaya terdapat dalam 1700 pb (Tabel 3). Keragaman genetika pada
kelompok yang sama. ubi kayu telah dievaluasi pada 13 genotipe
Hasil analisis kelompok pada 13 dengan 7 primer ISSR menghasilkan pola
genotipe berdasarkan penanda morfologi pita yang cukup jelas dan berukuran 250–
menunjukkan rentang nilai similaritas yang 1700 pb dengan jumlah pita bervariasi dari 4
luas 36–100% (Gambar 2). Rentang nilai hingga 6 pita DNA untuk setiap jenis (Gambar
similaritas luas juga terdapat pada beberapa 4). Hasil penelitian lainnya menunjukkan
hasil penelitian yang telah dilakukan bahwa 17 jenis tanaman ubi kayu yang
sebelumnya, yaitu nilai koefisien similaritas ditanam oleh petani di Mato Groso State
0,87–1,00 pada 93 aksesi ubi kayu dari Utara, Brazil menggunakan 15 primer ISSR
Malawi yang dikarakterisasi dengan 12 menghasilkan pola pita dengan jumlah pita
karakter (Benesi et al. 2010) . Sedangkan bervariasi 5 – 12 pita DNA untuk setiap
studi keragaman genetik dan jarak genetik jenisnya (Tiago et al. 2016).
pada ubi kayu di Indonesia yang berpotensi Secara genetik apabila dibandingkan
sebagai bahan makanan, industri dan biofuel pola pita yang terbentuk, tanaman hasil
berdasarkan karakter morfologi memiliki nilai perbanyakan in vitro memiliki perbedaan
variasi setinggi 49,82% (Laila et al. 2015). dengan tanaman kontrolnya. Hasil amplifikasi
Hasil penelitian lainnya menyatakan bahwa DNA dengan primer ISSR (GA)9T pada
nilai koefisien disimilaritas Euclidean pada 43 genotipe roti varian memiliki pola pita
aksesi ubi kayu plasma nutfah di Ghana berbeda dengan genotipe kontrolnya pada
berkisar antara 0,00–0,43 yang diidentifikasi ukuran 1400 pb (Gambar 4a) dan ukuran 750
berdasarkan 19 karakter morfologi (Asare et pb berdasarkan primer ISSR (AC)8T pada
al. 2011), lebih lanjut nilai koefisien ukuran 750 pb (Gambar 4b).
disimilaritas pada 11 genotipe ubi kayu yang Penggunaan penanda molekuler telah
dianalisis berdasarkan 6 karakter morfologi digunakan untuk mengetahui keragaman
berkisar antara 0,00–0,25 (Sudarmonowati et secara cepat dan efisien. Penanda molekuler
al. 2008). mikrosatelit telah digunakan untuk
Hasil analisis PCA membagi 13 mengetahui keragaman genotipe ubi kayu
genotipe ubi kayu dengan nilai PC 1 dan PC koleksi Brazil (Mezette et al. 2013), , koleksi
2 berturut-turut sebesar 26,82 dan 16,22% Puerto Rico (Rojas et al. 2011), dan untuk
(Gambar 3). Diagram PCA berdasarkan 11 mengetahui stabilitas tanaman ubi kayu hasil
ciri morfologi yang telah diamati pada 13 perbanyakan organogenesis (Osena et al.
genotipe ubi kayu menunjukkan bahwa 2017). Lebih lanjut penanda molekuler ISSR
keseluruhan genotipe masih mengelompok juga telah digunakan untuk mengetahui
seperti yang digambarkan dendrogram. tingkat keragaman tanaman ubi kayu hasil
Eigen value menunjukkan rasio antara variasi mikropropagasi (Vidal et al. 2015). Penanda
yang dapat dijelaskan dan tidak dijelaskan molekuler ISSR lebih spesifik dapat
dalam model. digunakan untuk menentukkan diversitas
Perubahan atau variasi morfologi pada genetik pada populasi ubi kayu di Angola
genotipe Roti varian dan FEC-25 yang (Afonso et al. 2019). Penanda ISSR juga
terinduksi oleh penggunaan ZPT diharapkan dapat digunakan untuk mengetahui
berkorelasi positif terhadap peningkatan daya hubungan antara karakter morfologi dengan
hasil, mutu, dan produksinya. Namun, agronomi ubi kayu aksesi Congolese untuk
diperlukan evaluasi dan pengamatan lebih program pembibitan (Mamba-Mbayi et al.
lanjut untuk memastikannya. Potensi variasi 2014).
morfologi perlu dilestarikan sebagai sumber
keragaman genetik yang dapat digunakan Keragaman genetik
dalam dasar perbaikan tanaman ubi kayu. Hubungan kemiripan pada 13 genotipe
berdasarkan 7 penanda ISSR memiliki nilai
Polimorfisme marka ISSR koefisien similaritas 55–100%. Dendogram
Lima belas primer ISSR telah menunjukkan 3 kelompok utama memiliki
digunakan untuk kajian polimorfisme marka nilai koefisen similaritas 66% (Gambar 5). Hal
ISSR pada 13 genotipe ubi kayu dan ini menunjukkan bahwa dendogram yang
diperoleh 7 primer ISSR yang menghasilkan terbentuk bersesuaian dengan PCA dengan

297
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

jumlah kelompok 3. Hasil analisis PCA kestabilan dan pada sampel tanaman dan
berdasarkan nilai Eigen value membagi 13 jumlah penanda yang lebih banyak, karena
genotipe ubi kayu dengan nilai PC 1 sebesar penelitian sebelumnya menyatakan bahwa
48,09% dan PC 2 sebesar 9,91% mendukung tanaman ubi kayu hasil organogenesis yang
hasil dendrogram. Hasil pengelompokan PCA diamplifikasi menggunakan penanda
yang terbentuk terdiri dari tiga, yaitu molekuler mikrosatelit memiliki pola pita
kelompok 1 (12 genotipe selain yang tertera monomorfik dan memiliki nilai kesamaan
pada kelompok 2 dan 3), kelompok 2 genetik yang tinggi, yaitu 95–100% (Osena et
(genotipe Iding), dan kelompok 3 (1 tanaman al. 2017).
dari genotipe FEC-25, Adira 4 kontrol,
Mentega 1, dan Lombok 2) (Gambar 6). KESIMPULAN
Hasil analisis dendogram menunjukkan
persentase koefisien similaritas dengan Ubi kayu genotipe Roti varian dan FEC-
rentang 55–100% (Gambar 5). Hasil analisis 25 hasil perbanyakan secara in vitro dengan
dendogram tersebut menunjukkan bahwa penambahan ZPT maupun tanaman hasil
genotipe hasil perbanyakan in vitro tidak perbanyakan secara vegetatif dengan stek
semua sampelnya terdapat dalam satu batang memiliki variasi morfologi dan variasi
kelompok. Hal ini menunjukkan bahwa genetik. Variasi morfologi yang tinggi ditandai
genotipe hasil perbanyakan in vitro memiliki dengan besarnya rentang nilai koefisien
variasi secara genetik. Namun, harus diuji similaritas pada 13 genotipe (36–100%) dan

Gambar 6. PCA 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 7 primer ISSR yang dikonstruksi
menggunakan Past3. A: ISSR (GA)9T 500 pb, B: ISSR (GA)9T 750 pb, C: ISSR (GA)9T 875 pb, D:
ISSR (GA)9T 1000 pb, E: ISSR (GA)9T 1200 pb, F: ISSR (GA)9T 1300 pb, G: ISSR (GA)9T 1400 pb,
H: ISSR (GA)9T 1625 pb, I: ISSR (CT)8T 500 pb, J: ISSR (CT)8T 1000 pb, K: ISSR (CT)8T 1100 pb,
L: ISSR (CT)8T 1300 pb, M: ISSR (CT)8T 1400 pb, N: ISSR (GT)8T 675 pb, O: ISSR (GT)8T 750
pb, P: ISSR (GT)8T 1000 pb, Q: ISSR (GT)8T 1400 pb, R: ISSR (GT)8T 1500 pb, S: ISSR (GT)8T
1625 pb, T: ISSR (GT)8T 2000 pb, U: ISSR (AG)8T 500 pb, V: ISSR (AG)8T 600 pb, W: ISSR (AG)8T
875 pb, X: ISSR (AG)8T 1000 pb, Y: ISSR (AG)8C 675 pb, Z: ISSR (AG)8C 750 pb, 1: ISSR (AG)8C
1000 pb, 2: ISSR (AG)8C 1100 pb, 3: ISSR (AG)8C 1400 pb, 4: ISSR (AC)8T 450 pb, 5: ISSR (AC)8T
675 pb, 6: ISSR (AC)8T 750 pb, 7: ISSR (AC)8T 1100 pb, 8: ISSR (AC)8YA 350 pb, 9: ISSR (AC)8YA
500 pb, 10: ISSR (AC)8YA 750 pb, 11: ISSR (AC)8YA 900 pb, 12: ISSR (AC)8YA 1000 pb, 13: ISSR
(AC)8YA 1100 pb, 14: ISSR (AC)8YA 1300 pb

298
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

variasi genetik ditunjukkan dengan nilai Statistik. https://www.bps.go.id/

koefisien similaritas (55–100%). dynamictable/2015/09/09/879/luas-
panen-ubi-kayu-menurut-provinsi-ha-
UCAPAN TERIMA KASIH 1993-2015.html. Diakses 11 Januari 2016
PPVT (2007) Panduan pengujian individual
Penelitian ini merupakan bagian dari kebaruan, keunikan, keseragaman, dan
kegiatan DIPA Tematik Pusat Penelitian kestabilan. Departemen Pertanian
Biologi LIPI tahun anggaran 2014 dan DIPA Republik Indonesia, Jakarta
Tematik Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Derso C, Mahmud A (2018) Study on
tahun anggaran 2015. Terima kasih morphological characters of four
diucapkan kepada seluruh peneliti dan teknisi cassava (Manihot esculenta Crantz)
Laboratorium Genetika Molekuler dan varieties as cultivated in Fafen district,
Modifikasi Jalur Biosintesis Tanaman Pusat Ethiopian Somali Regional State. Asian
Penelitian Bioteknologi, LIPI atas bantuan J Biotechnol Bioresourc Technol doi:
teknis selama di Laboratorium serta kepada 10.9734/AJB2t/2018/42717
Bapak Nanang Taryana dan Nawawi untuk Fitriani H, Hartati NS, Sudarmonowati E,
pemeliharaan tanaman di lapang. Ucapan Rahman N, Supatmi, Fatoni A (2014)
terima kasih juga diberikan kepada Direktorat Perbanyakan bibit dan evaluasi
Jenderal Pendidikan Tinggi (DIRJEN DIKTI) produksi ubi kayu varian in vitro dan
atas Beasiswa Pendidikan Pascasarjana mutan hasil radiasi. Laporan Teknik,
Dalam Negeri (BPPDN) Calon Dosen 2013. Pusat Penelitian Biologi – LIPI
Hartati NS, Fitriani H, Supatmi,
DAFTAR PUSTAKA Sudarmonowati E (2012) Karakter umbi
dan nutrisi tujuh genotip ubi kayu
Ademiluyi FT, Mepba HD (2013) Yield and (Manihot esculenta). Agricola 2:101–
properties of ethanol biofuel produced 111. doi: 10.35724/ag.v2i2.107
from different whole cassava flours. Hoque ME, Morshad MN (2014) Somaclonal
ISRN Biotechnol:1–6. doi: variation in potato (Solanum tuberosum
10.5402/2013/916481. L.) using chemical mutagen. The
Adetoro NA, Ogunbayo SA, Akinwale MO Agriculturists 12:15–25.
(2018) Evaluation of agronomic doi: 10.3329/agric.v12i1.19572
performance of beta-carotene rich Khan FA, Afzal A, Javed MA, Iqbal Z, Iftikhar
(yellow flashed) cassava varieties in R, Wattoo JI (2012) In vitro
Nigeria. J Plant Breed Crop Sci 10:273– regeneration, detection of somaclonal
280. doi: 10.5897/JPBCS2018.0731 variation and screening for mosaic virus in
Afonso SDJ, Moreira RFC, da Silva Ledo CA, sugarcane (Saccharum spp.)
Ferreira CF, da Silva Santos V, Muondo somaclones. Afr J Biotechnol 11:10841–
PA (2019) Genetic structure of cassava 10850. doi: 10.5897/AJB11.4073
populations (Manihot esculenta Crantz.) Khumaida N, Fauzi AR (2013) Induksi tunas
from Angola assessed through (ISSR) ubi kayu (Manihot esculenta Crantz.)
markers. Afr J Biotechnol 18:144–154. var Adira 2 secara in vitro. J Agron
doi: 10.5897/AJB2018.16720 Indones 41:133–139. doi:
Asare PA, Galyuon IKA, Sarfo JK, Tetteh JP 10.24831/jai.v41i2.7518
(2011) Morphological and molecular Laila F, Zanetta CU, Waluyo B, Amien S,
based diversity studies of some cassava Kurniawan A (2015) Early identification
(Manihot esculenta Crantz.) germplasm of genetic diversity and distance from
in Ghana. Afr J Biotechnol 10:13900– Indonesia cassava potential as food,
13908. doi: 10.5897/AJB11.929 industrial and biofuel based on
Benesi IRM, Labuschagne MT, Herselman L, morphological characters. Energy
Mahungu N (2010) Ethnobotany, Procedia 65:100–106. doi:
morphology and genotyping of cassava 10.1016/j.egypro.2015.01.039
germplasm from Malawi. J Biol Sci 10:616– Mahmood T, Nazar N, Abbasi BH, Khan MA,
623. doi: 10.3923/jbs.2010.616.623 Ahmad M, Zafar M (2010) Detection of
BPS (2016) Luas panen ubi kayu menurut somaclonal variation using RAPD
propinsi (ha), 1993–2015. Badan Pusat fingerprinting in Silybum marianum (L.).

299
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

J Med Plant Res 4:1822–1824. doi: health. Academic Press, Oxford, pp

10.5897/JMPR10.060 687–693. doi: 10.1016/B978-0-12-
Mamba-Mbayi G, Nkongolo KK, Narendrula R, 384947-2.00124-0
Djim PT, Kalonji-Mbuyi A (2014) Sudarmonowati E, Hartati NS, Sugiharti S,
Molecular relatedness and morpho- Rahman N, Fitriani H, Hartati, Wahyuni
agronomic charactreristics of Congolese (2008) Seleksi tanaman unggul
accessions of cassava (Manihot menggunakan marka RAPD. Laporan
esculenta Crantz) for breeding purpose. Teknik, Pusat Penelitian Biologi – LIPI
Biotechnol J Int 4:551–565. doi: Tiago AV, Rosi AAB, Tiago PV, Carpejani AA,
10.9734/BBJ/2014/7423 Silva BM, Hoogerheide ESS, Yamashita
Mezette TF, Blumer CG, Veasey EA (2013) OM (2016) Genetic diversity in cassava
Morphological and molecular diversity landraces grown on farm in Alta
among cassava genotypes. Pesq Floresta-MT, Brazil. Genet Mol Res
Agropec Bras 48:510–518. doi: 15:1–10. doi: 10.4238/gmr.15038615
10.1590/S0100-204X2013000500007 Vidal AM, Vieira LJ, Ferreira CF, Souza FVD,
Osena G, Amugune NO, Nyaboga EN (2017) Souza AS, Ledo CAS (2015) Genetic
Genetic stability of cassava plants fidelity and variability of micropropagated
regenerated through organogenesis using cassava plants (Manihot esculenta
microsatellite markers. J Plant Sci 5:19–28. Crantz) evaluated using ISSR markers.
doi: 10.11648/j.jps.20170501.13 Genet Mol Res 14:7759–7770. doi:
Oyenyika SA, Adeloye AA, Adesina BO, 10.4238/2015.July.14.2
Akinwande FF (2019) Physicochemical Vidal AM, Vieira LJ, Ferreira CF, Souza FVD,
properties of flour and starch from two Souza AS, Ledo CAS (2015) Genetic
cassava varieties. Agrosearch 19:28– fidelity and variability of micropropagated
45. doi: 10.4314/agrosh.v19i.3 cassava plants (Manihot esculenta
Priadi D, Fitriani H, Sudarmonowati E (2008) Crantz) evaluated using ISSR markers.
Pertumbuhan in vitro tunas ubi kayu Genet Mol Res 14:7759–7770. doi:
(Manihot esculenta Crantz) pada 10.4238/2015.July.14.2
berbagai bahan pemadat alternatif Wanapat M, Kang S. (2015) Cassava chip
pengganti agar. Biodiversitas 9:9–12. (Manihot esculenta Crantz) as an
doi: 10.13057/biodiv/d090103 energy source for ruminant feeding.
Rojas MM, Correa AM, Siritunga D (2011) Anim Nutr 1:266–270. doi:
Molecular differentiation and diversity of 10.1016/j.aninu.2015.12.001
cassava (M. esculenta) taken from 162 Zago BW, Barelli MAA, Hoogerheide ESS,
locations across Puerto Rico and Correa CL, Delforno GIS, da Silva CJ
assessed with microsatellite markers. AoB (2017) Morphological diversity of
Plants:1–13. doi: 10.1093/aobpla/plr010 cassava accessions of the south-
Shigaki T (2016) Cassava: The nature and central mesoregion of the State of Mato
uses. In: Caballero B, Finglas PM, Grosso, Brazil. Genet Mol Res 16:1–10.
Toldrá F (ed) Encyclopedia of food and doi: 10.4238/gmr16039725

300