Microflore Du Sol

Le sol, où cohabitent les racines des végétaux, les animaux et les microorganismes, est un assemblage complexe de substances minérales et organiques, de gaz et d'eau, à l'intérieur duquel se déroulent simultanément des phénomènes de dégradation et de synthèse. Les facteurs qui sont à l'origine de ces transformations sont arbitrairement divisés en deux catégories: d'une part les facteurs physico-chimiques (structure, texture, matière organique, concentration ionique, lumière, température, humidité, aération, etc.), d'autre part les facteurs biotiques. Ces derniers font appel à la fois aux potentialités intrinsèques de chaque individu (développement, adaptation, etc.) et aux relations trophiques entre les espèces animales, fongiques et procaryotiques. Du point de vue biologique, ce sont donc les aspects nutritionnels qui sont les plus importants, car ils sont les moteurs des transformations se déroulant dans ce milieu.

Les relations entre les organismes décomposeurs (microbes et animaux) et les substrats minéraux et organiques ont été étudiées à l'aide d'une méthode micromorphologique. Les premiers résultats concernent la couche L1 (Ln au sens de BABEL) d'une litière de Pinus sylvestris, dominée par la mousse Pseudoscleropodium purum. Ce niveau est le siège d'un intense développement de champignons à l'intérieur des aiguilles de pin, résultant d'infestations à la fois saprophytes (Verticicladium trifidum) et parasites (Lophodermium pinastri, Lophodermella et Ceuthospora pinastri). Le rôle de la faune du sol à ce niveau est à la fois le broutage de la mycoflore externe (Oribates) et le transport de germes viables (Enchytréides), ce second rôle étant d'une importance cruciale dans la colonisation bactérienne des tissus internes lorsque les aiguilles sont mordillées ou pénétrées. An English translation of this paper is available at https://www.researchgate.net/publication/44180228.

Le compartiment biologique des sols joue un rôle essentiel en délivrant des biens et des services écosystémiques clés, et il est impliqué directement et indirectement dans plusieurs fonctions du sol (cycle des nutriments, structure du sol, rétention de l'eau). La Commission Européenne a souligné l'intérêt de prendre en compte ce compartiment biologique. Elle a notamment demandé de développer des recherches sur ce thème dans les politiques de gestion des sols, en caractérisant la diversité spécifique et les fonctions biologiques de certains organismes du sol. Afin de répondre à de telles demandes et de réaliser un premier état de la biodiversité des sols à l'échelle régionale en relation avec les usages des sols et les paramètres pédoclimatiques, un programme français « RMQS BioDiv » a été mis en place sur les 109 sites du RMQS classique en Bretagne. Un important réseau de collaborations scientifiques et de développement (12 équipes) a ainsi été créé pour étudier un très grand nombre de paramètres biologiques à savoir la macrofaune (lombriciens, macrofaune totale), la mésofaune (collemboles et acariens), la microfaune (nématodes), et la microflore (biomasse microbienne, structure des communautés bactériennes et gènes fonctionnels), de même que des paramètres d'activité de la faune du sol (Humus Index). Ainsi, ce programme s'est appuyé sur le Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS) mis en place à l'échelle nationale pour suivre l'évolution de paramètres physico-chimiques et d'usage des sols en utilisant un échantillonnage systématique (grille de 16 X 16 km) couvrant l'ensemble du territoire français. Le lien entre ces deux programmes, travaillant selon la même grille d'échantillonnage, permettra d'étudier les paramètres biologiques au regard des caractéristiques agro-pédoclimatiques, et devrait permettre d'établir des pistes de réflexion pour l'évaluation d'indicateurs biologiques pertinents de la qualité des sols. L'objectif de ce travail est de présenter les protocoles et procédures mis en place dans le cadre du programme RMQS BioDiv pour l'étude des différents paramètres biologiques, la gestion et le traitement des données, ainsi que les premiers résultats obtenus. Ces résultats résultent de l'analyse de 109 sites bretons échantillonnés en 2006 et 2007, et montrent la distribution spatiale de différents paramètres biologiques.

Cet article traite d'une étude micromorphologique de la couche L2 d'un moder hydromorphe dans une station de pin sylvestre (Pinus sylvestris L.). Les relations entre la faune du sol, la microflore (champignons, bactéries, algues) et la litière en décomposition ont été établies grâce à l'observation de l'ensemble du matériel présent dans un petit volume de sol. Comme résultat, il a été observé que la faune du sol (dans le cas présent les Enchytréides) joue un rôle dans la colonisation bactérienne des aiguilles de pin. La couche L2 est un niveau où l'intérieur des aiguilles est envahi par des algues du sol et des bactéries, avec un développement de Protozoaires. Des germes viables sont transportés sur le tégument des animaux du sol qui les insinuent directement dans les tissus internes. La décomposition des autres composants de la litière tels que le bois, l'écorce et les brindilles de pin, les folioles de fougère aigle et la mousse [Pseudoscleropodium purum (L.)] a été également étudiée. Les spectres alimentaires de différents groupes de la faune du sol ont été établis. An English translation of this paper is available at https://www.researchgate.net/publication/44180228.