Resumo

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title: "Desenvolvimento de relatórios informativos automatizados com análises

estatísticas da Covid-19"
author: |
| Aluno: Pedro Henrique Corrêa de Almeida
| Matrícula: 202065075AD
| Orientador: Augusto Carvalho Souza - Departamento de Estatística
| Siape Orientador: 2480284
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# Introdução
A Plataforma [JFSalvandoTodos](http://jfsalvandotodos.ufjf.br/#!/) foi idealizada

assim que a pandemia da Covid-19 foi decretada pela Organização Mundial da Saúde.
Fundada em 29/03/2020, pelo professor Marcel de Toledo Vieira do Departamento de
Estatística da UFJF e pelo Pedro Pacheco, então aluno do Curso de Estatística, tem
como objetivo permitir a visualização de dados sobre a evolução da pandemia da
Covid-19 de forma gratuita, segura, simples e amigável para todos os municípios do
Brasil, regiões de saúde, regiões do IBGE, Unidades da Federação, para a Região
Integrada de Desenvolvimento do Distrito Federal e para o país como um todo.
# Objetivo
Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi, através da plataforma, permitir o

usuário baixar um relatório com análises estatísticas sobre a pandemia da Covid-19
para qualquer município, regiões de saúde, regiões do IBGE, Unidades da Federação
ou para o país. A proposta foi criar um relatório no formato .pdf com análises
divididas por semanas epidemiológicas. Dessa forma, a plataforma oferece uma
maneira rápida e simples de oferecer tais informações através de um documento
oficial da plataforma. Além disso, implementamos a opção do usuário escolher a
quantidade de semanas analisadas, variando de 1 a 4 semanas e definir a semana
final da análise.
# Estrutura do Relatório
O relatório foi dividido em blocos de análise, que podem variar de 6 a 9 blocos de

análise dependendo dos dados disponíveis para determinada localidade, e um
cabeçalho informando a localidade e o período analisado, junto com as semanas
epidemiológicas correspondentes. Estes blocos são:
* Introdução
* Nível de transmissão
* Análise de médias móveis
* Casos e óbitos por sexo e idade (apenas para as cidades de MG)
* Taxa de Letalidade
* Análise de Doses Aplicadas (apenas para as cidades de MG)
* Reprodução Efetiva - RT (opcional)
* Ficha Técnica
* Fontes
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![](Screenshot 2022-06-25 133448.png)
# Dados
Os dados da Covid-19 utilizados na plataforma são obtidos a partir de fontes

oficiais de dados públicos, sendo eles Ministério da Saúde, Secretaria de Estado de
Saúde de Minas Gerais e Prefeitura de Juiz de Fora. Esses dados são armazenados em
um arquivo .bd e, utilizando o pacote RSQLite, é realizada uma conexão entre o R e
o banco de dados, com isso é possível realizar consultas nos dados pelo R.
# Desenvolvimento
Toda a plataforma foi construída utilizando o software R, software livre destinado

à computação estatística. Para isso, foi utilizado o pacote Shiny, pacote para
desenvolvimento de aplicações web pelo R. A plataforma está hospedada no Centro de
Gestão do Conhecimento Organizacional (CGCO) da UFJF, e pode ser acessada por [JF
Salvando Todos (ufjf.br)](http://jfsalvandotodos.ufjf.br/#!/) .
A partir disso, a geração dos relatórios utilizou a integração dentro da aplicação

Shiny a fim de renderizar um arquivo desenvolvido em RMarkdown, pacote que
possibilita a incorporação de scripts em R (além de outras linguagens) com um
arquivo Markdown (.md), e, dessa forma, converte-o para arquivos de diversos
formatos como .pdf, .html, .docx, .odt, atuando em conjunto com os pacotes knitr e
pandoc.
Nesse sentido, o projeto consistiu em desenvolver um arquivo .Rmd a fim de gerar um

arquivo .pdf. Como é possível integrar o código em R com o texto em markdown, foi
criada a base do texto da análise, onde as informações eram variáveis do R
coletadas e calculadas a partir dos dados presentes no banco de dados, apresentando
gráficos gerados a partir do pacote ggplot2. Além disso, o Shiny permite a troca de
informações entre a aplicação e o arquivo .Rmd, ou seja, o relatório é gerado de
acordo com a interação do usuário na plataforma, variando localidade e período.
![](Flowchart.png)
Com o intuito de criar a interação entre usuário e a geração do relatório, a partir

do Shiny, foram criadas duas caixas de seleção. Uma delas referente à semana
epidemiológica final da análise, onde as opções variam da semana 20 de 2020 até a
última semana completa que possui dados atualizados no banco de dados. A outra
caixa se refere a quantidade de semanas da análise, podendo variar de 1 semana (7
dias) até 4 semanas (28 dias).
Uma das análises realizada no relatório é referente à estimação do número de

Reprodução efetiva (Rt) a partir da função epiEstim considerando parâmetros
definidos por Nishiura, Linton e Akhmetzhanov (2020). No entanto, como o tempo de
execução pode ser maior a fim de calcular essas estimações, definimos uma opção
para o usuário escolher se quer tal análise ou não.
![](Screenshot 2022-07-14 233727.png)
# Resultados
A fim de analisar a geração de relatórios na plataforma JFSalvandoTodos, a partir

do dia 18 de junho, implementamos uma forma de registrar cada relatório baixado
pelos usuários. Com esses dados foi gerado um gráfico de barras da quantidade de
relatórios gerados para cada localidade, segue abaixo:
![](Rplot02.png)
# Referências
[1] XIE, Yihui; ALLAIRE, Joseph J.; GROLEMUND, Garret. R Markdown: The Definitive
Guide. CRC Press, 2018.
[2] BEELEY, Chris. Web Application Development with R Using Shiny. Packt
Publishing, 2016.
[3] WICKHAM, Hadley. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. Springer, 2010.
[4] TEETOR, Paul. R Cookbook. O'Reilly Media, 2011.

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A Plataforma [JFSalvandoTodos](http://jfsalvandotodos.ufjf.br/#!/) foi idealizada

Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi, através da plataforma, permitir o

O relatório foi dividido em blocos de análise, que podem variar de 6 a 9 blocos de

![](Screenshot 2022-06-25 133448.png)

Os dados da Covid-19 utilizados na plataforma são obtidos a partir de fontes

Toda a plataforma foi construída utilizando o software R, software livre destinado

A partir disso, a geração dos relatórios utilizou a integração dentro da aplicação

Nesse sentido, o projeto consistiu em desenvolver um arquivo .Rmd a fim de gerar um

Com o intuito de criar a interação entre usuário e a geração do relatório, a partir

Uma das análises realizada no relatório é referente à estimação do número de

![](Screenshot 2022-07-14 233727.png)

A fim de analisar a geração de relatórios na plataforma JFSalvandoTodos, a partir

[4] TEETOR, Paul. R Cookbook. O'Reilly Media, 2011.

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