Nakamura rozpoczął pracę w New Japan Pro Wrestling (NJPW) w marcu 2002. Szybko zaskarbił sobie przychylność władz i fanów federacji, zdobywając przydomek "Super Rookie" i pokazując w swoich walkach połączenie siły, szybkości i umiejętności wrestlerskich[3]. Nakamura zaczął też trenować vale tudo, a 31 grudnia 2002 zadebiutował jako zawodnik mieszanych sztuk walki – przegrał walkę z Danielem Graciem przez poddanie[4]. 2 maja 2003, w drugiej walce, Nakamura zmusił Jana Nortje'a do poddania się po założeniu na nim duszenia gilotynowego[4]. 13 września pokonał Shane'a Eitnera, również przez poddanie[4]. 9 grudnia 2003, Nakamura pokonał Hiroyoshiego Tenzana w pojedynku o IWGP Heavyweight Championship, stając się najmłodszym zdobywcą tytułu w historii[3]. 4 stycznia 2004, na Wrestling World 2004, Nakamura wygrał walkę z NFW Heavyweight Championem Yoshihiro Takayamą i zunifikował dwa mistrzostwa[3]. Miesiąc później, Nakamura zmuszony został do zawieszenia tytułu z powodu kontuzji[3]. Po powrocie otrzymał szansę walki z ówczesnym posiadaczem mistrzostwa – Bobem Sappem, lecz nie zdołał go pokonać[5]. 22 maja 2004, Nakamura stoczył swoją ostatnią walkę MMA; zmusił Aleksieja Ignaszowa do poddania się[4]. 11 grudnia, Nakamura i jego tag team partner, Hiroshi Tanahashi, zdobyli IWGP Tag Team Championship[3]. 4 stycznia 2005, na Toukon Festival: Wrestling World 2005, Nakamura pokonał Tanahashiego w walce o IWGP U-30 Openweight Championship[3]. 30 października 2005, Nakamura i Tanahashi utracili IWGP Tag Team Championship na rzecz Cho-Ten (Masahiro Chono i Hiroyoshiego Tenzana)[3].
4 stycznia 2006, na Toukon Shidou Chapter 1, Nakamura zmierzył się z Brockiem Lesnarem w starciu o IWGP Heavyweight Championship, lecz nie zdołał pokonać mistrza[6]. W marcu 2006 ogłosił, że wybierze się na tournée, aby nabrać więcej doświadczenia i polepszyć swoje umiejętności ringowe[3].
Nakamura powrócił do NJPW 24 września 2006 i dołączył do ugrupowania Black. Połączył siły z Masahiro Chono i wraz z nim wygrał G1 Tag League[3]. 10 grudnia, zawalczył z IWGP Heavyweight Championem Hiroshim Tanahashim, lecz nie zdołał go pokonać[3]. 4 stycznia 2007, na Wrestle Kingdom, Nakamura przegrał starcie z Toshiakim Kawadą[3]. Wziął udział w turnieju G1 Climax; dostał się do półfinału, lecz został zmuszony opuścić turniej z powodu kontuzji ramienia[3]. Do akcji w ringu powrócił dopiero w listopadzie. Nakamura przejął pozycję lidera grupy Black i przemienił ją w RISE – stajnię, składającą się z niego samego, Minoru, Milano Collection A.T., Hirookiego Goto, Gianta Bernarda, Travisa Tomko, Prince'a Devitta oraz Low Kiego[3][7]. 9 grudnia, Nakamura pokonał Togiego Makabe w walce o miano pretendenckie do IWGP Heavyweight Championship[3].
4 stycznia 2008, Nakamura wygrał starcie o IWGP Heavyweight Championship z Hiroshim Tanahashim, stając się dwukrotnym posiadaczem tytułu[3]. 17 lutego, pokonał Kurta Angle'a, wygrywając IWGP Heavyweight Championship federacji Inoki Genome Federation[3]. Nakamura zunifikował mistrzostwa i ostatecznie utracił je na rzecz zawodnika All Japan Pro Wrestling – Keijiego Mutoha[3].
5 września 2008, Nakamura i Hirooki Goto przegrali starcie drużynowe z Togim Makabe i Toru Yano, a po walce zostali zaatakowani przez Giant Bernarda i Ricka Fullera[3]. 13 października, Nakamurze nie udało się odzyskać IWGP Heavyweight Championship z rąk Keijiego Mutoha[3].
W kwietniu 2009, Nakamura przeszedł heel turn i połączył siły z byłymi członkami ugrupowania GBH (Great Bash Heel). Jego nowa grupa przerodziła się w stajnię Chaos[3]. Nakamura wziął udział w turnieju G1 Climax i dostał się do finału dzięki nowemu, silniejszemu stylowi walki. Przegrał walkę finałową z Makabe, lecz 27 września zdołał pokonać go w pojedynku o IWGP Heavyweight Championship[3][8].
12 października, Nakamura obronił tytuł w walce z Shinjiro Otanim. Na Destruction '09 pokonał Hiroshiego Tanahashiego, a miesiąc później wygrał kolejne starcie o tytuł, tym razem z Yujim Nagatą[8]. 4 stycznia 2010, na Wrestle Kingdom IV, Nakamura pokonał Yoshihiro Takayamę[3]. Przyjął wyzwanie Manabu Nakanishiego i pokonał go, broniąc tytułu po raz piąty[3]. 4 kwietnia, wygrał starcie ze zwycięzcą turnieju New Japan Cup 2010 – Hirookim Goto[9]. Po walce, przyjął wyzwanie Togiego Makabe. Trzecie panowanie Nakamury jako IWGP Heavyweight Championa zakończyło się 3 maja, na gali Wrestling Dontaku 2010, gdzie został pokonany przez Makabe[9]. Po przegranej, Nakamura postanowił odpocząć od akcji w ringu, by wyleczyć kontuzję ramienia. Powrócił 19 czerwca, na Dominion 6.19 i pokonał Daniela Pudera[9]. Miesiąc później, Nakamura zawalczył z Makabe w walce rewanżowej o IWGP Heavyweight Championship, lecz nie zdołał pokonać mistrza[3]. Wziął udział w turnieju G1 Climax, lecz nie zdołał dostać się do finału po zremisowanym pojedynku z zawodnikiem Pro Wrestling Noah – Go Shiozakim[3]. Nakamura zmierzył się ze Shiozakim jeszcze raz, w pojedynku bez limitu czasowego i ostatecznie przegrał walkę[9]. 11 grudnia, Nakamura przegrał walkę z IWGP Heavyweight Championem Satoshim Kojimą[9].
4 stycznia 2011, na Wrestle Kingdom V, Nakamura pokonał Go Shiozakiego[10]. 3 maja, przegrał walkę o IWGP Heavyweight Championship z Hiroshim Tanahashim[11]. Na przełomie maja i czerwca, Nakamura udał się na tournée z meksykańską federacją Consejo Mundial de Lucha Libre (CMLL)[11]. W sierpniu wziął udział w turnieju G1 Climax; w finale pokonał Tetsuyę Naito, zdobywając miano pretendenckie do IWGP Heavyweight Championship[11]. 19 września, Nakamura zmierzył się z posiadaczem mistrzostwa, Hiroshim Tanahashim, lecz nie zdołał wygrać walki[11]. Nakamura połączył siły z Toru Yano, tworząc "Chaos Top Team". Razem dołączyli do turnieju G1 Tag League; zostali wyeliminowani w półfinale[11]. Na Wrestle Kingdom VI w styczniu 2012, Chaos Top Team zostało pokonane przez zawodników Pro Wrestling Noah – Go Shiozakiego i Naomichiego Marufujiego[12].
22 lipca 2012, Nakamura pokonał Hirookiego Goto w walce o IWGP Intercontinental Championship, zdobywając mistrzostwo po raz pierwszy[13]. W sierpniu wziął udział w turnieju G1 Climax[13]. 5 sierpnia, zmierzył się z kolegą ze stajni Chaos – Kazuchiką Okadą. Pokonał go, utwierdzając swoją pozycję lidera w grupie[13]. 8 października, obronił tytuł w walce rewanżowej z Goto, zaś 11 listopada pokonał Karla Andersona[13]. Nakamura i inny członek Chaos, Tomohiro Ishii, wzięli udział w turnieju World Tag League, lecz nie zdołali przejść fazy grupowej[13]. Na Wrestle Kingdom VII, Nakamura obronił IWGP Intercontinental Championship w walce z Kazushim Sakurabą[14]. Podczas Fantastica Manii 2013, pokonał La Sombrę[15]. We wczesnym 2013, Nakamura wziął udział w rywalizacji między stajnią Chaos a ugrupowaniem Suzuki-gun. 3 marca, pokonał członka Suzuki-gun Lance'a Archera w walce o IWGP Intercontinental Championship[16]. 5 kwietnia, Nakamura i Tomohiro Ishii zmierzyli się z Archerem i Daveyem Boyem Smithem Jr., lecz nie zdołali odebrać im IWGP Tag Team Championship[16]. Dwa dni później, Nakamura pokonał Smitha, broniąc swojego mistrzostwa[16]. Na Wrestling Dontaku, po raz kolejny obronił tytuł, tym razem w starciu z najnowszym członkiem Suzuki-gun – Sheltonem Benjaminem[16].
11 maja Nakamura udał się na kolejne tournée po Meksyku z federacją CMLL[16]. Szybko rozpoczął rywalizację z La Sombrą; po dwóch przegranych 6-Man Tag Team matchach przeciwko drużynie La Sombry, Nakamura przyjął jego wyzwanie na walkę o IWGP Intercontinental Championship. 31 maja 2013, La Sombra pokonał Nakamurę, kończąc jego trwające 313 dni panowanie[16]. Nakamura powrócił do NJPW 22 czerwca, na Dominion 6.22; drużyna składająca się z niego i Tomohiro Ishiiego przegrała starcie z Minoru Suzukim i Sheltonem Benjaminem[16]. 20 lipca, Nakamura pokonał La Sombrę w walce rewanżowej o IWGP Intercontinental Championship, stając się pierwszym w historii dwukrotnym posiadaczem tego tytułu[16]. W sierpniu wziął udział w G1 Climax, lecz nie zdołał przejść fazy grupowej turnieju[16]. 29 września, na gali Destruction, Nakamura pokonał Benjamina w walce o IWGP Intercontinental Championship[16]. Na King Of Pro-Wrestling, pokonał Naomichiego Marufujiego, zaś na Power Struggle – Minoru Suzukiego[16]. Nakamura i Tomohiro Ishii wzięli udział w World Tag League, lecz nie zdołali dostać się do półfinału[16].
4 stycznia 2014 Nakamura utracił IWGP Intercontinental Championship na rzecz Hiroshiego Tanahashiego w walce wieczoru Wrestle Kingdom VIII[17]. 9 lutego nie zdołał odzyskać tytułu w walce rewanżowej[18]. W marcu, Nakamura przystąpił do turnieju New Japan Cup i ostatecznie okazał się jego zwycięzcą[19]. Po zakończeniu turnieju, wyzwał Tanahashiego na kolejną walkę. 6 kwietnia na Invasion Attack 2014, Nakamura pokonał rywala, stając się IWGP Intercontinental Championem po raz trzeci[20]. W następnym miesiącu wziął udział w tournée NJPW po Ameryce Północnej; na gali War of the Worlds pokonał zawodnika Ring of Honor – Kevina Steena[20]. 25 maja pokonał Daniela Gracie[20]. 21 czerwca na Dominion 6.21, Nakamura utracił mistrzostwo na rzecz Bad Luck Fale'a[20]. Przystąpił do turnieju G1 Climax, lecz został pokonany w finale przez Kazuchikę Okadę[20]. 21 września odzyskał IWGP Intercontinental Championship w starciu rewanżowym z Bad Luck Falem[20]. Po obronie tytułu w pojedynku z Katsuyorim Shibatą Nakamura po raz kolejny połączył siły z Tomohiro Ishiim i wraz z nim przystąpił do World Tag League. Nie udało im się dostać do finału[20]. Na Wrestle Kingdom 9, Nakamura obronił tytuł mistrzowski w starciu z Kotą Ibushim[21], zaś 14 lutego, na The New Beginning in Sendai, w walce z Yujim Nagatą[22]. Czwarte panowanie Nakamury jako IWGP Intercontinental Championa zostało przerwane przez Hirookiego Goto, 3 maja 2015[23]. Nakamurze nie udało się odzyskać mistrzostwa w starciu rewanżowym na Dominion 7.5[24].
Nakamura przystąpił do turnieju G1 Climax. Pomimo kontuzji ramienia zdołał wygrać fazę grupową, lecz ostatecznie został pokonany w finale przez Hiroshiego Tanahashiego[24]. 27 września Nakamura pokonał Hirookiego Goto, zdobywając IWGP Intercontinental Championship po raz piąty w karierze[24]. Na Power Struggle w listopadzie obronił tytuł w walce z Karlem Andersonem[24], a na Wrestle Kingdom 10 – w walce z AJ'em Stylesem[25]. Po Wrestle Kingdom ogłoszono, że Nakamura wkrótce odejdzie z NJPW, aby móc walczyć dla amerykańskiej federacji WWE[26]. 25 stycznia Nakamura zrzekł się IWGP Intercontinental Championship. 30 stycznia odbył ostatnią walkę jako zawodnik NJPW – on, Kazuchika Okada i Tomohiro Ishii pokonali Hirookiego Goto, Hiroshiego Tanahashiego i Katsuyoriego Shibatę[27].
Nakamura i inny wrestler NJPW, Kazuchika Okada, wystąpili w japońskiej wersji teledysku do "Happy" Pharrella Williamsa[40]. 27 maja 2014, Nakamura opublikował autobiografię King of Strong Style 1980–2004[41]. Wrestler pojawi się jako postać grywalna w grze WWE 2K17[42].
Aleksiej Ignaszow (1-0-1.NC)
Saitama, Japonia
Ken Shamrock (25-8-6)
Manaus, Brazylia
Jan Nortje (1-2)