Kinom

W biologii molekularnej, kinom organizmu to zestaw (genów dla) kinaz białkowych w jego genomie. Kinazy białkowe są grupą enzymów katalizujących reakcje fosforylacji reszt aminokwasowych białek. Kinazy dzielą się na podgrupy i rodziny, np. w zależności od substratu, którym może być reszta serynowa (kinazy serynowe), reszta treoninowa (kinazy treoninowe) lub obie reszty aminokwasowe (kinazy serynowo-treoninowe, np. należące do rodzin MAP2K i GSK). Termin "kinom" został użyty po raz pierwszy w 2002 roku przez Gerarda Manninga i wsp. w dwóch pracach opisujących 518 ludzkich kinaz białkowych^[1] i przebieg ewolucji kinaz białkowych u eukariontów^[2]. Opisano również kinom ryżu^[3], różnych grzybów, nicieni, owadów, jeżowców^[4] i śluzowca Dictyostelium^[5].

Ponieważ kinazy są istotnym celem projektowanych leków jako enzymy kontrolujące funkcje komórki, kinom jest badany na dużą skalę metodami genomiki funkcjonalnej, z udziałem RNAi i pod kątem działań niektórych leków, zwłaszcza chemioterapeutyków stosowanych w leczeniu nowotworów^[6].

U zwierząt kinom zawiera tylko kinazy fosforylujące wyłącznie reszty tyrozynowe (kinazy tyrozynowe), kinazy działające na reszty serynowe lub treoninowe, i kilka klas (takich jak GSK3 i MAP2K) kinaz serynowo-treoninowych.

Przypisy

↑ Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome.. „Science”. 298. 5600, s. 1912-34, 2002. DOI: 10.1126/science.1075762. PMID: 12471243.
↑ Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S. Evolution of protein kinase signaling from yeast to man. „Trends Biochem Sci”. 27. 10, s. 514-20, 2002. PMID: 12368087.
↑ Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P. The rice kinase database. A phylogenomic database for the rice kinome. „Plant Physiol”. 143. 2, s. 579-86, 2007. DOI: 10.1104/pp.106.087270. PMID: 17172291.
↑ Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, Arnone MI, Rizzo F, Coffman JA, Mushegian A, Goel M, Morales J, Geneviere AM, Lapraz F, Robertson AJ, Kelkar H, Loza-Coll M, Townley IK, Raisch M, Roux MM, Lepage T, Gache C, McClay DR, Manning G. The sea urchin kinome: a first look. „Dev Biol”. 300. 1, s. 180-93, 2006. DOI: 10.1016/j.ydbio.2006.08.074. PMID: 17027740.
↑ Goldberg JM, Manning G, Liu A, Fey P, Pilcher KE, Xu Y, Smith JL. The dictyostelium kinome--analysis of the protein kinases from a simple model organism. „PLoS Genet”. 2. 3, s. e38, 2006. DOI: 10.1371/journal.pgen.0020038. PMID: 16596165.
↑ Workman P. Drugging the cancer kinome: progress and challenges in developing personalized molecular cancer therapeutics. „Cold Spring Harb Symp Quant Biol”. 70, s. 499-515, 2006. DOI: 10.1101/sqb.2005.70.020. PMID: 16869789.

Linki zewnętrzne

Kinome site
KinBase
The Human Kinome diagram
Rice Kinome Database. rkd.ucdavis.edu. [zarchiwizowane z tego adresu (2008-07-23)].

[1] Manning G, Whyte DB, Martinez R, Hunter T, Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome.. „Science”. 298. 5600, s. 1912-34, 2002. DOI: 10.1126/science.1075762. PMID: 12471243.

[2] Manning G, Plowman GD, Hunter T, Sudarsanam S. Evolution of protein kinase signaling from yeast to man. „Trends Biochem Sci”. 27. 10, s. 514-20, 2002. PMID: 12368087.

[3] Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P. The rice kinase database. A phylogenomic database for the rice kinome. „Plant Physiol”. 143. 2, s. 579-86, 2007. DOI: 10.1104/pp.106.087270. PMID: 17172291.

[4] Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, Arnone MI, Rizzo F, Coffman JA, Mushegian A, Goel M, Morales J, Geneviere AM, Lapraz F, Robertson AJ, Kelkar H, Loza-Coll M, Townley IK, Raisch M, Roux MM, Lepage T, Gache C, McClay DR, Manning G. The sea urchin kinome: a first look. „Dev Biol”. 300. 1, s. 180-93, 2006. DOI: 10.1016/j.ydbio.2006.08.074. PMID: 17027740.

[5] Goldberg JM, Manning G, Liu A, Fey P, Pilcher KE, Xu Y, Smith JL. The dictyostelium kinome--analysis of the protein kinases from a simple model organism. „PLoS Genet”. 2. 3, s. e38, 2006. DOI: 10.1371/journal.pgen.0020038. PMID: 16596165.

[6] Workman P. Drugging the cancer kinome: progress and challenges in developing personalized molecular cancer therapeutics. „Cold Spring Harb Symp Quant Biol”. 70, s. 499-515, 2006. DOI: 10.1101/sqb.2005.70.020. PMID: 16869789.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]