2004 metais komanda debiutavo aukščiausiojoje lygoje ir sugebėjo pakilti iki 6-osios vietos. 2005 m. klubas dar kartą užėmė 6 vietą. Tai geriausias pasiekimas per visą klubo istoriją.
2018 m. klubas licencijavosi Pirmos lygos pirmenybėms, tačiau turėjo problemų su žaidėjais, todėl paskelbė, kad traukiasi iš pirmos lygos prieš pat pirmenybių pradžią. 2018 m. sezone žaidė Antros lygos, Vakarų zonoje.
2022 m. licencijavosi Antrai lygai.[5] Tapo vienu iš dalyvių, kurie rungtyniavo 2022 m. Antroje lygoje.[6][7] Užėmė trečiąją vietą, ir žaidė pereinamąsias rungtynės su Riteriai B dėl teisės žaisti 2023 m. sezono LFF I lygoje.[8] FK Šilutė pralaimėjo 0:1 ir 0:4 ir neiškovojo vietos Pirmoje lygoje. Vadovai taip pat paminėjo kad licencijuotis į I lygą neturėjo planų bet kuriuo atveju, klube nėra I lygos reikalavimus atitinkančios struktūros.[9]
2015 metais vykusiame futbolo turnyre „Žemaitijos taurė-2016“ „Šilutės“ komanda iškovojo pirmąją vietą A grupės varžybose, o vėliau tapo ir turnyro nugalėtojais.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.