Nutiesus Pagėgių–Šilėnų geležinkelį, Šienlaukio stotis atidaryta 1916 m.[3]1943 m. kovo 11 d. ties Šienlaukio stotimi susidūrė 2 traukinių sąstatai, pilni vokiečių kareivių. Apie 4 valandą nakties netoli stoties priešpriešiais susidūrė du ešelonai – vienas iš Rytų fronto su sužeistais ir atostogauti vykstančiais vermachto kariais važiavo į Vokietiją, o kitas iš Vokietijos su kariais vyko į Rytų frontą. Ešelonai turėjo prasilenkti Šienlaukio geležinkelio stotyje. Avarijoje žuvo apie 130 vokiečių. Iki šiol nėra visai aišku, ar tai buvo antifašistinio „Keršytojo“ būrio partizanų diversija, ar atsitiktinumas, įvykęs dėl budėtojų ir mašinistų neatidumo. Diversija mažiau tikėtina, kadangi naciai po to nesiėmė, kaip įprasta, smurto prieš aplinkinius gyventojus (ypač rusų sentikius) – buvo tik suimti ir įkalinti Šienlaukio geležinkelio stoties viršininkas Mockus, budėtojai Pranciškus Galinauskas ir Anufrijenka.
XX a. 2-ojoje pusėje stotyje buvo rampa, joje būdavo iškraunama akmens anglis.[4]2010 m. Vyriausybė nutarė uždaryti Šienlaukio geležinkelio stotį,[5] motyvuodama galimu AB „Lietuvos geležinkeliai“ lėšų sutaupymu ir krovininių traukinių pagreitėjimu, nors stoties veikla nutraukta dar 2003 m.[6]2014 m. stoties pastatai perduoti Raseinių rajono savivaldybės žinion.[7]