Nel motomondiale 1997 disputò la prima stagione completa, in classe 500, alla guida di una Honda NSR 500 V2 del team Repsol Honda, giungendo al 5º posto assoluto in classifica e conquistando altri tre piazzamenti sul podio. Ottenne il suo miglior risultato nel GP d'Australia, dove si piazzò in seconda posizione, arrivando sul traguardo a 2.268 secondi dal vincitore e compagno di squadra, Àlex Crivillé.
La sua carriera nel motociclismo si interruppe bruscamente nel 1998, a causa di un grave incidente motociclistico avvenuto durante un sessione privata con la sua NSR500 a Suzuka, che lo lasciò paralizzato dalla vita in giù.[2]
Nel 2019 con l'aiuto dei fratelli, risalì dopo 21 anni su una motocicletta, una CBR 1000 adattata per l'occasione, svolgendo una sessione privata a Suzuka, la stessa pista dove subì l'infortunio che lo costrinse al ritiro.[2]
Partecipò all'edizione 2019-2020 della Jaguar I-Pace eTrophy nella categoria pro, ottenendo un piazzamento a podio e chiudendo la stagione al sesto posto finale. Nel 2021 prese parte alla 24 Ore di Le Mans con la squadra francese Association SRT41, assieme al belga Nigel Bailly (anche essi paralizzato analogamente ad Aoki) e al francese Matthieu Lahaye su Oreca 07-Gibson.[4]