Stefan Marković inizia la carriera da cestista professionista nella sua città, Belgrado, giocando nel Campionato serbo con l'Atlas Belgrado dal 2004 al 2006; nello stesso anno, passa all'Hemofarm Vršac (con cui disputa la Final Four di Eurocup del 2009) dove resta sino all'estate del 2010 quando si trasferisce in Italia alla Pallacanestro Treviso[1]. Con la squadra trevigiana ha disputato la Final Four di Eurocup del 2011.
Nel 2019 passa alla Virtus Bologna insieme al connazionale Miloš Teodosić.
Nella stagione 2020-21 vince il campionato italiano risultando decisivo con le sue giocate difensive nella serie finale contro l' Olimpia Milano.
A Novembre 2021 torna in patria firmando un contratto fino al termine della stagione con la Stella Rossa.