Erano iscritte tutte le formazioni partecipanti alla Vysšaja Liga 1988. Le 16 squadre furono divise in quattro gironi da quattro squadre: in ciascun girone si disputavano gare di andata e ritorno per un totale di sei incontri per squadra, assegnando due punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Erano ammesse al secondo turno le prime due di ciascun girone.
Le quattro vincitrici dei quattro gironi disputavano i quarti in casa contro le quattro seconde classificate; quarti e semifinali erano giocate su gare di sola andata, così, come la finale, disputata però in campo neutro.
- Ammesse alla seconda fase: Žalgiris Vilnius e Dinamo Minsk
| 1ª giornata
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1/3 aprile 1988
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| Dinamo Kiev-Dinamo Minsk |
0-2
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| Žalgiris Vilnius-Zenit Leningrado |
2-0
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| 2ª giornata
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8 maggio 1988
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| Zenit Leningrado-Dinamo Kiev |
0-1
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| Dinamo Minsk-Žalgiris Vilnius |
2-0
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| 3ª giornata
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29 maggio 1988
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| Žalgiris Vilnius-Dinamo Kiev |
2-1
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| Zenit Leningrado-Dinamo Minsk |
3-1
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| 4ª giornata
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11 giugno 1988
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| Zenit Leningrado-Žalgiris Vilnius |
0-0
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| Dinamo Minsk-Dinamo Kiev |
1-1
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| 5ª giornata
|
16 giugno 1988
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| Dinamo Kiev-Žalgiris Vilnius |
1-2
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| Dinamo Minsk-Zenit Leningrado |
3-1
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| 6ª giornata
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20 giugno 1988
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| Dinamo Kiev-Zenit Leningrado |
2-2
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| Žalgiris Vilnius-Dinamo Minsk |
3-1
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- Ammesse alla seconda fase: Qaýrat e Neftçi Baku
| 1ª giornata
|
3 aprile 1988
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| Šachtar-Neftçi Baku |
1-3
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| Dinamo Tbilisi-Qaýrat |
0-0
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| 2ª giornata
|
8 maggio 1988
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| Šachtar-Dinamo Tbilisi |
1-1
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| Qaýrat-Neftçi Baku |
4-4
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| 3ª giornata
|
29 maggio 1988
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| Dinamo Tbilisi-Neftçi Baku |
2-3
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| Šachtar-Qaýrat |
2-1
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| 4ª giornata
|
11 giugno 1988
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| Dinamo Tbilisi-Šachtar |
1-3
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| Neftçi Baku-Qaýrat |
3-4
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| 5ª giornata
|
16 giugno 1988
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| Qaýrat-Šachtar |
3-1
|
| Dinamo Tbilisieftçi Baku |
4-0
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| 6ª giornata
|
20 giugno 1988
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| Qaýrat-Dinamo Tbilisi |
6-2
|
| Šachtar-Neftçi Baku |
2-2
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- Ammesse alla seconda fase: Spartak Mosca e Dinamo Mosca
| 1ª giornata
|
2/3 aprile 1988
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| Torpedo Mosca-Lokomotiv Mosca |
1-0
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| Spartak Mosca-Dinamo Mosca |
1-1
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| 2ª giornata
|
8 maggio 1988
|
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|
| Lokomotiv Mosca-Spartak Mosca |
1-2
|
| Torpedo Mosca-Dinamo Mosca |
0-1
|
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| 3ª giornata
|
29 maggio 1988
|
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|
| Torpedo Mosca-Spartak Mosca |
0-3
|
| Dinamo Mosca-Lokomotiv Mosca |
1-1
|
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| 4ª giornata
|
11 giugno 1988
|
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|
| Lokomotiv Mosca-Torpedo Mosca |
1-1
|
| Dinamo Mosca-Spartak Mosca |
0-0
|
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| 5ª giornata
|
16 giugno 1988
|
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|
| Spartak Mosca-Lokomotiv Mosca |
8-1
|
| Dinamo Mosca-Torpedo Mosca |
1-3
|
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| 6ª giornata
|
20 giugno 1988
|
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| Lokomotiv Mosca-Dinamo Mosca |
1-3
|
| Spartak Mosca-Torpedo Mosca |
1-1
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- Ammesse alla seconda fase: Metalist e Čornomorec'
| 1ª giornata
|
3 aprile 1988
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| Metalist-Dnepr |
2-0
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| Ararat-Čornomorec' |
1-3
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| 2ª giornata
|
8 maggio 1988
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| Ararat-Metalist |
0-1
|
| Dnepr-Čornomorec' |
2-1
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| 3ª giornata
|
29 maggio 1988
|
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| Čornomorec'-Metalist |
1-0
|
| Dnepr-Ararat |
0-0
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| 4ª giornata
|
11 giugno 1988
|
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| Čornomorec'-Ararat |
3-2
|
| Dnepr-Metalist |
1-0
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| 5ª giornata
|
16 giugno 1988
|
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|
| Čornomorec'-Dnepr |
2-2
|
| Metalist-Ararat |
4-1
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| 6ª giornata
|
20 giugno 1988
|
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|
| Metalist-Čornomorec' |
2-1
|
| Ararat-Dnepr |
1-0
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Partite disputate il 28 agosto 1988.
Partite disputate il 25 e il 27 ottobre 1988.
Calcio
Unione Sovietica
Qaırat
Neftçi Baku
Dinamo Mosca
Spartak Mosca
Žalgiris
Dinamo Minsk
Dinamo Kiev
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Lokomotiv Mosca
Metalist
Čornomorec'
Dnepr
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