Il Baskonia è stato fondato nel 1913 nella città di Basauri. Considerato un club storico della Spagna, deve il suo nome alla società siderurgica Basconia , oggi scomparsa, principale motore economico della città di Basauri e responsabile della conversione di questa città da piccolo paese rurale a realtà industriale. Il club visse il miglior periodo sportivo verso il termine degli anni cinquanta , quando venne promosso in seconda divisione, rimanendovi dal 1954 al 1960 .
Oggi il Baskonia è conosciuto soprattutto per essere la seconda filiale dell'Athletic Bilbao , che vi manda a maturare i giovani appena usciti dalla propria cantera . Numerosi sono quindi i giocatori dell'Athletic che hanno cominciato la carriera professionistica con la maglia giallo-nera del Baskonia. Per contro la squadra non può essere promossa nella categoria superiore, la Segunda División B , almeno fino a quando in essa militerà il Bilbao Athletic , altra filiale della principale squadra basca.
Cronistoria del Club Deportivo Baskonia
1 gennaio 1913 - Fondazione del club col nome Club Deportivo Baskonia .
1945-1950 - in Primera División Regional.
1950-51 - 13º nel Gruppo II in Tercera División.
1951-52 - 9º nel Gruppo II in Tercera División.
1952-53 - 7º nel Gruppo II in Tercera División.
1953-54 - 13º nel Gruppo II in Tercera División.
1954-55 - 3º nel Gruppo III in Tercera División.
1955-56 - 6º nel Gruppo III in Tercera División.
1956-57 - 1º nel Gruppo III in Tercera División. Vince i play-off promozione. Promosso in Segunda División .
1957-58 - 8º nel gruppo Nord della Segunda División.
1958-59 - 5º nel gruppo Nord della Segunda División.
1959-60 - 11º nel gruppo Nord della Segunda División.
1960-61 - 8º nel gruppo Nord della Segunda División.
1961-62 - 15º nel gruppo Nord della Segunda División. Vince i play-out retrocessione.
1962-63 - 15º nel gruppo Nord della Segunda División. Retrocesso in Tercera División .
1963-64 - 3º nel Gruppo III di Tercera División.
1964-65 - 10º nel Gruppo III di Tercera División.
1965-66 - 5º nel Gruppo III di Tercera División.
1966-67 - 7º nel Gruppo III di Tercera División.
1967-68 - 6º nel Gruppo III di Tercera División.
1968-69 - 12º nel Gruppo II di Tercera División.
1969-70 - 8º nel Gruppo II di Tercera División.
1970-71 - 6º nel Gruppo I di Tercera División.
1971-72 - 4º nel Gruppo I di Tercera División.
1972-73 - 15º nel Gruppo I di Tercera División. Vince i play-off retrocessione.
1973-74 - 12º nel Gruppo I di Tercera División.
1974-75 - 14º nel Gruppo I di Tercera División. Vince i play-off retrocessione.
1975-76 - 16º nel Gruppo I di Tercera División. Vince i play-off retrocessione.
1976-77 - 10º nel Gruppo I di Tercera División. Ammesso nella nuova Segunda División B .
1977-78 - 20º nel Gruppo I Segunda División B. Retrocesso in Tercera División .
1978-79 - 20º nel Gruppo II di Tercera División. Retrocesso in Categoria Regional Preferente .
1979-80 - 4º in Categoria Regional Preferente .
1980-81 - 1º in Categoria Regional Preferente Promosso in Tercera División .
1981-82 - 3º nel Gruppo III di Tercera División.
1982-83 - 4º nel Gruppo III di Tercera División.
1983-84 - 8º nel Gruppo III di Tercera División.
1984-85 - 1º nel Gruppo III di Tercera División, eliminato nel gruppo promozione.
1985-86 - 4º nel Gruppo III di Tercera División.
1986-87 - 2º nel Gruppo IV di Tercera División. Promosso in Segunda División B .
1987-88 - 6º nel Gruppo I di Segunda División B
1988-89 - 14º nel Gruppo I di Segunda División B
1989-90 - 15º nel Gruppo II di Segunda División B
1990-91 - 9º nel Gruppo II di Segunda División B
1991-92 - 13º nel Gruppo II di Segunda División B
1992-93 - 7º nel Gruppo II di Segunda División B
1993-94 - 17º nel Gruppo II di Segunda División B. Retrocesso in Tercera División .
1994-95 - 7º nel Gruppo IV di Tercera División.
1995-96 - 14º nel Gruppo IV di Tercera División.
1996-97 - 10º nel Gruppo IV di Tercera División.
1997 - Affiliazione con l'Athletic Bilbao
1997-98 - 1º nel Gruppo IV di Tercera División. Vince i play-off promozione. Non viene promossa per la presenza del Bilbao Athletic in Segunda División B.
1998-99 - 7º nel Gruppo IV di Tercera División.
1999-00 - 5º nel Gruppo IV di Tercera División.
2000-01 - 6º nel Gruppo IV di Tercera División.
2001-02 - 7º nel Gruppo IV di Tercera División.
2002-03 - 1º nel Gruppo IV di Tercera División. 2º nel Gruppo B2 dei play-off promozione.
2003-04 - 3º nel Gruppo IV di Tercera División. Escluso dai play-off promozione per la presenza del Bilbao Athletic in Segunda División B.
2004-05 - 8º nel Gruppo IV di Tercera División.
2005-06 - 4º nel Gruppo IV di Tercera División. Escluso dai play-off promozione per la presenza del Bilbao Athletic in Segunda División B.
2006-07 - 5º nel Gruppo IV di Tercera División.
2007-08 - 5º nel Gruppo IV di Tercera División.
2008-09 - 7º nel Gruppo IV di Tercera División.
2009-10 - 10º nel Gruppo IV di Tercera División.
2010-11 - 8º nel Gruppo IV di Tercera División.
2011-12 - 10º nel Gruppo IV di Tercera División.
2012-13 - 12º nel Gruppo IV di Tercera División.
2013-14 - 4º nel Gruppo IV di Tercera División. Escluso dai play-off promozione per la presenza del Bilbao Athletic in Segunda División B.
2014-15 - 16º nel Gruppo IV di Tercera División.
2015-16 - 14º nel Gruppo IV di Tercera División.
2016-17 - 10º nel Gruppo IV di Tercera División.
2017-18 - 15º nel Gruppo IV di Tercera División.
2018-19 - 6º nel Gruppo IV di Tercera División.
2019-20 - 4º nel Gruppo IV di Tercera División, eliminato nel gruppo promozione.
2020-21 - 4º nel Gruppo IVB di Tercera División. 4º nel Gruppo di Play-off di Ascenso.
1956-1957, 1984-1985, 1997-1998, 2002-2003
Secondo posto: 1986-1987
Terzo posto: 1981-1982, 2003-2004