Bioteknologi Farmasi - Kelompok 3 - Ncbi

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM
BIOTEKNOLOGI FARMASI
PENGENALAN NCBI
Dosen Pengampu :
Isna Jati Aisyah, S.Si., M.Sc
KELOMPOK :3
TGL PRAKTIKUM : 15 September 2020
ANGGOTA : 1. Arum Dwi Kurniawati (23175168A)
2. Ammandha Widyaharinta P. (24185590A)
3. Putri Diana (24185606A)
4. Muhammad Ichsanuddin (24185607A)
5. Annisa Nurdinia Sari (24185609A)
6. Tita Novarini (24185613A)
LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SETIA BUDI SURAKARTA
2020
PENGENALAN NCBI
A. TUJUAN
Menentukan prosentase kecocokan nucleotide insulin (INS) antara manusia dan hewan.
B. DASAR TEORI
NCBI (National Center for Biotechnology Information) merupakan server yang
memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus
di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein,
senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, NCBI juga menyediakan berbagai
macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve
domain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan
literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diakui oleh para peneliti di
dunia.
NCBI memiliki database dan software (analysis tools) yang sering digunakan
untuk analisis adalah sebagai berikut ;
a. DNA-RNA TOOLS
b. Sequance analysis
c. Struktur protein
d. PubChem Overview
NCBI merupakan suatu intuisi yang menyediakan sumber informasi terkait

perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik
dan mengembangkan software penganalisis data genom. Situs NCBI dapat di akses pada :
www.ncbi.nlm.nih.gov.
Data base dan sofrware :
1. Entrez
Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses
terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan(mapping), taksonomi dan data
struktural.
2. Nucleotide database
Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber,
termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq0, Third Party
Annotation (TPA) dan protein Data Bank (PDB).
3. Blast
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk
pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam
identifikasi gen dan karakter genetik.
C. CARA KERJA
1. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Babi Hutan
Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian
Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search
Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS
Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke
bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan
Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA
hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy

APLIKASI BLAST
Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

pencarian , kemudian klik BLAST
Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST,

KLIK
Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

cara copy paste urutan gen yang telah dicari
Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya
Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi babi hutan di

deskripsi
Kemudian liat hasil di penjajaran
2. Nukleotide INS Manusia dengan Kelinci
APLIKASI BLAST

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide

BLAST, KLIK

Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi kelinci di

deskripsi

3. Nukleotide INS Manusia dengan Monyet
APLIKASI BLAST

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide

BLAST, KLIK

Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi monyet di

deskripsi
4. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Gorilla
APLIKASI BLAST


KLIK


Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi gorilla di

deskripsi
5. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Burung kolibri
APLIKASI BLAST

KLIK

Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi burung kolibri di

deskripsi
6. Nukleotide INS Manusia dengan Gen singa laut
APLIKASI BLAST


KLIK

Tekan BLAST
Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi singa laut di

deskripsi

D. HASIL
1. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Babi Hutan
2. Nukleotide INS Manusia dengan Kelinci

3. Nukleotide INS Manusia dengan Monyet
4. Nukleotide INS, Manusia dengan Gorilla

5. Nukleotide INS Manusia dengan Burung Kolibri
6. Nukleotida INS manusia transkrip 4 dengan singa laut

E. PEMBAHASAN
National Center for Biotechnology Information (NCBI, Pusat Nasional Informasi
Bioteknologi) adalah bagian dari United States National Library of Medicine (NLM),
sebuah cabang dari National Institutes of Health (NIH). NCBI menyimpan serangkaian
basis data yang relevan untuk bioteknologi dan biomedis dan merupakan sumber penting
bagi alat-alat dan layanan bioinformatika. Database utama seperti GenBank untuk urutan
DNA dan PubMed, database bibliografi untuk literatur biomedis. Pada praktikum kali ini
kami menguji kesamaan antara nukleotide insulin (INS) manusia dengan hewan di NCBI.
Hewan yang kami uji kesamaan nukleotidenya dengan manusia adalah babi hutan, kelinci,
monyet, , ,dan.
Pada nukleotide INS manusia dengan babi hutan didapatkan hasil adanya kecocokan
sebanyak 86,09%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa
nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom pertama terdapat 5 perbedaan
yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, G, G, A, dan T sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu babi hutan secara berturut-turut terdapat basa C, C, C, G, dan C. Lalu
pada kolom kedua terdapat 9 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A, A,
G, -, T, A, A, A, dan T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu babi hutan didapatkan
secara berturut-turut terdapat basa C, G, -, G, C, G, C, G, dan G. pada kolom ketiga
terdapat 8 perbedaan, pada nucleotide manusia terdapat basa C, A, A, A, A, A, C, dan A,
sedangkan pada babi hutan basa nucleotidenya adalah G, G, G, C, G, G, T dan G. pada
kolom ke empat terdapat 16 perbedaan, pada nucleotide manusia terdapat basa G, T, G, -,
T, G, A, G, G, C, T, A, G, C, A, dan C. sedangkan babi hutan basa nukleotidenya adalah
A, C, T, C, A, -, C, A, -, -, -, -, -, -, dan G. pada kolom kelima terdapat 8 perbedaan. Pada
nucleotide manusia terdapat basa T, C, T, T, T, A, A, dan T, sedangkan babi hutan basa
nukleotidenya adalah C, G, C, C, C, G, G, dan C. pada kolom keenam terdapat 1
perbedaan, pada manusia nucleotide manusia terdapat basa C sedangkan basa nucleotide
babi hutan adalah T.
Pada nukleotide INS manusia dengan kelinci didapatkan hasil adanya kecocokan
yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, C, A, G, -, T, G, A, A, dan A sedangkan
nukleotide pasangannya yaitu kelinci secara berturut-turut terdapat basa A, T, T, -, G, C,
C, G, T, dan G. Lalu pada kolom kedua terdapat 8 perbedaan yaitu pada nukleotide
manusia terdapat basa T, C, A, A, A, C, A, dan G sedangkan nukleotide pasangannya
yaitu kelinci didapatkan secara berturut-turut terdapat basa G, G, G, G, C, T, T, dan C.
Lalu pada kolom ketiga terdapat 9 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa
C, A, C, T, T, G, T, A, dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci didapatkan
secara berturut-turut terdapat basa T, G, G, C, C, A, C, G dan G. Lalu pada kolom
keempat terdapat 11 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, C, G, G, T,
T, T, A, A, C, dan T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci didapatkan secara
berturut-turut terdapat basa C, G, C, T, G, C, C, G, G, T, dan C. Terakhir pada kolom
kelima terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa C sedangkan
nukleotide pasangannya yaitu kelinci terdapat basa G.
Pada nukleotide INS manusia dengan monyet didapatkan hasil adanya kecocokan
yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A, G, A, A, A, dan G sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu monyet secara berturut-turut terdapat basa G, C, G, G, C, dan A. Lalu
pada kolom kedua terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A
sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet didapatkan G. Lalu pada kolom ketiga
terdapat 3 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, G, dan C sedangkan
nukleotide pasangannya yaitu monyet didapatkan secara berturut-turut terdapat basa C, T,
dan C. Lalu pada kolom keempat terdapat 5 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia
terdapat basa C, T, T, A, dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet
didapatkan secara berturut-turut terdapat basa G, C, C, G, dan G. Terakhir pada kolom
kelima terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T sedangkan
nukleotide pasangannya yaitu monyet terdapat basa C.
Pada nukleotide INS manusia dengan gorilla didapatkan hasil adanya kecocokan
sebanyak 98%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa
nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom kedua terdapat 2 perbedaan yaitu
pada nukleotide manusia terdapat basa A dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu
gorilla secara berturut-turut terdapat basa G dan C. Lalu pada kolom kelima hanya
terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu gorilla didapatkan basa C. Lalu pada kolom keenam terdapat 2
perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A dan C sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu gorilla terdapat basa G dan T. Lalu pada kolom ketujuh terdapat 3
perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa G, G dan T. sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu gorilla didapatkan secara berturut-turut terdapat basa T, T dan C.
sedangkan pada kolom satu, tiga, empat, dan delapan memiliki pasangan basa nitrogen
yang sama atau cocok.
Pada nukleotide INS manusia dengan burung kolibri didapatkan hasil adanya
kecocokan sebanyak 99%. Yang menunjukkan bahwa termasuk satu susunan nukleotida
yang sama maka susunan nukleotidanya bisa saling berikatan hamir sempurna sehingga
akan terbentuk grafik plot yang tidak terputus. Sedangkan jika susunan nukleotidanya
memiliki kesamaan 100% menunjukkan menunjukkan satu identik sehingga akan
terbentuk ikatan nukleotidanya berikatan semuanya tetapi akan terlihat grafik dot plot akan
terpotong jauh. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa
nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom kelima hanya terdapat 1
perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa G sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu burung kolibri tidak terdapat basa. Lalu pada kolom keenam terdapat 2
perbedaan yaitu pada nukleotide manusia tidak terdapat basa sedangkan nukleotide
pasangannya yaitu burung kolibri terdapat basa C..
Pada nukleotida INS manusia dengan singa laut didapatkan hasil adanya kecocokan
sebanyak 86,43%. Perbedaan dari nukleotida tersebut adanya ketidaksamaan basa
yaitu pada nukleotida manusia terdapat basa G, T, G, G, C, G, dan T sedangkan nukleotida
pasangannya yaitu singa laut secara berturut-turut terdapat basa C, C, A, T, T, C, dan G.
lalu pada kolom kedua terdapat 10 perbedaan, yaitu pada nukleotida manusia terdapat basa
A, -, C, T, G, A, C, A, A, dan T sedangkan pada nukleotida singa laut yaitu C, A, -, C, T,
G, T, C, G, dan G. kemudian pada kolom ketiga terdapat 9 perbedaan yang dimana pada
nukleotida manusia terdapat basa A, G, A, A, A, A, G, C, dan A sedangkan pada
nukleotida singa laut terdapat basa G, A, G, G, G, G, C, T, dan G. kemudian pada kolom
keempat terdapat 12 perbedaan pada nukleotida manusia terdapat basa T, T, G, C, G, G, C,
G, T, -, -, dan A sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat basa C, C, A, G, C, C, G, -,
-, T, G, dan G. kemudian pada kolom kelima terdapat 7 perbedaan pada nukleotida
manusia terdapat basa T, T, T, T, A, C, dan T sedangkan pada nukleotida singa laut
terdapat basa C, G, G, C, G, T, dan C. kemudian pada kolom keenam terdapat 1 perbedaan
pada nukleotida manusia terdapat basa C, sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat
basa T.
Pada praktikum ini dapat disimpulkan bahwa prosentase kecocokan Nukleotide INS
manusia dengan babi hutan adalah 86,09%. Nukleotide INS manusia dengan kelinci
86,12%. Nukleotide INS manusia dengan monyet 94,39%. Nukleotide INS manusia
dengan gorilla 98%. Nukleotide INS manusia dengan burung kolibri 99%. Nukleotide INS
manusia dengan singa laut 86,43%.
F. KESIMPULAN
Pada praktikum ini dapat disimpulkan bahwa prosentase kecocokan Nukleotide INS
manusia dengan babi hutan adalah 86,09%. Nukleotide INS manusia dengan kelinci
86,12%. Nukleotide INS manusia dengan monyet 94,39%. Nukleotide INS manusia
dengan gorilla 98%. Nukleotide INS manusia dengan burung kolibri 99%. Nukleotide INS
manusia dengan singa laut 86,43%.
G. DAFTAR PUSTAKA
Miftakhunnafisah W. 2010. Pengenalan NCBI untuk Analisis DNA, Protein, dan Senyawa
Kimia. Malang : Laboratorium Biosistem Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam. http://science.lecture.ub.ac.id/ [DIAKSES PADA 21
SEPTEMBER 21.00 WIB]
Witasari LD. 2010. Buku Petunjuk Drylab Biosel. https://dhiantika.staff.ugm.ac.id/
[DIAKSES PADA 21 SEPTEMBER 21.00 WIB]

Bioteknologi Farmasi - Kelompok 3 - Ncbi

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Bioteknologi Farmasi - Kelompok 3 - Ncbi

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Bioteknologi Farmasi - Kelompok 3 - Ncbi

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

NCBI merupakan suatu intuisi yang menyediakan sumber informasi terkait

Data base dan sofrware :

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST,

Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya

Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi babi hutan di

Kemudian liat hasil di penjajaran

2. Nukleotide INS Manusia dengan Kelinci

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide

Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya

Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi kelinci di

Kemudian liat hasil di penjajaran

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide

Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya

Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi monyet di

4. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Gorilla

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST,

Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya

Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi gorilla di

Kemudian liat hasil di penjajaran

5. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Burung kolibri

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi

Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan

Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya

Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi burung kolibri di

Kemudian liat hasil di penjajaran

6. Nukleotide INS Manusia dengan Gen singa laut

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian

Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search

Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS

Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi