############################################################

### PARAMETRES DEL PIPE-LINE DE InDels i Genotypat de HBV

############################################################

stopifnot(require(Biostrings))

stopifnot(require(stringr))

stopifnot(require(RColorBrewer))

dataDir <- "./data" # Carpeta amb arxius de mostres, primers i MIDS

codeDir <- "./R" # Arxius de codi R

runDir <- "./run" # Arxius de seqüenciació fastq.gz

flashDir <- "./flashFilt" # Arxius filtrats per Q30. Important!! Es redefineix el directori respecte QA

splitDir <- "./splits" # Seqüències demultiplexades per MID

trimDir <- "./trim" # Seqüències demultiplexades per primers i retallades

filtDir <- "./filt" # Aquest directori no es fa servir!

joinDir <- "./join" # Aquest directori no es fa servir!

repDir <- "./reports" # Carpeta on es guarden els resultats del pipeline

resultsDir <- resDir <- "./results" # Guarda els resultats més rellevants

exportDir <- expDir <- "./export" # Aquest directori no es fa servir!

tempDir <- "./tmp" # Arxius temporals generats amb MUSCLE

ntDir <- "./nt" # Aquest directori no es fa servir!

aaDir <- "./aa" # Aquest directori no es fa servir!

data.Dir <- repDir

desc.Dir <- dataDir

mach.Dir <- "./MACH" # Seqüències FW i RV aliniades i intersecció d'haplotips

tmp.Dir <- "./tmp"

#-----------------------------------------------------------------------#

### Posició esperada del MID (general, adaptador o no)

mid.start <- 1

mid.end <- 40

#-----------------------------------------------------------------------#

## TRIM PRIMERS

## Definim paràmetres per separació de reads:

pmm.mx <- 3 ## Nombre màxim de mismatch en el primer específic

max.prdif <- pmm.mx

min.len <- 200 ## Longitud mínima per considerar una seqüència

### Depèn que hi hagi adaptadors, MIDs i/o M13

target.io <- 1 # 1 10 25 50

target.in <- 100 # 30 55 55 80

#-----------------------------------------------------------------------#

## Definim paràmetres per la intersecció d'haplotips

## Mínima longitud per entrar en la intersecció

min.seq.len <- 150

### Si cal filtrat per mínim nombre de reads en la lectura del fasta

min.rd <- 1

### Min d'abundància per entrar en l'aliniament múltiple (%)

a.cut <- 0.2

#-----------------------------------------------------------------------#