Les formations s'affrontent dans une première phase de poules en matches aller/retour (six matches pour chacune des équipes soit douze rencontres par poule). Pour cette édition, l'ERC a adopté un système de chapeaux avec des têtes de série pour effectuer le tirage au sort des poules. Ce choix résulte du déséquilibre observé entre les poules lors d'éditions précédentes[1]. Les quarts de finale sont disputés par les six équipes arrivées en tête de leur poule classées de 1 à 6, et les deux meilleures deuxièmes (celles qui ont le plus grand total de points, classées 7 et 8). Les oppositions sont définies de la manière suivante : équipe 1 contre équipe 8, 2 contre 7, 3 - 6 et 4 - 5. La suite de la compétition se fait par élimination directe à chaque tour.
La première demi-finale est un duel irlandais entre le Leinster et le Munster, tenant du titre, qui tourne à l'avantage des joueurs de Dublin. Dans l'autre demi-finale, les Leicester Tigers battent les Gallois des Cardiff Blues dans un match à suspense qui va jusqu'aux tirs au but, une première[2]. Les Anglais accèdent ainsi à leur cinquième finale européenne et ont la possibilité de rejoindre le Stade toulousain en tête du palmarès. Mais ce sont les Irlandais qui remportent leur premier titre en gagnant la finale très serrée à Édimbourg[3].
Les six premières et les deux meilleures deuxièmes sont qualifiées pour les quarts de finale. Les huit équipes sont classées pour obtenir le tableau des quarts de finale :
Lors de la première demi-finale, les Irlandais du Munster retrouvent le Leinster[12], six semaines[13] après le dernier match de Grand Chelem de l'Irlande en 2009 et trois ans après une demi-finale déjà mémorable entre les deux clubs. Le Leinster a atteint les demi-finales en s'imposant sur le terrain des Harlequins 6 à 5[14], et ils réalisent l'exploit de s'imposer 25 à 6 pour éliminer les tenants du titre et atteindre leur première finale[15].
Pour la deuxième demi-finale, Leicester affronte les Cardiff Blues, invaincus cette saison 2008-2009 à Cardiff. Le match est serré en première mi-temps (13-12 à la pause)[16]. Leicester inscrit deux essais en deuxième mi-temps par Scott Hamilton et Geordan Murphy, ils se détachent (26-12) dans une partie qu'ils semblent maîtriser[2]. Craig Newby et Geordan Murphy sont sanctionnés d'un carton jaune, et après le retour de Newby, à 15 contre 14, Cardiff inscrit deux essais transformés par Jamie Roberts et Tom James. Le score est de 26 partout à la fin du match. La prolongation ne change rien et pour la première fois de l'histoire des compétitions européennes de clubs, les tirs au but doivent départager les équipes. Ben Blair, Julien Dupuy, Jamie Robinson, Sam Vesty, Leigh Halfpenny, Geordan Murphy et Ceri Sweeney réussissent à faire passer le ballon entre les poteaux depuis le centre des vingt-deux mètres ; Johne Murphy rate sa tentative, de même que Tom James. Scott Hamilton est plus heureux, le score est de 4 à 4 après le passage des cinq premiers tireurs. Tom Shanklin, Aaron Mauger, Richie Rees et Craig Newby sont également adroits. Martyn Williams rate son tir et Jordan Crane qualifie Leicester sept tirs au but à six.
Les Irlandais dominent en début de match et ils mènent (9-3) avec deux drops réussis par Brian O'Driscoll et par Jonathan Sexton, de cinquante mètres[22],[20]. Stan Wright fait une faute anti-sportive avec un plaquage sans ballon, il est pénalisé d'un carton jaune à la 33e. Leicester en profite et se détache (16-9), avec un essai inscrit par Ben Woods, sur un travail préalable de Dan Hipkiss, suivi par Ayoola Erinle, puis Sam Vesty[21]. Rocky Elsom est le joueur le plus en vue, il est élu homme du match[20], les Irlandais rejoignent Leicester sur un essai transformé de Jamie Heaslip. En fin de rencontre, une faute anglaise donne l'occasion à Jonathan Sexton de passer trois points et de donner la victoire 19 à 16 aux joueurs irlandais[3].
↑Le score est de parité 26-26 après la prolongation, la décision se fait aux tirs au but. Ce sont les Tigers qui remportent la rencontre par 7 tirs à 6.
La Coupe d'Europe est désignée en tant que Champions Cup à partir de 2014. Le Challenge européen est désigné en tant que Challenge Cup à partir de 2014.
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