LA TRADUCTION DES PROTEINES

I. Introduction

L’information génétique est stockée au niveau de l’ADN. L’information passe du stockage à

l’action par la synthèse de protéines, par intermédiaire de l’ARNm.
Les processus de réplication et transcription se passent dans le noyau. L’ARNm est transporté dans
le cytoplasme, où a lieu la traduction. La synthèse protéique est très coûteuse en énergie pour la
cellule. Il y a donc des besoins de régulation de la traduction, au niveau de la synthèse comme de
la dégradation.

Chez les Procaryotes, il y a environ 15 000 ribosomes et 200 000 ARNt impliqués dans la
traduction. Cela peut aller jusqu’à 35% de la masse sèche de la cellule. La vitesse de synthèse est
de 15 à 20 acides aminés par seconde.
Le lieu de synthèse des protéines a été mis en évidence par Paul Zamecnick dans les années 1950,
en détectant les ribosomes visibles au microscope électronique.

1. Le code génétique

a) Expériences

Le code génétique permet le passage d’un langage nucléique en un langage en acides

aminés. Cette notion a été évoquée par E. Schrödinger. Le code a été décrypté entre 1961 et 1965.
Ce code est formé de trois lettres : si on insère ou délaite trois nucléotides, on retrouve une
protéine à peu près sauvage.
Francis Crick a montré en 1962 que l’ARNm est lu à partir d’un point de départ, toujours dans la
même direction, et par groupe de trois bases.

Dans le déchiffrage du code, les chercheurs ont réalisé une première expérience où on synthétise
artificiellement des chaînes de polynucléotides
répétés, puis on regarde les acides aminés
correspondants :
– une chaîne poly U est utilisée pour
donner des polypeptides
(phénylalanine)
– une chaîne poly C donne des
polyprolines
– une chaîne poly A donne des polylysines
– une chaîne poly G ne donne rien car elle
forme des dimères.

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Une 2ème expérience consiste à mettre dans le même tube de l'aminoacyl-ARNt + des ribosomes +
de la matrice et de voir si les ribosomes se fixent sur la matrice et si on obtient des acides aminés.
Ils en obtiennent.
Cela démontre que chaque acide aminé est codé par un code à 3 lettres mais la séquence est
encore inconnue : on sait que pour faire une thréonine il faut 1A et 2C mais on ne sait pas dans
quel ordre.

Une 3ème expérience consiste à faire la 1ère synthèse chimique de polynucléotides de séquence
définie formée de répétition. En regardant les acides aminés obtenus, on connaît alors quel acide
aminé correspond à quel séquence. Cependant, on ne sait pas exactement où le ribosome se fixe
sur la séquence puisqu'il n'y a pas de codon de départ. La traduction peut donc être décalée.
Mais en recoupant cette expérience avec la précédente, par déduction on trouve la séquence de
chaque acide aminé.

b) UN codon = UN acide aminé

On a 64 codons mais 20 acides aminés seulement.

Des codons codent donc pour le même acide aminé : on parle de codons synonymes.
Parmi les 64 codons, il y a 3 codons stop :
– UAA
– UAG
– UGA
Les codons synonymes varient au niveau du 3eme codon. Sauf pour certains cas comme la sérine par
exemple qui varie pour ses 3 nucléotides (1er, 2ème et 3ème). L’arginine et la lysine varient aussi.

Le nombre de codons par acide aminé varie aussi :

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Les acides aminés (leur code à 3 lettres) est à connaître.

c) Universalité

Le code génétique est (généralement) commun à toutes les espèces. (de la bactérie aux
mammifères en passant par les plantes).
Il a été établit très tôt dans l'évolution : dès l'apparition des premiers êtres vivants.
Cependant, chez certains organismes il existe de toutes petites variations : les codons stop ne sont
pas lus.

Les synonymes des différents codons ne sont pas utilisés avec exactement la même fréquence.
Chez les différentes souches d'E.Coli, on voit ainsi des variations de fréquences d'utilisation des
différents codons.
Ces différences ne sont pas anodines : la fréquence du codon est associé à la disponibilité de l'ARN
de transfert. Ainsi, si on introduit dans une bactérie une séquence qui est rare chez elle, elle aura
du mal à la traduire.
Ce processus de codons rares est utilisé par la bactérie pour réguler ses spécificités.
Certains organismes utilisent donc préférentiellement un codon pour coder un acide aminé.

Si on utilise la bactérie pour utiliser des protéines, on doit faire attention aux codons qui sont donc
rares chez E. Coli :
– Arg
– Lys
– Leu

Parmi les exceptions du codage universel, il y a les mitochondries par exemple.

Les mitochondries sont environ 1000 par cellules.
Chez les ciliés, il y a un recodage des codons stop.

Le code génétique est dégénéré, mais non ambigu : 1 codon code malgré tout toujours pour 1
acide aminé (ou pour un stop!).

Le codon AUG est toujours le codon qui marque le démarrage de la traduction. Il code pour une
méthionine et code donc aussi pour les méthionines intra-cellulaires.

d) Comment sont lus les codons ?

Quand des chercheurs modifient un codon, alors les acides aminés sont tous identiques sauf ceux
qui ont été changés.
A cette époque, on savait que le message était lu de 3 en 3 mais on ne savait pas exactement dans
quel sens ou si les lectures étaient chevauchantes.
Aujourd'hui on sait que sur un ADN double brin il y a 6 phases de lectures possibles. (3 phases
possibles pour chaque brin)

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 2. Le cadre de lecture

Le cadre de lecture est la phase qui détermine quel est l'ensemble des 3 nucléotides lus
comme codons. Le cadre ouvert de lecture (ORF) correspond à une séquence nucléotidique dont la
traduction entraîne la synthèse d'un enchaînement continu d'acides aminés jusqu'à la rencontre
d'un codon STOP.

En bio-informatique, on peut utiliser des ORF virtuelles : elles remplissent les paramètres
nécessaires pour considérer qu'elles peuvent coder mais on n'a pas encore la preuve
expérimentalement que c'est le cas.
Si on a une séquence avec plusieurs codons STOP, ça n'est pas une phase ouverte.

Il n'y a pas de ponctuation dans le code génétique : tous les codons sont lus, aucun n'est sauté.

a) Les exceptions fonctionnelles

Chez E.Coli, le codon d'initiation peut être GUG. Dans ce cas, c'est pourtant une méthionine qui est
incoporée. (UGG peut aussi être utilisée)

La sélénocystéine est un 21ème acide aminé qui peut être incorporée pour un codon UGA. Le
codon UGA dans ce cas n'arrête pas la traduction, celle-ci va continuer.
C'est un UGA particulier désigné dans la séquence qui jour ce rôle, tous les codons UGA ne le font
pas : ce sont juste des UGA dans les sélénoprotéines qui le font.
C'est l'ARNt de sélénocystéine qui s'occupe de ce transfert.

b) Le décalage du cadre de lecture

Le codon d'initiation délimite le cadre de lecture : il n'y a pas de chevauchement ni de sauts.

Cependant, parfois on a des décalages.
Le ribosome lit les codons adjacents, mais au niveau d'un STOP, le ribosome peut sauter 1
nucléotide (le U par exemple) et donc continuer à lire et décaler le cadre de lecture de +1.

Ce processus est utilisé par certaines protéines pour réguler le taux de synthèse de la forme longue
d'une protéine.
Le ribosome peut aussi remonter en arrière au niveau du codon STOP. On a dans ce cas un
décalage de -1. La lecture a alors lieu sur le cadre de lecture d'une autre protéine.
On a alors synthèse d'une protéine de fusion : le début de la traduction est issue d'une protéine A
et la fin de la traduction est issue d'une protéine B. Cette protéine est alors clivée et par
maturation on obtient les 2 protéines séparées.
Le processus de traduction est coûteux et ce mécanisme permet de le réguler.
On parle de Fr ameshift -1 ou +1.

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 II. Les partenaires de la traduction
1. L'ARN de transfert

Crick propose le fait qu'il existe des molécules « adaptateurs » qui fixerait d'un codé l'acide aminé
et de l'autre côté de lire le message sur le messager.
Aujourd'hui on sait que cet adaptateur agit avec le ribosome.

Au niveau de l'ARNt, on a des nucléotides modifiés.

De plus, il y a addition de groupements méthyl sur certains nucléotides.

La structure bidimensionnelle est en feuille de trèfle de l'ARNt. Les différents brins s'accolent pour
former des régions doubles brins.

Il existe 5 régions qui demeurent simples brins :

– le bras d'acide aminé CAA, 3'OH terminal
– la boucle D
– la boucle C
– la boucle de l'anticodon.

La position des nucléotides modifiés est bien précise.

L'extrémité 5' est monophosphate et non diphosphate.
Certaines hybridations sont non Watson Crick (G-U).

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UN ARNt est propre à UN acide aminé. La boucle D est une région variable dont la taille varie de 3
à 21 acides aminés. Cette taille variable montre qu'elle jouerait un rôle dans la reconnaissance de
l'enzyme qui va apporter l'acide aminé correspondant à l'anti-codon correspondant.
On nomme les ARNt en fonction de l'acide aminé qu'ils codent.

En solution dans la cellule, il y a une interaction qui se forme entre les boucles libres.
Les interactions sont des liaisons hydrogènes entre les bases.
Il y a aussi des interactions hydrophobes et avec l'ARN 23S pour stabiliser l'ARNt dans le ribosome.
La structure est en double hélice pour certaines parties et d'autres plus complexes.

Les zones importantes sont :

– la zone CCA rajouté après la maturation quel que soit l'ARNt (ils se terminent TOUS par
CCA)
– l'anticodon formé de 3 nucléotides qui se fixe à l'ARNm avec des liaisons Watson Crick.

Un grand nombre de gènes codent pour des ARNt : plusieurs gènes peuvent coder des ARNt (il n'y
a pas qu'un seul gène).
Ces gènes sont organisés sous forme mono ou polycistronique.
Certains gènes de ces ARNt sont organisés dans des opérons (exemple : opéron rrnB).
L'opéron code l'ARNr 16S et un petit ARNt-Glu, 2 autres ARN ribosomiques.
Tout l'opéron est transcrit en même temps : au fur et à mesure de la traduction, il y a déjà des
hydrolyses et des modifications.

Dès que le transcrit commence à apparaître, il commence déjà à se structurer : les ARNt sont des
structures très organisées qui dès qu'elles sortent de l'ARN polymérase sont organisées.
La biosynthèse et la maturation des ARNt se fait en plusieurs étapes :

Ces ARNt sont synthétisés sous forme de précurseurs.

Il y a addition de nucléotides comme le CCA en 3'.
L'ARNt est ensuite chargé de son acide aminé. Une enzyme synthétise une liaison ester riche pour
lier l'acide aminé.
L'Aminoacyl ARNt synthétase (ARS) est propre à chaque acide aminé (donc il en a minimum 20).

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On les désigne par l'acide aminé qu'elles lient.
Elles assurent la liaison covalente entre l'acide aminé et leur ARNt spécifique.
Il existe 2 classes I et II chez tous les organismes qui diffèrent dans leurs structures.

Les ARS possèdent un site de fixation de l'ATP.

ARS fait l'activation, maintient la molécule et fait la liaison avec l'ARNt.

Plusieurs étapes :

Étape 1 :
Activation de l'acide aminé par fixation d'un groupement AMP.

Étape 2 :
Il y a un transfert de l'acide aminé sur l'ARN.
Ce transfert a lieu sur le groupement hydroxyl 2 (classe I) ou 3' (classe II) de l'ARNt.

Plusieurs codons peuvent signifier un acide aminé : tous les codons ne sont pas associés avec le
même ARNt. Cependant, des codons qui varient dans le 3 ème nucléotides peuvent utiliser le même
ARNt.
ARS reconnaît un ARNt spécifique et le charge avec son ARNt correspondant.
La fidélité de la traduction dépend beaucoup de la fidélité de l'enzyme.

ARS assure la relecture. Cette fidélité est assurée en vérifiant :

– l'identité de l'acide aminé sur l'ARNt : celle-ci n'est en effet pas vérifiée par le ribosome. De
plus l'ARNt n'est pas capable lui même de vérifier s'il est associé au bon acide aminé
– la sélection de l'ARNt correspondant à l'acide aminé.

Il y a plusieurs niveaux de sélection. ARS a 3 niveaux de cribles.

Ex : entre isoleucine et valine, il y a un CH2 qui diffère seulement.

Les 3 niveaux de filtres sont :

Au niveau de l'acide aminé :
– ARS spécifique de Ile lie 200 fois + l'Ile que la Val : il y a activation de l'acide aminé au
niveau du site de fixation de l'ATP de l'ARS. Ce site s'adapte bien avec l'Ile mais pas avec la
Val. Ile et Val sont pourtant très proches structurellement mais ce CH2 en plus permet à
l'ARS de faire la différence.
– ARS possède un site catalytique qui hydrolyse la liaison entre l'AMP et les acides aminés.
L'acide aminé Ile cependant ne peut pas se fixer à ce site (incompatibilité) donc ne sera pas
dégradée, elle.
– ARS est capable d'hydrolyser la liaison ester entre l'acide aminé et l'ARNt en cas d'erreur (il
y a une hydrolyse accélérée)

Au niveau de l'ARNt :
Comment l'ARS reconnaît le bon ARNt ?

Ce deuxième code est mal connu mais il implique :

– des éléments de structure des ARNt

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 – des nucléotides spécifiques dans le bras accepteur et dans le bras anticodon
– les nucléotides de l'anticodon lui-même (nucléotides modifiés, anticodons, boucles...)
De plus il y a la lecture par le ribosome de la séquence.
L'ensemble de ces mécanismes fait que le taux d'erreur est très bas : 10-4

2. Le ribosome

a) Généralités

La cristallographie aux rayons X a été utilisée pour cartographier les ribosomes.

Le ribosome est une particule nucléo-protéique de 2500 kDa pour un diamètre de 20nm.
Il est composé de 2 sous-unités : une petite et une grande.
Le S est le coefficient de sédimentation.
Le ribosome est constitué de 2/3 d'ARN et 1/3 de protéines.

Procaryotes (70S) Eucaryotes (80S)

La grande sous-unité (50S) est composée de : La grande sous-unité est composée de :

– 23S – 28S + 5,8S
– 5S – 5S
– 36 protéines – 49 protéines
La petite sous-unité (30S) est composée de : La petite sous-unité est composée de :
– 16S – 18S
– 21 protéines – 33 protéines

Les protéines sont à la surface de la grande sous-unité.

Elles sont globulaires en surface et ont une petite partie qui va vers l'intérieur.
La synthèse et la structuration des ribosomes sont des processus qui ont eu lieu en parallèle.
La distribution des protéines est asymétrique et jour un rôle dans la structure et un rôle
fonctionnel dans les interactions avec les facteurs de traduction et l'ARNm.
Par exemple : protéine S1 participe à l'ancrage de la sous-unité à proximité de l'ARN.

Petite sous-unité Grande sous-unité

Au niveau de la sous-unité 30S, on distingue la Au niveau de la sous-unité 50S, on distingue un
tête et le corps. hémisphère avec 3 structures saillantes de sa
La tête avec l'épaule forme un sillon par lequel surface.
passe l'ARNm. Un protubérance centrale est composée l'ARNr
A la base du sillon, il y a les sites de décodages A 5S et de protéines associées.
et P. Au niveau du bras droit il y a la protéine L1.
A droite, sous la tête il y a la plate-forme Le bras gauche est formé par les protéines L11.
contenant la séquence anti Shine Dalgarno.
Le corps est compact et peu flexible.

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Un tunnel du polypeptide traverse le ribosome et est une surface formée par les domaines I à V de
l'ARN 23S.
Ce tunnel hydrophobe protège la chaîne en cours d'élongation avant de sortir.
Il est en contact avec le PTC qui est le lieu de formation de la liaison peptidique.

b) Assemblage

Entre la petite et la grande sous-unité, il y a un sillon : des ponts ARN vont se former entre les 2
sous-unités. Ces ponts sont flexibles et sont capables de communiquer pour la coordination des
mouvements des 2 sous-unités lors de la traduction.

c) La biogenèse des ribosomes

Les ARN ribosomiques sont codés par au moins 7

opérons chez E.Coli.
L'ARNr est synthétisé sous forme d'un précurseur.
Ce précurseur va subir des méthylation et une
hydrolyse par des nucléases bien précises coupant
à des endroits donnés.

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Le processing se fait dès le démarrage de la transcription : dès que les zones sortent de l'ARN
polymérase, elles sont traduites et adoptent des conformations particulières.
Les modifications se regroupent essentiellement au niveau des sites de décodage et du PTC.
Aujourd'hui, on connaît 80 modifications sur les ARNr dont des isomérisations en pseudo-uridine,
des addition de méthyl, carbonyl, thio.
Il y a un certain nombre de modifications dont on ne connaît pas la nature.

Les ARNr adoptent alors des structures secondaires et

tertiaires.

Les ARN sont des molécules auto-structurées.

(Un Northern doit donc être fait dans des conditions
dénaturantes car sinon les ARN migrent selon leur forme
aussi).

Il existe jusqu'à 20 unités de transcription allant de 1 à 11

gènes.
Ces protéines vont subir une post modification de type
mono-méthylation, acétylation, acide glutamique.
Ces protéines hautement modifiées jouent un rôle dans la
structure de la sous-unité du ribosome (interaction avec les
facteurs de traduction et avec l'ARNm).

Ces modifications sont encore des domaines à l'étude.

d) Assemblage des constituants

Ces assemblages sont hautement coordonnés.

Assemblage de la sous-unité 30S :

L'information du 16S est contenue directement ans le 16S et des les protéines-r s'y associant.
Cet assemblage se fait de manière très spontané et très précis.
On distingue 3 groupes de protéines :
– les protéines primaires qui agissent directement avec l'ARN et initient la nucléation.
(formation de la petite sous-unité.
– Les protéines secondaires qui nécessitent l’interaction des ARNr et des protéines-r
primaires.
– Les protéines tertiaires interagissent avec les protéines-r primaires et secondaires.
Cet assemblage est co-transcriptionnel et démarre avant même que toutes les nucléations par les
nucléases soient finies.
L'assemblage est relativement bien caractérisé.
In vitro, on peut assembler la sous-unité en purifiant séparément les ARNr.

Assemblage de la sous-unité50S :
les groupes sont moins bien distingués : on distingue 4 groupes de protéines mais ils sont moins
bien caractérisés.

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La polarité 5' → 3' n'est pas caractérisée non plus.
D'autres éléments comme les ions peuvent contribuer à la stabilité de l'ensemble.

e) Régulations

En bleu : gènes qui ne codent pas pour des protéines ribosomiques.

La flèche indique le site d'intervention de la protéine régulatrice.

Il y a 2 niveaux de régulations de la synthèse :

– un niveau local par la régulation de chaque opéron : quand la protéine s15 est disponible,
elle va assurer une répression de sa propre synthèse (réprimer par son produit.)
Pour l'opéron SPC, c'est la protéine S8 qui va réprimer sa séquence.
La plupart de ces protéines sont des protéines primaires.
Ces protéines agissent soit sur la traduction, soit sur la transcription.
Pour certains systèmes, des protéines qui ne sont pas des protéines ribosomiques vont
échapper à cette régulation.

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 – Un niveau global où il y a codage pour les ARNr. Les ARNr ne sont jamais libres et régulent
leur propre synthèse.

Régulation par un mécanisme de compétition :

La protéine S8 se lie au niveau du Spc (qui est aussi le gène qui la synthétise).
S8 peut se lier à la fois sur l'ARN ribosomique et sur l'ARN de sa propre synthèse. Elle a une
meilleure affinité pour l'ARNr mais en excès, S8 intervient sur la protéine tige-boucle qui est sur le
messager et empêche sa traduction.

Cas de L4 :
L'interaction se fait en amont du S10.
(Opérateur transcriptionnel)
Régulation par un mécanisme de piège.

Cas de S15 :

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La séquence de régulation peut adopter une structure
– en 2 tiges boucle
– en pseudonoeud
Dans la configuration tige boucle, la séquence est accessible et le ribosome peut se fixer dessus :
cet assemblage avec le ribosome lance la traduction : le pseudonoeud est déstabilisé.
Quand il y a excès de S15, la protéine S15 se fixe sur l'ARN et il ne peut plus y avoir de traduction,
le pseudonoeud se fige.

On régule par ces protéines :

– la traduction
– la stabilité des ARNs
– la transcription

f) Les sites fonctionnels des ribosomes

Ils sont fonctionnels uniquement sur un ribosome assemblé.

L'activité peptidyl transférase (liaison de 2 liaisons peptidique) n'est pas catalysée par une enzyme
particulière mais par le ribosome qui est une structure particulière : c'est donc un ribozyme.
On peut voir le site PTC grâce à la puromycine qui va se lier spécifiquement sur ce site.

Les ARN 5S et 23S forment le cœur structural de la sous-unité 50S.

Les protéines sont des éléments secondaires au niveau de la surface des ribosomes.
Il n'y a pas de protéines dans le site actif de la formation de la liaison peptidique, au niveau du
centre peptidyl transférase.
La structure et la formation du ribosome sont strictement similaires dans tous les organismes,
eucaryotes comme procaryotes.

3. Les interactions codon-anticodon

Si l'appariement est parfait, alors pour 61 codons, il faudrait 61 ARNt différents or ce n'est pas le
cas car 1 ARNt peut reconnaître plusieurs codons différents.
Il peut y avoir un flottement sur la 3ème base du codon qui peut varier (ce ne sont pas des
appariements W-C classiques) ; en revanche, il ne peut pas y avoir de
flottement sur les 2 premières bases (ce sont des liaisons H de type W-C)
Il y ainsi minimum 32 ARNt différents chez E.Coli.

L'anticodon se situe au niveau des nucléotides 34, 35 et 36 de l'ARNt.

Le 1er et le 4ème nucléotide de l'anti-codon portent un grand nombre de

modifications.
Ces modifications ont des rôles :
– intéractions codon-anticodon
– sélection de l'ARNt par le ribosome
Cela augmente l'efficacité et la fidélité du décodage.
Ainsi le nucléotide 37 modifié fait que l'ARN sera reconnu ou non par
l'ARNt.

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 a) Le Wooble

C'est le flottement sur la troisième base du codon.

Les dérivés de certains anticodons permettent de reconnaître des codons différents.
Par exemple : l'ARNt Cmo5UAC reconnaît les 4 codons valine GU(A/G/U/C)

b) Site de décodage

Si l'appariement est correct comme c'est vérifié par le 1 er et 2ème nucléotide alors il y a un
changement de conformation : 2 nucléotides de l'hélice vont changer. Cela va permettre
l'établissement de liaisons H avec l'anticodon de l'ARNt et avec le codon sur l'ARNm
Ce changement de conformation va permettre l'envoi d'un signal vers l'autre sous-unité.
Les 2 structures importantes se situent dans l'hélice 44.

L'utilisation d'antibiotique peut permettre de comprendre ce décodage en inhibant certains

mécanismes.

c) Streptomycine

C''est un aminoglycoside découvert en 1944.

La protéine S12 se situe à proximité de l'ARN 16S.
En mettant de faibles quantité de streptomycine dans le milieu, on induit des erreurs non létales.
A forte concentration, on bloque la traduction et cela finit par induire la mort de la cellule.
Les chercheurs sélectionne les bactéries résistantes à la streptomycine sur un milieu de
streptomycine. Lorsqu'ils les placent sur un milieu sans streptomycine, elles meurent.
Ces colonies sont devenues streptomycine-dépendantes.
Ils mettent alors en évidence des modifications pour les souches résistantes au niveau de l'hélice
42.
A partir des souches résistantes-dépendantes, on sélectionné des révertants, c'est à dire, ceux qui
sont de nouveau capable de survivre sur un milieu simple.
On parle de mutation compensatoire : 3 protéines (S4, S5 et S12) sont impliquées dans le
processus de décodage, ainsi que l'ARN 16S.
Au niveau de la bouche de l'hélice 44 de l'ARN 16S, il y a 2 conformations d'équilibre.
Si il y a une mutation, alors la conformation est changée et cela permet de donner +/- de latitude
aux changements : on a une position relâchée ou contractée.
Une bonne gestion de l’ambiguïté permet une équilibre idéal pour le décodage.

III. Les mécanismes

1. Le sens de traduction

La chaîne polypeptidique est synthétisée à partir de son extrémité N-terminale vers son extrémité
C-terminale.
Howard Dintzis extrait un réticulocyte qui assure la synthèse d'hémoglobine (chaîne a et b globine)
Son expérience démontre que la synthèse se fait progressivement du N vers le C terminal.

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 2. Les étapes

a) L'initiation

Lors de l'initiation, il y a assemblage de la particule ribosomique 70S et il y a positionnement au

codon dinitiation.

Il y a assemblage de la particule ribosomique 70S.

Pour être fonctionnel, les sous-unités ne doivent pas s'assembler avant d'avoir rencontré l'ARN.
L'ARNm se fixe sur la petite sous-unité grâce à l’interaction avec une séquence en amont de l'AUG.
C'est la séquence de Shine Dalgarno qui permet la fixation du ribosome sur l'ARN.
La sous-unité 30S libre fixe les facteurs d'initiation IF1 et IF3 et est chargé d’empêcher l'assemblage
des sous-unités avant de se fixer sur l'ARN.

En faisant un gradient de sucrose dans un tube à essai, et en récoltant les différentes fractions
ribosomiques obtenues, alors on a les différents constituants des ribosomes avec les sous-unité et
les facteurs.
Les facteurs IF1 et 3 se lient à la petite sous-unité. Le codon initiateur est le codon AUG.
Comment le ribosome fait la différence entre une méthionine interne et un codon initiateur ?
Cela est possible grâce au positionnement de la sous-unité 30S qui doit se fixer uniquement au
niveau de l'AUG initiateur.
Il existe des séquences consensus situés en amont du codon initiateur : ce sont les séquences de
Shine Dalgarno.
La séquence SD + le site AUG correspond au site de fixation du ribosome.

Remarque : le codon initiateur de Lac I n'est pas AUG mais GUG.

L'ARNt impliqué dans le décodage est cependant toujours identique.

Lors de l'initiation, on a un codon vierge au niveau du site P.

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Le site A est toujours bloqué par le IF1.
Cette situation est unique à l'initiation : les codons entrent normalement par le site A.
Des complexes ternaires entre par le site P et causent la séparation des facteurs.

L'ARNt lié à sa méthionine initiatrice est apporté par l'IF 2GTP fMET. C'est uniquement pour la
méthionine initiatrice que ce processus est utilisé.
Lorsque l'ARNt est formylé alors la méthionine est en position d'initiation alors que l'ARNt n'est
pas formylé s'il s'agit d'une méthionine intrapeptidique.
L'incorporation de l'ARNt sur la méthionine se fait par la même enzyme : aminyacyl ARNt
synthétase.

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 b) Élongation

EF-Tu, EF-Ts, EF-G sont les facteurs d'élongation impliqués.

Le complexe d'initiation est le 70S.

Il y a d'abord fixation de l'aminoacyl ARNt sur le site A.

Les ARNt chargés se lient au facteur Ef-Tu lié au GTP qui lie tous les ARNt chargé sauf le premier qui
est apporté par IF2.
Il faut que l'appariement sur les 2 premiers codons soient de type W-C pour qu'il y ait association.
Le GTP est hydrolysé et EF-Tu GDP est relargué.

Est-ce qu'à ce moment là, il y a déjà un proofreading ?

L'acide aminé fixé est alors une alanine.

Le messager est un polycystéine alors que les acides aminés incorporés sont des alanines, donc les
ribosomes sont incapables de faire du proofreading.

17
Mécanisme de décodage

Le ribosome ne peut pas savoir si l'ARNt est

correctement chargé mais il peut vérifier la
complémentarité codon-anticodon.
Cette complémentarité implique l'hélice H44 et l'ARNt
avec son anticodon. Si la complémentarité est correcte
alors il y a un basculement des sites G530, A1408,
A1492, A1493. Cela cause un changement de
configuration et l'ARN polymérase peut y accéder.
Au niveau de la grande sous-unité, on a le centre
peptidyl transférase. Il est activé lors de ce changement
de configuration.
L'activité de ce centre peptidyl transférase est catalysé
par l'ARN 23S, il s'agit donc d'un ribozyme.
La synthèse est orientée de N ter vers C ter.

Formation de la liaison peptidique

La changement de conformation donne l'autorisation de former la liaison. Le N3 capte un proton,

ce qui permet à l'azote de l'acide aminé de faire une attaque nucléophile sur le groupement
carboxylique. Cette liaison est instable (électrons libres qui reforment une liaison).
L'ARNt du site P est maintenant libre.
L'ARNt dipeptidyl est entre le site A et P.
L'ARN désacétylé est entre le site P et E.
Ces sites sont majeurs et font que le ribosome avance dans le bon sens.
Grâce à ce changement de conformation, le site A a moins d'affinité pour les ARNt.
EF-Tu apporte un GTP et se fixe au niveau du site A. Si l'état est stable alors il peut y avoir hydrolyse
du GTP.

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La translocation

Au cours de la translocation le facteur de transcription EF-G va aller sur le site A.

Avant la translocation, il y a une forte affinité pour le site E et P.
Après la translocation il y a décalage, E → P et P → A.
Le site E perd son affinité et peut + facilement donner son acide aminé au site P.

c) La terminaison

Reconnaissance du codon STOP.

Elle implique 2 classes de facteurs :
– les facteurs qui reconnaissent stop : RF1 et RF2.
RF1 reconnaît UAA et UAG
RF2 reconnaît UAA et UGA.
– Les GTPases qui ne reconnaissent pas le codon stop mais apportent l'énergie nécessaire
(RF3).
Chez les eucaryotes, il y a moins de facteurs de terminaison, eRF1 reconnaît les 3 codons STOP et
eRF3 apporte l'énergie nécessaire.
Au lieu de former une liaison peptidique, un y a un lien avec une molécule d'eau.
Il y a hydrolyse du Gtp pour cette libération.
Les facteurs de terminaison provoquent le relargage du polypeptide l'ARNt désacylé.
Le facteur RRF est un facteur de dissociation qui va rentrer au niveau du ribosome et dissocier les
sous-unités.
En premier lieu il y a donc reconnaissance du codon STOP, puis ensuite libération de la protéine et
dissociation du ribosome 70S.

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 3. La différence entre les procaryotes et les eucaryotes

Entre procaryotes et eucaryotes, les processus sont relativement similaires.

La principale différence est la compartimentation chez les eucaryotes. Il ne peut donc pas y avoir
de couplage.
Chez les procaryotes, la transcription et la traduction sont couplées.
La traduction et la transcription vont dans le même sens. Cela se voit au MET : l'ARNm est
recouvert de ribosomes.

Différences entre eucaryotes et procaryotes au cours de la traduction

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 – Les ARNt sont différents, chez les eucaryotes il n'a pas de formylation.
– Il y a plus de facteurs de transcription chez les eucaryotes (plus complexe)
– Chez les eucaryotes, il n 'y a pas de séquence de Shine Dalgarno. La purine en -3 et le G en
+4 sont très important pour une bonne efficacité.

Un ARN monocistronique s'organise de la façon suivante :

Les séquences UTR de l'ADN vont

comporter plein d'informations de
régulation.
Chez les procaryotes, ces
séquences UTR vont comporter
les séquences de Shine Dalgarno.
La synthèse de l'ARN se fait dans le
sens 5'→3'.
La protéine est synthétiser de N-
ter à C-ter.

Organisation d'un opéron d'ARNm polycistronique :

L'opéron lactose :
Sur l'ADN il y a le promoteur et opérateur avec le séquence de terminaison de la transcription.
Lac Z code pour la Bêta galactosidase et
Lac Y code pour la perméase
Lac A code pour la transacétylase.
Chaque séquence possède son codon STOP et sa séquence Shine Dalgarno.

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Chez les eucaryotes il y a 3 ARN polymérase contre une chez les procaryotes.
Chez les eucaryotes, il y a :
– mise en place d'une coiffe. La coiffe est une liaison très particulière. C'est la guanylyl
transférase qui transfert un guanine avec une modification au niveau d'un azote : il y a une
méthylation.
– mise en place d'une queue poly A se fait par la poly A polymérase.
Ce sont 2 modifications qui sont nécessaires pour le transport, l'efficacité de la transcription et la
protection des ARN.
La coiffe lie un facteur eIF-4E, ce qui permet la circularisation de l'ARN et joue un rôle dans
l'efficacité de synthèse. Les messagers sont donc bien circulaires.

Chez les eucaryotes, l'ARNm est circulaire.

Du côté 5', il y a le complexe eIF4F composé de 3 facteurs eIF4E (lie la coiffe CAP), eIF4G (protéine
plate-forme) et eIF4A (activité hélicase pour dérouler l'ARN hautement structuré).
Du côté 3', la Poly A Biding Protein (PAPB) lie le poly A.

Chez les procaryotes, en amont de l'AUG initiateur il y a le site de fixation du ribosome. C'est la
séquence de Shine Dalgarno.
Chez les eucaryotes, la mise en place du ribosome se fait au niveau de la coiffe. Il y a un balayage
jusqu'à l'AUG. La majorité des petites sous-unités vont se fixer et la traduction peut commencer.
Si on est dans un contexte favorable, il y a fixation de l'ARNt sur l'AUG, puis fixation de la grosse
sous-unité sur la petite sous-unité.

Comparaison de l'initiation chez Eucaryotes et Procaryotes

L'initiation chez les eucaryotes :

Quand ils sont dépourvus de facteurs, les sous-unités sont assemblées en ribosomes.
EIF6 va dissocier les ribosomes inactifs.
EIF5 va provoquer la dissociation de certains eIF de la sous-unité 40S avant son association avec le

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60S pour former le complexe d'initiation.

EIF2GTP permet la fixation au niveau de la coiffe. La petite sous unité va progresser grâce à eIF4A
(hélicase) jusqu'à un AUG. Si le contexte est favorable, alors elle s'arrête de scanner et se lie pour
amorcer la traduction.
Si le contexte n'est pas favorable alors les ribosomes vont continuer à scanner jusqu'à atteindre un
autre AUG favorable.
Certains ARNm de virus vont détourner la machinerie cellulaire.
Les virus ont une structure IRES qui permet l'accrochage de la petite sous-unité sur cette structure.
Il n'y a pas de complexe de coiffe. Ce virus va inhiber la traduction coiffe dépendante et activer la
transcription par IRES.
A la sortie du tunnel, la protéine va avoir une conformation.
Elle possède :
– une conformation
– un adressage
– des modifications
– des dégradations (informations qui déterminent sa vie)

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