MICROBIOLOGIE : Fiches de Révisions

 CM1 - Microorganismes, amis ou ennemis, qui sont-ils ?

 CM2 - Les interactions hôtes-microorganismes - une infection ?
 CM3 - Le calamar lumineux
 CM4 - Le staphylocoque doré
 CM5 - La puce, le rat, la peste et le bubon-1ère partie
 CM6 - La puce, le rat, la peste et le bubon-2ème partie
 CM7 - Le microbiote
 CM8 - Choléra et mucoviscidose
 CM9 - Les toxines
 CM10 – Interactions Hôtes-pathogènes (champignons)-1ère partie
 CM11 – Interactions Hôtes-pathogènes (champignons)-2ère partie

Chapitre 1 : les microorganismes

Microbiologie = Science qui étudie les êtres vivants invisibles à l’œil nu : de taille < 0,1 mm =
microorganismes
= Unicellulaires ou multicellulaires, représentent la moitié de la biomasse totale de la
Microorganismes biosphère. Ils sont :
- Très diversifiés : VIRUS ; BACTERIES ; ARCHEES ; ALGUES ; MYCETES ;
PROTOZOAIRES
- Ubiquistes : AIR ; SOL ; EAU ; GLACE ; VOLCAN
- Colonisateurs du vivant : animaux ; insectes ; végétaux ; microorganismes
- Indispensables à la vie : cycle de l’azote/carbone/soufre, chaines alimentaires,
alcools, pain, antibio, épidémie…etc.
Historique - Peste : Yersinia pestis
Epidémies - Grande famine/brunissure de la pomme de terre : Phytophtora infestans
Formes des
bactéries

Structure des - 1 chromosome circulaire : informations génétiques

bactéries essentielles

R-T-T bactéries - Réplication : 1 origine, DNA pol.

- Transcription : ARN pol.
- Traduction : ribosomes 70S (50S+30S)
- Polysome : couplage Transcription/Traduction
Opéron = Unité génétique fonctionnelle que l'on retrouve chez les bactéries. Il est composé d'un
ensemble de gènes qui sont régulés ensemble et qui sont transcrits en un seul ARN
messager. L'opéron est sous le contrôle d'un seul promoteur et d'un seul opérateur qui
régulent l'expression de l'ensemble des gènes qui le composent. Le mécanisme d'opéron
permet à la bactérie de réguler l'expression de plusieurs gènes impliqués dans une même
voie métabolique, en fonction des besoins de la cellule.
 Plasmides = Petite molécule d'ADN circulaire qui se trouve souvent dans les cellules bactériennes. Les
plasmides peuvent être transférés d'une cellule à une autre et peuvent contenir des gènes qui
confèrent des avantages sélectifs à la cellule hôte, comme la résistance aux antibiotiques ou
la capacité à métaboliser des substrats spécifiques. Les plasmides sont souvent utilisés en
biotechnologie comme vecteurs de clonage, c'est-à-dire qu'ils permettent d'insérer des gènes
d'intérêt dans les cellules bactériennes pour les faire exprimer.
Chapitre 2 : Interactions hôtes-microorganismes
Flore - Flore Normale = microbiote résident qui colonise normalement un tissu ou une
microbienne région du corps humain. Il est considéré comme bénéfique pour l'hôte, car il aide à
prévenir la colonisation par des micro-organismes pathogènes, contribue à la
digestion des aliments et est impliqué dans le système immunitaire.
- Flore Transitoire = type de microbiote qui ne colonise pas normalement un tissu ou
une région du corps humain, mais qui peut y être temporairement présent en raison
d'une contamination environnementale. Les micro-organismes transitoires ne sont
pas bénéfiques pour l'hôte et peuvent même causer des infections s'ils sont présents
en grande quantité ou s'ils sont pathogènes.
Microbiote = Ensemble des micro-organismes qui vivent dans un environnement donné, tels que la
peau, les muqueuses ou le tube digestif. Il se compose principalement de bactéries, mais
peut également inclure des champignons, des virus et d'autres micro-organismes.
Symbiose = Association de deux ou plusieurs espèces d’organismes différents. Comprend le
commensalisme, le parasitisme et le mutualisme.
Commensalisme = Relation bénéfique pour l’un des organismes (microorganisme) et neutre pour l’autre
(hôte).
Mutualisme = Relation avantageuse aux deux (ou plus) organismes associés.
Parasitisme = Un organisme (bactérie) tire parti de l’association au dépend du second organisme (hôte).
Infection = Développement et multiplication d’un microorganisme dans ou sur un hôte (invasion et
implantation).
Maladie = Modification d’un état de bonne santé, dans laquelle l’entièreté ou une partie du corps de
infectieuse l’hôte n’est pas en parfait équilibre ou capable de remplir ses fonctions normales en raison
de la présence d’un microorganisme ou de ses produits. On parle de pouvoir pathogène,
définit par son intensité (virulence/agressivité).
Epidémie = Augmentation rapide d’une maladie (humaine) en un lieu donné et un moment donné.
Pandémie = Epidémie présente sur une large zone géographique internationale.
Epizootie = Maladie touchant, dans une région plus ou moins grande, une espèce animale ou un
groupe d’espèce dans son ensemble.
Zoonose = Maladie et infection dont l’agent se transmet naturellement des animaux à l’être humain et
vice-versa.
Résistances aux  AMR : Antimicrobial Resistance
antibiotiques  MDR : MultiDrug Resistant bacteria
 XDR : eXtensively Drug Resistant Bacteria
 PDR : pan-resistant Bacteria

Plan d’action : concept One Health, One World

Infections = Infections contractées à l’hôpital ou dans des unités de soin. Interaction entre 3 facteurs :
nosocomiales hôte affaibli, Mo dans milieu hospitalier et chaine de transmission.
Etapes clés du
cycle infectieux
 Réservoirs et
portes d’entrées

Maladies causées
par les bactéries

Quorum Sensing = Processus de communication cellulaire utilisé par les bactéries pour coordonner leur
comportement en fonction de la densité cellulaire. Ce mécanisme permet aux bactéries de
s'adapter à leur environnement en exprimant des gènes nécessaires pour leur survie ou leur
développement.
Quorum Sensing Vibrio fischeri est une bactérie marine bioluminescente qui vit en symbiose avec plusieurs
chez Vibrio espèces animales, dont les calamars d'Hawaii et le céphalopode Euprymna scolopes. Cette
fischeri symbiose est mutualiste, c'est-à-dire que les deux partenaires en bénéficient. La
bioluminescence de V. fischeri permet aux animaux de se camoufler, tandis que la bactérie
bénéficie de la protection de son hôte contre les prédateurs et de l'accès à des nutriments
nécessaires à sa croissance.
Bioluminescence La bioluminescence dépend de la concentration bactérienne

La bioluminescence chez V. fischeri dépend de la concentration cellulaire. Plus il y a de

bactéries, plus la lumière produite est intense. Ce phénomène est régulé par le Quorum
Sensing, un mécanisme de communication cellulaire qui permet aux bactéries de mesurer
leur densité cellulaire et d'exprimer des gènes en fonction de cette concentration.

Expériences :
Pour comprendre ce mécanisme, des expériences ont été menées pour isoler la molécule de signal
produite par V. fischeri. Des cultures de V. fischeri ont été centrifugées pour séparer les cellules du
milieu de culture, puis l'analyse du surnageant a révélé la présence d'un auto-inducteur, une
molécule appelée Acyl Homosérine Lactone (AHL). Cette molécule est synthétisée et sécrétée par les
bactéries et diffuse librement dans le milieu de culture. Plus la densité cellulaire augmente, plus la
concentration d'AHL augmente. Une fois que la concentration d'AHL atteint un certain seuil, les
bactéries sont capables d'activer la transcription de gènes impliqués dans la bioluminescence
Autoinduction = Les AI peuvent s'accumuler jusqu'à un seuil critique, où ils se lient à des récepteurs
spécifiques sur les cellules bactériennes pour déclencher une réponse coordonnée de la
population.
Génétique du QS Des études de mutagenèse ont permis d'identifier les gènes impliqués dans le Quorum
Sensing chez V. fischeri :
- Les gènes luxI et luxR sont essentiels pour la production et la détection de l'AHL.
Le gène luxI code pour une synthase d'autoinducteur qui produit l'AHL, tandis que
le gène luxR code pour un récepteur d'AHL qui régule l'expression de gènes cibles
(de bioluminescence) en réponse à la concentration de l'AHL.
- Le gène luxS code pour une synthase d'AHL alternative appelée autoinducteur-2
(AI-2) qui est produite par de nombreuses espèces bactériennes et qui est impliquée
dans la communication interspécifique.

Régulation : notamment par des mécanismes épigénétiques tels que la méthylation de

l'ADN et la modification des histones. Ces processus peuvent affecter l'expression des gènes
 impliqués dans le Quorum Sensing en modifiant la structure de la chromatine et en bloquant
ou en activant l'accessibilité des promoteurs génétiques.
QS chez les
GRAM-

QS et Biofilms  Biofilm = assemblage de Mo sur des surfaces biotiques ou abiotiques, enchassés

dans une matrice extracellulaire qu’ils auto-produisent
 En agriculture, le Quorum sensing est impliqué dans la formation de biofilms
bactériens sur les cultures végétales, ce qui peut entraîner des maladies des plantes.
Les inhibiteurs du Quorum sensing peuvent être utilisés pour prévenir la formation
de biofilms et réduire les infections des plante.
QS et plaques  Le Quorum Sensing a été impliqué dans la formation de la plaque dentaire et la
dentaires carie dentaire. En effet, les bactéries impliquées dans ces processus, telles que
Streptococcus mutans et Actinomyces spp., sont capables de communiquer entre
elles via des signaux de Quorum Sensing. Cela leur permet de coordonner leur
comportement et de former des communautés structurées appelées biofilms.

 Les biofilms de plaque dentaire sont particulièrement problématiques car ils

protègent les bactéries contre les agents antimicrobiens, ce qui les rend plus
résistantes aux traitements. De plus, les bactéries présentes dans les biofilms de
plaque dentaire peuvent produire des acides qui érodent l'émail dentaire et
provoquent des carie
QS chez les Le mécanisme de QS chez les
GRAM+ bactéries à Gram positif est basé
sur l'utilisation de peptides
autoinducteurs (AIPs) pour
réguler la production de gènes
spécifiques. Lorsque la densité
de population bactérienne atteint
un seuil critique, la
concentration d'AIP augmente,
ce qui active un système de
signalisation en cascade. Le
système de signalisation conduit
à l'expression de gènes
spécifiques qui sont impliqués dans divers processus biologiques, tels que la production de toxines et
d'enzymes.

QS et S. Aureus Le Staphylococcus aureus est une bactérie à Gram positif qui utilise le QS pour réguler la
production de ses toxines. Cette bactérie peut causer une variété d'infections allant de la
simple infection cutanée à des infections graves telles que la septicémie. Il est souvent
présent dans les narines et la peau des humains sans causer d'infections. Cependant, lorsqu'il
est en déséquilibre avec le système immunitaire de l'hôte, il peut causer des infections
graves. Le S. aureus utilise le QS pour réguler la production de ses toxines, qui sont les
principaux responsables de la virulence de la bactérie.
 Infections
majeures S.
Aureus

Toxines - Coagulase = (pigment jaune = C+ et non pigmenté = C-), réagit avec les
produites par S. prothrombine, clieve le fibrinogène et crée des caillots de fibrine, permet protection
Aureus phagocytose : Pouvoir invasif
- Entérotoxines = superantigènes, pyrogènes : Troubles gastro-intestinaux
- Hémolysine (detla-toxine) = tuent les érythrocytes et la sphyngomyéline : Infection
(surtout système nerveux)
- Hyaluronidase = permet le passage dans la cellule grâce à l’hydrolyse de l’acide
hyaluronique du TC : Pouvoir invasif
- Leucocidine = inhibre la phagocytose par la formation de pores dans les
granulocytes : Résistance aux défenses
- Toxine-1 = superantigènes : Syndrome du choc toxique (TSS)
- Exfoliatines = sérines protéases qui clivent
une protéine (desmosomal cadhérine desmoglein1)
permettant le lien entre la couche superficielle du
derme et la couche moins superficielle, entraînant la
formation de cloques : Perte couche superficielle
peau (SSSS), syndrome staphylococcique de la
peau ébouillantée, impétigo bulleux

Système agr et = Le système agr (accessory gene regulator) est un ensemble de quatre
régulation des gènes, A, B, C, et D, organisés en opéron qui régulent l'expression de
toxines protéines produites ensemble. Le régulateur principal de ce système est
AgrA, qui est aidé par un autoinducteur (AIP) spécifique de chaque
souche de S. aureus.
→ Lorsque l'AIP atteint une concentration critique, elle active une
cascade de réactions impliquant les gènes agrC, agrB, et agrD. AgrD
active ensuite l'opéron agr, ce qui active à son tour AgrA. AgrA est un
régulateur transcrit qui active l'expression des gènes toxines. Le système
de régulation par quorum sensing permet une adaptation à la densité
cellulaire et optimise la virulence en régulant la production de toxines
lorsque le seuil de concentration critique d'AIP est atteint.

QS et pathologie → Les souches les plus virulentes sont celles qui ont les systèmes de QS les plus efficaces
→ Absence de QS diminue la virulence des souches
→ QS : régulation de la virulence et de la formation de biofilm
QS : cible Le quorum sensing est une cible thérapeutique potentielle pour contrôler la virulence des
thérapeutique bactéries :
→ L’inhibition de la production d’autoinducteurs ou de récepteurs peut empêcher la
régulation de la virulence
→ Développement de molécules capables d’interférer avec le QS
Déterminants du = Caractéristiques qui permettent à un microorganisme de causer une maladie chez son hôte.
pouvoir Ces déterminants sont nombreux et peuvent être de nature génétique, physiologique ou
pathogène environnementale.
Yersinia pestis Yersinia pestis est une bactérie environnementale (sol, eau) responsable de deux types de
peste : bubonique et pulmonaire. La peste bubonique est caractérisée par l'infection des
ganglions lymphatiques, tandis que la peste pulmonaire affecte le système respiratoire.
 Alexander Yersin, qui a étudié à l'Institut Pasteur, a découvert le bacille de la peste en 1894
et a élevé des chevaux pour créer un vaccin contre la peste.

3/14 espèces seulement sont pathogènes pour l’homme :

- Yersinia pestis : peste bubonique, peste pulmonaire
- Y. enterocolitica : gastroentérite ou yersiniose maladie fatale pour souris LD50:106
- Y. pseudotuberculosis : pathogène animal, occasionnel/homme maladie fatale pour
souris LD50:109

Les 2 dernières ont comme point commun de s’attaquer aux plaques de Peyer au niveau de
l’intestin (réseau lié entre système lymphatique et sanguin). Elles sont reconnus par les
cellules M et dégradées par les macrophages, mais elle se déplacent dans les macrophages
(antiphagocytose) et peuvent causer leur apoptose.
Cycles de  Cycle urbain : les rats, les souris et les petits rongeurs sont contaminés par des puces qui
Yersinia pestis peuvent également attaquer les humains et entraîner des infections du système
lymphatique, ce qui provoque des bubons.
 Cycle sylvestre, les rongeurs sauvages sont
contaminés par des puces, ou par le passage sur
un carnivore sauvage (dépeçage de la fourrure) et
les animaux de compagnie (plus rare). Dans ce
cycle, il n'y a pas de passage par la puce, mais le
contact direct avec l'animal ou entre les humains
infectés provoque la peste pulmonaire. Lorsque la
peste bubonique atteint le sang, on parle de peste
scepticémique.

Puces comme Les puces xenopsylla cheopis et pulex irritans sont les vecteurs les plus courants de la peste
vecteurs bubonique. La bactérie peut survivre dans le sol et dans le terrier des rongeurs contaminés.
Lorsque la puce du rat est infectée par la bactérie Yersinia pestis, un biofilm se forme dans
l'œsophage et la valve provestibulaire. L'obstruction entraîne la régurgitation de la bactérie,
qui peut contaminer l'homme. Lorsqu'une puce est affamée, elle devient plus agressive et
pique plus souvent, ce qui augmente les risques de contamination. Lorsque les rats meurent,
les puces s'attaquent aux humains. La bactérie Yersinia pestis est d'abord un pathogène de la
puce avant de devenir un pathogène de l'homme. Les différentes espèces de puces n'ont pas
toutes la capacité de propager la maladie, mais celles qui le peuvent sont les vecteurs.
L'attaque du vecteur par le pathogène peut également changer le comportement du vecteur.
Protéines Yops = Facteurs de virulence produits par Yersinia pseudotuberculosis, Yersinia pestis et Yersinia
enterocolitica. Ces protéines sont sécrétées par un système de sécrétion de type III (SST3) qui
permet à la bactérie d'injecter ces protéines directement dans les cellules hôtes. Les protéines
Yops ont différentes fonctions, notamment la modulation de la réponse immunitaire et la
manipulation des fonctions cellulaires, telles que l'apoptose et la phagocytose.
Plasmide pYV Les gènes yop sont localisés sur un plasmide de virulence appelé pYV. Ce plasmide est porté
uniquement par les souches pathogènes de Yersinia, ce qui suggère un lien entre la présence
de ce plasmide et la virulence de la bactérie. En mutagenèse, on observe que les mutants qui
ne sont plus capables d'induire l'apoptose et l'anti-phagocytose des macrophages sont moins
virulents et ont une LD50 (dose létale à 50%) plus élevée.
Gènes ysc Les gènes ysc sont des gènes qui contrôlent la sécrétion des protéines Yops par la bactérie.
On a émis deux hypothèses quant à leur fonction : soit ils constituent un appareil de sécrétion,
soit ils participent à la régulation de la sécrétion. Des mutants ont été créés pour tester ces
hypothèses, et il s'est avéré que les gènes ysc contrôlent effectivement la sécrétion des Yops.
SST3 Les gènes ysc forment un système de sécrétion de type III (SST3) qui permet à la bactérie
d'injecter les protéines Yops directement dans les cellules hôtes. Le SST3 est constitué de 26
gènes qui codent pour des protéines formant une structure en forme d'aiguille qui traverse la
membrane bactérienne et la membrane de la cellule hôte pour permettre l'injection des Yops.
Cette structure est activée par le contact avec la cellule hôte et permet la sécrétion de
protéines dans le cytoplasme de la cellule hôte.
Parmi les bactéries pathogènes qui possèdent un système de sécrétion de type III, on peut
citer Shigella, Salmonella, E. Coli et Bordetella.
SST3 et flagelle Chez certaines bactéries, le système de sécrétion du flagelle est également impliqué dans
l'exportation de protéines effectrices via le système de sécrétion de type III (T3SS). Ces
bactéries possèdent un système de sécrétion de type III fonctionnel qui est utilisé pour
injecter des protéines effectrices dans les cellules de l'hôte pour favoriser l'infection. Les
protéines effectrices sont produites dans le cytoplasme de la bactérie et sont ensuite
transportées à travers le canal central du flagelle pour être injectées dans les cellules de
l'hôte.
SST3 et NC Le "Needle Complex" (NC) est une structure clé du système de sécrétion de type III (T3SS)
chez les pathogènes animaux tels que Salmonella typhimurium. Il s'agit d'un complexe
protéique multipolaire composé d'un anneau de base inséré dans la membrane bactérienne,
d'un canal creux et d'un aiguillon protéique (le "needle") qui s'étend à travers le canal pour
transpercer la membrane de la cellule hôte.

Le NC est impliqué dans l'injection des protéines effectrices à travers la membrane de la

cellule hôte lors de l'infection. Les protéines effectrices sont produites dans le cytoplasme
bactérien et sont transportées vers le NC, où elles sont injectées à travers le canal creux et le
needle pour atteindre la cellule hôte. La sécrétion des protéines effectrices est régulée par
plusieurs protéines cytoplasmiques et de membrane qui contrôlent l'assemblage et la
fonction du NC.
Yops et cellules Les Yops interfèrent avec les cellules animales de plusieurs façons. Par exemple, certaines
animale Yops peuvent interférer avec la signalisation cellulaire en inhibant la phosphorylation des
protéines cellulaires impliquées dans la régulation de la réponse immunitaire. D'autres Yops
peuvent perturber la structure et la fonction du cytosquelette cellulaire en modifiant la
polymérisation des filaments d'actine et de tubuline. Certaines Yops sont capables d'inhiber
la réponse inflammatoire en régulant l'activité des cellules immunitaires telles que les
macrophages et les cellules dendritiques.

En interférant avec les processus cellulaires des cellules animales, les Yops permettent à
Yersinia d'éviter la réponse immunitaire de l'hôte et de se répliquer dans les cellules hôtes.
Fonction des Les gènes ysc codent pour ces protéines structurales, qui sont nécessaires pour la formation
gènes ysc et Icr de l'aiguille et du complexe basal, ainsi que pour l'assemblage de l'ensemble du T3SS. Ces
protéines agissent comme un canal à travers lequel les protéines effectrices sont injectées
dans les cellules hôtes.

Les gènes Icr, quant à eux, sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes ysc et
d'autres gènes impliqués dans la virulence de Yersinia. Ils contrôlent la production de
protéines nécessaires pour la sécrétion des protéines effectrices, en fonction des signaux
environnementaux.
YscP pour L'aiguille est une structure protéique qui sert de canal pour l'injection des protéines
mesurer le NC effectrices dans les cellules hôtes. La longueur de l'aiguille est importante car elle détermine
la distance entre la surface de la bactérie et la membrane plasmique de la cellule hôte, ce qui
peut affecter l'efficacité de l'injection des protéines effectrices.

Le YscP régule la longueur de l'aiguille en agissant comme un régulateur négatif. Lorsque la

concentration de YscP est élevée, l'aiguille est plus courte. En revanche, lorsque la
concentration de YscP est faible, l'aiguille est plus longue. Cette régulation de la longueur
de l'aiguille est importante car elle permet aux bactéries de s'adapter à différents
environnements et de s'assurer que les protéines effectrices sont injectées avec efficacité
dans les cellules hôtes.

Le YscP a été proposé comme une règle pour mesurer la longueur de l'aiguille car il est l'un
des rares composants de la structure de l'aiguille qui ne soit pas exporté par le T3SS. En
conséquence, la quantité de YscP présente dans les bactéries peut être utilisée pour mesurer
la quantité de structure d'aiguille produite par les bactéries. Cela peut fournir une estimation
approximative de la longueur de l'aiguille et de son potentiel d'efficacité dans l'injection des
protéines effectrices dans les cellules hôtes.
Translocateur ou Chez Yersinia, le translocateur est formé par deux protéines, YopB et YopD, qui sont
translocon injectées dans la cellule hôte par le système de sécrétion de type III (T3SS). YopB et YopD
s'assemblent alors pour former un complexe de pores dans la membrane plasmique de la
cellule hôte.
 Une fois que le complexe de pores est formé, les protéines effectrices (appelées Yops)
peuvent être transloquées à travers ce complexe et entrer dans le cytoplasme de la cellule
hôte. Les Yops sont alors capables de manipuler les voies de signalisation de la cellule hôte
pour favoriser l'infection de la bactérie.

Il est important de noter que, contrairement à d'autres bactéries utilisant le T3SS, Yersinia a
développé une stratégie pour éviter d'endommager les cellules hôtes lors de l'injection de ses
protéines effectrices. Les pores formés par le translocateur de Yersinia sont plus petits que
ceux d'autres bactéries, ce qui permet aux Yops de transloquer sans perturber de manière
significative la membrane plasmique de la cellule hôte.
LcrV LcrV (Low-Calcium Response V antigen) est une protéine qui fait partie du système de
sécrétion de type III (T3SS) de la bactérie pathogène Yersinia. Cette protéine est impliquée
dans la régulation de la sécrétion de protéines effectrices (appelées Yops) par le T3SS de
Yersinia.

LcrV est une protéine en forme de cône qui est localisée à l'extrémité distale du complexe
d'aiguille (needle complex) du T3SS de Yersinia. Elle est essentielle pour l'assemblage du
complexe d'aiguille et la stabilité de la structure.

LcrV est également une protéine importante pour la virulence de Yersinia. Elle a été
montrée pour jouer un rôle dans la suppression de la réponse immunitaire de l'hôte, en
particulier la réponse des cellules T. Les anticorps dirigés contre LcrV ont également été
proposés comme des cibles potentielles pour le développement de vaccins contre la peste,
une maladie causée par Yersinia pestis.
Shigella spp. Shigella est notamment responsable de la dysenterie bacillaire ou shigellose, une maladie
qui cause chaque année environ 600 000 décès dans le monde. Les souches de Shigella
flexneri et S. sonnei sont les plus fréquentes. La dose infectieuse est de 10 à 100 bactéries,
qui peuvent pénétrer dans notre organisme par les cellules M de notre intestin ou par les
leucocytes polymorphonucléaires.

Shigella utilise deux stratégies pour infecter les cellules hôtes : la provocation de l'apoptose
des macrophages et la phagocytose par les cellules épithéliales. Cette dernière stratégie est
rendue possible par la polymérisation des filaments d'actine, qui propulsent les bactéries
d'une cellule à l'autre, leur permettant ainsi de passer inaperçues pour l'hôte.

Cependant, des mutants qui ont perdu leur système de sécrétion de type III ne peuvent plus
passer de cellules en cellules et ne peuvent plus réaliser l'apoptose des macrophages.

Salmonella spp. Le translocon de Salmonella est un complexe protéique situé à l'extrémité distale de
l'aiguille du système de sécrétion de type III (T3SS) de Salmonella. Il est composé de deux
protéines, SipB et SipC, qui sont sécrétées par le T3SS et qui sont nécessaires pour la
translocation de protéines effectrices dans les cellules hôtes.

Le translocon est assemblé juste avant l'injection de la protéine effectrice dans la cellule
hôte. SipB se fixe à l'aiguille du T3SS et forme un pore dans la membrane de la cellule hôte.
SipC se fixe ensuite à SipB et aide à stabiliser le pore. Ensemble, SipB et SipC forment un
canal qui permet la translocation des protéines effectrices dans la cellule hôte.
 Il a été démontré que le translocon de Salmonella joue un rôle crucial dans la virulence de la
bactérie. Les mutants de Salmonella qui ne produisent pas de SipB et SipC sont déficients
en translocation des protéines effectrices et ont une virulence réduite. De plus, des anticorps
dirigés contre SipB et SipC peuvent protéger les souris contre une infection par Salmonella.

Escherichia coli

Photorhabdus Photorhabdus luminescens est une

luminescens bactérie bioluminescente qui vit en
symbiose avec un nématode appelé
Heterorhabditis bacteriophora. Les
deux organismes travaillent ensemble
pour tuer les insectes qu'ils infectent.
Le nématode porte la bactérie dans son
intestin et l'utilise comme une arme
pour tuer les insectes. Lorsque le
nématode infecte un insecte, il libère la
bactérie, qui produit des toxines qui
tuent l'insecte. La bactérie et le
nématode se nourrissent ensuite de
l'insecte mort.
Dans le cas de larves infectées mortes, les nématodes peuvent être libérés pour parasiter les
larves restantes qui n'ont pas encore succombé à l'infection. Les nématodes cherchent
activement des hôtes infectés et peuvent même survivre dans le sol pendant une période
prolongée en attendant une opportunité de parasiter un nouvel hôte. En parasitant les larves
infectées, les nématodes contribuent à réduire la population d'insectes nuisibles, ce qui peut
aider à préserver la santé des plantes et à augmenter les rendements de culture.
Les transferts Les PAIs (Pathogenicity Islands) ou GEIs (Genomic Islands) sont des segments d'ADN
horizontaux de d'origine étrangère qui ont été intégrés dans le génome des bactéries pathogènes et qui
gènes Les ilots de contiennent des gènes impliqués dans la virulence. Les PAIs/GEIs ont été identifiés dans un
pathogénicité grand nombre de bactéries pathogènes, notamment Salmonella, Escherichia coli, Yersinia,
PAIs/GEIs Shigella et Helicobacter pylori.

Voici quelques caractéristiques générales des PAIs/GEIs :

- Taille variable : Les PAIs/GEIs peuvent varier considérablement en taille, allant de

quelques kilobases à plus de 100 kilobases.
 - Composition en gènes : Les PAIs/GEIs contiennent généralement un ensemble de gènes
impliqués dans la virulence, tels que des gènes de sécrétion de type III ou de type IV,
des gènes codant pour des toxines, des adhésines ou des facteurs de régulation. Certains
PAIs/GEIs peuvent également contenir des gènes impliqués dans la résistance aux
antibiotiques.
- Organisation : Les PAIs/GEIs peuvent avoir une organisation génétique différente de
celle du reste du génome bactérien. Ils peuvent être flanqués par des séquences
d'insertion, des répétitions en tandem ou des gènes de mobilisation qui facilitent leur
intégration dans le génome bactérien.
- Transfert horizontal : Les PAIs/GEIs ont probablement été acquis par les bactéries
pathogènes via des événements de transfert horizontal, tels que la conjugaison, la
transduction ou la transformation. Ce transfert horizontal a permis aux bactéries
pathogènes d'acquérir rapidement de nouveaux gènes de virulence et de s'adapter à de
nouveaux environnements.
Distribution des Yersinia enterocolitica possède deux systèmes de sécrétion de type III (SST3), le système
SST3 chez Yersina Ysc-Yop, qui est le plus étudié, et le système Ysa-Ysp. Les protéines YsaN et YscN sont
enterocolitica toutes deux des protéines de la famille des ATPases qui sont impliquées dans la sécrétion
des protéines effectrices par leur système de sécrétion respectif.

YsaN est une ATPase qui fait partie du système Ysa-Ysp de Yersinia enterocolitica. Elle est
impliquée dans la formation et le fonctionnement du complexe de sécrétion Ysa, qui permet
la sécrétion des protéines effectrices Ysp par la bactérie.

YscN, quant à elle, est une ATPase qui fait partie du système Ysc-Yop de Yersinia
enterocolitica. Elle est impliquée dans la formation et le fonctionnement du complexe de
sécrétion Ysc, qui permet la sécrétion des protéines effectrices Yop par la bactérie.
Distribution des Salmonella enterica possède deux systèmes de sécrétion de type III (SST3) : le système SPI-
SST3 chez 1 (Salmonella pathogenicity island 1) et le système SPI-2 (Salmonella pathogenicity island
Salmonella 2).

Le système SPI-1 est essentiel pour l'invasion des cellules de l'hôte par Salmonella enterica.
Il permet la sécrétion des protéines effectrices dans le cytoplasme des cellules de l'hôte,
permettant à la bactérie d'induire l'endocytose et l'entrée dans la cellule hôte. Le système
SPI-1 comprend plus de 20 gènes, dont plusieurs codent pour des protéines de la famille des
ATPases, qui font partie de la machinerie de sécrétion, comme SSaN (Salmonella secretion
apparatus protein N). SSaN est une ATPase qui est essentielle à la sécrétion des protéines
effectrices du système SPI-1.

Le système SPI-2 est important pour la survie intracellulaire de Salmonella enterica dans les
cellules phagocytaires de l'hôte. Il permet la sécrétion de protéines effectrices qui modulent
la réponse immunitaire de l'hôte et permettent la survie de la bactérie à l'intérieur des
cellules phagocytaires. Le système SPI-2 comprend également plus de 20 gènes, dont InvC
(Invasion protein C), qui est
une protéine de la famille des
ATPases impliquée dans la
sécrétion des protéines
effectrices du système SPI-
2.

Y. pestis : agent de  L'espèce Yersinia pestis est très proche des espèces Y. similis et Y. pseudotuberculosis,
la peste mais elle présente des mutations clés qui lui confèrent ses caractéristiques pathogènes
uniques.
 Ymt est une phospholipase D indispensable pour la survie de Y. pestis dans l'intestin
moyen, ce qui lui permet de survivre dans la puce.
 Le système Rsc/PDE et la formation de biofilm sont contrôlés par les gènes Rsc et PDE,
qui sont importants pour la transmission de la bactérie par la puce. Y. pestis présente des
mutations clés dans ces gènes qui lui permettent de former un biofilm dans l'appareil
digestif de la puce et de se transmettre par cette voie.
  Pla est une protéase de surface nécessaire pour l'invasion des tissus. Il existe deux
variants de Pla, l'un avec la mutation I259T, qui permet la circulation de la bactérie et
l'activation de la plasmine dans le sang, et l'autre sans cette mutation, qui ne permet pas
la circulation et n'active pas la plasmine (contribuer à la dissémination de la bactérie
dans l'organisme en dégradant les caillots et en diminuant la coagulation sanguine).
 Les souches de l'âge du bronze portent le pYV, le SST3 Ysc et les Yops, qui sont
nécessaires pour l'invasion des cellules hôtes. Cependant, le gène ymt est absent chez la
plupart des souches de l'âge du bronze, ce qui les empêche de survivre dans la puce et de
se transmettre par cette voie.
 Les souches de l'âge du bronze portent également le pPCP1, qui code pour Pla, mais ont
l'allèle I259 de Pla, ce qui les empêche de circuler dans le sang et d'activer la plasmine.
 Les souches de l'âge du bronze
ont une mutation dans le
promoteur de pde3 mais les
gènes pde2 et rcsA sont
fonctionnels, ce qui leur permet
de former un biofilm mais pas
de se transmettre par la voie de
la puce.

Causes de la Rôle des populations de rat : la peste est avant tout une maladie du rat (et de sa puce)
persistance et 1. Une puce se nourrit sur un rat infecté
d’apparition de 2. Quand le rat meurt la puce cherche un nouvel hôte
vagues 3. La puce trouve le plus souvent d’autres rats et propage ainsi la maladie dans la
d’épidémies communauté de ces rongeurs
4. Quand la densité des rats baisse les puces s’attaquent à d’autres hôtes dont l’homme et
une épidémie apparait
- La probabilité que la maladie devienne endémique chez le rat (> 5ans) dépend du
nombre de rats susceptibles à la maladie dans la population (30-40% de
susceptibles)
- Si plus de 80% des rats sont susceptibles transmission à l’homme = épidémie
ERAP2 L’allèle sélectionné rs2549794 du gène ERAP2 est associé à une réponse cytokinique
différente à Y. pestis, ce qui confère une capacité accrue à contrôler les cellules de Y. pestis
dans les macrophages. Cependant, cet allèle est également associé à une susceptibilité
accrue aux maladies auto-immunes. Les aminopeptidases ERAP1 et ERAP2 clivent les
peptides qui sont présentés aux cellules CD8+ T par le complexe MHC, et la présence
d'ERAP2 augmente le nombre d'antigènes de Y. pestis présentés aux cellules CD8+ T, ce
qui protège mieux contre l'infection.
Yersina et La bactérie Yersinia pestis, responsable de la peste, est capable de détourner le système
Macrophages immunitaire inné pour échapper à la réponse immunitaire de l'hôte :
- Peptidoglycane : composant structurel essentiel des parois cellulaires bactériennes
qui est reconnu par les récepteurs de reconnaissance des MAMPs sur les
macrophages. La peptidase de Yersina va cliver le Peptidoglycane et l’empecher
d’être reconnu ou alors elle effectue des liaisons entre lui et des protéines.
- LPS : lipide membranaire qui est un autre MAMP reconnu par ces récepteurs.
Yersina ajoute des acides gras qui masquent les motifs du LPS qui sont reconnus.
- Le flagelle est une structure motrice que la bactérie utilise pour se déplacer et est
également reconnu comme un MAMP. Yersina modifie l’expression de son flagelle
et produit une forme spéciale non reconnnaissable par les MAMP qui est le flagelle
de type III.
- Production de facteurs anti-apoptotiques : ils empêchent les macrophages de subir
l'apoptose qui un processus de mort cellulaire programmée en réponse à l'infection.
Cependant, en empêchant l'apoptose, la bactérie peut prolonger la survie des
macrophages et favoriser la prolifération et la propagation de l'infection.
- Désamination : processus par lequel la bactérie modifie la structure de ses
molécules d'ADN pour éviter la détection par le système immunitaire de l'hôte. Par
exemple, la désamination de la 5-méthylcytidine en thymidine peut altérer la
reconnaissance des motifs CpG non méthylés par les récepteurs de reconnaissance
des MAMPs.
YopJ et les voies
MAPK et IKKB

1. VOIE DES MAPK : interraction spécifique avec les MKKs

 Il a été démontré que YopJ interagit spécifiquement avec plusieurs membres de la
famille des MAPKK, y compris MKK6, pour inhiber leur activité kinase et ainsi bloquer
l'activation des voies de signalisation des MAPK.
YopJ cible une région conservée du domaine kinase de MKK6, provoquant sa
dégradation par protéolyse. Cette dégradation dépend de l'activité enzymatique de YopJ,
qui clive les résidus de cystéine de la région cible de MKK6 pour l'ubiquitination et la
dégradation.

2. VOIE DE NF-κB : interraction avec IKKβ

 IKKβ est une kinase qui joue un rôle clé dans la signalisation de la voie NF-κB en
phosphorylant et activant la protéine IκBα, ce qui conduit à la libération du facteur de
transcription NF-κB dans le noyau et à l'expression de gènes pro-inflammatoires. YopJ
peut inhiber cette voie en se liant
directement à IKKβ et en la bloquant,
ce qui empêche l'activation de NF-κB.
YopJ inhibe l'activité de IKKβ en
acétylant spécifiquement des résidus de
lysine dans la région N-terminale de
IKKβ. Cette acétylation conduit à une
inhibition de l'activité kinase de IKKβ
et à l'inhibition de la voie NF-κB.

Les 9 systèmes de 1. Type 1 : sécrétion générale de protéines.

sécrétion 2. Type 2 : sécrétion de pili de type IV pour l'adhésion, la mobilité en dent de scie, la
formation de biofilms et l'infection. Il existe deux sous-groupes, didermes,
monodermes et Achaea.
3. Type 3 : injection d'effecteurs et de constituants dans les cellules eucaryotes pour la
virulence et l'infection.
4. Type 4 : injection de l'ADN, d'effecteurs et de toxines dans les cellules eucaryotes
ou bactériennes pour la virulence, la mobilité et la conjugaison. Il existe deux sous-
groupes, didermes et monodermes.
5. Type 5 : sécrétion par autotransporteur pour l'adhésion, la formation de biofilms et
l'infection.
6. Type 6 : sécrétion par injectisome et flagelle pour l'infection, la mobilité et la
conjugaison.
7. Type 7 : système d'injection contractile pour l'injection d'effecteurs et de toxines.
8. Type 8 : curli fimbriae : sécrétion de fibres amyloïdes pour l'agrégation et la
formation de biofilms.
9. Type 9 : sécrétion par chaperone-usher pilus pour l'adhésion aux cellules
eucaryotes, la sécrétion et la mobilité par glissement.
Méthodes de lutte - Système sentinelle et d’alerte
- Prophylaxie/prévention
- Communication/information
- Vaccination
- Antibiothérapie
- Micorbiote
- Phagothérapie
 Utilisations - Utilisation des toxines (botox, OGM…etc)
- Utilisation de composés spécifiques (neige artificielle, gomme xanthane…etc)
- Utilisation d epathogènes désarmés (OGM, Vaccination…etc)
- Nanothechnologies (nanoseringues)
Métagénomique = Etude des organismes dans le contexte de leur communauté ou niche écologique par le
biais du séquencage d’ADN.

Limites :
- Collecte et conservation des échantillons
- Qualité des métadonnées
- Variation dans le temps… reproductibilité
- Vivants/morts
- Contamination
- Représentation des différents microorganismes
- Profondeur des séquences (organismes rares)
- Assemblage
- Reconstruction des génomes (HGT)
- Biais des bases de données (µ) et des classes fonctionnelles
Microbiote = Ensemble des Mo vivant en association stable avec un hôte ou dans une niche écologique

Microbiome = Aire de vie (écosystème) du microbiote et ensemble des gènes (génomes) d’un microbiote

L’holobionte = Entité fonctionnelle formée par l’hôte et son microbiote

Symbiose = Interaction biologique d’au moins 2 éspèces :

- Mutualisme = association à bénéfice réciproque
- Commensalisme = relation bénéfique pour l’un des organismes (Mo) et neutre pour
l’autre (hôte)
- Parasitisme = organisme (bactérie) tirant parti de l’association au dépens du second
organisme (hôte)
Microbiote  Chaque individu possède un microbiote spécifique
Humain  Chaque sites du corps d’un individu possède un microbiote spécifique
 Chaque individu possède 500-1000 bact. ; 50aine de levure ; 23k gènes humains ; 600k
gènes bactériens
 Chaque individu possède un microbiote de base stable et un microbiote variable
déterminé par la diète, l’origine, la condition pathologique
Microbiote du  Le microbiote intestinal est constitué de milliards de micro-organismes, principalement
tractus intestinal des bactéries, qui vivent dans l'intestin de l'être humain.
(selles)  Il se trouve dans plusieurs parties du système digestif, notamment la cavité orale,
l'œsophage, l'estomac, l'intestin grêle, le gros intestin et le rectum.
 La surface totale de l'intestin est d'environ 400 mètres carrés, ce qui fournit une grande
surface pour les bactéries à coloniser.
 Chez l'être humain, le microbiote intestinal contient environ 10^13 bactéries et est
principalement constitué de bactéries commensales, qui ont des fonctions bénéfiques
pour l'hôte.
 Roles :
- Occupation de niche, ce qui exclut les pathogènes
- Production d'acide, qui contribue également à l'exclusion des pathogènes
- Améliorer la digestion et la nutrition
- Influence notre système immunitaire, notre santé mentale et notre humeur
Role du MI dans 1. Digestion : Le microbiote intestinal participe à la digestion des aliments en
la nutrition et la dégradant les fibres alimentaires complexes qui ne peuvent pas être digérées par
santé l'organisme seul. Il produit également des enzymes qui aident à digérer les protéines
et les graisses.

2. Absorption des nutriments : Le microbiote intestinal joue un rôle dans l'absorption

des nutriments tels que les vitamines, les minéraux et les acides gras à chaîne courte
produits par la fermentation des fibres alimentaires.
 Evolution du MI Facteurs :
- Méthode d’accouchement
- Age gestationnel
- Antibiotiques/Médicaments
- Santé
- Géographie
- Génétique
- Lait
- Diète/nutrition
- Oligosaccharides du lait humain
- Facteurs de l’imm. (Img, Cyto)
Firmicute et  Le microbiote intestinal est principalement constitué de deux phyla de bactéries :
Bacteroidetes Firmicutes et Bacteroidetes.
 Les Firmicutes sont des bactéries qui produisent des acides gras à chaîne courte et sont
impliquées dans la dégradation des glucides.
 Les Bacteroidetes sont des bactéries qui dégradent les polysaccharides et produisent des
acides gras à chaîne courte.
 Chez les personnes en bonne santé, il existe un équilibre relatif entre ces deux phyla.
MI du fœtus et du  Chez le fœtus, la présence d'un microbiote est controversée, mais il a été démontré que
nouveau-né le nouveau-né acquiert un microbiote lors de l'accouchement par les voies naturelles.
 Le microbiote du nouveau-né est influencé par plusieurs facteurs, notamment l'âge
gestationnel, la méthode d'accouchement, le régime alimentaire de la mère, l'utilisation
d'antibiotiques et l'environnement.
 Le microbiote du nouveau-né évolue rapidement au cours des premières années de la vie
et est influencé par les interactions avec l'environnement, la diète et les traitements
médicaux
Importance du lait  Le lait maternel joue un rôle important dans la composition du microbiote chez les
maternel nourrissons.
 Le microbiote est différent chez les enfants nés par césarienne et ceux nés par voie
naturelle, ainsi que chez ceux nourris au sein et ceux nourris au biberon.
 Le lait maternel humain contient des oligosaccharides complexes appelés HMO (Human
Milk Oligosaccharides), qui ne sont pas digestibles par l'enfant mais qui ciblent certains
pathogènes en les empêchant de s'attacher aux cellules épithéliales.
 Les HMO permettent également la croissance de bactéries bénéfiques comme
Bifidobacterium infantis, agissant ainsi comme des prébiotiques.
 Le lait maternel contient également de nombreux anticorps qui limitent l'installation des
pathogènes mais favorisent l'installation de bactéries bénéfiques comme Bacteroides
fragilis.
Installation d’un Le microbiote d'un enfant en bonne santé est caractérisé par la présence de bactéries
bon microbiote = bénéfiques qui aident à maintenir un équilibre sain dans l'intestin. L'installation d'un "bon
bonne santé microbiote" est primordiale pour un développement en bonne santé car cela peut prévenir
des maladies telles que l'Entérocolite Nécrosante, les allergies, les maladies inflammatoires
chroniques de l'intestin et le syndrome du côlon irritable.

Les acides gras à chaînes courtes (SCFAs) sont produits par la fermentation des fibres
végétales et constituent une source importante d'énergie pour l'intestin. Ils régulent
également la satiété et couvrent environ 5 à 10% de nos besoins énergétiques. Les MACs
(carbohydrates accessibles au microbiote) sont également importants car ils fournissent des
nutriments pour les bactéries intestinales, qui peuvent à leur tour produire des vitamines
telles que la vitamine K et les vitamines B.
Microbiote et Le microbiote est influencé par le mode de vie car il est composé des micro-organismes qui
mode de vie peuplent notre corps, et ces micro-organismes sont en grande partie déterminés par notre
environnement, notre alimentation et notre hygiène de vie. Par exemple, le microbiote des
asiatiques est différent de celui des français et des américains, car leur alimentation inclut
davantage d'algues rouges contenant du porphyrane, ce qui a conduit à l'évolution de
bactéries capables de dégrader ce polysaccharide. De même, les marathoniens ont une
abondance accrue de Veillonella atypica, une bactérie qui transforme l'acide lactique en
propionate, ce qui peut améliorer les performances athlétiques.
Microbiote et Le microbiote est un exemple d'évolution adaptative, notamment par transfert de gènes.
adaptation Dans le cas des japonais, une bactérie trouvée à la surface d'une algue rouge a développé
une enzyme, la porphyranase, capable de dégrader le porphyrane contenu dans ces algues.
 Cette enzyme a ensuite été transmise à une autre bactérie, Bacteroides plebeius, qui est
présente dans le microbiote intestinal des japonais. Ce transfert horizontal de gènes a permis
aux japonais de mieux digérer les algues rouges, ce qui a conduit à l'évolution de leur
microbiote. De même, les bactéries intestinales des asiatiques sont capables de transformer
la daidzéine, une toxine potentiellement carcinogène présente dans le soja, en S-équol, qui
est neutre voire bénéfique pour la santé. Ce processus a également été rendu possible par le
transfert de gènes entre différentes bactéries présentes dans le microbiote intestinal.
Microbiote et La dysbiose du microbiote, qui se caractérise par une baisse de la diversité du microbiote et
obésité des déséquilibres de sa composition, est associée à ces pathologies. En particulier, une
augmentation des bactéries Firmicutes productrices de butyrate et une diminution des
bactéries Bacteroidetes sont souvent observées chez les personnes obèses.

Des expériences menées sur des souris ont montré que le déséquilibre entre les bactéries
Firmicutes et Bacteroidetes était associé à une prise de poids. La transplantation de
microbiote de souris minces à des souris obèses a permis de réduire leur prise de poids.

La diète influence la qualité du microbiote, et une alimentation trop sucrée et trop grasse
peut entraîner une dysbiose du microbiote, qui peut causer l'obésité et d'autres pathologies.
Microbiote et L'insulino-résistance est un état dans lequel les cellules de notre corps deviennent moins
insulino-résistance sensibles à l'insuline, une hormone qui régule la glycémie. L'insulino-résistance est souvent
associée à l'obésité et au diabète de type 2. Il a été démontré que la composition de notre
microbiote peut affecter notre sensibilité à l'insuline, et que certains types de bactéries dans
le microbiote peuvent jouer un rôle dans le développement de l'insulino-résistance.
 Par exemple, la présence accrue de certaines bactéries, comme les Firmicutes, peut
contribuer à une augmentation de la production de facteurs inflammatoires, qui ont été
liés à l'insulino-résistance.
Microbiote et Une réduction de l'inflammation est bénéfique pour notre santé car une inflammation
réduction de chronique peut être associée à un risque accru de maladies chroniques telles que les
l’inflammation maladies cardiovasculaires, le diabète et le cancer. Certaines études ont suggéré que certains
types de bactéries dans le microbiote peuvent contribuer à réduire l'inflammation dans le
corps en produisant des composés anti-inflammatoires.
 Par exemple, les probiotiques, qui sont des bactéries bénéfiques pour la santé, peuvent
aider à réduire l'inflammation dans le corps en modifiant la composition du microbiote.
Par exemple, des études ont montré que la consommation régulière de probiotiques peut
aider à réduire l'inflammation chez les personnes atteintes de maladies inflammatoires
de l'intestin.

1. Akkermansia muciniphila = Probiotique

- Bactérie intestinale (1%)
- Dégrade mucine de la muqueuse intestinale
- Réduction en abondance chez patients atteints de Maladies intestinales de nature
inflammatoire, de diabète de type 2 ou même d’autisme
- Administration réduit obésité
- Protéine membrane externe  TLR2 responsable de l’effet…
2. Faecalibacterium prausnitzii = Probiotique
- Bactérie intestinale (5%)
- Plus gros producteur de butyrate dans le colon = Source d’énergie
- Produit acide salicylique (SA)
- Butyrate et SA sont anti-inflammatoires (bloquent la voie NFkB et cytokines pro-
inflammatoires)
- Réduction en abondance chez patients = inflammation = obésité maladies
colorectale, maladie de Crohn…)
- Préviendrait diabète de type 2, cancer colorectal…
Microbiote et Le microbiote joue également un rôle important dans la protection contre les infections. Les
protection contre bactéries du microbiote peuvent occuper des niches écologiques dans notre corps,
les infections empêchant ainsi les bactéries pathogènes de s'installer et de se multiplier. De plus, certaines
bactéries du microbiote peuvent produire des substances qui ont des propriétés
antimicrobiennes, aidant ainsi à prévenir les infections.
 Par exemple, certaines souches de bactéries intestinales, comme les lactobacilles et les
bifidobactéries, ont été associées à une réduction du risque d'infections respiratoires
chez les enfants.
 Microbiote et Le microbiote joue un rôle important dans le métabolisme des acides biliaires. Les acides
métabolisme des biliaires primaires sont des dérivés du cholestérol qui sont produits par le foie et permettent
acides biliaires la digestion des lipides dans l'intestin. Ils limitent également la prolifération des bactéries
dans l'intestin. Les bactéries du microbiote métabolisent ces acides biliaires primaires pour
produire des acides biliaires secondaires, qui interagissent avec le récepteur FXR. Cette
interaction stimule la production d'hormones entériques, telles que le FGF19, qui inhibent la
production d'acides biliaires et le métabolisme du glucose et des lipides.

Les acides biliaires secondaires stimulent également les tissus adipeux brun, ce qui entraîne
des dépenses d'énergie et une réduction de l'obésité. Ainsi, le microbiote peut jouer un rôle
important dans la régulation du métabolisme des acides biliaires, ce qui peut avoir des
implications pour l'obésité et l'insulino-résistance.

En outre, le microbiote peut jouer un rôle dans la protection contre les infections, comme
celle causée par Clostridium difficile. Les acides biliaires secondaires produits par le
microbiote normal limitent la prolifération de C. difficile, ce qui peut aider à prévenir
l'infection. C. difficile est un organisme qui peut coloniser le côlon et causer une diarrhée
sévère, une réponse inflammatoire aberrante et même la mort. Les personnes prenant des
antibiotiques ont un risque plus élevé d'infection par C. difficile, car ces médicaments
perturbent l'équilibre du microbiote intestinal, ce qui peut permettre à C. difficile de
proliférer.
Microbiote et L'axe microbiote-intestin-cerveau désigne la communication bidirectionnelle entre le
cerveau microbiote intestinal et le système nerveux central via le nerf vague et les hormones. Le
microbiote peut influencer l'humeur, l'anxiété et le comportement en produisant des
neurotransmetteurs tels que la dopamine, la sérotonine et le GABA. Des études ont
également montré une association entre le microbiote intestinal et des troubles tels que
l'autisme et la dépression.
SST6 Le système de sécrétion de type VI (SST6) est une voie de sécrétion de protéines utilisée par
certaines bactéries, dont Vibrio cholerae et Pseudomonas aeruginosa. Ce système a été
découvert pour la première fois en 2006 par Pukatzki et al. et Mougous et al.
Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa est une bactérie ubiquiste présente dans l'environnement, qui
aeruginosa préfère les zones humides et chaudes. Elle est capable de causer des infections opportunistes
chez l'homme, principalement chez les patients dont les défenses sont diminuées, tels que
les diabétiques, les personnes atteintes de mucoviscidose ou de cancer, les patients atteints
du SIDA ou sous ventilation mécanique. P. aeruginosa est également pathogène pour les
animaux, les insectes, les nématodes, les amibes et les plantes. Elle produit des toxines et
des effecteurs tels que le SST1, le SST3, etc. et possède un flagelle. Des souches muqueuses
ont été isolées chez des patients atteints de mucoviscidose.
Mucoviscidose La mucoviscidose est une maladie génétique qui résulte d'une mutation du gène CFTR
(Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) sur le chromosome 7. Cette
mutation affecte le transport du chlore et du thiocyanate, ce qui entraîne une augmentation
de la viscosité du mucus et son accumulation dans les voies respiratoires et digestives. La
protéine CFTR est exprimée dans l'épithélium glandulaire et les mutations de ce gène
entraînent un défaut de production de molécules de défense. La mucoviscidose est une
maladie fréquente, touchant environ 1 nouveau-né sur 4200 en France et environ 200
enfants par an. Elle entraîne une morbidité liée à l'atteinte des voies respiratoires et une
espérance de vie qui a augmenté de manière significative, passant de 7 ans en 1965 à 47 ans
en 2005. Les patients atteints de mucoviscidose sont souvent colonisés par Haemophilus
influenzae et Staphylococcus aureus, avant d'être colonisés par P. aeruginosa, qui forme des
biofilms et des formes muqueuses.
Adaptation de P. Chez les patients atteints de mucoviscidose, des mutations dans mucA sont souvent
aeruginosa à la observées, ce qui entraîne la formation de souches muqueuses et leur adaptation au stress.
mucoviscidose La progression des infections à P. aeruginosa chez les patients atteints de mucoviscidose est
associée à une baisse du fonctionnement pulmonaire en fonction de l'âge. Des mutations et
des changements de phénotype ont été observés chez des isolats de P. aeruginosa obtenus de
patients atteints de mucoviscidose.
SST3 et P. Le SST3 de P. aeruginosa est un système de sécrétion de type VI qui est impliqué dans le
aeruginosa développement d'une pneumonie associée à P. aeruginosa chez les patients atteints de
mucoviscidose. Il est constitué d'un complexe de protéines qui permettent l'injection
d'effecteurs dans les cellules hôtes, endommageant ainsi les membranes cellulaires et
entraînant la mort cellulaire. Les effecteurs injectés comprennent des toxines, des enzymes,
 des protéases, des nucléases et des lipases qui permettent à P. aeruginosa de s'adapter et de
survivre dans des environnements hostiles.

Régulateurs LadS Les régulateurs LadS et RetS sont des protéines impliquées dans la régulation de
et RetS l'expression de nombreux gènes de Pseudomonas aeruginosa, y compris ceux impliqués
dans la production d'exopolysaccharides (EPS), dans la formation de biofilms et dans la
virulence.

Dans la phase précoce de la croissance de P. aeruginosa, le régulateur LadS est activé et

stimule l'expression de gènes impliqués dans la synthèse de l'exopolysaccharide Psl, qui
favorise la formation de biofilms. Le SST3 de P. aeruginosa est également régulé par LadS
et est impliqué dans la virulence de la bactérie. Les souches de P. aeruginosa qui manquent
de LadS sont déficientes en SST3 et sont moins virulentes.

Dans la phase tardive de la croissance, le régulateur RetS est activé et inhibe l'expression
des gènes impliqués dans la synthèse de l'exopolysaccharide Psl. Cette inhibition conduit à
l'activation de la production d'exopolysaccharide alginate, qui favorise également la
formation de biofilms et la survie de la bactérie dans des conditions de stress.

L'expression des régulateurs LadS et RetS est contrôlée par une boucle de rétroaction, où
RetS inhibe l'expression de LadS et LadS inhibe l'expression de RetS. Cette boucle de
rétroaction permet à P. aeruginosa de réguler finement l'expression de ses gènes en fonction
des conditions environnementales.

La production d'exopolysaccharides et la formation de biofilms sont des mécanismes de

survie importants pour P. aeruginosa, qui lui permettent de résister aux antibiotiques et aux
défenses immunitaires de l'hôte. Cependant, ces mécanismes sont également impliqués dans
la pathogenèse de la bactérie et contribuent à la formation d'infections chroniques.

Dans le cas de la pneumonie sévère, P. aeruginosa peut coloniser les voies respiratoires et
former des biofilms dans les poumons, ce qui entraîne une inflammation et des lésions
pulmonaires. Les souches de P. aeruginosa qui manquent de LadS sont moins virulentes et
ont une capacité réduite à causer des infections pulmonaires.
Locus HSI-1 Le locus HSI-1 est constitué de plusieurs gènes, dont certains codent pour des protéines
impliquées dans la formation du tube contractile du SST6, comme hcp1 et vgrG1. Hcp1 est
une protéine de liaison à l'ADN qui est nécessaire à la transcription des gènes du locus HSI-
1. Elle est également impliquée dans la formation du tube contractile et sa stabilisation.
VgrG1 est une protéine qui est attachée à la pointe du tube contractile et est nécessaire pour
la formation d'une perforation dans la membrane cellulaire de la cellule cible.

Le locus HSI-1 est régulé par plusieurs systèmes de régulation, notamment les systèmes
RetS/LadS et GacS/GacA. Ces systèmes régulent l'expression de gènes du locus HSI-1 à
différentes étapes de la croissance bactérienne. Le système RetS/LadS est impliqué dans la
régulation de l'expression des gènes du locus HSI-1 pendant la phase précoce de la
croissance bactérienne, tandis que le système GacS/GacA est impliqué dans la régulation de
l'expression des gènes du locus HSI-1 pendant la phase tardive de la croissance bactérienne.

Les protéines du locus HSI-1 ont des rôles importants dans la pathogenèse des bactéries. Par
exemple, le tube contractile est utilisé pour transmettre des effets toxiques à des cellules
cibles, ce qui peut entraîner la mort des cellules cibles et la diffusion des bactéries. De plus,
le locus HSI-1 est impliqué dans la production d'un polysaccharide extracellulaire (EPS),
qui est important pour la formation de biofilms bactériens et la résistance aux antibiotiques.
Le locus HSI-1 est également impliqué dans la virulence des bactéries. Par exemple, chez P.
aeruginosa, le locus HSI-1 est impliqué dans le développement d'une pneumonie sévère et
dans l'établissement d'une infection chronique chez les patients atteints de mucoviscidose.
Vibrio Cholerae Vibrio cholerae est l'agent causal du choléra, une maladie diarrhéique aiguë qui peut
entraîner une déshydratation grave et la mort en l'absence de traitement adéquat. En 2010,
environ 3 à 5 millions de cas de choléra ont été rapportés à l'Organisation mondiale de la
santé, entraînant 7543 décès. Les enfants de moins de 5 ans dans les pays en développement
sont particulièrement vulnérables et le groupe sanguin O est plus sensible à l'infection. Le
choléra est transmis par voie orale, généralement par l'eau ou les aliments contaminés. Les
 symptômes incluent une diarrhée liquide et claire, des vomissements, une perte d'eau
importante, une déshydratation, un choc circulatoire et parfois la mort.
Les sérogroupes O1 et O139 sont particulièrement associés à cette maladie.
Le biotype d'une souche de Vibrio cholerae est un terme utilisé pour décrire la variété de la
bactérie en question. Il existe deux principaux biotypes : le biotype classique et le biotype El
Tor.
Attachement de Les résultats des expériences menées par les chercheurs ont permis de mieux comprendre les
VC mécanismes d'attachement de Vibrio cholerae à différents substrats et organismes. Ils ont
découvert que la bactérie utilise différentes protéines et structures cellulaires pour s'attacher
à différents substrats, comme les pilus régulés par la chitine pour la chitine et les protéines
de liaison à la GlcNAc pour les mucines.

Les expériences ont également montré que Vibrio cholerae est capable de s'attacher à
différents organismes, tels que les amibes et les cellules épithéliales HT-29. De plus, l'étude
de l'expression des protéines et des gènes de la bactérie a permis de mieux comprendre
comment elle réagit à différents stimuli.

Les chercheurs ont identifié plusieurs facteurs clés impliqués dans la propagation de Vibrio
cholerae chez les souris et les crustacés. Ces facteurs comprennent la capacité de la bactérie
à former des biofilms, qui sont des communautés de microorganismes qui adhèrent à une
surface, la production de choléra-toxine, une toxine qui affecte les cellules intestinales et
provoque des symptômes du choléra, et la régulation de plusieurs protéines impliquées dans
la motilité et l'adhérence de la bactérie.
TC La toxine cholérique (CT) est une protéine de la famille AB5 qui se lie au récepteur de la
membrane plasmique des cellules épithéliales du Jéjunum, un monosialoganglioside appelé
GM1. Elle est portée par un phage, le phage CTXf, qui est un phage de la famille des
coliphages filamenteux du pilus F (Ff). Ce phage permet la réplication/intégration,
l'encapsidation/sécrétion et la régulation de la toxine cholérique.
Loci CTX et TCP Les loci CTX et TCP (Toxin-Coregulated Pilus) sont des éléments génétiques de Vibrio
cholerae impliqués dans la pathogenèse du choléra. Le locus CTX code pour la toxine
cholérique, une enterotoxine responsable des symptômes du choléra, tandis que le locus
TCP code pour le pilus de colonisation, qui permet aux bactéries de s'attacher aux cellules
de l'intestin. Ces deux loci sont souvent associés et se trouvent sur des îlots génomiques
intégrés dans le génome de V. cholerae. Ils sont conservés dans les différentes souches de V.
cholerae responsables d'épidémies de choléra.
Cluster Vas Le cluster Vas (Vibrio-associated secretion) est un groupe de gènes impliqués dans la
sécrétion de protéines chez V. cholerae. Ces gènes ont été découverts chez V. cholerae et
sont présents dans d'autres bactéries marines. Ils codent pour un système de sécrétion de
type IV (T4SS) associé à une hémolysine, HlyA. Le cluster Vas est activé par RpoN, un
facteur de transcription impliqué dans la régulation de nombreux gènes chez les bactéries.
Protéines Hcp Les protéines Hcp (Hemolysin co-regulated protein) sont des protéines impliquées dans la
sécrétion de type VI chez de nombreuses bactéries, y compris V. cholerae. Ces protéines
sont également sécrétées par le cluster Vas de V. cholerae. Les protéines Hcp sont souvent
associées à des clusters de gènes impliqués dans la sécrétion de type VI, appelés clusters
Vgr.
Protéines Vgr Les protéines Vgr (Vibrio-associated genes for secretion) sont un groupe de gènes impliqués
dans la sécrétion de type VI chez V. cholerae et d'autres bactéries. Les protéines Vgr sont
souvent associées aux protéines Hcp et forment des clusters de gènes impliqués dans la
sécrétion de type VI, appelés clusters Vgr. Les protéines Vgr sont importantes pour la
virulence de V. cholerae et peuvent être utilisées pour l'identification de souches
pathogènes.
Phage T4 Le phage T4 est un bactériophage qui infecte de nombreuses souches de bactéries, y compris
V. cholerae. Le phage T4 est utilisé comme vecteur pour la transmission du locus CTX, qui
code pour la toxine cholérique, entre différentes souches de V. cholerae. La présence du
phage T4 est un facteur important dans l'évolution de V. cholerae et la propagation de
l'épidémie de choléra.
Fonctionnement Le système de sécrétion de type VI (SST6) est une machinerie protéique complexe qui
du SST6 permet aux bactéries d'injecter des protéines et des toxines dans les cellules hôtes. Il a été
initialement découvert chez Vibrio cholerae, la bactérie responsable du choléra, mais il est
présent chez de nombreuses autres bactéries pathogènes telles que Pseudomonas aeruginosa,
Escherichia coli, et Burkholderia pseudomallei.
 Le SST6 fonctionne comme une aiguille creuse, traversant la membrane bactérienne et le
peptidoglycane pour atteindre la cellule cible. Les protéines injectées dans les cellules hôtes
ont une variété de fonctions, allant de la perturbation de la réponse immunitaire de l'hôte à
l'induction de la mort cellulaire programmée.
Gène pppA de Le gène pppA de Pseudomonas aeruginosa est un gène codant pour une
PAO phosphopentomutase, une enzyme qui catalyse la conversion du ribose-5-phosphate en
ribulose-5-phosphate dans la voie du pentose phosphate.

Des études ont montré que le gène pppA est impliqué dans la virulence de Pseudomonas
aeruginosa, en particulier dans les infections pulmonaires chroniques associées à la
mucoviscidose. Des mutants de P. aeruginosa défectueux pour le gène pppA ont montré une
diminution significative de leur virulence chez les souris infectées par inhalation.
RetS, tse1, tse2, RetS est une protéine régulatrice de Pseudomonas aeruginosa qui joue un rôle clé dans la
tse3 virulence et la formation de biofilms. RetS fonctionne comme un régulateur transcriptionnel
négatif, inhibant l'expression de gènes impliqués dans la virulence et favorisant l'expression
de gènes impliqués dans la formation de biofilms.

Les protéines Tse1, Tse2 et Tse3 sont des effecteurs du système de sécrétion de type VI
(SST6) de Pseudomonas aeruginosa. Elles sont injectées dans les cellules hôtes par le SST6
et ont une variété de fonctions, notamment l'induction de la mort cellulaire programmée et la
perturbation de la réponse immunitaire de l'hôte. Les protéines Tse1 et Tse3 ont été
montrées pour inhiber l'activité phospholipase de la phospholipase A2 de l'hôte, tandis que
Tse2 a été montrée pour inhiber la voie de signalisation NF-kB dans les cellules hôtes.
P. aeruginosa Les résultats de cette expérience ont montré que l'ajout de P. aeruginosa (souche PAO) à une
(souche PAO) + culture de V. cholerae peut entraîner soit un bourgeonnement, soit une lyse de V. cholerae.
VC Ce phénomène dépend de la fonctionnalité des SST6. Les chercheurs ont donc identifié un
nouveau mécanisme potentiellement impliqué dans l'interaction entre ces deux bactéries.
Les toxines bactériennes sont des
Toxines des molécules produites par les
pathogènes pathogènes qui altèrent le
d’animaux fonctionnement normal de
certaines cellules de l’hôte. Il
existe deux types de toxine : les
exotoxines et les endotoxines.
Les exotoxines sont produites à
l’intérieur des cellules
bactériennes et sont libérées dans
le milieu environnant. Elles sont
souvent codées par des gènes
portés par des plasmides ou par
des phages et sont généralement
solubles et sensibles à la chaleur.
Les exotoxines peuvent agir à la
surface des cellules cibles ou bien à l’intérieur de celles-ci. On distingue ainsi les
neurotoxines, les entérotoxines et les cytotoxines. Les endotoxines, quant à elles, sont
présentes à la surface de l’enveloppe des bactéries Gram-négatives et peuvent devenir
toxiques pour des hôtes spécifiques dans certaines circonstances.

Les toxines de type AB, qui agissent à l'intérieur des cellules de l'hôte, sont composées de
deux sous-unités : les sous-unités A et B. La sous-unité B se fixe sur des récepteurs
spécifiques, tandis que la partie A qui pénètre à l’intérieur des cellules hôtes possède
l’activité enzymatique responsable de la toxicité. La toxine cholérique, du type A-5B, est
une exotoxine qui modifie la protéine régulatrice GS de l’adénylate cyclase par ADP-
ribosylation à l’intérieur des cellules hôtes. Cette modification induit la formation d’AMP
cyclique (AMPc) à partir d’ATP, ce qui entraîne le « relargage » de grandes quantités d’eau
et d’électrolytes par les cellules épithéliales touchées. Les dysfonctionnements ainsi induits
au niveau de l’intestin entraînent l’apparition de vomissements et de diarrhées abondantes.
Toxines des Les toxines produites par les
pathogènes de pathogènes de plantes sont
plantes appelées phytotoxines. Elles sont
synthétisées par les pathogènes et
sont souvent responsables de la
nécrose des tissus de la plante.
Les phytotoxines sont souvent
produites dans les parties
végétales affectées par la maladie
et sont ensuite dispersées par
l'eau ou les insectes. Les
champignons sont les principaux
producteurs de phytotoxines,
mais les bactéries, les virus et les
nématodes peuvent également en produire.

Les phytotoxines peuvent être divisées en plusieurs catégories, notamment les métabolites
secondaires, les enzymes et les peptides. Les métabolites secondaires sont des composés
produits par le métabolisme des pathogènes, tels que les mycotoxines produites par les
champignons. Les enzymes sont des molécules produites par les pathogènes pour dégrader
les tissus de la plante. Les peptides sont des molécules produites par les pathogènes qui
agissent sur les cellules de la plante en perturbant leurs fonctions normales.

Les phytotoxines peuvent avoir des effets graves sur la santé des plantes et sur leur
production agricole. Certaines phytotoxines peuvent également avoir des effets néfastes sur
la santé humaine et animale, en particulier les mycotoxines produites par les champignons.
Il est donc important de comprendre comment ces phytotoxines sont produites et dispersées,
ainsi que les mécanismes qu'elles utilisent pour causer des dommages aux plantes et aux
organismes qui en dépendent.

Les phytotoxines peuvent également être utilisées dans des applications agricoles, telles que
la lutte contre les mauvaises herbes ou la promotion de la croissance des plantes. Cependant,
leur utilisation doit être soigneusement réglementée pour éviter les effets néfastes sur la
santé humaine, animale et environnementale.
Fungi : Les champignons sont des microorganismes eucaryotes chimiohétérotrophes et sporulants,
champignons faisant partie du phylum des « vrais » champignons (eumycètes). Les champignons
filamenteux ont pour élément de base l'hyphe, qui forme un mycélium, tandis que les
levures ont pour élément de base la cellule isolée. Les champignons filamenteux ont une
croissance radiale, tandis que les champignons levuriformes ont une croissance par division.
La croissance filamenteuse permet une meilleure exploitation des ressources et une
meilleure colonisation des milieux. Les champignons dimorphiques, tels que Candida
albicans, peuvent exister sous forme de levure ou de filamenteux, ce qui les rend
potentiellement pathogène.
Morphologie : le La morphologie concerne la forme végétative des champignons, appelée le thalle. Le thalle
thalle est la partie de la structure du champignon qui est responsable de l'absorption des
nutriments.
Croissance Il existe deux types de champignons : les champignons levuriformes qui se développent par
bourgeonnement ou scissiparité (croissance par division) et les champignons filamenteux
qui se développent par croissance radiale. La croissance filamenteuse permet une meilleure
exploitation des ressources et une meilleure colonisation des milieux.
Champignons Les champignons dimorphiques sont des champignons qui ont la capacité de se développer
dimorphiques sous deux formes différentes selon les conditions environnementales. Candida albicans est
un exemple de champignon dimorphique qui peut être soit une levure saprophyte
(organisme qui vit sur des matières organiques en décomposition) des muqueuses et des
téguments, soit un pathogène filamenteux.
Protistes- Les protistes sont des organismes unicellulaires ou non qui font partie d'un groupe
Oomycètes d'eucaryotes polyphylétique distincts sur de nombreux points. Les protistes sont des
parasites, des mutualistes ou des commensaux et présentent différents modes de
reproduction, tels que la reproduction asexuée et sexuée. Ils peuvent être hétérotrophes ou
autotrophes et sont souvent capables de former des structures de résistance. Les protistes
sont présents dans divers phylums tels que Excavata, Chromalveolata, Rhizaria,
 Archaeplastida, Amoebozoa et Opisthokonta. Les oomycètes sont des protistes qui sont
classés initialement parmi les champignons en raison de leurs similarités avec eux.

Maladies Les microorganismes eucaryotes pathogènes sont responsables de nombreuses maladies

infectieuses et infectieuses chez les plantes, les animaux et les humains. Les champignons et les oomycètes
impact négatif sont des parasites majeurs des plantes et des animaux, tandis que les protistes sont
principalement responsables des maladies humaines telles que la malaria, la maladie du
sommeil, la toxoplasmose et la leishmaniose. Les maladies infectieuses causées par les
microorganismes eucaryotes pathogènes sont en augmentation dans les pays riches et
émergents, en particulier chez les personnes immunodéprimées.

Les champignons sont également responsables de la détérioration des denrées alimataires :

diminution de la faculté germinative des grains, acidification anormale, odeur de moisi,
panification comprimise.
Impact positif Les champignons ont un impact positif en produisant de nombreux composés utiles tels que
des enzymes et des métabolites secondaires : utilisé pour nourire des racines, pour le
recyclage, dans la medecine (penicilline) et pour la production de fromages, pain,
biere…Etc.
Lutte chimique La lutte chimique antifongique consiste à utiliser des produits chimiques pour prévenir ou
antifongique traiter les infections fongiques. Les antifongiques sont souvent utilisés pour traiter les
infections fongiques chez les humains et les animaux, ainsi que pour protéger les plantes
contre les maladies fongiques. Il existe plusieurs classes d'antifongiques, chacune ayant un
mode d'action différent. Les antifongiques peuvent agir en perturbant la synthèse de la paroi
cellulaire fongique, en inhibant la synthèse des acides nucléiques ou des protéines
fongiques, ou en perturbant les fonctions membranaires de la cellule fongique.
Phase d’une La phase d'une infection
infection fongique comprend
plusieurs étapes,
notamment la colonisation,
l'adhésion, l'invasion et la
multiplication. Pendant la
colonisation, les cellules
fongiques s'attachent à une
surface ou à un tissu de
l'hôte. L'adhésion est suivie
de l'invasion, pendant
laquelle les cellules
fongiques pénètrent dans
l'hôte et se multiplient.
L'infection peut être asymptomatique ou entraîner des symptômes, tels que des lésions
cutanées, des infections des voies respiratoires ou des infections systémiques graves.

Paroi Caractéristiques : structure

complexe qui protège la cellule
fongique contre les facteurs de stress
environnementaux et permet
l'adhésion et l'invasion de l'hôte.

Composition : La paroi fongique est

une structure rigide qui entoure les
cellules des champignons. Elle est
composée de plusieurs couches de
polymères, principalement de
chitine, de glucanes et de
mannoprotéines.

Structure : La couche la plus interne de la paroi fongique est composée de chitine, un

polysaccharide linéaire constitué de N-acétylglucosamine. Les glucanes se trouvent
également dans cette couche, et sont des polymères de glucose liés entre eux par des liaisons
β(1,3) ou β(1,6). La couche suivante est principalement composée de mannoprotéines, qui
 sont des protéines liées à des résidus de mannose. Ces protéines jouent un rôle important
dans l'adhésion cellulaire et dans la reconnaissance de l'hôte par le champignon.

Dynamisme : La paroi fongique est une structure complexe et dynamique qui subit des
modifications constantes en fonction des conditions environnementales et des besoins de la
cellule fongique. Elle est composée de plusieurs couches de polysaccharides, de protéines et
de lipides, qui interagissent de manière complexe pour conférer à la cellule fongique sa
rigidité et sa résistance aux agressions extérieures.
Protéines Les protéines fongiques sont des molécules essentielles pour la croissance, la division et la
fongiques survie des cellules fongiques.

Pariétales : (CWP cell wall protein) : Les protéines pariétales (CWP cell wall protein) sont
des protéines qui se trouvent dans la paroi cellulaire des champignons. Elles sont
importantes pour la structure et la fonction de la paroi cellulaire, et peuvent jouer un rôle
dans l'adhérence et l'interaction avec l'environnement.

PIR : Les protéines PIR (proteins with internal repeats) sont des protéines fongiques qui
contiennent des motifs répétés en tandem. Ces motifs sont impliqués dans l'adhérence et
l'interaction avec l'environnement, ainsi que dans la régulation de la morphologie et du
développement fongiques.

Hydrophobines : Les hydrophobines sont des protéines qui sont impliquées dans la
formation de la surface hydrophobe des spores et des structures fongiques. Elles peuvent
jouer un rôle dans l'adhérence aux surfaces et dans la régulation de la croissance et de la
morphologie fongiques.

Hydrolases : Les hydrolases sont des enzymes qui catalysent la dégradation des polymères
complexes en monomères simples. Dans le contexte fongique, les hydrolases peuvent jouer
un rôle dans la digestion de la matière organique et dans la dégradation de la paroi cellulaire
des hôtes.
Adhésines : Les adhésines sont des protéines qui facilitent l'adhérence des cellules fongiques
aux surfaces. Elles peuvent jouer un rôle dans l'interaction avec l'environnement et dans
l'infection des hôtes

Synthèse de La synthèse de polysaccharides du core est un processus essentiel pour la croissance

polysaccharides fongique. Les antifongiques peuvent cibler les enzymes impliquées dans la synthèse de ces
du core : cible polysaccharides pour inhiber la croissance fongique.
antifongique
Synthèse d’ancre La synthèse d'ancre GPI est également un processus important pour la croissance et la survie
GPI : cible des cellules fongiques. Les antifongiques peuvent cibler les enzymes impliquées dans la
antifongique synthèse d'ancre GPI pour inhiber la croissance fongique.
Autres cibles
antifongiques

Pouvoir pathogène = Correspond à l'ensemble des propriétés nécessaires au développement de la maladie chez
(PP) l'hôte. Le PP est associé à la capacité du micro-organisme à adhérer sur la peau ou les
muqueuses, à franchir les barrières (tégumentaires, foliaires...) et à se nourrir et croître aux
 dépens des tissus de l'hôte. Capacité des micro-organismes à échapper ou résister aux
défenses de l'hôte et à se disséminer pour former de nouveaux foyers infectieux.

Paroi et PP 1. Adhésion / Attachement aux surfaces : adhésion des champignons aux surfaces. Il
existe différents types d'adhésion possibles à différents stades de développement du
microorganisme fongique. Ils présentent également les adhésines fongiques, qui
sont des protéines paritétale à ancres GPI / CW et qui assurent l'adhésion ou
l'attachement des champignons à différents types de surface.
Exemple : les adhésines de Candida albicans, un champignon dimorphique qui peut
exister sous forme de levure commensale ou sous forme de filamenteuse pathogène.
Ils expliquent que la capacité d'adhésion des champignons est souvent corrélée à
leur virulence.

2. Modifications des Surfaces de l'Hôte : mécanismes impliqués dans le

franchissement des barrières structurales de l'hôte par les champignons. Les auteurs
prennent l'exemple de la dégradation des pectines des parois végétales par des
enzymes fongiques. Ils expliquent que cette dégradation permet aux champignons
de pénétrer dans les tissus de la plante.
Echappement à la Capacité des micro-organismes à échapper ou à résister aux défenses de l'hôte via les
reconnaissance processus suivants :
a. Changement d'antigènes : Les micro-organismes peuvent changer les antigènes
qu'ils expriment à leur surface pour éviter d'être reconnus par le système
immunitaire de l'hôte.
b. Mimétisme moléculaire : Certains micro-organismes peuvent produire des
molécules qui ressemblent à celles de l'hôte, ce qui les aide à éviter d'être détectés
par le système immunitaire.
c. Sécrétion de toxines : Les micro-organismes peuvent sécréter des toxines qui
inhibent la réponse immunitaire de l'hôte.
d. Formation de biofilms : Les micro-organismes peuvent former des biofilms qui les
protègent des défenses de l'hôte et des antibiotiques.
e. Résistance aux antibiotiques : Les micro-organismes peuvent développer des
mécanismes de résistance aux antibiotiques qui les rendent difficiles à traiter.
Malaria/Paludism Plasmodium = le parasite responsable du paludisme. Plasmodium est un protozoaire parasite
e intracellulaire obligatoire, transmis par des moustiques du genre Anophèles.

 Cycle de vie de Plasmodium :

 Pathogénicité de Plasmodium" aborde les différents mécanismes impliqués dans la

pathogénicité de Plasmodium. Les auteurs expliquent que la pathogénicité de ce parasite
est due à la destruction des globules rouges infectés, à la stimulation de la réponse
immunitaire de l'hôte et à la formation de caillots sanguins. Ils présentent également les
différents symptômes du paludisme, qui varient en fonction de l'espèce de Plasmodium
impliquée dans l'infection.

 Stratégies thérapeutiques : aborde les différentes stratégies thérapeutiques utilisées pour

lutter contre le paludisme. Il y a les médicaments antipaludiques, notamment la
chloroquine et l'artémisinine, ainsi que les méthodes de prévention de la maladie, telles
que les moustiquaires imprégnées d'insecticide et les programmes de lutte contre les
moustiques.
Etapes d’invasion Les merozoïtes sont des formes infectieuses de Plasmodium, le parasite responsable du
des érythrocytes paludisme. Lors de l'infection, les merozoïtes se fixent sur la surface des érythrocytes, puis
(hématies) par les s'invaginent dans la cellule hôte pour y proliférer.
merozoites
a. La protéine MSP1 (antigène de surface) est impliquée dans l'adhésion initiale des
merozoïtes à la surface des érythrocytes. Elle est localisée à la surface des merozoïtes et est
libérée lors de l'interaction avec les érythrocytes. MSP1 est clivée en plusieurs fragments, ce
qui permet aux merozoïtes de se fixer sur la membrane érythrocytaire.

b. La protéine AMA-1 (antigène de surface) est une protéine transmembranaire qui est
exprimée à la surface des merozoïtes. Elle joue un rôle important dans l'attachement et la
réorientation des merozoïtes lors de l'invasion des érythrocytes. AMA-1 interagit avec
d'autres protéines présentes à la surface des érythrocytes, formant ainsi une jonction entre
les deux cellules.

c. Les micronèmes sont des organites présents dans les merozoïtes. Les protéines TRAP
(thrombospondin-related anonymous protein) sont impliquées dans la sécrétion des
micronèmes, ce qui permet aux merozoïtes de libérer les facteurs nécessaires à l'invasion des
érythrocytes.

d. Les rhoptries sont des organites présents dans les merozoïtes. Les protéines des rhoptries
sont sécrétées lors de l'invasion des érythrocytes et sont impliquées dans la formation du
complexe d'invasion, qui est nécessaire pour permettre aux merozoïtes de s'invaginer dans
les érythrocytes.

e. L'entrée des merozoïtes dans les érythrocytes implique plusieurs mécanismes. La gliding
actine/myosine est un mécanisme de motilité des merozoïtes qui leur permet de se déplacer
sur la surface des érythrocytes. La protéolyse de MSP1 est nécessaire pour permettre l'entrée
des merozoïtes dans les érythrocytes.

f. Lors de l'invasion des érythrocytes, les

merozoïtes forment une membrane
parasitaire qui entoure l'érythrocyte infecté.
Cette membrane est nécessaire pour
permettre aux merozoïtes de se développer
et de se reproduire à l'intérieur de
l'érythrocyte. Cette membrane est également
impliquée dans la séquestration des
érythrocytes infectés dans les capillaires
sanguins, ce qui contribue à la pathogénicité
du paludisme.

Modifications 1. Digestion du cytoplasme érythrocytaire = mécanisme par lequel le parasite digère

cellulaires de la le cytoplasme de l'érythrocyte infecté pour obtenir les nutriments nécessaires à sa
cellule hôte survie. Les auteurs expliquent que le parasite utilise un complexe de protéases
appelé falcipain pour dégrader l'hémoglobine présente dans l'érythrocyte et
libérer les acides aminés nécessaires à sa croissance. Ils décrivent également le
mécanisme de dégradation des protéines cytoplasmiques de l'érythrocyte par les
protéases du parasite.

2. Modifications de la perméabilité cellulaire = modifications de la perméabilité

membranaire de l'érythrocyte infecté. Le parasite induit des modifications de la
membrane de l'érythrocyte, notamment en augmentant la perméabilité à certains
ions tels que le calcium et le potassium. Ils décrivent également le mécanisme par
lequel le parasite libère de petites vésicules appelées exosomes qui transportent
des protéines parasitaires à la surface de l'érythrocyte infecté.
Modifications de 1. Formation de Knobs à la surface de l'érythrocyte = formation de protubérances
la membrane de la appelées knobs à la surface de l'érythrocyte infecté. Les auteurs expliquent que ces
cellule hôte knobs sont composés de protéines parasitaires telles que PfEMP1, qui sont
impliquées dans l'adhésion des érythrocytes infectés aux cellules endothéliales des
 capillaires. Ils décrivent également le mécanisme par lequel les knobs sont formés,
en expliquant que la protéine KAHRP joue un rôle important dans leur assemblage.

2. Formation des Maurer's clefts = structures membranaires qui se forment à

l'intérieur des érythrocytes infectés. Les auteurs expliquent que ces clefts sont
formés par des invaginations de la membrane parasitophore et qu'ils jouent un
rôle important dans la sécrétion de protéines parasitaires à la surface de
l'érythrocyte infecté. Ils décrivent également les différentes protéines impliquées
dans la formation des Maurer's clefts, notamment les protéines SBP1 et MAHRP1.