Conception, installation et mise en service

d’un système de gestion de l'information de

laboratoire (LIMS)

Programme fonctionnel
1. Cadre du projet

1.1. Contexte

Le LABERCA (LABoratoire d’Étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments) est une unité de recherche de
l’École Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l’Alimentation (Oniris) et de l’INRAE ((département Alim H)
dont les questions de recherche ciblent la caractérisation de l’exposome chimique humain.
Le laboratoire a en parallèle développé des activités d’appui scientifique et technique auprès de la Direction
Générale de l’Alimentation (DGAl) qui ont été reconnues et concrétisées en 1990 par la labellisation de la structure
en tant que Laboratoire National de Référence (LNR). Il coordonne à ce titre le fonctionnement d’un réseau de
laboratoires de surveillance et de contrôle spécialisés en sécurité chimique des aliments et plus particulièrement
les polluants organiques persistants et les substances chimiques d’usage interdit en élevage aux propriétés
anabolisantes.

Le laboratoire gère 10 000 analyses par an, dans le cadre de plans de surveillance / plans de contrôle du ministère
de l’Agriculture, de conventions de recherche avec des partenaires institutionnels ou de demandes privés. Pour
effectuer ces analyses, le laboratoire possède 4000 composés de références, 20 000 solutions analytiques et gère
environ 600 consommables. La gestion de ces analyses, standards et consommables est assurée à ce jour via des
bases de données Access qui sont devenues avec le temps obsolètes.

Le LABERCA souhaite s’équiper d’une solution informatique globale et performante pour gérer ces bases, mais
également se doter de nouveaux outils de gestion informatique qui sont décrits dans ce document.

1.2. Objet du marché

Le marché qui sera conclu avec le candidat retenu à l’issue de la présente procédure porte sur la fourniture, l’aide
au paramétrage et la mise en production du système informatique de laboratoire.

Les prestations attendues comprennent :

‐ les licences d’usage de la solution ;
‐ les prestations de spécifications, d’installation, de paramétrages et de développements spécifiques ;
‐ la recette et le déploiement ;
‐ L’intégration des données des systèmes existants ;
‐ la formation des administrateurs ;
‐ L’appui à la constitution d’un dossier de validation du LIMS à fournir au COFRAC dans le cadre de
l’accréditation 17025 du laboratoire ;
‐ la garantie des fournitures et la maintenance progicielle pendant et après la période de garantie ;
‐ la conduite du projet.

1.3. Planning approximatif

• Lancement de l’Appel à Candidature : 05/02/2022

• Réception des dossiers des candidats : 07/02/2022
• Analyse des candidatures : Choix des candidats retenus : semaine 8 ‐ 2022
• Réunion de présentation du projet avec l’ensemble des candidats retenus : semaine 9 – 2022
• Phases de dialogues successifs : semaines 9 à 17 ‐ 2022
• Réception des offres finales : semaine 18 ‐ 2022
• Attribution du marché et début d’exécution des prestations : semaine 19 ‐ 2022
• Mise en production de la solution : 1er juillet 2023
2. Périmètre de couverture

La solution retenue devra pouvoir intégrer un grand nombre de données du laboratoire, qui sont décrites dans les
paragraphes suivants.

La première étape du projet se concentrera sur les 3 premiers items (gestion des analyses, gestion des
consommables et gestion des standards) et l’interfaçage avec le Système Informatisé de la Direction Générale de
l’Alimentation. Le développement et la mise en production de ces aspects devra être faite de manière prioritaire
lors de la première phase du projet.
La gestion des cahiers de laboratoire et projets, les outils de planification et bilan, les interfaçages optionnels
seront initiés dans une seconde phase.

De manière plus générale, la solution devra nous permettre de gérer des « workflows » (flux de travail) pour la
gestion de l’information entre les différents acteurs du laboratoire. Un système de flux opérationnel sera
nécessaire lors de différents processus.

L’ensemble des processus et des workflows désirés est illustré de manière synthétique dans la figure 1.

Figure 1 : Diagramme fonctionnel

 2.1. Gestion des analyses

Le laboratoire gère environ 10 000 analyses par an, dans le cadre de plans de surveillance / plans de contrôle du
ministère de L’Agriculture, de conventions de recherche avec des partenaires institutionnels ou de demandes
privées.

Dans ce cadre, le LIMS devra permettre différentes fonctionnalités exposées ci‐dessous.

 Gestion de la demande et édition de devis

‐ Gérer un catalogue de prestations avec les tarifs associés ;

‐ Emettre des devis automatiquement et permettre leur envoi de manière automatique sous forme
dématérialisée ;
‐ Gérer des sous‐traitants dans le cadre de prestations d’analyses ;
‐ Permettre de relier à la fois les devis et les bons de commande aux analyses.

 Réception échantillons

‐ Enregistrer les échantillons dans la base de données avec toutes les données associées, en incluant
certains éléments de confidentialité ;
‐ Imprimer des étiquettes sous différents formats ;
‐ Enclencher un workflow pour la validation de la réception (validation par le responsable de l’unité, envoi
de l’accusé de réception au client par mail, etc…) ;
‐ Envoyer un accusé de réception de manière automatisé par message électronique ;
‐ Permettre la gestion facile du stockage (lieu de stockage, devenir de l’échantillon…).

 Réalisation analyses

‐ Pouvoir intégrer dans la base de données du LIMS des résultats à partir de feuille Excel, en permettant
une souplesse d’utilisation en cas de demande exceptionnelle (analyse de molécules hors catalogue par
exemple) ;
‐ Permettre un export facile de données du LIMS vers une feuille Excel ;
‐ Générer un rapport d’essai, et enclencher un workflow pour la validation du résultat et sa diffusion ;
‐ Envoyer les résultats sous formats dématérialisés (rapports d’essais sous format .pdf et fichier Excel), en
permettant de rédiger facilement des commentaires liés aux résultats ou d’insérer une ou plusieurs
pièces jointes ;
‐ Permettre l’envoi des résultats au ministère de l’Agriculture via le système SIGAL (cf. §2.6 – interfaçage
thématique indispensable) ;
‐ Permettre (de manière optionnelle), la connexion des balances de laboratoire avec le LIMS (cf. § 2.7
interfaçage thématique optionnel) ;
‐ Gérer (de manière opérationnelle) nos cartes de contrôles de nos échantillons de référence et de nos
blancs analytiques.

 Annexe facturation

‐ Permettre de générer des pré‐factures (éditions de lignes de prestations mensualisées par client).
 2.2. Gestion des consommables

Le laboratoire gère une liste de 600 références de consommables. La solution retenue devra :

‐ Gérer les consommables en terme de référence, prix, numéros de lot, déstockage, alertes de plancher
de stock, dates de péremption, etc…
‐ Permettre un suivi des fournisseurs (système de remarques au cours de l’année pour un recensement en
fin d’année) ;
‐ Avoir une interface simple pour les utilisateurs pour le déstockage via un lecteur de codes‐barres ;
‐ Intégrer des workflows pour échanger des informations (besoins de commandes, arrivée des produits,
etc…) ;
‐ Permettre de faire des bilans mensuels et annuels sur les déstockages par unités, utilisateurs, etc…

2.3. Gestion des standards analytiques

Le laboratoire gère 4000 composés standards de référence et environ 20 000 solutions analytiques. La solution
logicielle devra permettre l’ensemble des éléments décrits ci‐dessous :

‐ Gérer les solutions mères (poudre ou liquide), i.e. alerte de plancher de stock, dates de péremption, lieux
de stockage ;
‐ Permettre la caractérisation de ces composés (formule chimique développée, numéro CAS, INCHIKEYS,
SMILES, nomenclature, spectre de masse, lien vers les données…), en incluant un workflow de validation
de la caractérisation (réalisation par un membre du laboratoire, validation du responsable) ;
‐ Gérer les solutions diluées, avec un suivi par pesées, des fiches de préparation, une traçabilité de la
préparation, des alertes…
‐ Inclure un module de recherche permettant de faire des requêtes avec une partie de la structure
chimique de la molécule (un exemple d'application similaire est disponible
https://chemaxon.com/products/instant‐jchem et https://chemaxon.com/products/marvin) ;
‐ Gérer des droits utilisateurs pour l’accès ou non à certaines fonctionnalités ;
‐ Gérer le déstockage de solutions et l’édition de certificats internes (pour envoi à des laboratoires tiers).

2.4. Gestion de projets et cahiers de laboratoire

La solution retenue devra permettre de :

‐ Gérer des projets de recherche (fiches projets, fiches de phases, échéancier) ;
‐ Rédiger des cahiers de laboratoire, avec possibilité de requêtes par mots‐clés ;
‐ Associer un workflow entre les acteurs du laboratoire, et permettre de bloquer les accès en écriture après
validation ;
‐ Gérer des protocoles et méthodes (rédaction, validation).

2.5. Planification, pilotage et bilan

En termes de planification, pilotage et bilan, la solution devra :

 ‐ Permettre de gérer les personnes, en termes de droits d’accès et d’utilisation au portail, mais également
en terme de fiches temps, coût salarial, formations, habilitations, maintiens des compétences, etc…
‐ Permettre de gérer les équipements du laboratoire (matériel analytique et métrologique) en termes de
fiches de vies, réservation, durées d’utilisation, gestion immobilisation, coûts d’utilisation, contrôles
internes…
‐ Permettre aux responsables d’unités d’avoir une vision des analyses en cours, en attente, faire des
requêtes sur des filtres particuliers (personnes, dates, délais de rendus de résultats), avoir des tableaux
de bords individualisés, etc…
‐ Permettre aux responsables de fonction de faire des requêtes en terme de temps personnes, quantités
de déstockage, etc…
‐ Produire des bilans annuels de manière simple en croisant différentes données du LIMS.

2.6. Interfaçage thématique indispensables

 Interfaçage avec le Système Informatisé de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl)

Le LIMS devra permettre l’échange de données informatisées du système informatique de la Direction Générale
de l’Alimentation (SIGAL) ou des prescripteurs vers le laboratoire et inversement, dans le domaine de la santé
animale et de l’hygiène alimentaire.

Le dispositif mis en place devra assurer entre autres les fonctions nécessaires suivantes :

‐ Gérer le système d’identification à l’enregistrement des échantillons grâce à la lecture de codes‐barres des
documents d’accompagnement des prélèvements ;
‐ Mise en place d’une interface pour permettre la traduction des données internes du laboratoire en codes
standardisés et vice versa, grâce à la réception d’un ensemble de listes de référence transmises via le protocole
FTP (compactées au format zip) soit d’une instance de standardisation, soit du système informatique du
prescripteur (gestion des données reçues, création de tables, identification des codes à traduire) ;
‐ Gérer l’écriture et la lecture de fichiers informatisés, élaborés en langage XML, échangés comme pièce jointe de
message internet ;
‐ Piloter la messagerie Outlook pour l’émission et la réception de ces messages ;
‐ Gérer la confidentialité et la sécurité avec le cryptage et le décryptage des messages avec le protocole GNUGP ;
‐ Maîtriser les processus de validation (structure du message conforme au schéma XML attendu, utilisation des
dernières versions des référentiels), émettre automatiquement des messages d’acquittement ou de non‐
acquittement des messages reçus ;
‐ Enregistrer, suivre et contrôler le flux de communication, développer un outil de pilotage.

Le système évoluera dans les prochaines années, et le protocole de communication également : le protocole de
messagerie actuellement utilisé sera remplacé par la mise en place d'échanges via des appels à des services web
exposés par RESYTAL (de type REST).

En cas de questionnements concernant les spécifications figurant à ce programme, merci de bien vouloir contacter
Mr Bruno Veyrand à l’adresse mail suivante : bruno.veyrand@oniris‐nantes.fr
 2.7. Interfaçage thématique optionnels

 Interfaçage avec les balances de laboratoire

Le laboratoire possède 8 balances de marque Sartorius. La solution devra permettre de relier ces balances au
système informatisé, pour permettre de rentrer les pesées directement dans la base de données du LIMS.
La connexion sera faite en test sur une balance pendant une période de mise à l’essai, avant d’être déployée aux
autres dans un second temps.

 Interfaçage avec le logiciel de Gestion Electronique des Documents Obsys

Le logiciel Obsys (https://www.obsys.fr/) permet au laboratoire de gérer sa documentation qualité qui comprend
de nombreux supports d’enregistrement. Il devra exister un lien entre Obsys et le LIMS qui puisse garantir que les
supports d’enregistrement utilisés correspondent aux versions applicables dans Obsys (par exemple modèle de
rapport d’essai, modèle d’accusé de réception, fiche de suivi d’analyse…).

 Interfaçage avec le système informatique Financier et comptable d’Oniris

Oniris fonctionne actuellement avec gfc‐depense (https://www.asso‐cocktail.fr/?q=fiche‐produit/gfc‐depenses)

et migrera vers PEP Premium (https://logiciels‐secteurpublic.gfi.world/sp/logiciel/pep‐premium) dans les
prochaines années. Idéalement, la solution devra être en mesure de s’interfacer avec ces solutions.

 Interfaçage avec Ocea Soft

Le laboratoire possède un système de suivi des températures géré par le logiciel OCEA Soft
(https://www.oceasoft.com/fr/solution‐oceaview) ; des sondes de natures différentes sont utilisées. Une
communication et un import des températures dans le LIMS sont attendus.

3. Spécifications techniques

3.1. Architecture et hébergement

L’accès à la solution retenue devra être « full web »1.

L’authentification des utilisateurs devra reposer de préférence sur un annuaire de l’entreprise (Active Directory
ou open LDAP).

La solution fournie devra être déployée selon une architecture qui reste à préciser mais devra être localisée sur le
territoire français. Le titulaire procèdera à l’installation des logiciels livrés sur les machines serveurs.

Le LABERCA n'a à ce stade pas décidé de l'hébergement (SAAS, on premise, mixte, etc…). Le soumissionnaire devra
proposer plusieurs options argumentées afin que le laboratoire puisse se positionner.

1 Permet d’avoir accès à un logiciel grâce à une simple connexion internet via n’importe quel navigateur web
L’installation devra être effectuée au minimum dans trois environnements « étanches » : un environnement de
qualification (environnement pour tests fonctionnels avant mise en place de nouvelles fonctionnalités ou
modules), un environnement de production et un environnement simplifié dédié à la formation.

S'il est fait le choix d'installer l'application sur un serveur sur site, la procédure d’installation du poste serveur
devra être documentée avec précision, et faire l’objet d’un transfert de compétences de la part du titulaire. Ce
transfert de compétences (formations, installation, changement des correctifs et des versions, administration,
procédures de reprise en cas de problème, automatisation des sauvegardes journalières, procédures de
sauvegardes mensuelles, annuelles etc.) devra être fourni au service informatique d’Oniris ainsi que toutes les
procédures d’installation détaillées dans un manuel fourni par le titulaire. L’installation devra donner lieu à une
validation de chaque fonctionnalité. Chaque étape de la validation devra être tracée et retranscrite dans un dossier
de validation.

Le laboratoire demande à chaque candidat de décrire selon quelles modalités la solution (logiciel, base de
données, architecture technique, données…) sera redondée voire hautement disponible.

3.2. Sauvegarde et archivage

Le candidat proposera un mode de sauvegarde et de restauration de sa solution. Il détaillera si ces processus de

sauvegarde/restauration comprennent toutes les composantes (programme, BDD, frontal…) ou bien s’il s’appuie
sur des recommandations dissociées par composant.
Le candidat prévoira également un plan de test régulier de sauvegarde et restauration pour valider régulièrement
la continuité d’activité en cas de problème.

Le dispositif d’archivage devra être décrit tant sur le plan du processus que sur le plan des outils. Le candidat
précisera à cette occasion selon quelles modalités accéder de nouveau aux bases archivées.

3.3. Maintenance

 Maintenance corrective
Les solutions de maintenance corrective devront concerner l’applicatif et les outils connexes (base de données
par exemple). Elles devront inclure les environnements de qualification et de production.
En cas d’hébergement extérieur, le titulaire s’engage à respecter une durée maximale d’inutilisation de 4 heures
(durant les heures de bureau, du lundi au vendredi, de 7h30 à 18h00).
Le titulaire s’engage également à assurer le bon état de fonctionnement du logiciel. Il rectifiera les défauts
rencontrés (bugs bloquants ou non, anomalies de fonctionnement). Cette maintenance devra concerner tous les
éléments fournis, qu'ils soient directement développés ou non par le titulaire.
Le titulaire devra informer le laboratoire des modifications effectuées et les documenter.
En cas d'évolution du système d'exploitation (pour des raisons de sécurité par exemple) ou de la base de données,
le titulaire doit assurer le maintien du bon fonctionnement de sa solution.
Le titulaire précisera les moyens mis en œuvre pour assurer cette maintenance et les délais qu'il garantit en
fonction de la gravité des problèmes constatés.

 Maintenance évolutive
Le titulaire devra décrire sa politique de mise à jour de sa solution (fréquence par exemple).
La solution étant évolutive pour correspondre aux avancées techniques (dont logiciels connectés ou autres), ainsi
qu'aux nouveaux besoins exprimés par les utilisateurs, le titulaire précisera aussi sous quelle forme il propose
d'effectuer cette maintenance. Toutes les adaptations feront l'objet d'une documentation technique et utilisateur
ainsi que d'une présentation et d'une formation si besoin.
En cas de défaillance du titulaire pour l’exécution de la maintenance corrective et/ou adaptative, le laboratoire
sera fondé à recourir à l'ouverture du code source (déposé à l'INPI ou l'APP) pour permettre le déblocage de la
situation.

4. Spécifications générales

4.1. Langage

La solution logicielle devra être en langue française, et l’interlocuteur privilégié pour la mise en place et les
demandes d’assistance devra savoir parler français couramment.

4.2. Assistance

Le titulaire devra accompagner de manière renforcée le laboratoire lors des 18 premiers mois afin d’assurer une
mise en place efficace et rapide.

4.3. Formation

La formation nécessaire à l’administration de chacun des applications du système d’information devra être fournie
par le titulaire. Les différents niveaux de formation seront proposés par le soumissionnaire. Un support de
formation devra être fourni pour chaque session (support électronique et/ou papier).

4.4. Volumétrie

La solution informatique devra manipuler aisément une grande quantité de données et ce, avec des temps de
réponses satisfaisants. Il devra prévoir une augmentation annuelle moyenne de 25 % de ces données (aussi bien
celles stockées en base, que celles « extrinsèques » à la base et de type fichiers – docx, xlsx, pdf, jpeg).

La solution devra également supporter plusieurs centaines de connexions/déconnexions journalières, et une

dizaine de connexions simultanées. Il devra donc garantir un parfait contrôle des accès concurrentiels aux
données, aussi bien au niveau du système de gestion de la base de données qu'au niveau du système de fichier
dans un environnement multi‐utilisateurs.

4.5. Reprise des données

La reprise des données des bases de données actuelles devra être préparée et mise en œuvre en concertation
avec l’équipe projet du LABERCA.
Le candidat devra ainsi étudier le format des données actuelles et préparer un plan de reprise de ces données
comprenant les consommables, les standards, les clients, les demandes d’analyses, etc…
Les différentes méthodes et processus mis en œuvre pour l’éventuelle conversion des données devront également
être précisés.
 4.6. Ergonomie

La solution retenue devra être ergonomique et pouvoir être utilisée de manière intuitive pas l’ensemble des
personnes du laboratoire.

5. Spécifications Réglementaires

5.1. Règlementation comptable publique française

5.2. Règlementation RGPD

5.3. Sécurité des systèmes d’information

5.4. Autre référentiels

6. Méthodologie du projet

6.1. Méthodologie de gestion de projet

Le candidat devra présenter la méthodologie de gestion de projet qu’il entend mettre en œuvre pour répondre
aux besoins du laboratoire.
Il devra motiver ce choix et décrire ses modalités de mise en œuvre avec précision. Les éventuelles attentes du
titulaire relatives à l’équipe projet du laboratoire devront également être précisées.

6.2. Reprise des données

La reprise des données bases de données actuelles devra être préparée et mise en œuvre en concertation avec
l’équipe projet, ce document devra préciser la méthode de reprise des données.
Le candidat devra ainsi étudier le format des données actuelles et préparer un plan de reprise de ces La possibilité
de reprendre les données des analyses devra être étudiée en concertation avec l’équipe projet.
Les différentes méthodes et processus mis en œuvre pour l’éventuelle conversion des données devront également
être précisés.

6.3. Accompagnement du changement

Le titulaire devra présenter un plan de formation et de documentation.

Ce plan devra répondre aux besoins suivants :
Des sessions de formation à destination des administrateurs techniques et fonctionnels.
Une documentation utilisateurs s’appuyant sur plusieurs formats pertinents (guides complets, aide mémoires) et
dont les contenus seront adaptés aux différents publics tout en couvrant l’ensemble des fonctionnalités.