Master Chimie Physique Et Analytique

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Master chimie physique et analytique

1
http://nmrbiolchem.univ-lyon1.fr ou http://olivier-walker.univ-lyon1.fr

2
Olivier WALKER Sami JANNIN
[email protected] [email protected]

Maggy HOLOGNE Florence GUILLIERE


[email protected] [email protected]

Bâtiment Berthollet 3
Bibliographie sommaire :

"La spectroscopie de RMN" – Harald Gunther - Masson

"La RMN. Concepts, méthodes et applications" - Daniel Canet - Dunod

"Nuclear Magnetic resonance" et "NMR, the toolkit"


P.J. Hore – Oxford University Press

4
"Spin dynamics" – Malcolm Levitt - Wiley

"Multidimensional NMR in liquids" – Franck J.M Van de Ven - Wiley

"Protein NMR spectroscopy" – John Cavanagh – Academic Press

"150 and more basic NMR experiments" – S. Braun - Wiley

5
Introduction

Spectre 1H de l’eau (1946)

6
Bloch, F.; Hansen, W. W.; Packard, M. The nuclear induction experiment. Physical Review (1946), 70 474-85.
Première observation d’un déplacement chimique

spectre 1H de l’éthanol

à 400 MHz …..

Arnold, J.T., S.S. Dharmatti, and M.E. Packard, J. Chem. Phys., 1951. 19: p. 507.
But de ce cours ….
Comment faire le lien entre …

… et la structure de la molécule

Le spectre RMN constitue “l’empreinte digitale” de la molécule


Technique en pleine expansion notamment dans les biomolécules (structures,
méthodes de criblage d'affinité ligands-récepteurs, interactions protéines-protéines,
couplage LC-RMN), IRM.

1952 : Les équations phénoménologiques de Bloch


Nouvelles séquences de mesure (T2)

Bloch Purcell
1991 : Développement des expériences
bidimensionnelles

Ernst
2002 : Structures de protéines -
expériences tridimensionnelles

Wüthrich
2003 : Développements méthodologiques
en IRM 9
Lauterbur Mansfield
Pourquoi étudier la RMN ?
Etudes Structurales (détermination)
Chimie des produits naturels
Chimie de synthèse (outil analytique de choix des organiciens)

Etudes de la dynamique des systèmes


Cinétiques de réaction
Etude des équilibres (chimiques ou structuraux)

Structure tridimensionnel (3D) des macromolécules


Protéines
ADN/ARN
Polysaccharides

Recherche pharmaceutique
Relation Structure Activité
Fragment based drug design

Médecine - Imagerie par Résonance Magnétique IRM -

…. etc
10
11
12
I. Structure des spectres de résonance magnétique nucléaire

I.1 Effet Zeeman – Phénomène de résonance

! "
µ = γ !I
! Constante de Planck / 2p =1,054.10 J.s
-34

g Rapport gyromagnétique caractéristique de chaque isotope (en rad.T .s 13)


-1 -1
14
Quelques exemples

Abondance naturelle
Noyau I n (Mhz)
(%)

15
Le spectromètre RMN

16
Pourquoi un champ magnétique en RMN?

B0

17
Attention au champs magnétique !!

18
b(-1/2)

B0 DE = g!B0 Différence de population


Na/Nb=e DE/kt
a(+1/2)

Pour un proton 1H à 400 MHz (Bo = 9.4 T) , ∆E est de 2,65.10-25 J


kT=4,40.10-21 J

Na/Nb= 1,000064 (soit 64 spins pour 1 million)

19
RMN et sensibilité

Le signal RMN (s) depend de: s % g4Bo2NB1g(u)/T

Na / Nb = e DE / kT DE = g h B o / 2p

DE ≡ Bo ≡ g
RMN et sensibilité
• La sensibilité relative des noyaux 1H, 13C, 15N dépend de:
Ø Rapport gyromagnétique(g)
Ø Abondance naturelle

g - Impossible à modifier

(gH/gC)3 pour 13C vaut 64 (gH/gN)3 pour 15N vaut 1000

spectre 1H RMN de la caffeine spectre 13C RMN de la caffeine spectre 13C RMN de la caffeine
8 scans ~12 secs 8 scans ~12 secs 10,000 scans ~4.2 hours
RMN et sensibilité

Augmenter le champs
magnétique pour
augmenter la sensibilité
RMN et sensibilité

~$800,000 ~$2,00,000 ~$4,500,000


RMN et sensibilité
Augmentation de la concentration

30 mg

1.2 mg

http://web.uvic.ca/~pmarrs/chem363/nmr%20files/363%20nmr%20signal%20to%20noise.pdf
RMN et sensibilité

Augmentation du nombre de scans pour augmenter (S/N)

S/N ≈ NS1/2
RMN et sensibilité

Problème: augmentation signification du temps experimental

= nombre de scans x temps d’acquisistion

8 scans ~12 secs

10000 scans ~4.2 hours


RMN et sensibilité
Diminution de la température ?? à mauvaise idée

Dalton Trans.,2014, 43, 3601-3611


Comment obtenir une transition ?

m=-1/2 m=-1
!g D B0
DE = hn 0 !g H B0
!g D B0
m=0

m=+1/2 m=+1
1H 2H

28
I.2 Spectres haute résolution en phase isotrope

Phase solide : Spectre brut


13C
Phase solide : Découplage dipolaire
et rotation à l'angle magique

PPM 250.000 200.000 150.000 100.000 50.000 0.000

O
13C

Phase liquide
29
I.2.1 Interactions visibles en phase liquide

Hˆ = Hˆ int + Hˆ ext Ĥ int est associé à la forme des spectres

Hˆ int = Hˆ CS + Hˆ J + Hˆ D + Hˆ Q

En phase solide (anisotrope), on observe toute les contributions

En phase liquide, on admet que l'on a affaire à un milieu isotrope si toute


Grandeur dont relève les spectres RMN est moyennée sur toutes les
orientations de l'espace.

30
CS : Anisotropie de déplacement chimique provenant de la nature tensorielle
de l’effet d’écran
0
B

electrons

J : Interaction magnétique indirecte entre spins à travers les électrons de liaison

31
D : interaction dipolaire spin-spin directe (à travers l’espace). Non visible sur les
spectres (en phase liquide) mais intervient dans la relaxation de spin.

Q : Quadrupolaire : uniquement pour les spins I>1/2. Interaction entre le moment


quadrupolaire et le gradient de champ électrique extérieur.

+ +
+

+
+ +

32
SR : Spin rotation : Interaction entre le moment cinétique de spin et le moment
cinétique décrivant la rotation du "nuage électronique"

rotation
rotation de la
of
molécule
molecule

33
I.2.2 Le déplacement chimique

Nuage électronique local Valeur du champ B’ légèrement


apporte un effet perturbateur différente au niveau du noyau

B' = B0 (1 - s )

La fréquence de résonance n’est plus exactement égale à


gB0 mais à
2p
g (1 - s )B0
n0 =
2p 34
Déplacement chimique dont l’effet est très fin

s de l’ordre de 10-6 et sans dimension

Correction au moyen de bobines annexes (shims)

Pour mesurer la constante d'écran, il faudrait obtenir n0 et B0 avec


une très grande précision (à 10-6 près)

35
Différentiation des fréquences de résonance en fonction de l’environnement
électronique du noyau considéré donc de la nature du groupement chimique
auquel il appartient.

Déplacement chimique dont l’effet est très fin

s de l’ordre de 10-6 et sans dimension

Ne peut être observé qu’au moyen d’un champ B0 très homogène sur tout le
volume de l’échantillon.

Correction au moyen de bobines annexes (shims)

Pour mesurer la constante d'écran, il faudrait obtenir n0 et B0 avec


une très grande précision (à 10-6 près)

36
d = (s ref - s ech ).10 6
en ppm

d caractérise une propriété intrinsèque de la molécule étudiée indépendante


de B0 et n0

n ech -n ref
d ppm = .10 6
n0 37
Champs faibles Champs forts

B0, s

ppm d ref

Hz n 2000 1000 0

Les noyaux d’une même molécule ayant même s sont dits isochrones ou
chimiquement équivalents

38
Exercice 1

On donne gH=2.67519.108rad.s-1.T-1 et gC=6.726.107rad.s-1.T-1.


Un spectromètre est réglé pour observer le proton à la fréquence de
250MHz.

(1) Calculer la valeur de l’induction B0 correspondante.

(2) Déterminer la fréquence nC de l’émetteur-récepteur (‘sonde’) utilisé pour


observer la résonance du carbone-13 dans cette même induction B0.

39
Exercice 2

L’hydrogène a trois isotopes : H, D, T, de masses atomiques 1,2 et 3 g.mol-1 et


de rapports gyromagnétiques (26.7519, 4.1064 et 28.5336).107rad.s-1.T-1.

1. Les nombres de spin de ces trois noyaux sont, soit 1/2, soit 1. Préciser la valeur
à attribuer à chacun d’entre eux.

2. Dans une induction B0, le proton a une fréquence de résonance de 90MHz.


Trouver celles du deutérium et du tritium.

3. Deux raies protoniques, l’une d’un composé échantillon E, l’autre d’une substance
de référence R, sont distantes de 470Hz à la fréquence de travail de 90MHz.
Quelle est la valeur du déplacement chimique d en ppm de l’échantillon E par rapport
à la référence R ?

4. Les substances E et R sont deutérées et observées en RMN du deutérium avec


toujours la même induction B0. Peut-on prédire le déplacement chimique observé
(en ppm et en Hz) ?

5. Même question avec des substances E et R tritiées


40
41
I.2.3 Facteurs influant sur le déplacement chimique
I.2.3.a Origine du coefficient d'écran

42
43
44
45
I.2.3.b Anisotropie magnétique des liaisons

46
Ds < 0

47
Ds > 0 Blindage des protons
I.2.3.c Courant de cycle

B0

I.1.3.d Effets de nature intermoléculaire

Liaisons hydrogène : distorsion du nuage électronique

Déplacement de la résonance vers les champs faibles

48
Proximité d'un cycle aromatique : même interprétation que pour les cônes de
blindage

Proximité d'une espèce paramagnétique : L'interaction avec l'électron non


apparié provoque un déplacement des fréquences de résonance qui peut être
considérable
Le solvant : Utilisation de solvant différents pour révéler certaines résonances (C6D6)

Le PH

Déplacement chimique des


protons (C2) de l'histidine dans
l'hémoglobine (avec et
sans O2) en fonction du PH

49
Interactions protéines-protéines ou protéine-ligand

50
Déplacement chimique en fonction du groupement chimique

Des régions spécifiques peuvent être attribuées aux signaux des protons
appartenant aux différentes fonctions de la chimie organique.

1 à 4 ppm : protons methyliques, d'autant plus déblindés qu'ils sont contigus d'un
atome plus électronégatif, protons methyleniques, à champs un peu plus faible.

3 à 6 ppm : protons hydroxyliques alcool et eau

7 à 8 ppm : protons aromatiques

>10 ppm : protons hydroxyliques d'acides carboxyliques

51
I.2.4 Intégration des spectres (valable en 1H)

L'intégrale d'un massif est proportionnelle au nombre de noyaux 1H de la molécule


qui absorbent à cet endroit du spectre.

52
=>

53
I.2.5 Le couplage indirect spin-spin ou couplage J – Approche qualitative

Interaction directe entre les moments magnétiques associés aux moments de spin

54
55
56
57
58
Rq : Les couplages indirects sont indépendants de B0

Dans le cas ou JAX devient égal à JXY les raies intérieures du doublet de doublets
se regroupent

Triplet dont les intensités relatives sont dans le rapport 1:2:1

Système de trois spins ½ pour


lequel JAY=0 et JAX=JXY=J

59
60
Exemple de l’éthanol

2 groupes de protons
H A H B

H C A’ C OH
H A’’ H B’

JAB

Intensité 1 2 1 JAB’ JAB’

61
Exemple de l’éthanol

2 groupes de protons
H A H B

H C A’ C OH
H A’’ H B’

JBA

JBA’ JBA’

Intensité 1 3 3 1 JBA’’ JBA’’ JBA’’ 62


Cas de protons non équivalents
H H
4a 3a
4 3

H 2 O
4b 1
5 CH3
7
O
6
J3a4a

J3a4b J3a4b

Doublet de doublet
64
H H
4a 3a
4 3

H 2 O
4b 1
5 CH3
7 CH3 (7)

CH2 (2)
O
H (4a) 6
H (4b)

H (3a)

65
CH3 (5) CH3 (4)

CH (2)
NH2 (1)

CH2 (3)

66
Exercice 2

Nous allons démontrer comment le couplage spin-spin ou couplage scalaire


intervient sur l’allure des spectres RMN. Soit deux noyaux A et X de spins ½ couplés
entre eux via un couplage scalaire de constante JAX.

Donner les 4 états possibles de ce système couplé (+1/2 = état a; -1/2 = état b).
Ces 4 états ont des niveaux d’énergie différents donnés par la relation suivante :

E = -mAd A - mX d X + mAmX J AX
Donner l’expression de ces 4 états et placez les sur un diagramme énergétique
(on suppose que dA > dX et J << dA, dX )

Quelles sont les transitions possibles ?

Déterminer les fréquences (d) de ces transitions et représenter le spectre RMN du


système AX couplé.

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