La Réparation de l'ADN
La Réparation de l'ADN
La Réparation de l'ADN
UE1
La réparation de l'ADN
L’ensemble des cours du Professeur P. COHEN fait habituellement l’objet de 7 QCMs au concours.
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SOMMAIRE
I. INTRODUCTION ............................................................................................................................................ 3
II. LES MUTATIONS ET LES LESIONS DE L’ADN.................................................................................................... 3
II.A. ERREURS COMMISES LORS DE LA REPLICATION ........................................................................................................... 3
1. Mutation par substitution .............................................................................................................................. 3
2. Mutations par délétion .................................................................................................................................. 4
3. Mutations par insertion ................................................................................................................................. 4
II.B. ALTERATION DE L’ADN SURVENANT EN DEHORS DE LA REPLICATION ............................................................................... 4
1. Les lésions spontanées ................................................................................................................................... 4
2. Mutation induites par des agents mutagènes ............................................................................................... 5
III. CORRECTION DES ERREURS D’APPARIEMENT LORS DE LA REPLICATION ........................................................ 7
III.A. CORRECTION IMMEDIATE : FONCTION D’EDITION DE ADN POLYMERASES ...................................................................... 7
III.B. SYSTEME DE REPARATION GUIDEE PAR LES CH3 : SYSTEME MMR ................................................................................. 8
1. Chez E. Coli ..................................................................................................................................................... 8
2. Chez l’homme ................................................................................................................................................ 9
IV. CORRECTION DES AUTRES MUTATIONS DE L’ADN ........................................................................................ 9
IV.A. REPARATION DIRECT PAR RETOUR A L’ETAT ANTERIEURE ............................................................................................ 9
1. Mécanisme faisant intervenir la photolyase .................................................................................................. 9
2. Mécanisme faisant intervenir les alkyltransférases ....................................................................................... 9
IV.B. REPARATION PAR EXCISION REPARATION (BER OU NER) .......................................................................................... 10
1. Réparation par excision-réparation de base (BER) ....................................................................................... 10
2. Réparation par excision/réparation des plusieurs nucléotides (NER) ........................................................... 10
IV.C. REPARATION DES LESIONS NON REPAREES PAR LES SYSTEMES PRECEDENTS ................................................................... 11
1. Réparation par recombinaison homologue .................................................................................................. 11
2. Le système SOS ............................................................................................................................................ 12
V. APPLICATIONS BIOMEDICALES ................................................................................................................... 13
V.A. SYNDROMES HEREDITAIRES DUS A DES ANOMALIES DE REPARATION ............................................................................ 13
V.B. CANCER DU SEIN BRCA ET BRCA2 : ..................................................................................................................... 13
I. INTRODUCTION
On sait que la survie à court terme d’une cellule dépend de la stabilité génétique. Au niveau cellulaire, la
cellule a donc à sa disposition des systèmes de prévention de l’altération de l’ADN. Sur 1 000 modifications,
seule une ne sera pas réparée, et entrainera alors une mutation permanente.
Il existe plusieurs mécanismes de réparations, chacun associé à un type de réparation particulier (
spécialisation de la réparation).
Il est important de différencier les lésions/mutations :
- Dans les cellules germinales : les mutations seront transmises à la descendance
- Dans les cellules somatiques : les mutations ne seront pas transmises à la descendance. On
retrouvera ces mutations dans certaines cellules seulement (ex : lésions des cellules cancéreuses).
Cela correspond à une mauvaise incorporation de nucléotide sur le brin fils. Une base est alors remplacée
par une autre. On distingue deux types de mutation par substitution :
- Substitution par transition : base pyrimidique substituée par une base pyrimidique ou base purique
substituée par une base purique.
- Substitution par transversion : base purique substituée par une base pyrimidique ou base pyrimidique
substituée par une base purique.
Chaque base de l’ADN peut exister sous différentes formes alternatives : les formes tautomères. La plus
fréquente est la forme céto (présente à pH physiologique), mais les bases peuvent aussi adopter aussi une
forme énol (C=O pour G et T) ou imino rare (N=H pour A et C), qui établissent des liaisons particulières en
dehors de AT et GC, ce qui créé un mésappariement après deux réplications :
- La forme imino de la cytosine réagit avec l’adénine
- La forme imino de l’adénine réagit avec la cytosine
- La forme énol de la thymine réagit avec la guanine
- La forme énol de la guanine réagit avec la thymine
Le nombre de liaisons hydrogène entre les mauvaises bases appariées est différent du nombre normal.
Conséquences : lors du processus de réplication, il y aura des mésappariements. On obtient donc deux
patrimoines : un identique et un avec un mésappariement. Après deux cycles réplicatifs, l’ADN possède
25% de phénotype mutant.
Les mauvais nucléotides ne sont pas détectés par la fonction de correction.
Il s’agit d’un oubli d’incorporation d’un nucléotide par l’ADN polymérase. Au bout de deux cycles
successifs, une séquence est totalement différente par rapport aux séquences parentales (25% ADN
mutant). Lorsque le brin fils va servir d’ADN matrice, cela entraine un décalage du cadre de lecture.
Il s’agit d’une introduction d’un nucléotide en trop par l’ADN polymérase. Cela entraine également un
décalage de cadre de lecture.
Les mutations spontanées sont des événements à grande fréquence qui aboutissent à des lésions
majeures de l’ADN s’il n’y a pas de réparation.
La dépurination spontanée
Interruption d’une liaison N-Glycosidique entre la base purique (A ou G) et le désoxyribose, donc perte d’un
résidu guanine ou adénine de l’ADN.
Création d’un site apurique (ou apurinique).
La dépurination est un phénomène très fréquent : de l’ordre de 5 à 10 000 dépurinations par jour par
cellule chez les mammifères. Il est donc nécessaire d’avoir un système de réparation efficace pour réparer
ce type de mutation.
Les sites apyrimidiques (clivage entre base pyrimidique et un désoxyribose) sont beaucoup moins
fréquents et beaucoup plus lents.
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Tous ces sites apuriques ou apyrimidiques sont dits abasiques ou site AP.
Aussi appelées désaminations oxydatives (cf cours Biologie Moléculaire Pr Rodriguez), elles donnent
naissance à des bases modifiées (bases désaminées), qui établissent des liaisons particulières avec les
autres bases et entrainent donc des mésappariements.
- La désamination la plus fréquente est celle de la cytosine en uracile, environ 100 bases par jour et par
cellule subissent cette désamination. L’uracile est ensuite capable de s’apparier à une adénine, donc
sur le brin fils, il y aura incorporation d’une guanine. Après deux cycles cellulaires, il y aura 25% de
mutation.
- La désamination spontanée de l’adénine donne de l’hypoxanthine (remplacement d’un AT en GC
après deux réplications s’il n’y a pas de réparation)
- La désamination de la guanine donne de la Xanthine qui reste apparié à une cytosine.
- La thymine est la seule base qui ne subit pas de désamination.
Une mutation apparait de manière stable après 2 réplications.
La production de molécules chimiques très réactives entraine l’oxydation des bases de l’ADN. Ce sont les
radicaux superoxydés (O2·), les radicaux hydroxylés (OH·) et les peroxyde d’hydrogène (H2O2·) qui sont
créés normalement par le système aérobique (il y en a beaucoup dans la mitochondrie où l’on retrouve la
chaine respiratoire.)
Exemple : l’oxydation de la guanine en oxoguanine permet un appariement avec l’adénine (GC devient TA
après deux réplications).
Cette oxydation est souvent à l’origine de maladies génétiques.
Les analogues de bases sont des composés chimiques qui ressemblent suffisamment aux bases azotées
normales pour parfois être incorporées à la place de celle-ci lors de la réplication au niveau du brin fils. Ces
analogues ont des propriétés d’appariement différentes, ce qui entraine des mutations après réplication.
Exemples :
- Le 5-Bromo-uracile (5BU) : analogue de la thymine
- Le 2-Amino-purine (2AP) : analogue de l’adénine
Ces agents altèrent les bases en ajoutant des groupes éthyle ou méthyle sur l’atome d’oxygène de la
guanine ou de la thymine. Les bases modifiées ont des propriétés d’appariement différentes : par exemple,
la 6-O-méthylguanosine s’apparie avec T (GC → AT).
Les agents intercalants sont des structures planes à 3 cycles s'apparentant à des paires de bases et qui vont
ainsi s'intercaler entre les paires de bases de la double hélice. Elles induisent une distorsion causant à la
réplication suivante une insertion de bases (fréquente) ou une délétion.
Ce sont des lésions très importantes, qui entrainent en l’absence de réparation un blocage de la
réplication, donc de la division cellulaire.
Cela aboutit à la création de liaisons covalentes sur deux pyrimidines adjacentes appartenant au même brin
d’ADN : formation de dimère de pyrimidine.
Ces liaisons covalentes s’établissent souvent entre deux thymines adjacentes ce qui aboutit à la création
d’un dimère de thymines. Cela entraine une distorsion de la molécule ADN ce qui bloque la réplication, s’il
n’y a pas de réparation.
Les UV solaires sont capables d’induire ce types de lésions, au niveau des cellules de la peau, et s’il n’y a pas
de réparation, comme chez certaines personnes prédisposées, il y aura le développement de cancer de la
peau : les mélanomes.
Certains agents mutagènes (comme les radiations ionisantes) peuvent aboutir à des cassures de brins, qui
touchent soit un brin (cassure simple brin), soit les deux brins (cassure double brin).
Les radiations ionisantes capables d’induire ce type de lésions sont les rayons cosmiques, la radioactivité et
les rayons X (utilisés à fin thérapeutique). Les mécanismes d’action de lésions par ces radiations sont
multiples :
- Action directe : cassure de brins puis création de sites AP,
- Action indirecte : met en jeu la création de réactifs oxydatifs qui vont créer les lésions oxydantes.
Les systèmes de réparations sont normalement capables de réparer ces lésions.
La radiothérapie des cancers utilise ce principe : les radiations sont localisées et entrainent des cassures
non réparables, ce qui aboutit à la mort des cellules irradiées : elles rentrent en apoptose.
Aflatoxine B1 :
Il s’agit d’une mycotoxine, élaborée par les champignons, qui est capable de créer des sites AP au niveau de
la molécule d’ADN exposée.
Pontage de brin :
Il s’agit de la distorsion de la molécule d’ADN, à cause de la formation d’une liaison covalente entre les
deux bases appartenant à deux brins différents.
Plusieurs espèces chimiques sont capables d’introduire ce type de lésions. Par exemple, la mitomycine est
un antibiotique responsable de pontages de brins.
Les premières fonctions de correction sont celles qui s’exercent pendant la réplication :
- La fonction exonucléasique de l’ADN polymérase, en cas de reconnaissance d’un mésappariement.
- Le système MMR
Elle corrige les mésappariement et diminue le taux d’erreurs de 2 log (10 5 à 107).
Le système MMR (Methyl Mismatch Repair) est un système de réparation permettant la correction d’un
mésappariement oublié par la fonction d’édition. Grâce à ce système, on aboutit à un taux d’erreur de 1
pour 109 bases.
Lorsque le système détecte un mésappariement, il détecte aussi le brin qui doit être corrigé. Pour pouvoir
savoir quel est le brin avec le mésappariement, il se base sur le temps où il n’y a pas encore eu méthylation
du brin fils. Le nucléotide du mésappariement du brin non méthylé est celui qui doit être corrigé.
Ce système existe aussi bien chez les cellules eucaryotes et que chez les cellules procaryotes.
- Chez les procaryotes, le système de réparation repère la méthylation des adénines des séquences
GATC et fait intervenir les enzymes MUT.
- Chez les eucaryotes, le système repère la méthylation des cytosines des séquences CG et fait
intervenir les enzymes hMSH, hMLH, hPMS.
1. Chez E. Coli
Ce système doit agir dans le laps de temps où la méthylation du brin fils n’est pas encore effectuée. Une
fois ce laps de temps écoulé, les ADN méthylase rentrent en jeu et méthylent en miroir le brin fils. Le
complexe ne peut alors plus reconnaitre le brin fils.
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2. Chez l’homme
Le complexe multienzymatique a les mêmes fonctions, mais il est basé sur les méthylations des cytosines
des séquences répétées GC. Les enzymes qui interviennent ne sont pas les enzymes MUT mais les enzymes
hMSH, hMLH et hPMS (h pour humain).
Pathologie :
Dans certaines formes familiales du cancer du colon, comme le syndrome du cancer colique familial (ou
HNPCC ou syndrome de Lynch), il y une inactivation ou altération de ce système au niveau génique.
Dans ces cancers héréditaires du colon, il y a une mutation constitutionnelle au niveau des gènes MSH1
et 2. C’est un syndrome à transmission autosomique dominant, qui about à un défaut de réparation de
l’ADN. Cela représente environ 4% des cancers colorectaux diagnostiqués.
Il existe d’autres altérations de l’ADN qui peuvent conduire à l’arrêt du cycle cellulaire, afin de laisser le
temps à la cellule de réparer les dommages, par soucis de transmettre aux cellules filles un patrimoine le
plus intègre possible.
Ce mécanisme est associé à des altérations spécifiques où l’objectif général est d’ « inverser » le
mécanisme qui a conduit à l’altération de l’ADN. Voici les deux exemples les plus courants :
La photolyase n’existe que chez certains organismes : elle est présente chez
les bactéries, ou chez certains eucaryotes inférieurs (ex : la drosophile, les
végétaux…). /!\ Elle n’est pas présente chez l’Homme.
Les alkyltransférases vont avoir pour rôle de réparer les liaisons induites par les agents alkylants.
La formation de la O6-méthylguanine est une mutation qui peut se transmettre. La réparation se fait grâce
à l’enzyme O6-méthylguanine méthyltransférase. Elle se lie et transporte le groupement méthyle au niveau
d’une cystéine interne à cette enzyme, où est localisé le site actif de l’enzyme. On a donc un retour à la
guanine, et une dégradation du groupement méthyle.
L’excision réparation de bases (BER), est aussi appelé mécanisme de correction courte. Ce système de
réparation est capable de réparer par exemple les désaminations, les dépurinations ou les
dépyrimidations spontanées. Cette réparation aboutit à la réparation d’un site AP (dans le cas des
désaminations spontanées, il y aura au préalable création du site AP).
Ce deuxième mécanisme est basé sur le même principe, mais il correspond à des lésions plus volumineuses,
où il faut exciser plusieurs nucléotides. Ce mécanisme s’adresse donc à des lésions ou des modifications
structurales importantes (ex : dimères de thymines ou pyrimidines).
Chez E. Coli :
Chez l’Homme :
Ce sont les protéines ERCC1 et les protéines XP (A, B, C, …) (xeroderma pigmentosum) qui réalisent la NER
dans les cellules.
La protéine XPC reconnait la lésion. Certaines XP possèdent l’activité hélicase (XPB et XPD). L’excision est
réalisée par XPF, ERCC1 et XPG. La synthèse d’ADN se fait par l’ADN POL δ et l’ADN POL ε et la dernière
liaison phosphodiester est réalisée par l’ADN ligase.
IV.C. REPARATION DES LESIONS NON REPAREES PAR LES SYSTEMES PRECEDENTS
C’est un système de réparation constitutif, basé sur la recombinaison homologue, qui intervient quand les
systèmes précédents n’ont pas pu réparer les lésions, soit car ils étaient défectueux, soit parce qu’ils
étaient débordés.
Il agit contre les lésions majeures de l’ADN, lorsque le système NER est débordé ou défectueux.
S’il n’y a pas de réparation avant réplication, une lacune (ou brèche post-réplicative) est laissée par l’ADN
polymérase, lorsqu’elle rencontre une lésion. Cette lacune va être réparée par recombinaison homologue.
Ce mécanisme agit surtout contre les dommages induits par les radiations ionisantes ou les agents
oxydants.
Lors de la réplication, une lacune est laissée sur le brin fils en face du dimère. Cette lacune est remplie par
la séquence du brin parental opposé identique à ce brin fils, qui est prélevée par la protéine REC A. Cela va
fournir la séquence correcte et créer une deuxième lacune sur le brin parental opposé.
Puis le dimère est excisé par des enzymes d’excision.
Les deux lacunes (à la place du dimère de thymines et sur le brin parental opposé) sont ensuite corrigées
grâce à l’ADN polymérase qui synthétise la séquence complémentaire et antiparallèle de chaque brin
parental.
La bactérie possède près de 1 millier de protéines REC A, qui sont normalement présentes en quantité
suffisante pour effectuer les recombinaisons.
Le pool des protéines REC A présentes dans la cellule est contrôlé par un inhibiteur LEX A qui est le
répresseur de REC A. Cet inhibiteur bloque la synthèse de protéines REC A et régule donc le nombre de
protéines présentes dans la cellule.
Chez l’Homme :
Le système est équivalent mais il fait intervenir chez l’Homme la protéine RAD 51 (homologue eucaryote
de REC A), associée aux protéines BRCA1 et BRCA2.
2. Le système SOS
Si les dommages dans l’ADN sont trop importants : le système SOS se met en place. C’est le dernier
système pour tenter de réparer les dommages de l’ADN. C’est un système de réparation par recombinaison
homologue, sauf qu’il est inductible.
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Lorsque les systèmes de recombinaisons sont débordés, la réplication est stoppée. Le système SOS se met
en place. Il active la deuxième fonction de la protéine REC A : son activité protéolytique (=dégradation de
protéines). Cette activité aboutit à la dégradation de son propre répresseur LEX A. Il y a alors synthèse de
protéines REC A et d’une vingtaine d’autres protéines issues des gènes SOS. Cela permet de stimuler le
système de recombinaison homologue.
Remarque : Contrairement aux autres systèmes de réparation, le système SOS est inductif : il s’adapte,
alors que les réparations par excision réparation sont constitutives.
V. APPLICATIONS BIOMEDICALES
Les cancers du sein BRCA1 et BRCA2 font partis des cancers du sein héréditaires, liés à une mutation
génétique. BRCA1 et 2 sont non fonctionnels chez ces patientes.
Ces gènes qui se retrouvent mutés (soit l’un soit l’autre) aboutissent à des gènes non fonctionnels, et donc
les mécanismes de recombinaison homologue et de réparation de cassure double brin sont altérés.
Ce type de cancer (très médiatisé par Angelina Jolie) est une forme de cancer de sein très agressive, avec
un risque de développer un cancer du sein ou des ovaires et avec un pronostic vital largement engagé. Il
peut donc aboutir à une mastectomie préventive.
Ce type de cancer représente environ 5 à 10% des cancers du sein héréditaires.
Aujourd’hui des essais cliniques sont réalisés, à la lumière de nos connaissances sur ces deux protéines.
Il existe actuellement une thérapie en cours (pas commercialisée), qui vise à réaliser une thérapie
personnalisée, c'est-à-dire une stratégie thérapeutique qui cible une certaine population de patients (ici
cancer du sein associé à la mutation BRCA 1 ou 2).
On sait que chez ces patientes les cellules BRCA1- ou BRCA2- sont déficientes pour la recombinaison
homologue. Or, une molécule bloquant la BER induit la mort cellulaire spécifiquement dans les cellules
tumorales ou BRCA 1 ou 2 sont non fonctionnels puisque c’est leur seul moyen de réparation.
En effet, si un dommage est induit, alors il ne sera pas réparé par recombinaison, et en présence d’une
molécule bloquant le système de réparation, il ne sera pas réparé non plus par BER. Donc c’est la mort de la
cellule.
Les inhibiteurs de PARP (polyadénosine diphosphate ribose polymerase) jouent un rôle important dans
l’initiation de la BER. Test de ces inhibiteurs : in vitro les cellules homozygotes pour BRCA 1 2 sont plus
sensibles aux inhibiteurs de PARP que les cellules hétérozygotes pour la mutation ou celles qui ne sont pas
mutées.
Molécules en essais cliniques (combinaison ou non avec chimiothérapie), résultat encourageant en terme
de survie globale ou sans récidive : Olaparib, veliparib
Les résultats sont très encourageants. Les essais cliniques réalisés aboutissent tous au même résultat : en
combinaison avec une chimiothérapie classique, on remarque une diminution de l’apparition de récidive de
cancer et une augmentation de la survie. (essais cliniques, donc pas encore commercialisé)