Pithovirus sibericum
Pithovirus sibericum est une espèce de virus géant, soit d'une taille supérieure à 0,5 micromètre, découvert en Sibérie en 2014[1],[2]. Ce virus infecte les amibes du genre Amoeba. Il serait inoffensif pour l'homme et les animaux. Par la taille, son génome est comparable à celui de certaines bactéries connues. Il renferme plus de 450 gènes, là où, à titre de comparaison, le VIH n'en contient qu'une dizaine.
Un spécimen viable de ce virus a été isolé début 2014 dans une carotte de glace vieille de 30 000 ans extraite du permafrost sibérien, en Russie.
Description
modifierUn spécimen de Pithovirus mesure environ 1,5 μm de longueur et 0,5 μm de diamètre, ce qui en fait le plus grand virus connu. Il est 50 % plus grand que les Pandoravirus, les plus grands virus connus antérieurement[3]. L'espèce a une grande paroi oblongue avec une ouverture à une extrémité. En interne, sa structure ressemble à celle d'un nid d'abeilles[4].
Le génome de Pithovirus contient environ 467 gènes distincts, plus qu'un virus typique mais d'un ordre de grandeur inférieur à celui trouvé dans les Pandoravirus[3]. Ainsi, son génome est sensiblement moins dense que n'importe quel autre virus connu. Deux tiers de ses protéines sont différentes de celles des autres virus. Malgré la ressemblance physique avec Pandoravirus, la séquence du génome de Pithovirus révèle qu'il est à peine lié à ce virus, mais ressemble davantage aux membres des familles Marseilleviridae, Metaviridae et Iridoviridae[5]. Ces familles contiennent toutes de grands virus icosaédriques avec des génomes d'ADN. Le génome de Pithovirus a un taux de GC de 36 %, semblable à celui des Megaviridae, à la différence du taux de 61 % observé chez les Pandoravirus[2].
Réplication
modifierLe génome viral code toutes les protéines nécessaires à la production de l'ARN messager. Ces protéines sont présentes dans les virions purifiés[5]. Pithovirus subit donc son cycle de réplication entier dans le cytoplasme de l'hôte, comme d'autres grands virus à ADN tels que les poxvirus[5] et le Megaviridae (bien que différent du Pandoravirus)[2], plutôt que la méthode la plus typique qui consiste à s'emparer du noyau de la cellule hôte[4],[5],[6].
Découverte
modifierPithovirus sibericum a été découvert dans un échantillon de permafrost sibérien datant de 30 000 ans par Chantal Abergel et Jean-Michel Claverie, de l'Université d'Aix-Marseille[4]. Le virus a été découvert à 30 m sous la surface de sédiments de la fin du Pléistocène[7],[5]. Il a été identifié lorsque des échantillons des berges récoltés en 2000 ont été exposés à des amibes[8]. Les amibes ont commencé à mourir et après examens, des échantillons de virus géants ont été trouvés dans celles-ci.
Le nom du genre Pithovirus fait référence à de grands conteneurs de stockage de la Grèce antique connus sous le nom de pithos. Les auteurs ont indiqué qu'ils ont eu l'idée de sonder des échantillons de permafrost pour rechercher de nouveaux virus après avoir lu un rapport d'expérience qui a permis de faire renaître, à partir d'un échantillon d'âge similaire, une variété archaïque de la plante Silene stenophylla deux ans plus tôt[3].
Bien que le virus soit inoffensif pour l'homme, sa viabilité après avoir été gelé pendant des millénaires a soulevé des inquiétudes. Les opérations de forage de la toundra ainsi que le changement climatique mondial pourraient conduire à la libération de virus potentiellement pathogènes pour l'homme[3].
Références
modifier- Un nouveau virus géant, âgé de plus de 30 000 ans, découvert en Sibérie, article du quotidien Le Monde, daté du 4 mars 2014.
- (en) Legendre, M., J. Bartoli et al. 2014. Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. PNAS doi:10.1073/pnas.1320670111
- Stefan Sirucek, « Ancient "Giant Virus" Revived From Siberian Permafrost », National Geographic, (lire en ligne)
- (en) Ed Yong, « Giant virus resurrected from 30,000-year-old ice : Nature News & Comment », Nature, (DOI 10.1038/nature.2014.14801)
- Vincent Racaniello, « Pithovirus: Bigger than Pandoravirus with a smaller genome », Virology Blog, (lire en ligne)
- Andy Coghlan, « Biggest-ever virus revived from Stone Age permafrost », NewScientist, (lire en ligne [archive du ])
- Rebecca Morelle, « 30,000-year-old giant virus 'comes back to life' », BBC News, (lire en ligne)
- Carl Zimmer, « Out of Siberian Ice, a Virus Revived », The New York Times, (lire en ligne)
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Pithovirus » (voir la liste des auteurs).
