La saison 1999 du Championnat du Paraguay de football est la quatre-vingt-neuvième édition de la Primera División, le championnat de première division au Paraguay. Les onze meilleurs clubs du pays disputent la compétition, qui se déroule en trois phases :
- les équipes disputent deux tournois (Ouverture et Clôture), organisés en trois parties : poule unique où chaque équipe rencontre une fois chacun de ses adversaires et les huit premiers qualifiés, deux poules de quatre équipes dont les deux meilleurs disputent la phase finale (demi-finales et finale).
- les vainqueurs des tournois saisonniers se rencontrent lors de la finale nationale pour le titre
C'est le Club Olimpia, double tenant du titre, qui est à nouveau sacré champion cette saison après avoir battu Cerro Porteño en finale nationale. C'est le 37e titre de champion du Paraguay de l’histoire du club.
Le barème utilisé pour établir l’ensemble des classements est le suivant :
- Victoire : 3 points
- Match nul : 1 point
- Défaite : 0 point
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Qualification pour la deuxième phase
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T : Tenant du titre P : Promu de División Intermedia
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En fonction de leur classement à l’issue de la première phase, les clubs démarrent la seconde phase avec un bonus.
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Qualification pour la deuxième phase
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T : Tenant du titre P : Promu de División Intermedia
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- Club Presidente Hayes ne joue pas la deuxième phase car il est relégué en deuxième division (avant-dernière place au classement cumulé).
En fonction de leur classement à l’issue de la première phase, les clubs démarrent la seconde phase avec un bonus.
Barrage pour la Copa Libertadores
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Les deux clubs finalistes des tournois s'affrontent pour déterminer le troisième représentant paraguayen en Copa Libertadores.
Le classement cumulé des premières phases des tournois détermine les deux clubs relégués en deuxième division.