کمیسیون ماده ۱۰ احزاب قبل از مجمع عمومی دوره پنجم خانه احزاب که در مهرماه سال ۱۳۸۸ برگزار شد، ایراداتی از اساسنامه این تشکل صنفی گرفت و کار به جایی رسید که وزارت کشور حضور نماینده خود به عنوان ناظر قانونی انتخابات شورای مرکزی خانه احزاب را منوط بر اصلاح اساسنامه آن کرد. در نهایت نماینده وزارت کشور در مجمع عمومی خانه احزاب شرکت نکرد و کمتر از یکسال بعد یعنی در مرداد ماه ۱۳۸۹، معاون سیاسی وزارت کشور فعالیت این تشکل صنفی را رسماً غیرقانونی اعلام کرد. در سال ۱۳۹۰ هم خانه احزاب قصد داشت انتخابات شورای مرکزی دوره ششم خود را برگزار کند که وزارت کشور اجازه برگزاری آن را نداد و ساختمان خانه احزاب را به دلیل مشکلات قانونی پلمپ کرد.[۱۰]عبدالرضا رحمانی فضلی وزیر کشور دولت یازدهم در دی ماه ۱۳۹۲ علت تعطیلی خانه احزاب را این طور تشریح کرد که مجوز خانه احزاب از سال ۱۳۸۳ تمدید نشده است و وزارت کشور در این خصوص تقصیری نداشته است.[۱۱]
۲۱ خرداد ماه ۱۳۹۴ مجمع عمومی فوقالعاده خانه احزاب برای اصلاح اساسنامه در وزارت کشور تشکیل شد و در این مجمع، احزاب تصمیمگیری کردند که از این پس به جای ۱۵ نفر، ۲۱ نفر بر روی صندلیهای شورای مرکزی خانه احزاب تکیه بزنند. همچنین هر جریان به صورت مساوی از کرسیهای خانه احزاب برخوردار شوند و جریانهای اصولگرا، اصلاحطلب و اعتدالگرا، سه لیست ۷ نفره را برای شورای مرکزی انتخاب کنند.[۱۳] هر فراکسیون، ۲ کمیته در اختیار دارد اما فردی که فراکسیون آن، رئیس خانه احزاب است، ۳ کمیته از ۷ کمیته را دارد.[۱۴]
طبق قرعهکشی صورت گرفته، ریاست سال اول خانه احزاب به اصولگرایان، ریاست سال دوم به مستقلین و ریاست سال سوم نیز به اصلاحطلبان اختصاص دارد.[۱۵]
۲۳ اسفند ۱۳۹۷ مجمع عمومی خانه احزاب به منظور انتخاب اعضای شورای مرکزی برگزار شد[۱۹] اما انتخاب اعضای هیئت رئیسه به فروردین ۱۳۹۸ موکول شد. در این دوره نیز همچون دورهٔ قبل، هر یک از فراکسیونهای سهگانه دارای ۷ کرسی در شورای مرکزی هستند و ریاست هیئت رئیسه در سال اول به فراکسیون اصولگرایان اختصاص یافت.
↑Haddad Adel, Gholamali; Elmi, Mohammad Jafar; Taromi-Rad, Hassan. "Party". Political Parties: Selected Entries from Encyclopaedia of the World of Islam. EWI Press. pp. 22–24. ISBN9781908433022.