Bioquímica Unidad 2 Parte I
Bioquímica Unidad 2 Parte I
Bioquímica Unidad 2 Parte I
Enzimas
Definicin:
Son catalizadores producidos por los clulas y cuya funcin es incrementar la velocidad de las reacciones que catalizan sin alterar las constantes de equilibrio.
Definicin:
Protena: Hemoglobina
Sitios de la Enzima
SITIO DE UNIN AL SUSTRATO: Contiene los grupos qumicos (cadenas laterales de aminocidos o nucletidos) que fijan al sustrato formando el Complejo Enzima Sustrato. La unin es reversible y se establece mediante enlaces dbiles (electrostticos o salinos, puentes de hidrgeno, fuerzas hidrofbicas y fuerzas de Van der Waals). SITIO ACTIVO: Contiene los grupos qumicos especficos implicados en la catlisis (cadenas laterales de aminocidos o nucletidos), pudiendo estar cercanos o alejados en su estructura primaria. Puede integrar o no al sitio de unin al sustrato. SITIO ALOSTRICO: Contenido en los enzimas regulatorios, en donde se fijan efectores o inhibidores alostricos, que provocan un cambio conformacional en el sitio de unin al sustrato o en el sitio cataltico, regulando la actividad enzimtica.
Especificidad enzimtica
Especificidad de Sustrato
Cuando estn presentes diferentes molculas de sustrato, nicamente aquella que tenga la forma especfica y complementaria al sitio activo de la enzima ser capaz de ocupar el sitio activo.
Sustrato
Sitio Activo
El grado de especificidad es variable de una enzima a otra, por ejemplo la glucocinasa y la hexocinasa son dos enzimas diferentes que catalizan la misma reaccin, fosforilacin del sustrato a expensa del ATP: La enzima Glucocinasa posee una especificidad absoluta para la glucosa. La enzima Hexocinasa posee una especificidad relativa ya que adems de glucosa tambin puede usar como sustrato a otras hexosas y algunos derivados de las mismas.
La forma del sitio activo de la enzima es complementaria a la forma del sustrato que encaja completamente en ste
(b) Modelo del ajuste inducido, propuesto por Daniel Koshland Jr. en 1968
Segn este modelo el centro activo une el sustrato y como consecuencia de esta unin su conformacin cambia, ocurre una deformacin del sustrato y de la enzima para alcanzar una mejor complementariedad, lo que facilita la transformacin del sustrato en producto.
Mathews y van Holde, 1998
Especificidad de accin
(absoluta) 1. XIDOREDUCTASAS 2. TRANSFERASAS 3. HIDROLASAS 4. LIASAS 5. ISOMERASAS 6. LIGASAS
NAD+
NADH
H+
O CH3 CH CH2 C OH OH
O CH3 C CH2 C OH O
COOH O=C
Catalizan reacciones en las que se produce la ruptura de enlaces por la adicin de agua.
COOH
HOH
H NH2
Clase V. Isomerasas:
Catalizan varios tipos de reacciones en las que hay un reordenamiento intramolecular.
O HO C CH HC C OH O HC HC
O C OH
C OH O
ATP
ADP Pi
H O H
H O CH3 HOH
H O H
H O CH3
H2N C C OH + H2N C C OH
H2N C C N C C OH
Nomenclatura
Las enzimas se identifican con un c digo de cuatro dgitos, as como un nombre sistemtico que consta del nombre de los sustratos, seguido por el tipo de reaccin que cataliza, terminado en asa.
Ejemplo: El nombre formal de la enzima que cataliza la reaccin de transferencia de un grupo fosfato del ATP a la glucosa
ATP + D-Glucosa
Clase II, Transferasa.
Catlisis cido-bsica Los grupos qumicos pueden hacerse ms reactivos aadiendo o eliminando un protn. Los grupos qumicos de las cadenas laterales presentes en el sitio activo pueden actuar como donadores o aceptores de protones que ayudan a estabilizar la carga del estado de transicin.
Catlisis covalente Un grupo qumico ubicado en el sitio activo de la enzima ataca al sustrato formando un intermediario covalente inestable, el cual es una forma transitoria muy reactiva que evoluciona rpidamente hasta producto, liberando la forma inicial de la enzima
Mecanismos que utilizan las enzimas para aumentar la velocidad de las reacciones
Disminuyen la energa de activacin Acercan a los reactantes
CMO LO HACEN?
A travs de la formacin del Complejo Enzima -Sustrato
Energa libre, G
4 5
Sin cat.
Cat
3.
4.
5.
Catlisis covalente:
Ocurre en aquellas reacciones en donde el sustrato o parte de l forma un enlace covalente con la enzima. La reaccin se ejecuta en dos etapas: El sustrato o parte de l se une a la enzima formando un intermediario unido covalentemente a la enzima. E + A-X
E-X + A
Los grupos funcionales que participan en este mecanismo de catlisis son: Imidazol (histidina), tiol (cistena), alcohol (serina) y carboxilo (aspartato) Las coenzimas que intervienen en este tipo de catlisis fosfato de piridoxal (PLP) y Pirofosfato de tiamina (PPT)
Cintica Enzimtica
Velocidad de una reaccin
Es el cambio de la concentracin de un reactante o producto por unidad de tiempo
Cintica enzimtica:
Es el estudio cuantitativo de la catlisis enzimtica, proporciona informacin sobre las velocidades de reaccin y la afinidad de las enzimas por los sustratos e inhibidores. Entre las aplicaciones prcticas de este estudio, estn la mejor comprensin de las fuerzas que regulan las rutas metablicas y el diseo de tratamientos mas adecuados.
Actividad Especfica: Micromoles de sustrato transformado por minuto por miligramo de protena UI/miligramo de protena (medida de la pureza de la enzima)
Velocidad, V
Velocidad, V
Vmx
10
20
30
40
50
Temp. C
Temp. ptima
Velocidad, V
Vmx
2
pH ptimo
8
pH ptimo
10
12
pH
Sustrato
Enzima
A pH alejados del pH ptimo los cambios en los grupos ionizables del sitio activo son tan severos que impiden la unin del S y la funcin de la enzima
Participan en el proceso cataltico formando un complejo ternario (enzima, in metlico y sustrato) M ESM Funcin:
1. 2. 3. Enlace del sustrato, facilitando as su adecuada orientacin Estabiliza la reaccin al atraer las cargas negativas del sustrato Participa en los mecanismos de oxidorreduccin
MES
EMS
E S
4.
En 1913, Michaelis y Menten propusieron un modelo donde las reacciones catalizadas enzimticamente ocurren en dos etapas:
En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato. En la segunda, el complejo enzima - sustrato da lugar a la formacin del producto, liberando el enzima libre.
Pendiente
Inhibidor competitivo
Sitio activo de la enzima Sustrato
Inhibidor
Inhibidor competitivo
E+S + I EI
V Vmax Sin inhibidor Con inhibidor competitivo Sin inhibidor Vmax/2 1/Vmax
ES
P+E
1/V
Km Kmi
S (mM)
-1/Km -1/Kmi
1/S (1/mM)
Inhibidor no competitivo
Sitio activo de la enzima Sitio alostrico de la enzima Sustrato
Inhibidor
Inhibidor no competitivo
E+S + I EI + S
V Vmax Sin inhibidor Vmaxi Con inhibidor no competitivo 1/Vmaxi Vmaxi /2 1/Vmax Sin inhibidor
ES + I EIS
P+E
1/V
Vmax/2
Km
S (mM)
-1/Km
1/S (1/mM)
Inhibidor acompetitivo
E+S ES + I EIS
V Vmax Sin inhibidor Vmaxi 1/V Con inhibidor acompetitivo
P+E
Vmax/2
Sin inhibidor
1/Vmax
Kmi Km
S (mM)
-1/Kmi -1/Km
1/S (1/mM)
Estado T
Estado R
b) Modelo secuencial
Estado T
Estado R
Control enzimtico
Los seres vivos han producido mecanismos sofisticados para regular las rutas bioqumicas a travs del control enzimtico. No existe un mecanismo nico de control, pero la regulacin enzimtica desempea un papel fundamental en el control de todos los procesos metablicos.
Control enzimtico
A. Regulando el nmero de molculas de enzimas
1. Induccin - Represin de la sntesis enzimtica. 2. Degradacin de las enzimas.
2. Regulacin alostrica.
- Homoalosterismo. - Heteroalosterismo.
3. Modificacin covalente.
- Zimgenos o proenzimas - Fosforilacin y desfosforilacin
1. Induccin - Represin de la sntesis enzimtica. La sntesis de enzimas se produce en respuesta a las variaciones de las necesidades metablicas, lo cual permite que la clula responda a las variaciones del ambiente. Ejemplo: Bacterias que han crecido en un medio con ausencia del disacrido lactosa inicialmente no pueden metabolizar este azcar cuando es introducido al medio de cultivo de la bacteria. Luego de la introduccin de la lactosa se activan los genes que codifican las enzimas necesarias para utilizar la lactosa como fuente de energa El producto final de una ruta metablica puede inhibir la sntesis de enzimas claves de dicha ruta, en un proceso denominado represin enzimtica.
2.
Hidrlisis o degradacin de las enzimas: Implica la hidrlisis por enzimas proteolticas, este proceso depende de la ausencia de sustrato y cofactores lo cual va afectar la conformacin de la enzima hacindola susceptible a la protelisis.
ENZIMA
Sntesis
Degradacin
Precursores (aminocidos)
1.
Asociaciones multienzimticas:
Son organizaciones de varias enzimas que participan en una misma va metablica en asociaciones que pueden ser de naturaleza diversa, con el fin de lograr sistemas de mximo rendimiento energtico. Los tipos de asociaciones son: a. b. c. Agregados o complejos multienzimticos, en el que varias enzimas se agrupan para constituir un complejo nico. Enzimas unidas a membranas y ordenadas en funcin de su participacin en la va. Enzimas multifuncionales o conjugados multienzimticos, que son molculas de enzimas asociadas covalentemente.
2.
Regulacin Alostrica:
Control por efectores alostricos: Las enzimas alostricas son alostricos: alost invariablemente protenas, con mltiples lugares activos, presentan prote m cooperatividad de unin de sustrato (homoalosterismo) y una uni (homoalosterismo) regulacin de su actividad por otras molculas efectoras regulaci mol (heteroalosterismo) heteroalosterismo) El homoalosterismo permite un control ms estricto a nivel del m sustrato, ya que la unin de una molcula de sustrato a uno de uni mol los sitios catalticos modifica la estructura de la enzima, catal aumentando la afinidad de los otros sitios por el sustrato En el heteroalosterismo los efectores pueden ser inhibidores o activadores, ya sea que produzcan una disminucin o aumento en la afinidad de la enzima por su sustrato, respectivamente Control por retroaccin o retroalimentacin: un incremento de la concentracin del producto final de una ruta conduce al descenso en la velocidad de reaccin al inhibir el primer paso de la ruta o un paso temprano dentro de la va en cuestin.
3.
Modificacin covalente:
Zimgenos o proenzimas: Algunas enzimas se sintetizan en una forma catalticamente inactiva, llamada proenzima o zimgeno. Para pasar a la forma activa la proenzima debe sufrir una protelisis parcial, en la que pierde un fragmento de su molcula y vara su conformacin, de tal manera que se organiza su sitio cataltico. Modificacin covalente reversible: algunas enzimas se regulan por Modificaci reversible: la interconversin reversible entre sus formas activa e inactiva. interconversi Estos cambios son producidos por diversas modificaciones covalentes. La actividad de estas enzimas puede ser controlada por la unin reversible de grupos fosforilo (en mamferos) o de uni mam nucletidos (en bacterias) en residuos especficos de serina y nucle espec treonina. treonina. Enzimas denominadas quinasas catalizan la insercin de los inserci grupos fosfato, mientras que las fosfatasas su separacin por separaci hidrlisis. Proporciona una regulacin a corto plazo del flujo de hidr regulaci metabolitos en respuestas a seales fisiolgicas especficas, y se fisiol espec est sujeta a un control directo hormonal y neurolgico. est neurol
Marcadores pancreticos
Amilasa Su concentracin en suero aumenta en la pancreatitis aguda, en pacientes con insuficiencia renal. Lipasa Su concentracin en suero aumenta en la pancreatitis aguda, tambin en pacientes con insuficiencia renal, o con trastornos inflamatorios biliares. Tripsina Se detectan altas concentraciones en suero en la pancreatitis aguda, y en el 50 % de los casos de carcinoma pancretico.
Marcadores cardacos
Creatinfosfocinasa (CK-MB) muy especfica para el diagnstico de dao al miocardio. Deshidrogenasa lctica (LDH) se encuentra en hgado, msculo esqueltico, msculo cardaco, eritrocitos, suero, rin y cerebro, se emplea en el diagnstico de dao al miocardio y meningitis.
Marcadores musculares
Creatinfosfocinasa (CK-MM) Su concentracin en suero aumenta en la poliomielitis, distrofias musculares, y algunos trastornos metablicos (hipotiroidismo, acromegalia, miopata relacionada con alcoholismo e hipertermia maligna. Aldolasa (ALS) se distribuye en orden decreciente de frecuencia, en msculo esqueltico, hgado y cerebro.
Marcadores diversos
Fosfatasa alcalina (ALP) Su concentracin en suero aumenta en la osteoporsis, raquitismo y osteomalacia por deficiencia de vit D y en la mesttasis sea por cncer de prstata, pulmonar o glndula mamaria, tambin se encuentra elevada en las fracturas . Fosfatasa cida (ACP) Se distribuye en prstata, plaquetas, eritrocitos, hgado, bazo, rin y mdula sea. Su concentracin en suero aumenta en los estadios finales de cncer prstatico metatastsico. Enzima Especfica de la prstata (PSA) Su concentracin en suero aumenta en la hipertrofia prosttica y en el adenocarcinoma de prstata.