SARS-CoV-2 (COVID-19) (Oct. 2022)
SARS-CoV-2 (COVID-19) (Oct. 2022)
SARS-CoV-2 (COVID-19) (Oct. 2022)
SARS-CoV-2 y la pandemia
por la COVID-19
Germán González M
[email protected]
Contenido
• Introducción
• Epidemiologia: Transmisión
• Virus: Estructura, genoma, ciclo de vida, variantes
• Patogénesis: Clínica y evolución, factores de riesgo,
Covid-19 persistente,
• Respuesta Inmunológica
• Prevención
• Terapéutica
• Vacunas
1
5,713,604 SRA runs
6,336,851 Nucleotide records
8,301 ClinicalTrials.gov
302,851 PubMed
417,878 PMC
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/
Acceso Oct. 11, 2022
https://connect.medrxiv.org/relate/content/181
Acceso Oct. 11, 2022
2
Orden: Nidovirales
Género: Betacoronavirus
Subgénero: Sarbecovirus
Endémicos (Baja patogenicidad):
– HCoV-229E Alphacoronavirus, linaje 1b
– HCoV-NL63
– HCoV-OC43 Betacoronavirus, Subgénero
– HCoV-HKU1 Embecovirus, linaje 2a
https://talk.ictvonline.org/taxonomy/
www.who.it
3
Propiedades de Coronavirus Humanos
http://bis.zju.edu.cn/overcovid/
SARS-CoV-2 en el Mundo
https://www.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6
Acceso Oct. 11, 2022
4
COVID-19 en Venezuela
Tasa de
letalidad: 1,07%
51%
49%
5
Transmisión
• Contacto directo
– Gotas respiratorias (>5 µm) en el aire (2 mt.)
– Manos o fómites (superficies) contaminados con secreciones,
seguido del contacto con la mucosa de la boca, ojos.
– Transmisión en etapa pre-sintomática (>45%)
– Posible transmisión en pacientes recuperados (OMS
recomienda mantener aislamiento por dos semanas)
• Transmisión aérea (<5 µm) o por aerosoles:
– Posible: durante la realización de procedimientos médicos
invasivos del tracto respiratorio
• No existe evidencia de transmisión por las heces
• Perinatal: No se ha detectado en liquido amniótico, cordón
umbilical, lecha materna.
Vida media en
aerosol: 2,7 horas
Desinfección de superficies
eficiente con:
• Etanol 62-71%
• Peróxido de hidrógeno 0,5%
• Hipoclorito de sodio 0,1% por 1
Van Doremalen N et al. N Engl J Med 2020. DOI: 10.1056/NEJMc2004973 minuto
Kampf G et al. J Hosp Infect 2020; 104(3): 246-251.
6
Transmisión del SARS-CoV2 por portadores
45%
40%
https://tomaspueyo.medium.com/coronavirus-the-basic-dance-steps-everybody-can-follow-b3d216daa343
Prot. S (espícula)
RBD “up”
7
Estructura SARS-CoV-2
Ciclo de vida
Receptor ACE2
(Enzima Convertidora
de Angiotensina 2)
8
Expresión del ACE2 en el organismo
Baja expresión en el
pulmón. Entonces?...
https://www.proteinatlas.org/ENSG00000130234-ACE2/tissue
9
Carga viral SARS-CoV-2
Máxima; 5-6 Mayor carga
días después del viral en la nariz
Baja: ≥10 días
inicio de los que en la
síntomas garganta
10
Variante original del SARS-CoV-2
“D614G”
• Descrita en China en Enero del 2020. Para junio del 2020, el
70% de los genomas compartían esta variante en todo el mundo.
• El efecto principal de la mutación D614G, es aumentar la
disponibilidad de los componentes en la conformación trimérica
“abierta” de la proteína S (espícula) viral, lo que permite una
unión más eficaz de la proteína al receptor ACE2.
• La mutación D614G, cambio de aspartato (D) por glicina (G) en
la posición 614, en la proteína de la espícula (S), es la más
dominante en el mundo, le confiere al virus una mayor capacidad
de supervivencia, infectividad y está asociada a una mayor carga
viral. Sin embargo, no se ha demostrado asociación con la
severidad de la enfermedad.
O
m
i
c
r
o
m
Las variantes del SARS-CoV-2 comenzaron a surgir en 2020. Alpha surgió en muchos
países a principios de 2021 y luego fue reemplazada en gran medida por Delta. Otras dos
variantes de preocupación, Beta y Gamma, representan un número menor de casos.
11
Variantes del SARS-CoV-2
Variantes de Omicron
(Linajes de variantes preocupantes bajo vigilancia (VOC-LUM)
* Los linajes de variantes preocupantes bajo vigilancia se enmarcan dentro de ómicron a menos que (o hasta que) surjan suficientes
evidencias de que las características del virus son considerablemente diferentes de lo que se conoce de la variante preocupante a la
que pertenecen. Si esas evidencias surgen, la OMS decidirá, en consulta con el Grupo Consultivo Técnico sobre la Evolución del
virus SARS-CoV-2, si la designación de la variante emergente justifica que la OMS le atribuya una denominación distinta.
# Estos linajes tienen constelaciones idénticas de mutaciones en la espícula y las siguientes diferencias fuera de ella: BA.4:
ORF7b:L11F, N:P151S; BA.5: M:D3N.
** Mutación adicional fuera de la proteína espicular: ORF1a:S1221L, ORF1a:P1640S, ORF1a:N4060S; ORF1b:G662S; E:T11A
12
En octubre de 2021 la variante delta representaba casi el 90% de
todas las secuencias. Actualmente omicron representa >98%
Variantes de Interés
13
14
15
16
Variantes del SARS-CoV-2
17
Impacto de las variantes
• Capacidad de propagarse más rápidamente en las
personas.
• Capacidad para causar una enfermedad más leve o mas
severa en las personas.
• Capacidad para evadir la detección mediante pruebas
diagnósticas virales específicas.
• Disminución de la susceptibilidad a agentes terapéuticos
como los anticuerpos monoclonales.
• Capacidad para evadir la inmunidad natural o inducida
por vacunas
2021
18
Dra. Flor Pujol
Ene. 12, 2022
COVID-19. Patogénesis
Unión al Síntomas inespecíficos:
receptor ACE2 fiebre, mialgias, dolor de
cabeza, síntomas
Replicación viral respiratorios
en células del
pulmón.
Endotelitis linfocítica en
¿Son los cambios patológicos muestras post mortem de
del tracto respiratorio o la disfunción endotelial pulmón, corazón, riñón e
el resultado de la infección o acción directa del hígado; necrosis de células
virus, la alteración de las citocinas, hepáticas e infarto al miocardio
coagulopatías o se trata de un fenómeno en pacientes que fallecieron
multifactorial? de covid-19
19
Manifestaciones clínicas
• Periodo de incubación: 5 días (rango 2-14
días)
– Curso agudo
– Fiebre baja Otros síntomas
– Tos seca (3-4 días) sin secreción nasal (CDC, Abr. 27)
• Resfriado
– Dificultad respiratoria, fatiga
• Escalofríos
– Malestar general.
• Dolor muscular
• Por los signos o síntomas clínicos es • Dolor de cabeza
indistinguible de otros cuadros respiratorios. • Dolor de garganta
• El cuadro en niños tiende a ser leve • Pérdida del olfato
y/o gusto
• Complicaciones: Neumonía, enfermedad • Nauseas
pulmonar crónica, enfermedad cardiaca o • Vómitos
enfermedad renal crónica. • Diarrea
www.who.int; www.cdc.gov
20
Clínica COVID-19
• Serie de
21
Historia Natural de la infección por
COVID-19
Modificado de: Siddiqi HK y Mehra MR. J Heart Lung Transplant 2020 May;39(5):405-407.
22
Clínica COVID-19
23
Evolución de la infección COVID-19
24
Laboratorio y COVID-19
25
Presentaciones menos habituales
COVID-19
26
Manifestaciones extrapulmonares
de la COVID-19
27
Tormenta de citocinas
Fuente?
28
• Predictors and prognosis of fulminant
COVID-19
• Heather Mason | 17 May 2022
Sathiavageesan S, Sundaram V, Sundaram N, Shanmugam
VB, Selvaraj J, Vivek N, Ravi GK, Velan M, Palaniappan C,
Singaravelu V, Shanmugam MP. Fulminant onset COVID-19:
predictors and outcome. Postgrad Med J. 2022 May
10:postgradmedj-2022-141724. doi: 10.1136/postgradmedj-
2022-141724. Epub ahead of print. PMID: 35537807.
https://www.univadis.com/viewarticle/predictors-and-prognosis-of-fulminant-covid-19-
c7c8f0b8-ccd2-35ca-8b00-
52005cbcf82f?sso=true&utm_content=4928943&utm_medium=email&utm_term=&u
ac=184309CY&ecd=mkm_ret_220519_uniann_BOCOVID_4928943&utm_source=&
utm_campaign=adhoc_covid_email_uniann_eng-glo_20220519
29
Resistencia al COVID-19 en niños?
Antecedentes:
• Ninguna muerte en niños por SARS-CoV-1
• Virus varicella zoster es más sintomático en adultos
• Virus Epstein-Barr asintomático en niños <4 años, pero
causa mononucleosis en adolescentes y adultos
Hipótesis:
1. Resistencia a la infección: a) Menor exposición, menor carga viral por actividades al
aire libre o viajes que los adultos; b) Mayor expresión del receptor celular (ACE) en
niños, entonces…? Sin embargo, hay una mayor expresión en adultos del receptor
del coronavirus H6VNL63 que también causa neumonía.
2. Control más rápido de la infección: Comparar la respuesta in vitro de IFN tipo I en
células dendríticas plasmacitoides (pDC) en niños y adultos, y en monocitos.
3. Reacción inmunopatológica menos intensa: a) Menor producción de citocinas (IL-6,
IL-17F) en niños. B) Menos comorbilidades en niños, por lo que no hay hiper-
inflamacion
4. Mayor capacidad de reparación de tejido, a través de lípidos denominados
“resolvinas”, que pueden estar alteradas en adultos con comorbilidades.
Existe un factor de protección especifico en niños o un factor de
riesgo en ancianos o ambos?
Fischer A. Mucosal Immunol 2020. https://doi.org/10.1038/s41385-020-0303-9
Niños protegidos?
O mayor fuente de infección…
• Los niños son tan propensos a enfermarse como los adultos.
30
COVID-19. Respuesta Inmune
Respuesta de Inmunidad Innata
• El conocimiento de la respuesta de inmunidad innata especifica
contra el SARS-CoV-2 es muy limitada. Es mediada por receptores
de patrones de reconocimiento (PRRs) que se unen al ARN viral, a
través de receptores RLRs y TLRs y activan cascadas de citocinas
(TNFα, IL-1, IL-6, IL-18). Juntos, inducen señales antivirales en las
células diana y potencian la respuesta inmune adaptativa.
Sekine T et al Cell 2020 (Aug. 11); S0092-8674(20)31008-4)
https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.017
Papel de células NK
• La hiperinflamación severa se asoció con la proliferación y activación de
células NK "adaptativas", una subpoblación especializada con
citotoxicidad celular dependiente de anticuerpos mejorada.
• Un inmunofenotipo de células NK distinto (NK CD56bright), está
asociado con la gravedad de COVID-19.
31
Los anticuerpos contra el SARS-CoV-2 están
asociados con la protección contra reinfección
durante los próximos 6 meses
32
Inmunidad de
memoria en
COVID-19?
33
Inmunidad Colectiva y COVID-19
• Numero reproductivo básico (R0) SARS-CoV-2 = 2,5
– Una persona infecta en promedio a 2,5 personas
• Formula para Inmunidad Colectiva (IC): 1-1/R0
– SARS-CoV-2: 1-1/2,5 = 1-0,4 = 0,6
– Entonces, R0: promedio de infecciones
secundarias causadas por un solo
individuo infeccioso, introducido en una
La IC del SARS-CoV-2 = 60% * población susceptible
34
35
Prevención
Principales recomendaciones de la OMS:
1. Lavar las manos con agua y jabón con frecuencia, o usar gel
desinfectante con una base de alcohol de al menos 60%.
2. Evitar tocarse la cara con las manos.
3. Cubrirse al toser o estornudar con la parte interna del brazo.
4. Evitar el contacto con personas infectadas.
5. Mantenerse al menos a un metro de distancia de otras
personas.
6. Evitar actos públicos con asistencia masiva.
7. Desinfectar las superficies con las que se tiene contacto
frecuentemente
8. Permanecer en casa si presenta síntomas.
36
5.036 (Mar. 15)
https://clinicaltrials.gov/ct2/results?cond=COVID-19
Acceso Oct. 11, 2022
Tratamiento COVID-19
37
COVID-19:
abordaje
terapéutico
Figuera M. et al. Bol Venez Infectol 2020; 31 (1): 7-24. No se recomienda el uso ante falta
de evidencia
38
Terapias para COVID-19
PRODUCTOS DE USO IRREGULAR
EN VENEZUELA
OPCIONES NO RECOMENDADAS
PARA COVID-19 • Dióxido de cloro, químico utilizado como potente
desinfectante, en la industria de papel como
• Hidroxicloroquina o cloroquina + / blanqueador y para la potabilización del agua.
- azitromicina • CDS o MMS (solución mineral milagrosa). El
La cloroquina es una droga usada producto se promociona como “cura” de diversas
en el tratamiento de la malaria, y patologías: diabetes, malaria, hepatitis, acné,
la hidroxicloroquina, en casos de gripe, cáncer, autismo, SIDA y ahora COVID-19;
artritis reumatoidea y lupus sin ningún tipo de respaldo científico.
eritematoso sistémico. • Prevengho VIR (producto homeopático
elaborado en Cuba), “tinturas” de extractos de
• Lopinavir / Ritonavir, dos drogas
corazón e hígado de pato, vegetales y elementos
antirretrovirales que inhiben la
del virus de influenza, más etanol al 30%.
proteasa viral del VIH.
• Ozono, 3 átomos de oxígeno que, cuando se
• Ivermectina, Droga antiparasitaria descompone rápidamente en agua, genera
para la escabiosis, helmintiasis radicales libres de peróxido de hidrógeno (H2O2)
(estrongiloidiasis) y oncocercosis. e hidroxilo (OH), los cuales producen un fuerte
efecto oxidativo y microbicida, que resultan
tóxicos por inhalación y contacto para animales y
Figuera M. et al. Bol Venez Infectol 2020; 31 (1): 7-24. humanos.
.
Desarrollo de Vacunas
39
https://covid19.trackvaccines.org/how-do-vaccines-work/#types
(EEUU)
40
https://covid19.trackvaccines.org/
Acceso Oct. 11, 2022
41
Vacunas de ARN
Fase 3
N° de participantes / Países 30.420 (incluye 7.000 adultos >65 43.000 (incluye niños >12 años) en
años) en EE.UU. EE.UU, Brasil, Argentina, Alemania,
Sudáfrica, Turquía
Resultados / Eficacia 30 de Dic. 2020 09 y 18 de Nov. 2020
>90% 185 casos de Covid-19 en 91,3% 170 casos de Covid-19 (162 en el
grupo placebo y 11 en los grupo de placebo y 8 vacunados). La
vacunados]. eficacia es constante en todos los grupos
de edad, sexo y raza
Eventos adversos Leves: fatiga (10%), dolor en el sitio de Leves: fatiga (3,8%) y dolor de cabeza
la inyección (2,7%), articulaciones (2%). Graves: 10 casos (9 en grupo
(5%) y cabeza (4,5%). placebo 1 en vacunados)
Estabilidad / Costo Estabilidad: 30 días a 4°C, >6 meses a Requiere temperatura de -70°C hasta su
-20°C. Costo: $21 x dosis (100 µg). aplicación. Costo: $20 x dosis
Estabilidad / Estabilidad: 2-8°C. Costo: $10 Estabilidad: 2 a 8°C, Ventajas: 2-8°C. por 4
Costo - x dosis. Gratuita para los disponibilidad en América Latina y meses., 2 años
rusos. costo: $4 x dosis. a -20ªC
42
Vacunas Inactivadas
Fase 3 Beijing Institute of Biological
Products / Sinopharm
Plataforma Inactivada (3-6 μg) Inactivada (3-6 μg) Inactivada (4-8 μg)
Precio $30
Otras Vacunas
Fase 3
vía de administración IM IM
43
44
Eficacia Vacuna Pzifer / BioNTech
45
Cual es la objetivo final de una
vacuna contra la COVID-19?
46
Conclusiones Vacunas
• Todas son efectivas, incluso frente a las variantes del
virus.
• No es apropiado hacer comparaciones entre
resultados
• No hay posibilidad de escoger (al menos en Vzla.)
• La balanza riesgo-beneficio favorece a las vacunas
• La resolución de la pandemia depende en las vacunas
47
ZyCoV-D es la primera vacuna de ADN que recibe
aprobación. La licencia fue otorgada en la India
• India aprobó una nueva vacuna COVID que utiliza hebras circulares (plásmidos que
codifican la proteína S del virus) de ADN para estimular al sistema inmunológico
contra el virus SARS-CoV-2.
• Mec. de acción: Una vez que los plásmidos ingresan al núcleo de la célula, se
convierten en ARNm, que viaja a través del citoplasma celular y se traduce en la
propia proteína espiga. Luego, el sistema inmunológico genera una respuesta contra
la proteína y produce células inmunes adaptadas que pueden eliminar infecciones
futuras. El plásmido se degrada en semanas o meses, pero permanece la
inmunidad.
• Cerca de 12 vacunas de ADN se encuentran en ensayos clínicos en la actualidad, la
mayoría en fases tempranas
• ZyCoV-D fue desarrollada por la empresa farmacéutica india Zydus Cadila, con sede
en Ahmedabad. El 20 de agosto, el regulador de medicamentos de la India autorizó
la vacuna para personas de 12 años o más.
• Se reportó una eficacia del 67% en ensayos que involucraron a más de 28,000
participantes, 21 casos sintomáticos de COVID-19 en el grupo vacunado y 60 en el
grupo placebo.
• Se aplica debajo de la piel, a diferencia de la aplicación IM del resto de las vacunas,
sin embargo, se requieren de tres dosis para alcanzar su eficacia.
48
https://ourworldindata.org/covid-vaccinations
Acceso Oct. 16, 2022
49
Coronavirus trackers
• https://www.nytimes.com/interactive/2020/science/coronavirus-
vaccine-tracker.html
• https://ourworldindata.org/covid-vaccinations
• https://www.covid-19vaccinetracker.org/
• https://vac-lshtm.shinyapps.io/ncov_vaccine_landscape/
• https://covid19.trackvaccines.org/
• https://github.com/owid/covid-19-
data/blob/master/public/data/vaccinations/us_state_vaccinations.csv
• https://view-hub.org/
50