Comunicación breve

Validez diagnóstica del GeneXpert para

Mycobacterium tuberculosis y prueba de
resistencia a rifampicina
DOI : 10.5377/alerta.v4i3.8829

Ana Carolina Lacayo de Santana1*, Polyta Gabriela Rodríguez Cruz2, Zayda Olivia Pérez Aguilar3,
Cecilia Vásquez Cornejo4

1. Hospital Policlínico Zacamil del Instituto Salvadoreño del Seguro Social.

2. Hospital Nacional de la Mujer Dra. María Isabel Rodríguez.
3. Unidad Comunitaria de Salud Familiar Intermedia El Paisnal, Región Metropolitana, Ministerio de Salud.
4. Hospital Nacional de Niños Benjamín Bloom, Ministerio de Salud.

*Correspondencia
[email protected]

1. 0000-0001-8893-5780
2. 0000-0002-2069-9176
3. 0000-0002-9397-1046
4. 0000-0002-9061-9266

ACCESO ABIERTO Resumen

Introducción. El diagnóstico temprano de tuberculosis permite el control de la enfermedad y su transmisibilidad. Objetivo.
Diagnostic validity Describir la validez diagnóstica del GeneXpert MTB/RIF para Mycobacterium tuberculosis en muestra bronquial, utilizando
of the GeneXpert como referencia el cultivo Löwenstein Jensen. Metodología. Estudio transversal analítico, mediante revisión de 942
for Mycobacterium registros de la Unidad de Broncoscopía durante el año 2014 al 2018, de las cuales 320 cumplieron criterios de inclusión.
tuberculosis and Estos datos fueron exportados a un formato compatible con Epi Info versión 7 y analizados con parámetros estadísticos
rifampicin resistance test de sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo, valor predictivo negativo, prueba de concordancia e índice Kappa
Epidat 4,2. Resultados. De los 320 pacientes sometidos a fibrobroncoscopía diagnóstica para tuberculosis con GeneXpert
Citación recomendada: MTB/RIF, los resultados negativos fueron 79 % (252) y positivo 21 % (68); el 1 % mostró resistencia a rifampicina. Se reportó
Lacayo de Santana AC, una fuerte concordancia de GeneXpert MTB/RIF con el cultivo bacilo ácido alcohol resistente, que se determinó con un
Rodríguez Cruz PG, Pérez índice de kappa de 0,88 +/- (0,81-0,94) IC 95 %, una sensibilidad del 98 %, especificidad del 96 %, valor predictivo positivo
Aguilar ZO, Vásquez 83 % (IC 95 %), valor predictivo negativo 99,6 % (CI 95 %). Conclusión. La prueba GeneXpert MTB/RIF tiene una capacidad
Cornejo C. Validez altamente sensible y específica para el diagnóstico de tuberculosis en muestras obtenidas por fibrobroncoscopía.
diagnóstica del GeneXpert
para Mycobacterium
Palabras clave
Tuberculosis y prueba de
resistencia a rifampicina. Tuberculosis pulmonar, broncoscopía, técnicas de diagnósticomolecular
Alerta.2021;4(3):176-180.
DOI: 10.5377/alerta.v4i3.8829

Recibido: Abstract
02 de Octubre de 2020
Introduction. The early diagnosis of tuberculosis allows the control of the disease and its transmissibility. Objective.
Describe the diagnostic validity of GeneXpert MTB / RIF for Mycobacterium tuberculosis in bronchial sample using the
Aceptado:
20 de febrero de 2021 Löwenstein Jensen culture as reference. Methodology. Analytical cross-sectional study, through a review of 942 records
of the Bronchoscopy Unit during the year 2014 to 2018, of which 320 met inclusion criteria. These data were exported to a
Publicado: format compatible with Epi Info version 7, analyzed with statistical parameters of sensitivity, specificity, positive predictive
26 de julio de 2021 value, negative predictive value, concordance test, and Kappa Epidat index 4,2. Results. Of the 320 patients who underwent
diagnostic bronchoscopy for tuberculosis with GeneXpert MTB / RIF, the negative results were 79 % (252), and positive
Contribución de autoría: 21 % (68), 1 % showed genetic resistance to rifampicin. A strong concordance of GeneXpert MTB / RIF was reported with
ACLDS1: diseño de la the acid-alcohol-resistant bacillus culture determined with a kappa index of 0,88 +/- (0,81-0,94) 95 % CI, a sensitivity of
investigación, búsqueda 98 %, specificity 96 %, positive predictive value 83 % (95 % CI), negative predictive value 99,6 % (95 % CI). Conclusions. The
bibliográfica, análisis de GeneXpert MTB / RIF Test has a highly sensitive and specific capacity for the diagnosis of tuberculosis in samples obtained
los datos y redacción del by bronchoscopy.
manuscrito. PGRC2: análisis
de los datos y redacción del Keywords
manuscrito. ZOPA3: análisis Pulmonary tuberculosis, bronchoscopy, molecular diagnostic techniques
de los datos y redacción del
manuscrito. CVC4: búsqueda
bibliográfica, análisis de
los datos y redacción del
manuscrito.

Conflicto de intereses:
Los autores declaran no tener
conflictos de interés en el
estudio.

[176]
Introducción pacitado para su lectura, lo que finalmente
demanda inversión10-12.
La tuberculosis es un problema de salud pú- Fabricantes de la prueba GeneXpert MTB/
blica sobre todo en países con bajo nivel de RIF describen su rendimiento con sensibili-
desarrollo humano1. Afecta a poblaciones dad del 76,1 % y una especificidad del 98,8 %
vulnerables, entre ellos, privados de liber- frente al cultivo Löwenstein Jensen con ba-
tad, indigentes y otros sectores excluidos2. ciloscopías negativas5. El presente estudio
El diagnóstico temprano de tuberculosis ac- describe la validez diagnóstica que la prueba
tiva sigue siendo un reto para los sistemas GeneXpert MTB/RIF provee en el diagnóstico
de salud, a pesar de contar con diferentes de tuberculosis pulmonar utilizando mues-
estrategias para su detección3. tras obtenidas de forma directa por bron-
El control sobre la cadena de transmisión coscopía ante la dificultad del diagnóstico
se ve afectado no solo por el retraso en el convencional por baciloscopía y utilizando
diagnóstico temprano, sino también por como referencia el método de Petroff modi-
el inicio tardío del tratamiento, factores de ficado en cultivo Löwenstein Jensen.
proximidad, prevalencia de la enfermedad,
factores ambientales y factores intrínsecos Metodología
de la persona expuesta. Estos aspectos im-
piden el adecuado funcionamiento de las El estudio se llevó a cabo con método trans-
defensas como huésped contra la infección versal analítico retrospectivo que consistió
y la enfermedad3. en el análisis secundario de los registros
En el 2018, la Organización Panameri- de pacientes sometidos a fibrobroncospía
cana de la Salud (OPS) calculó que un error diagnóstica en la Unidad de Broncosco-
del 0,5  % en el diagnóstico implica un in- pía del Hospital Nacional de Neumología y
cremento de 1 327 097 USD, en el gasto del Medicina Familiar Dr. José Antonio Saldaña,
Programa Nacional de Tuberculosis y la apa- ubicado en el municipio de Panchimalco
rición de 183 nuevos casos4. del departamento de San Salvador. El perío-
La prueba semicuantitativa GeneXpert do de ejecución de la investigación fue de
MTB/RIF de diagnóstico in vitro que detecta enero de 2014 a diciembre de 2018.
componentes del genoma del Mycobacte- La población estuvo conformada por
rium tuberculosis (MTB) y resistencia a rifam- 942 pacientes. Solamente se seleccionaron a
picina (RIF) se realiza de forma automatizada, quienes se les realizó tanto a prueba de Ge-
purificando y amplificando ácidos nucleicos, neXpert MTB/RIF como cultivo Löwenstein
identificando la secuencia diana a través de Jensen simultáneamente, quedando un to-
ensayos de reacción en cadena de la polime- tal de 320 pacientes.
rasa (PCR) y de PCR con transcriptasa inversa La información recolectada fue digitada
(RT-PCR), ambas en tiempo real. Esta prueba en una hoja de cálculo de Microsoft Office
contiene cebadores que amplifican una por- Excel. Posteriormente, la base de datos fue
ción del gen rpoB y sondas que distinguen exportada a un formato compatible con Epi
la secuencia mutada asociada a la resistencia Info versión 7 para el cálculo de las frecuen-
a rifampicina con resultados en dos horas4-6. cias de las variables edad, sexo, ocupación,
Se necesita de un instrumento que con- hallazgos radiológicos e indicaciones de fi-
tiene un ordenador personal y software pre- brobroncoscopía diagnóstica. Se calcularon
cargado para realizar las pruebas y ver los valores absolutos y proporciones.
resultados (MTB detectado o no detectado, Finalmente, se realizó el análisis de los re-
RIF resistencia detectada, indeterminada o sultados obtenidos con el GeneXpert MTB/
no detectada), así como un cartucho autó- RIF y los resultados del cultivo Löwenstein
nomo desechable de un solo uso que con- Jensen. Los datos fueron analizados con
tienen los reactivos RT-PCR y PCR4-6. parámetros estadísticos de sensibilidad, es-
En los últimos años, esta prueba se ha pecificidad, valor predictivo positivo, valor
convertido en una opción que no requiere predictivo negativo, probabilidad/Odds pre-
mayor entrenamiento para el personal, con test, probabilidad/Odds post-test, coeficien-
resultados en tiempo, de utilidad en pacien- te de verosimilitud positivo, coeficiente de
tes que presentan una baja carga bacilar verosimilitud negativo, prueba de concor-
en las muestras para lectura de frotis bacilo dancia e índice Kappa. Para el análisis de los
ácido alcohol resistente (baciloscopía) con datos se utilizó Epidat 4,2 Xunta de Galicia.
Zielh Neelsen, que pueden reportarse ne- Previo a la ejecución de la investigación
gativas y posterior a 60 días positivas en el se obtuvo la aprobación por parte del Co-
cultivo Löwenstein Jensen. Aunque la baci- mité de Ética del Hospital Nacional de Neu-
loscopía representa una prueba de menor mología y Medicina Familiar Dr. José Antonio
costo que también brinda resultados inme- Saldaña. La base de datos fue de uso exclusi-
diatos requiere de personal altamente ca- vo del equipo de investigación.

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177
Lacayo de Santana AC, et al.
 trabajador del campo (8) 12 % y comercian-
Resultados te (8) 12 %.
De los pacientes que presentaban co-
Pacientes sometidos al procedimiento diag- morbilidades crónicas, el 58 % reportó ser
nóstico es 51 % del sexo masculino y, sin VIH positivo y el 23 % tener diagnóstico de
embargo, al establecer el diagnóstico bacte- diabetes mellitus previo al procedimiento. Al
riológico se observa que 52 % representa el relacionarse con el diagnóstico bacteriológi-
sexo femenino. La edad media del total de co, el 9 % registra padecer diabetes mellitus
pacientes que se sometieron a la fibrobron- y el 3 % VIH.
coscopía diagnóstica fue de 47,7+/-19,3 IC La sospecha clínica de tuberculosis con
95 % (RI 29.33) y la de los pacientes cataloga- 62 % representó la indicación de fibrobron-
dos como tuberculosis pulmonar por bacte- coscopía diagnostica más frecuente, segui-
riología fue de 43,9+/-18,7 IC 95 %. da de los hallazgos radiológicos con el 26 %.
En cuanto a la ocupación de los pacien- La sospecha clínica de tuberculosis con
tes a los que se les realizó el estudio, se ob- 62 % representó la indicación de fibrobron-
servó que (96) 30 % de los pacientes perte- coscopía diagnostica más frecuente, segui-
necen al rubro de ama de casa, seguida de da de los hallazgos radiológicos con el 26 %.
trabajador del campo (31) 10 %, estudiante El 21 % de los pacientes reporta detec-
(28) 9 % y comerciante (23) 7 %. Al relacio- ción del Mycobacterium tuberculosis por
narla con el diagnóstico bacteriológico la medio de la prueba GeneXpert MTB/RIF y
mayoría continúa siendo ama de casa con el 18 % reportó crecimiento del bacilo en el
(19) 28 %, seguida por igual porcentaje para cultivo Löwenstein Jensen.

Otros 3 %

Neumonía 9 %

Hemoptisis 6 %

Fibrosis pulmonar 3 %

Derrame pleural 8 %

Alectasia 6 %

Sospecha de tuberculosis 62 %

Figura 1. Indicación de fibrobroncoscopía en el Hospital Nacional de Neumología y Medicina Familiar Dr. José
Antonio Saldaña 2014 a 2018

350

300
92 % (262)
79 % (252)
250

200

150

100
21 % (68)
18 % (58)
50

0
GeneXpert MTB/RIF Cultivo BARR

Positivo Negativo
Figura 2. Resultados de GeneXpert MTB/RIF y Cultivo BARR de muestras extraídas a los pacientes por
fibrobroncoscopía diagnóstica en el Hospital Nacional de Neumología y Medicina Familiar Dr. José Antonio
Saldaña, 2014 a 2018

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178 Validez diagnóstica del GeneXpert para Mycobacterium tuberculosis y prueba de resistencia a rifampicina
Tabla 1. Concordancia e Índice Kappa de Cohen
Ítem Valor men; sin embargo, aquellos que padecen
diabetes mellitus fueron los más asociados
Kappa 0,8816
al diagnóstico bacteriológico19.
EE* 0,0333 La causa más frecuente para indicación
IC (95,0 %) 0,8163-0,9469 de la fibrobroncoscopía diagnóstica fue la
Estadístico Z 15.85 sospecha clínica de tuberculosis pulmonar,
Valor P 0,0000
la cual no se pudo establecer con los mé-
todos diagnósticos convencionales y los ha-
Sensibilidad 98 % llazgos de la radiografía de tórax20.
Especificidad 96 % Los pacientes que se sometieron al
VPP 83 % procedimiento y que se les estableció o se
VPN 99,6 % descartó el diagnóstico de tuberculosis no
presentan diferencia significativa en cuan-
Nivel de confianza 95 %
to al sexo, edad y ocupación. La población
EE: error estándar estudiada presenta una edad dispersa, tal
VPP: valor predictivo positivo como lo muestran estudios realizado en Pa-
VPN: valor predictivo negativo kistán y China9,10. Esto puede deberse a que
la TB es una enfermedad en la que partici-
pan diferentes factores de riesgo, entre ellos
Discusión demográficos y socioeconómicos, los cuales
no tienen un papel individual establecido.
Se identifica que existe validez diagnóstica Una de las limitantes de esta investiga-
del GeneXpert MTB/RIF en detecciones del ción fueron los insuficientes datos sobre las
Mycobacterium tuberculosis (MTB) en mues- características y comportamiento de la po-
tras tomadas de forma directa del árbol blación que puede conferir factores de ries-
bronquial por fibrobroncoscopía, siendo gos y antecedentes médicos relacionados
similar a los confirmados por cultivo BARR. con la enfermedad.
En el cálculo de la concordancia de resulta- En futuras investigaciones es importan-
dos de la prueba GeneXpert MTB/RIF fren- te registrar el desempeño diagnóstico del
te a cultivo Löwenstein Jensen respecto al GeneXpert MTB/RIF en esputo espontáneo
azar con el Índice Kappa de Cohen (K)= 0,88, y las variantes relacionadas a la calidad de
mostró una concordancia clasificada como la muestra.
muy buena (casi perfecto), similar al estudio
en Chile (K)= 0,9613. Conclusiones
La prueba de GeneXpert tiene una sen-
sibilidad de 98 % (IC 95 %), similar a las ob- La prueba molecular GeneXpert MTB/RIF es
servadas en Pakistán (78/85) (92 %)14, India válida para el diagnóstico de tuberculosis
(155/170) (91 %)6, Corea del Sur (35/43) pulmonar en muestras obtenidas por fibro-
(81,6 %)15, Chile (31/33) (94 %)16 y Sudáfri- broncoscopía, siendo confiable su uso para
ca (25/27) (93 %)17 y una especificidad del establecer diagnóstico temprano por su
96 % (IC 95 %), muy parecida a la encontrada sensibilidad y especificidad.
por Lee (97/97) (100 %)15, Vallejo (334/351) En la población estudiada no se encon-
(95 %)16 y Theron (127/133) (96 %)17. tró una resistencia significativa a la rifampi-
Se reportaron 10 resultados de falsos po- cina, ya que no se reportó en el estudio de
sitivos y 1 resultado de falso negativo por sensibilidad del cultivo. La principal comor-
GeneXpert MTB/RIF. Las repercusiones más bilidad asociada es la diabetes mellitus. La
frecuentes al diagnosticarse tuberculosis sin tuberculosis se comporta de manera amplia
padecerla son las psicosociales y los efectos y diversa en la población, ya que se presen-
adversos de los fármacos utilizados en el ta en personas de ambos sexos de todas las
tratamiento. En cambio, el impacto de no edades.
detectar la enfermedad es mayor debido a
las complicaciones del curso natural de la
enfermedad y su transmisibilidad. Referencias bibliográficas
Otros indicadores del rendimiento de
GeneXpert MTB/RIF como el valor predic- 1. Okhovat-Isfahani B, Bitaraf S, Ali Mansournia
tivo positivo (VPP) 83 % (IC 95 %) y valor M, Doosti-Irani A. Inequality in the global
predictivo negativo (VPN) 99,6 % (IC 95 %) incidence and prevalence of tuberculosis
son acordes a los reportes de Theron (VPP (TB) and TB/HIV according to the human
83 % VPN 98 %)17 y Bernard (VPP 80 % VPN development index. Medical Journal of the
95,5 %)18. Islamic Republic of Iran. 2019;33:45. DOI:
Los pacientes con la comorbilidad VIH 10.34171/mjiri.33.45
se sometieron en mayor proporción al exa-

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179
Lacayo de Santana AC, et al.
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