BIOQUÍMICA

MÓDULO I

INTERACCIONES DE LAS BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO

ESTRUCTURA DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS
COMPOSICIÓN MOLECULAR DE LOS SERES VIVOS 2

TEMA 1.1 – COMPOSICIÓN MOLECULAR DE LOS SERES VIVOS (1,2)

1 – Composición elemental, la química celular basada en los compuestos de carbono.

El estudio de las biomoléculas puede entenderse desde el punto de vista de su estructura y
propiedades (siguiendo las leyes físico-químicas), o como productos de la evolución por selección
natural. Las biomoléculas se han desarrollado como moléculas idóneas para desempeñar una función
biológica, siguiendo una especificidad. Se forman a partir de los elementos químicos: actualmente
existen 118 (90 naturales), de los cuales solo 22 son componentes esenciales de los seres vivos. Los
elementos más abundantes son:
 Corteza terrestre: oxígeno (47%), silicio (28%), aluminio (7’9%), hierro (4’5%) …
 Cuerpo humano: hidrógeno (63%), oxígeno (25%), carbono (10%), nitrógeno (1’5%), Ca, P, Na, K…
C, H, N y O son los elementos más ligeros capaces de formar fácilmente enlaces covalentes fuertes y
estables (más ligeros = más estables), de una estabilidad muy similar entre ellos, de forma que ninguno
prevalece frente a los demás. Así, se enlazan unos con otros formando gran variedad de compuestos.
El carbono puede formar hasta cuatro enlaces covalentes con otros cuatro átomos de carbono, dando
lugar a esqueletos lineales o cíclicos. Se enlaza con facilidad con H, O y N, así como con P y S, dando
lugar a los distintos grupos funcionales. Además, gracias a la configuración tetraédrica de los pares
electrónicos compartidos alrededor de cada átomo, los enlaces C-C forman estructuras
tridimensionales que pueden ser muy diversas y diferentes.

2 – Jerarquía de la organización molecular de las células.

Todas las biomoléculas orgánicas derivan de precursores sencillos del entorno (CO2, H20, O2…). A
través de secuencias de intermediarios del metabolismo, se convierten en sillares estructurales (peso
molecular intermedio); y estas se unen covalentemente formando las macromoléculas (elevado pm).
Las moléculas de lípidos, que individualmente tienen un bajo peso molecular (750-1500 Dalton), en el
seno acuoso son forzados por las moléculas de agua a asociarse, actuando habitualmente como
sistemas macromoleculares (membranas, micelas…). Esto también ocurre entre los polisacáridos (pared
celular de levaduras o plantas) o entre las proteínas (formando complejos proteicos).
Las macromoléculas se asocian (sobre todo con enlaces no covalentes), para formar sistemas
supramoleculares, como los ribosomas (ARN y proteínas). Cada ribosoma de una célula bacteriana
contiene 3 moléculas de ARN y unas 50 de proteína diferentes.
Finalmente, estos sistemas se ensamblan ulteriormente para constituir orgánulos.
 Precursores sencillos del entorno: CO2, O2, H2O, Nitrógeno, amoníaco…
 Intermediarios metabólicos: piruvato, citrato, malato…
 Sillares estructurales: nucleótidos, aminoácidos, monosacáridos, ácidos grasos, glicerina…
 Macromoléculas sencillas: ácidos nucleicos, glúcidos, lípidos, proteínas.
 Macromoléculas complejas: glucolípidos, glucoproteínas.
 Sistemas supramoleculares: ribosomas, lipoproteínas, asociaciones (l, g, p), microtúbulos.
 Orgánulos: membrana plasmática, núcleo, mitocondria, aparato de Golgi…
Las cantidades relativas de las principales clases de biomoléculas en e. coli son similares a todas las
células vivas: agua (70%, 1); proteínas (15%, 3000); ADN (1%, 1); ARN (6%, 1000); hidratos de carbono
(3%, 50); lípidos (2%, 40); sillares estructurales e intermediarios (2%, 500); iones inorgánicos (1%, 12).
3 COMPOSICIÓN MOLECULAR DE LOS SERES VIVOS

3 – Tipos de enlaces que median las interacciones reversibles entre biomoléculas.

Las interacciones moleculares covalentes son muy importantes para la formación estable de
biomoléculas, pero las interacciones reversibles son las que realmente hacen posible la vida (replicación
ADN, plegado proteínas, enzima-sustrato, detección…). Estos enlaces se ven profundamente afectados
por la presencia de agua, y son los siguientes:
Enlace electrostático: interacción de cargas eléctricas totales de signo opuesto. Sigue la Ley de
×
Coulomb: 𝐹 = ×
(q = magnitud carga, r = distancia; D = constante dieléctrica o permisividad
relativa). La “r” óptima es de 2’8 Angstroms. La interacción iónica es mayor en el vacío (D=1) y más débil
en un medio como el agua (D=80), con mayor capacidad de disolución y menor conductividad eléctrica.
Puentes de hidrógeno: pueden formarse indistintamente entre moléculas descargadas o entre iones
cargados. Un átomo de hidrógeno es compartido entre un átomo donante (O/N – H, electropositivo) y
un átomo aceptor (O/N, electronegativo). Este enlace puede considerarse como la transferencia de un
protón desde un ácido a una base. Son más fuertes que los de Van der Waals, pero más débiles que los
electrostáticos (3-7 kcal/mol); y su longitud es intermedia entre un enlace covalente y uno de VdW.
Además, son direccionales (más fuerte cuanto el átomo donante y el aceptor están en línea recta). Es
muy importante para la estructura de biomoléculas (plegado proteínas, doble hélice ADN…).
Enlaces de Van der Waals: son fuerzas atractivas inespecíficas que se establecen entre dos átomos
cualesquiera separados entre 3 y 4 A. Se basan en que la distribución de la carga electrónica alrededor
de un átomo está en constante cambio, lo que además altera la distribución electrónica alrededor de los
átomos vecinos.
La atracción de un par de átomos aumenta a medida que estos se acercan, hasta que están separados
por la distancia de contacto de van der Waals, punto a partir del cual las fuerzas repulsivas se hacen
dominantes al solaparse las nubes electrónicas exteriores. Son más débiles y menos específicos que los
enlaces iónicos y de hidrógeno (1 kcal/mol). Además, desaparecen rápidamente cuando la distancia
entre los átomos supera en 1A a su distancia de contacto, por lo que solo resultan significativos cuando
numerosos átomos de una molécula pueden aproximarse a otros muchos átomos de otra, lo que ocurre
cuando sus formas son complementarias: La eficacia de estos enlaces depende de la
complementariedad estérica.
De este modo, aunque no existe especificidad en un enlace aislado de van der Waals, la especificidad se
produce cuando existe la oportunidad de producir un gran número de enlaces de forma simultánea.
INTERACCIONES DE LAS BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO 4

TEMA 1.2 – INTERACCIONES DE BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO (3)

1 – Estructura molecular del agua.

El agua es fundamental para la vida. En general, la proporción de agua en el organismo alcanza su
mínimo en la vejez, y es máxima durante el periodo embrionario. La molécula de agua (H2O) se
estructura en un tetraedro irregular, con el átomo de oxígeno centrado y los átomos de hidrógeno
dirigidos hacia dos de los vértices (separados 104.5o). Los cuatro electrones no compartidos ocupan los
dos vértices restantes.
Gracias a la electronegatividad del oxígeno, la arista de átomos de hidrógeno presenta una carga parcial
positiva, y la arista opuesta una carga parcial negativa, por lo que las moléculas de agua funcionan como
dipolos eléctricos, lo que permite la formación de puentes de hidrógeno entre moléculas.
Estructura en estado sólido.
La estructura tetraédrica de las moléculas permite formar redes tridimensionales con otras moléculas de
agua, que se unen por puentes de hidrógeno cuando la temperatura lo permite. En un cristal de hielo en
estructura básica adoptan un patrón hexagonal, dejando gran cantidad de “espacio vacíó”, que explica
su baja densidad. La estabilidad de la estructura “abierta” básica del hielo la explica la organización
geométrica de cuatro moléculas de agua en torno a una quinta, cuyo oxígeno queda rodeado por
cuatro hidrógenos (2 covalentes, 2 puentes).
Existen un total de ocho formas de hielo estable a presiones altas (mayor presión, mayor densidad,
menos espacios vacíos) que se forman debido a la ligera deformación de los puentes de hidrógeno.
Estructura en estado líquido.
Modelo de H. Frank (1950s), o de “racimos parpadeantes”, con moléculas unidas por puentes de
hidrógeno (que se rompen y se forman continuamente) que nadan en un mar de moléculas de agua
relativamente “libres”. Este modelo puede explicar los cambios de volumen que experimenta el agua
cerca del punto de congelación.
Conforme el agua se va enfriando, los puentes de hidrógeno duran progresivamente más tiempo,
ocupando menos volumen a medida que desciende la temperatura, hasta alcanzar su máxima densidad
a 3’98oC, punto a partir del cual quedan cada vez menos moléculas libres, que se unen con más fuerza a
los racimos, formando poco a poco las redes hexagonales de hielo.
También explica el desprendimiento de calor cuando se mezclan moléculas apolares o anfipáticas con el
agua, las cuales estabilizan los racimos parpadeantes al ocupar el espacio entre ellos, y estimulan la
formación de nuevos racimos a partir de las moléculas libres de agua que se ven forzadas a rodearlos,
generando las interacciones hidrófobas (formación de puentes de hidrógeno = exotérmico).
Sin embargo, este modelo no describe claramente la estructura de un racimo parpadeante ni explica con
claridad la naturaleza de una molécula de agua libre. Actualmente, existen hasta 46 modelos teóricos
para el agua, pero ninguno explica todas sus propiedades.
Estructura en estado gaseoso: no existe una asociación detectable entre las moléculas de agua (libres).

2 – Propiedades físico-químicas del agua.

La alta afinidad de las moléculas de agua entre sí, su capacidad de interacción con otras moléculas
biológicas, y el carácter dipolar, son las características del agua que explican sus propiedades, y este
conjunto de propiedades y características ha hecho posible la vida.
5 INTERACCIONES DE LAS BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO

Calor específico.
El calor específico se define como el número de calorías que deben suministrarse a 1 gramo, para que
eleve su temperatura 1 grado, en condiciones normales (25oC y 1atm). El agua presenta un elevado
calor específico (1cal/g), lo que le permite absorber o desprender grandes cantidades de calor sin
experimentar grandes cambios de temperatura. Así, actúa en el organismo como un mecanismo tampón
de temperatura.
Calor latente. Puntos de cambio de estado.
El calor latente es la energía requerida por la sustancia para cambiar de fase (la energía en forma de
calor se invierte en lograr el cambio de fase, por lo que no modifica la temperatura de la sustancia, sí
del medio). El agua presenta unos elevados calores latentes de fusión (80cal/g) y de vaporización
(540cal/g). Al sudar, el elevado calor latente de vaporización del agua le permite actuar como un
mecanismo amortiguador de temperatura, puesto que absorbe calor evaporándose.
Los puntos de ebullición, fusión y congelación están basados en la formación o rotura de enlaces
debido a la temperatura, y son de 100 y 0 oC.
Conductividad térmica y eléctrica.
El agua tiene una gran conductividad térmica gracias a la formación y rotura constante de puentes de
hidrógeno, que transmiten rápidamente la energía cinética de unas moléculas a otras. Sin embargo,
presenta una pobre conductividad eléctrica, siendo las sustancias cargadas disueltas en ella las que
realmente conducen los electrones.
La densidad es muy estable y varía poco con los cambios de temperatura y presión (0’917-1).
Tensión superficial.
La tensión superficial es la propiedad que permite a las moléculas del agua de la superficie formar un
mayor número de puentes de hidrógeno entre ellas. Casi todas las distancias disueltas en agua son
capilarmente activas (tienden a disminuir el número de puentes de hidrógeno, menos tensión
superficial), lo que facilita la ósmosis intercelular. La tensión superficial depende también de las
sustancias en contacto con la superficie acuosa, como ocurre en el epitelio alveolar…
Presión osmótica.
La ósmosis es el paso de un disolvente por una membrana semipermeable hacia zonas de mayor
concentración de soluto. Cuanto mayor es la concentración de agua, más rápida es su difusión. La
presión osmótica es la presión hidrostática que se requiere aplicar a una disolución para detener el flujo
neto de agua a través de una membrana, lo que depende de la concentración de solutos.
La concentración de una disolución puede expresarse en términos de osmolaridad (número de moles de
partículas que contribuyen a la presión osmótica) osmol/litro. Las membranas celulares actúan como
membranas de diálisis (permiten el paso de solutos), aunque las macromoléculas, con sus numerosos
grupos ionizables (que interactúan con iones celulares de cargas opuestas), no pueden atravesarla.
Esto provoca una asimetría sobre las superficies de la membrana (mayor concentración intracelular de
iones inorgánicos), que da lugar al “potencial de membrana” (conducción eléctrica, transporte activo,
pasivo…). Este llamado efecto Donnan causa una tendencia a que la célula se hinche por la entrada de
agua como consecuencia de la presión osmótica, por lo que las células deben regular su osmolaridad.
Dos soluciones con la misma presión osmótica son isotónicas. Una célula en un medio hipotónico
absorbe agua (hemolisis eritrocitos en agua pura), y en una disolución hipertónica se encogen
(crenación de los eritrocitos).
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Interacciones hidrófobas.
Los grupos apolares tienden a asociarse en el agua, no porque tengan afinidad entre sí, sino porque el
agua las excluye formando puentes de hidrógeno a su alrededor. La “libertad” de las moléculas de agua
para formar puentes de hidrógeno en la superficie de las moléculas apolares es menor que en el agua
pura, estando más ordenadas que en el resto de la disolución, produciendo una disminución de
entropía. En el caso de haber dos moléculas apolares, acabarán juntándose en una, cuya superficie
será menor que la suma de las dos por separado, requiriendo así menos moléculas de agua en torno a
ella Se produce de esta forma un aumento de entropía global en la disolución, con un “orden aparente”
que junta las moléculas apolares. Una vez juntas, las sustancias apolares se mantienen unidas mediante
fuerzas de Van der Waals. Las interacciones hidrófobas son la fuerza principal que dirige el plegado de
macromoléculas proteicas, la unión de los sustratos a las enzimas, y la formación de las membranas
celulares externas y compartimentos.
Disolvente de moléculas anfipáticas y polares. Agua de solvatación.
Su carácter dipolar y su capacidad de formar puentes de hidrógeno hacen del agua una molécula muy
reactiva, capaz de solubilizar moléculas anfipáticas (pueden formar micelas en solución acuosa), así
como moléculas polares (tanto con carga neta como sin ella), en un fenómeno denominado
solvatación. La constante dieléctrica del agua es 80 (disminuye la fuerza de las interacciones
electrostáticas unas 80 veces respecto al vacío), por lo que las interacciones polares no covalentes
quedan disueltas en el agua (NaCl…). Esta D permite que puedan tener lugar los fenómenos
fundamentales: ósmosis, transporte… siendo esencial para la vida. Sin embargo, la capacidad disolvente
del agua presenta una limitación, ya que debilita las interacciones necesarias entre moléculas polares,
lo cual los seres vivos han resuelto creando microambientes moleculares libres de agua, en los que las
interacciones polares revisten una fuerza y especificidad máximas.
Electrolito débil, concepto de pH.
El agua es un electrolito débil debido a la pequeña masa de los átomos de hidrógeno y a que el único
electrón que poseen se halla fuertemente retenido por el oxígeno, dando lugar a un pequeño ion
dipolar. Al disociarse, genera el mismo catión que los ácidos y el mismo anión que las bases: sustancia
anfótera o anfolito (puede comportarse como un ácido débil, o una base débil).
El equilibrio de disociación en el agua está muy desplazado hacia la izquierda, con concentraciones de
H+ y OH- muy pequeñas (una de cada 107 moléculas ionizadas a 25oC). La información acerca de la
disociación del agua se obtiene a través de medidas de conductividad, debida a la presencia de iones
disueltos: concentración de iones H+ y OH- = 10-7M a 25oC.
En agua pura a 25oC la M=55’55 (g/PM ÷ V), que es prácticamente constante. Aplicando la Ley de Acción
de Masas al equilibrio obtenemos la constante de equilibrio (Keq) para la ionización reversible del agua
a 25oC: 1’8 x 10-16M.
En el agua pura existen concentraciones exactamente iguales de H+ y OH- , la solución es neutra, por lo
que la concentración de ambos iones es 10-7M (sabiendo que el producto iónico del agua (Kw) es
10-14M2). Cuando el agua no es pura, conociendo una de las concentraciones puede deducirse el
carácter ácido-básico de la disolución. Se ha escogido la concentración de protones como patrón de
medida, y para hacer su valor numérico, se expresa como el exponente de la potencia de 10 cambiado
de signo: pH = -log(H+), grado de acidez de la disolución. También existe el pOH, o basicidad de la
disolución, y la suma de ambos siempre es 14. En las disoluciones ácidas los valores de pH son inferiores
a 7, y en disoluciones alcalinas al contrario.
7 INTERACCIONES DE LAS BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO

3 - Ácidos, bases y sales. Fuerza iónica.

Svante Arthenius explica que un ácido se disocia en una solución acuosa dando iones hidrógeno, y una
base lo hace dando iones hidroxilo. No permite explicar cómo sustancia que no producen iones hidroxilo
en ocasiones se comportan como bases.
Bronsted descrbie que un ácido produce iones hidrógeno, y una base acepta los protones,
introduciendo el concepto de ácido y base conjugada. Según esta idea, los procesos de captura o cesión
de protones transcurren de forma reversible. Además, cuanto mayor es la facilidad con la que un ácido
libera un protón (ácido más fuerte), más difícilmente lo capta la base conjugada y al revés. Los ácidos y
bases fuertes estarían virtualmente disociados por completo en solución acuosa.
Gilbert Lewis define un ácido como una sustancia capaz de aceptar un par de electrones, y una base
capaz de cederlo.
Una sustancia que se comporta como ácido o como base según con qué reaccione se denomina
anfolito, como el agua. El agua se establece como referente para comparar la facilidad con la que
distintos ácidos ceden protones o la tendencia de las bases a aceptarlas (estándar de medida).
Las sales son combinaciones formadas por iones de signo opuesto, que actúan como electrolitos que al
disociarse producen iones diferentes a las del agua y que generan una fuerza iónica. El comportamiento
de los iones en disolución está influido principalmente por atracciones y repulsiones entre iones con
cargas (Ley de Coulomb), pero también influye la agitación térmica, que tiende a contrarrestar las
atracciones y repulsiones eléctricas. Esto depende de la composición iónica total de la disolución:
𝟏
𝝁 = 𝟐 ∑𝑪𝒊𝒁𝒊𝟐 (mu, fuerza iónica; Ci, concentración molar; Zi, carga iónica de cada uno de los iones).
De esta forma, la valencia de los electrolitos presentes en el medio contribuye en gran medida a
aumentar la fuerza iónica respecto a la concentración (Zi).

4 - Disoluciones tampón. Curvas de titulación.

Una disolución amortiguadora o tampón está formada por un ácido débil y su base conjugada fuerte
(sal) o por un ácido fuerte conjugado de una base débil (sal). La “capacidad amortiguadora” de un
sistema es la cantidad de ácido fuerte o base fuerte que el tampón puede aceptar sufriendo un
desplazamiento de pH de 1 unidad. Depende de dos factores: la concentración absoluta del sistema, y
la proporción relativa de las formas disociada y sin disociar del ácido débil. La eficacia es máxima
cuando la proporción base conjugada / ácido es 1.
La curva de titulación de un ácido débil o una base débil representa las variaciones de pH de su
solución al ir añadiendo volúmenes constantes de una base o ácido fuerte, de concentración
establecida. El ácido débil, más su base conjugada, constituyen una solución tampón, en equilibrio, cuyo
pH puede calcularse mediante la ecuación de Henderson-Hasselbach: pH = pKa + log(bc/a) .
Hay que tener en cuenta la simultánea disociación del agua, que dependiendo de la concentración del
ácido débil y su sal, tendrá más o menos importancia en cuanto a su contribución al pH de la disolución.
Además, la base fuerte añadida es capaz de desplazar ambas reacciones de disociación hacia la derecha,
para mantener sus equilibrios (el pH de una disolución de ácido no puede ser alcalino).
La constante de equilibrio para la disociación del ácido se denomina Ka. El pKa no es un pH, puesto que
mide la capacidad de un grupo funcional ionizable de una molécula de captar o ceder protones, es decir,
si ese grupo funcional es más o menos fuerte como ácido (a menor pKa, mayor fuerza). Análogamente,
cuando pH = pKa, el ácido débil se encuentra disociado al 50%.
El valor de pKa es constante para un ácido débil o un grupo ionizable de tipo ácido dado, por lo que
durante la titulación (siguiendo la ecuación de Henderson-Hasselbach), la única variable que afectará al
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pH es el log(bc/a), por lo que la variación del pH producida por una base fuerte depende del valor de la
variación que genere en dicha variable.
Cuando el cociente es 1, log1 = 0, y pH = pKa, por lo que la capacidad amortiguadora del tampón es
máxima. Lo mismo ocurre con una base débil. El pKa se puede interpretar también como el valor de pH
de una disolución tampón al cual la capacidad amortiguadora es máxima. Cada par ácido base tiene su
pKa y su pKb, y la suma de estos siempre es 14.
Los valores de sal y ácido están ligados, por lo que la menor variación de pH se producirá en valores de
numerador y denominador tales que al sumar o restar una unidad a cada uno y hacer lo propio con el
otro, el cociente sal/ácido varíe lo menos posible: sal = ácido.
El punto isoeléctrico (pI) de una disolución acuosa de una base o ácido débil, también conocido como
pH isoeléctrico, es el pH donde la carga neta de la molécula es cero, es decir, el pH al cual la molécula se
presenta en forma Zwitterion.

5 - Tampones fisiológicos. Introducción.

El pH fisiológico del organismo es 7’4 (vida posible entre valores 4 décimas arriba y abajo durante poco
tiempo), diferenciando acidosis y alcalosis. En el organismo se forman constantemente iones H+ por
distintas vías metabólicas, pero la mayor fuente de estos es el ácido carbónico, formado a partir del CO2
producido metabólicamente. Conseguir que la concentración de hidrogeniones en el líquido extracelular
varíe lo menos posible es fundamental, y aunque la mayoría de ácidos producidos metabólicamente son
neutralizados por las bases procedentes de los alimentos, el organismo debe tamponar el ácido (o base),
y eliminarlo por vía respiratoria o renal. Los tampones fisiológicos son la primera línea de defensa frente
a los cambios de pH. El tampón intracelular más importante es el sistema fosfato inorgánico, con un
pKa de 7’2 y un pKa’ de 6’8 (valor de pKa en condiciones fisiológicas de concentración de iones y
temperatura). La glucosa-6-fosfato y el ATP contribuyen también a mantener el pH. El principal tampón
extracelular es el tampón bicarbonato, con un pKa’ = 6’1. También son importantes las proteínas y
aminoácidos. Con todos estos mecanismos se consigue un pH arterial de 7’4 y un pH venoso de 7’35
(CO2 -> H2CO3 -> H+). También es importante el tampón hemoglobina reducida / oxihemoglobina en el
interior del eritrocito, interviniendo en la regulación de pH y transporte de O2 / CO2.

Tampón ácido carbónico / bicarbonato (H2CO3 ↔ HCO3- + H+)

Con un pKa’ = 6’1, debería ser mal tampón a pH = 7’4: ecuación de Henderson Hasselbach: log20 = 1’3.
En sangre, la concentración de bicarbonato es 20 veces la de ácido carbónico, sin embargo, es el
principal amortiguador fisiológico gracias a dos factores:

 Es un sistema abierto: la concentración de ácido carbónico (regulada por el sistema respiratorio) y

de bicarbonato (regulada por los riñones) son independientes la una de la otra, por lo que pueden
cambiar (mientras no cambie su equilibrio químico) sin producir variaciones de pH.
 El ácido carbónico se encuentra en equilibrio tanto con el bicarbonato como con el CO2 disuelto en
sangre, que a su vez lo está con el CO2 gaseoso: HCO3- + H+ ↔ H2CO3 ↔ CO2 disuelto ↔ CO2gaseoso

Existen mecanismos respiratorios para mantener las concentraciones. Ante un exceso de OH-, el ácido
carbónico se disocia (HCO3- + H2O (OH- + H+)), y el ácido carbónico eliminado será reemplazado por CO2
producido en los tejidos, con una bajada de la PCO2. Esto contribuye a una disminución de la velocidad
de la respiración, para elevar la concentración de CO2 y compensar.
Ante un exceso de H+, el bicarbonato forma ácido carbónico, que se disocia en agua y CO2, lo que
provoca un aumento de PCO2, que junto con la bajada de bicarbonato provoca una respuesta en el
9 INTERACCIONES DE LAS BIOMOLÉCULAS EN MEDIO ACUOSO

centro respiratorio del sistema nervioso, y aumenta la velocidad de la respiración, eliminando más CO2.
Los riñones son capaces también de eliminar el exceso de bicarbonato y protones. Respiración y
excreción en conjunto, consiguen lograr que la relación bicarbonato / ácido carbónico no varíe, y por
tanto, no varíe el pH. Al ser un sistema abierto, es eficaz para tamponar pHs ácidos y alcalinos.

Tampón fosfato (H2PO4 ↔ HPO42- + H+)

Con un pKa’ = 6’8, debería ser mejor tampón fisiológico que el bicarbonato, pero su concentración en
el plasma es una sexta parte la suya. Este es el más importante en los líquidos intracelulares, así como
en los líquidos tubulares de los riñones, que son zonas con un pH ligeramente más ácido, y mayor
concentración de este tampón.

Tampón hemoglobina
Debe sus propiedades a la capacidad de disociación de hidrogeniones del grupo imidazol de histidinas
terminales de cada una de las subunidades de la hemoglobina. Importante en el control de pH del
eritrocito y plasma. La hemoglobina no puede tener unidos al mismo tiempo átomos de oxígeno y
protones en los grupos imidazol de las histidinas terminales y otros residuos. Por tanto, el aumento de
acidez en los tejidos resulta en una disminución de la afinidad por el oxígeno, lo que hace más fácil su
liberación. Cada subunidad de la hemoglobina amortigua a un protón, generalmente procedente de la
disociación de ácido carbónico en bicarbonato.
Por otra parte, en el pulmón (menor acidez, se pierde CO2 gaseoso procedente de H2CO3), la
hemoglobina reducida tiende a liberar protones (actúa como ácido), aumentando la afinidad por el O2,
cuya mayor concentración también favorece su unión a la hemoglobina. Hb completa (pKa’=7’16):
Hb4O2 + nCO2 + nH2O (tejidos) ↔ (pulmones) HbnH + nHCO3 + 4O2 (no hay cambio de pH, n=+2).
El intercambio de oxígeno por protones o al revés, tiende a amortiguar los cambios de pH producidos
por el aumento/disminución de la concentración de CO2 en tejidos o pulmones, respectivamente,
además de participar en la captación/liberación del CO2. Además, parte del dióxido de carbono se
transporta asociado a la hemoglobina formando carbamatos.
La presencia/ausencia de oxígeno en la hemoglobina afecta a las propiedades ácido/base del grupo
imidazol: la hemoglobina oxigenada es un ácido más fuerte que la hemoglobina reducida (HHb). La
oxigenación de la hemoglobina aumenta su acidez: disminuye su pK’HHb4O2 = 7’16, mientras que
pka’HHb = 7’71. Acudiendo a la ecuación de Henderson-Hasselbach: si la relación entre la base
conjugada y el ácido sin disociar varían (como no varían los porcentajes disociados y sin disociar de cada
hemoglobina: 80% Hb4O2 + H+ / 20% HHb4O2 // 80% HHb / 20% Hb + H+), la única forma de que el pH no
varíe, es que cambie el pKa. Esto es lo que consigue la hemoglobina al unirse o separarse del oxígeno,
influyendo en la unión de protones, con lo que el pH varía muy poco.

Principio y transporte isohídricos. Efecto Bohr.

Todos los tampones intervienen juntos en el control de pH, puesto que el ión hidrógeno es común a los
equilibrios de disociación de todos ellos. Por tanto, todo lo que modifica la concentración de iones
hidrógeno afecta a los equilibrios químicos de todos los sistemas tampones, lo que se conoce como
principio isohídrico. El sitio principal de amortiguación de la acidez generada por el CO2 metabólico es el
eritrocito, cuyo tampón principal es la hemoglobina, y donde también participa el tampón bicarbonato
para regular el pH del plasma.
La sangre arterial (96% oxihemoglobina) llega a los capilares tisulares, y el CO2 difunde al interior del
eritrocito. Una pequeña parte se une a la hemoglobina, pero la mayoría es hidratado a H2CO3 por la
enzima anhidrasa carbónica. Este se disocia en bicarbonato e hidrogeniones, que harán que la
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oxihemoglobina pase a hemoglobina reducida (pKa’ = 7’71): dos fenómenos opuestos, se contrarrestan.
Por otra parte, el ión HCO3- sale del eritrocito, y en su salida es intercambiado por Cl-, manteniendo
constante la carga neta del eritrocito.
Entonces, el ion bicarbonato y el eritrocito con la hemoglobina reducida son transportados por sangre
hacia los pulmones, donde ocurre el proceso exactamente inverso. Todos estos procesos ocurren sin
cambios en el equilibrio ácido-base. El mecanismo amortiguador requiere una compensación de cargas
para mantener la neutralidad eléctrica, que es cubierta por el anión Cl-.

6 – Aplicaciones clínicas. Acidosis y alcalosis.

Cuando en una circunstancia patológica el pH sale de un rango normal, puede ser debido a dos causas
principales: aumentos o disminuciones en la concentración de bicarbonato, en cuyo caso las
alteraciones son de tipo metabólico; o bien a elevaciones o descensos de la PCO2, en cuyo caso son de
tipo respiratorio. Diferenciamos así, cuatro grandes grupos de patologías ácido-base:

 Acidosis metabólica: disminución del pH sanguíneo por una menor concentración plasmática de
bicarbonato. Para compensar, se produce un rápido estímulo de la frecuencia respiratorio (menos
CO2, más disociación de H2CO3, más bicarbonato). Algunos ejemplos son la cetoacidosis diabética, la
cetosis del ayuno prolongado o la pérdida de bicarbonato en diarreas severas. Como tratamiento
puede administrarse bicarbonato de sodio intravenoso.
 Alcalosis metabólica: aumento del pH sanguíneo por una disminución de la concentración de
hidrogeniones, con un aumento de los niveles de bicarbonato. Puede ser causada por un aumento
en las pérdidas de ácidos, como vómitos prolongados y diarreas.
 Acidosis respiratoria: disminución del pH sanguíneo como consecuencia de un aumento de H2CO3,
con la acumulación de CO2 en sangre, como consecuencia de una hipoventilación o asfixia.
 Alcalosis respiratoria: aumento del pH sanguíneo por una disminución de ácido carbónico, debido al
aumento del CO2 expulsado por los pulmones. Puede deberse a una hiperventilación aguda por
estímulo del centro respiratorio.
11 AMINOÁCIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES

TEMA 1.3 – AMINOÁCIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES (1–3)

1 – Nomenclatura, clasificación y estructura química.

Los α-aminoácidos (forman proteínas), están compuestos por un carbono α enlazado covalentemente
con un H, un grupo α-amino (NH2, básico), y un grupo α-carboxilo (COOH, ácido), además de un grupo
R, variable, que confiere una particularidad química a cada aminoácido. También existen β-aminoácidos
y ϕ-aminoácidos (como el ácido GABA), con un carbono alfa unido al carboxilo, y un carbono beta o
gamma unido al grupo amino.
En cuanto a la nomenclatura, se conocen con sus nombres comunes, de los cuales derivan abreviaturas
de tres letras o de una letra.
En cuanto a la clasificación, existen criterios biológicos, químicos y nutricionales.

Clasificación. Criterio nutricional.

Los aminoácidos esenciales son aquellos que no pueden ser sintetizados por el organismo humano, ya
que sus células carecen de los enzimas necesarios para ello, y por tanto es necesario adquirirlos en la
dieta. Dentro de ellos, podemos encontrar aminoácidos semiesenciales:
La arginina puede ser sintetizada en el ciclo de la urea, pero a una velocidad insuficiente para cubrir sus
necesidades durante el desarrollo.
La fenilalanina es necesaria en grandes cantidades para producir tirosina, a no ser que esta sea
suministrada por la dieta.
La metionina es necesaria en grandes cantidades para producir cisteína, a no ser que esta sea
suministrada por la dieta.
Diferenciamos de acuerdo al criterio nutricional:

 Aminoácidos esenciales: arginina, fenilalanina, metionina, histidina, isoleucina, leucina, lisina,

treonina, triptófano y valina.
 Aminoácidos no esenciales: alanina, aspartato, cisteína, glutamato, glicina, prolina, serina, tirosina,
asparagina y glutamina.

Clasificación. Criterio biológico y químico.

Diferenciamos aminoácidos proteicos (se encuentran formando parte de las proteínas) y no proteicos,
cuyas funciones biológicas no son muy bien conocidas en general. A su vez, los aminoácidos proteicos se
dividen en aminoácidos codificables o universales (se incorporan como tales a las proteínas); y
aminoácidos no codificables, modificados o particulares (son producto de una serie de modificaciones
químicas). Los aminoácidos proteicos codificables son veinte.

De acuerdo al criterio químico, atendiendo a la naturaleza polar y de cargas del radical R

diferenciamos: apolares, polares sin carga, polares aniónicos y polares catiónicos. Atendiendo a la
naturaleza química del radical R, diferenciamos alifáticos, aromáticos o heterocíclicos. Por otra parte, el
carbono de todos los aminoácidos (excepto el de la glicina) es un carbono asimétrico, por lo que son
ópticamente activos, diferenciando estereoisómeros D/L. Los aminoácidos que forman las proteínas
naturales son de la serie L: α-L-aminoácidos.
AMINOÁCIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES 12

2 – Propiedades ácido-base de los aminoácidos.

Los aminoácidos son sólidos, cristalinos, nada volátiles, insolubles en disolventes apolares, y solubles
en agua, en la que originan disoluciones electrolíticas. Su estructura, al tener siempre grupos cargados,
corresponde a una sal interna, ión doble o zwitterión: el carboxilo y el amino se neutralizan
mutuamente formando una sal que podría llamarse carboxilato de amonio.
Los aminoácidos pueden adoptar diferentes formas cargadas o sin carga, por la liberación/captación de
protones por parte de los grupos funcionales ionizables, la cual depende del pH del medio y del pKa de
los grupos ionizables (valor constante característico, correspondiente al pH con cantidades equimolares
de los grupos cargados y sin carga, en el que se alcanza la máxima capacidad tampón del grupo
funcional). La ecuación de Henderson-Hasselbach permite calcular la proporción relativa de las formas.
El número de posibles formas iónicas aumenta cuando aparece un grupo ionizable en R, con un pKa
generalmente intermedio (amino-carboxilo).
El punto isoeléctrico (pI) de un aminoácido es el pH al cual la carga global del conjunto de moléculas en
disolución será nula. Se estima como la media aritmética de los valores de pK que delimitan la forma zw.
Los aminoácidos con algún pKa próximo al pH fisiológico actúan como buenos amortiguadores
fisiológicos, los cual se pone de manifiesto en las curvas de titulación, valorándolos en disolución con
ácidos o bases fuertes, donde se aprecian en forma de meseta las zonas de máximo tamponamiento.
En el punto isoeléctrico, el poder amortiguador del aminoácido es nulo, pero también pueden existir
otras zonas de mínimo tamponamiento que no se corresponden con el punto isoeléctrico.
13 NUCLEÓTIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES

TEMA 1.4 – ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DE LOS NUCLEÓTIDOS (1)

1 – Composición química de los ácidos nucleicos. Estructura de los nucleótidos. Nomenclatura.

Los ácidos nucleicos son polímeros formados por nucleótidos (ribo / desoxirribonucleótidos). Un
nucleótido está formado por un nucleósido (aldopentosa + base nitrogenada), unido a uno o hasta 3
grupos fosfato.
Las aldopentosas son la β-D-2-desoxirribofuranosa (carece de átomo de oxígeno en el grupo -OH del
carbono 2), y la β-D-ribofuranosa. Ambos derivados de la D-ribosa.
En cuanto a las bases nitrogenadas, diferenciamos púricas (adenina y guanina) y pirimidínicas (timina,
citosina y uracilo). El ADN contiene timina y el ARN uracilo en su lugar. Estas secuencias son las
portadoras de la información genética. El azúcar y el grupo fosfato tienen función estructural.

La diferencia entre un nucleótido y su nucleósido es la ausencia del grupo fosfato unido al azúcar. Los
nucleósidos del ARN se llaman adenosina, guanosina, uridina, y citidina; y los del ARN igual, añadiendo
el prefijo desoxi, y con desoxitimidina en vez de uridina.

En el nucleósido, el carbono anomérico C1 del azúcar enlaza con el N9 de la purina, o con el N1 de la

pirimidina, mediante un enlace β-N-glucosídico (base por encima del azúcar). El azúcar se une al grupo
fosfato mediante un éster fosfórico, normalmente a través del grupo hidroxilo del C5, formando un
nucleósido-5’-fosfato.
Los números con prima (‘) se refieren al azúcar, y los otros a la base nitrogenada. Los prefijos “d” de la
nomenclatura abreviada indican que el azúcar es la desoxirribosa (dNTP vs NTP).
Los nucleótidos en el ADN y ARN son monofosfato, pero sus precursores son trifosfato, como el dATP,
que se encuentra “activado” por la presencia de dos enlaces fosfoanhídrido, cuya hidrólisis proporciona
la energía necesaria para su unión a otro nucleótido en las cadenas de ácidos nucleicos.

Como norma general, los nucleósidos se nombran con la terminación -ina y los nucleótidos con la
terminación -ilato, o con el nombre del nucleósido seguido de 5’ fosfato (desoxiadenosina,
desoxiadenilato, desoxiadenosina-5’-xfosfato). Se puede realizar una notación abreviada del ADN
(trinucleótido: pApCpG o bien pACG).

2 – Propiedades de los nucleótidos.

Son ácidos bastante fuertes (carga negativa a pH fisiológico).

Esto es gracias a los grupos hidroxilo de los fosfatos. La ionización del primer protón del fosfato se
produce con un valor de pKa = +-1, y la del segundo próximo a la neutralidad, lo que provoca que a pH
fisiológico los grupos fosfato estén ionizados por completo, con numerosas cargas negativas.
Este carácter polianiónico de los ácidos nucleicos favorece su interacción con grupos cargados
positivamente de proteínas como las histonas e iones metálicos, encontrándose casi siempre
neutralizados por estas interacciones iónicas.

Son hidrofílicos (fosfato y pentosa) e hidrofóbicos (bases nitrogenadas) a pH fisiológico.

A pesar de que todas las bases poseen átomos electronegativos de O (excepto adenina) en posición
exocíclica, y de N, tanto exocíclicos como en el anillo; y que son abundantes los enlaces polares (permite
establecer puentes de hidrógeno), la naturaleza aromática de los anillos hace que las bases tengan un
NUCLEÓTIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES 14

marcado carácter apolar, sean hidrofóbicas e insolubles en agua al pH celular.

También es cierto que a pH ácido o alcalino adquieren carga y se hacen más solubles en agua.

Dobles enlaces conjugados en las bases.

Como consecuencia de los sistemas de dobles enlaces conjugados de los anillos de purina y pirimidina,
las bases y todos sus derivados absorben intensamente la luz en la región del espectro cercana al
ultravioleta, con un máximo de absorción en torno a 260 nm.
Esto se utiliza para la determinación cuantitativa de ácidos nucleicos mediante la espectrofotometría,
con una sensibilidad de µg/ml. Se coloca una cubeta de grosor “L” en un haz de radiación
monocromática de intensidad “I0”, que disminuirá hasta un valor “I”. La absorbancia de la longitud de
onda se define como: A = log(I0/I), y está relacionada con “L” y la concentración “c” de la solución por la
Ley de Beer: A = є L c (є, coeficiente de extinción a una longitud de onda para la sustancia estudiada).

Alteraciones estructurales.
Los nucleótidos sufren alteraciones espontáneas de su estructura. En el caso del ADN, si dan lugar a
cambios permanentes en la información genética, se denominan mutaciones. Hay varias causas.

 Los procesos oxidativos (peróxido de hidrógeno, radicales hidroxilo, superóxido…) pueden provocar
desde la oxidación de la desoxirribosa y las bases hasta la rotura de las hebras.
 También sufren desaminación (citosina – uracilo; 5-metilcitosina – timina…), e incluso despurinación
(pérdida de la purina por hidrólisis del enlace N-glucosídico).
 La radiación ultravioleta forma dímeros de timina entre residuos adyacentes de la misma hebra,
dando lugar a codos. Además, las radiaciones ionizantes (rayos X y gamma) pueden provocar la
apertura de los anillos y la fragmentación de las bases, así como roturas en el esqueleto covalente.
 El ADN también puede ser dañado por reactivos químicos introducidos en el medio ambiente por la
industria, fundamentalmente desaminantes (ácido nitroso, HNO2) y alquilantes (S-
adenosilmetionina).
 Algunas bases sufren con frecuencia metilación enzimática, sobre todo la adenina y la citosina. En
algunos casos se conoce su función, pero en otros todavía es desconocida. Todas las ADN metilasas
conocidas utilizan S-adenosilmetionina como dador del grupo metilo. En las células eucariotas un
5% de residuos de citidina del ADN se encuentran metilados en forma 5-metilcitidina.
 Otro proceso importante es la acetilación y desacetilación de las histonas. Existen enzimas en la
célula que unen grupos acetilo (CH3-CO-) a los residuos de lisina de las histonas, reduciendo así la
carga positiva de estas proteínas, lo cual disminuye su interacción con el ADN. Entre estos enzimas
están las histona-acetiltransferasas (que introducen grupos acetilo) y las histona-desacetilasas (que
retiran los grupos acetilo).
Diferenciamos así histonas no acetiladas (cromatina más condensada, transcripcionalmente
inactiva, genes reprimidos, no se expresan) e histonas acetiladas (cromatina menos condensada,
transcripcionalmente activa, genes activos, se expresan).
15 NUCLEÓTIDOS. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES

3 – Formación de ácidos nucleicos.

El esqueleto de ADN está formado por desoxirribosas ligadas por enlaces fosfodiéster entre el
hidroxilo 3’ de la desoxirribosa y el hidroxilo 5’ de la siguiente, y es constante. La parte variable es la
secuencia de bases. Las cadenas de ADN presentan polaridad, con un extremo 5’-P y otro 3’-OH libres, y
por convenio, la secuencia de bases se lee en dirección 5’-3’.
Las moléculas de ADN son muy largas para albergar el gran número de genes que contienen las células
(e. coli, cromosoma de 14 mm largo, 23 A ancho; Drosophila melanogaster, molécula 2’1 cm), pero esto
también provoca que se rompan fácilmente durante su purificación y manipulación.
El ARN es un polímero formado por ribonucleótidos (OH en C2). Posee uracilo en vez de timina. Existen
ARNm, ARNt, ARNr… Su cadena está igualmente orientada en sentido 5’-3’.
ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN 16

TEMA 1.5 – ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN. DESNATURALIZACIÓN (1)

1 – Modelo de Watson y Crick.

En 1953, James Watson y Francis Crick propusieron un modelo sobre la estructura del ADN:

 El ADN está formado por dos cadenas helicoidales de polinucleótidos antiparalelas y dextrógiras
enrolladas a lo largo de un eje común, formando una doble hélice.
 Las bases nitrogenadas están en el interior de la hélice, y las unidades de fosfato y desoxirribosa
están en el exterior. Los planos que contienen los pares de bases son casi perpendiculares al eje de la
hélice (88o), y los que contienen los azúcares forman ángulos casi rectos con las bases.
 El diámetro de la hélice es de 23,7 Å. Los pares de bases adyacentes están separados 3’4 Å, y
desplazadas por una rotación de 34’6o. Por lo tanto, una vuelta completa de la hélice contiene 10’4
residuos y es de una altura de 35’4 Å.
 Las cadenas permanecen unidas por puentes de hidrógeno entre las bases (2AT y 3CG). Además, las
bases apareadas establecen interacciones hidrofóbicas de apilamiento entre las parejas
inmediatamente por encima y por debajo de ellas, estabilizando su estructura tridimensional.

El aspecto más importante es la especificidad del emparejamiento de las bases (factores estéricos,
puentes de hidrógeno). Los enlaces que unen a la cadena un par de bases enfrentadas siempre están
separados por 10’8 Å, por lo que la anchura de la doble hélice es constante (el espacio sería insuficiente
para dos purinas, y demasiado grande para dos pirimidinas). Además, las orientaciones y distancias de
los enlaces de hidrógeno son óptimas para que se produzca una fuerte interacción entre las bases
específicas (púrico-pirimidínicas).

2 – Las leyes de Chargaff.

Este modelo fue respaldado por los estudios de Erwin Chargaff en 1950 sobre la composición de las
bases nitrogenadas del ADN de diferentes especies. Chargaff estableció las siguientes leyes:

 La composición de bases del ADN varía de una especie a otra.

 La cantidad total de nucleótidos pirimidínicos es siempre igual a la de nucleótidos púricos.
 La cantidad de timina es siempre igual a la de adenina, y la cantidad de citosina es siempre igual a la
de guanina. Aunque la cantidad de AT no es necesariamente igual a la de GC.

La doble hélice presenta dos surcos, denominados mayor y menor, debido a que los enlaces
glicosídicos de cada par de bases no están dispuestos de forma diametralmente opuesta entre sí. En el
β-ADN, el surco mayor es más ancho (12 Å frente a 6 Å) y más profundo (8’5 Å frente a 7’5 Å) que el
surco menor, y tiene mayor potencial de formación de puentes de hidrógeno, lo que lo hace más
accesible a las interacciones con proteínas que reconocen secuencias específicas del ADN.

La estructura descrita por Watson y Crick, mayoritaria en condiciones fisiológicas, es la forma β-ADN,
que es la más estable. Sin embargo, el ADN puede adoptar otras formas helicoidales. Se han descrito
hasta 12 conformaciones distintas, divididas en tres familias: A, B y Z.
17 ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN

La forma A-ADN tiene una estructura más corta y de mayor diámetro que la forma B, y está favorecida
en disoluciones relativamente pobres en agua (menos del 70% de humedad relativa) o con elevada
concentración salina. Las moléculas de ARN de doble cadena y las moléculas híbridas ADN-ARN tienen
siempre estructura A.
La forma Z-ADN es una doble hélice levógira (al contrario que A y B), más larga y delgada y con un
aparente plegamiento en zig-zag. El surco menor es muy profundo. Algunos datos indican su presencia
tanto en procariotas como en eucariotas y su función parece estar relacionada con el control de la
expresión génica y la recombinación.

3 – Horquillas y cruces.

Las moléculas de ácidos nucleicos de una sola hebra pueden plegarse sobre sí mismas formando
estructuras de bases apareadas llamadas horquillas (ARNt…).
En el ADN bicatenario pueden formarse horquillas dobles, llamadas estructuras cruciformes, solo en
presencia de una secuencia palindrómica (referente a una frase que se lee igual hacia delante que hacia
atrás), que son aquellas regiones del ADN con repeticiones invertidas de la secuencia de bases con
simetría binaria. Las horquillas pueden presentar bucles (no complementarios) en sus extremos, lo que
implica que la estructura cruciforme sea menos estable que la doble hélice normal.
También existen repeticiones directas (repeticiones de secuencia en la misma dirección en la hebra) y
repeticiones especulares (la secuencia invertida se encuentra en la misma hebra). En este caso no se
forman horquillas o estructuras cruciformes.

4 – Dogma central de la Biología Molecular.

El modelo de Watson y Crick creó una gran expectación entre los genéticos de la época:
La estructura sugería una forma obvia para la duplicación o replicación de cada molécula a través de la
complementariedad de bases, lo que hasta entonces había sido un misterio.
Además, la estructura hace pensar que quizás la secuencia de nucleótidos en el ADN es la que determina
la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada por un gen.
Esto abrió las puertas para explicar la replicación del material hereditario y la síntesis de proteínas,
madurando la idea de lo que se convertiría en el Dogma Central de la Biología Molecular:
ADN (d) -> (transcripción)(retrotranscripción)<- ARN (d) -> (traducción) -> Proteínas

5 – Desnaturalización del ADN.

Los puentes de hidrógeno y las interacciones hidrófobas son fuerzas débiles, por lo que basta poca
energía para separar las hebras, la llamada desnaturalización del ADN. En disolución, bastaría con
calentar a temperaturas en torno a 100oC para lograrlo, o elevar el pH para romper los puentes de
hidrógeno. Para el ADN homogéneo, conocemos estos valores, pero también afectan factores como la
presencia de cationes, de poliaminas y proteínas que pueden neutralizar las fuerzas repulsivas entre los
grupos fosfato del esqueleto, que poseen carga negativa.

El punto medio de la transición entre los estados de doble hebra y de desnaturalización total es la
temperatura de fusión (Tm), o el pH de fusión (pHm), y la fusión ocurre de forma brusca. Estos cambios
bruscos son siempre característicos de las transiciones cooperativas, que en este caso, significa que la
doble hélice no puede desnaturalizarse fragmento a fragmento, si no que ocurre en conjunto.
ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN 18

La facilidad con la que una doble hélice se desnaturaliza, por efecto de temperatura o pH, depende de
su composición de bases (a mayor GC, mayor Tm o pHm). Sin embargo, dentro de las células la doble
hélice se funde por acción de las helicasas, que utilizan energía química del ATP para deshacerla.

La desnaturalización es un proceso reversible, siendo su opuesto la renaturalización, que tendrá lugar

si se baja la temperatura o el pH con un cambio gradual (si el cambio es brusco favorece la interacción
entre regiones parcialmente homólogas dentro de una misma cadena o entre ambas).
Esta capacidad de reasociarse permite la unión de moléculas de ADN in vitro, así como el aislamiento,
comparación e identificación de ácidos nucleicos específicos.

Es posible seguir el proceso de desnaturalización observando la absorbancia de la luz ultravioleta de

una longitud de onda de 260 nm en una solución de ADN. Cuando los nucleótidos están polimerizados
en un polinucleótido, y las bases empaquetadas en una doble hélice, se da un hipocromismo (menos
absorción de la luz), debido a la interacción estrecha de los grupos púrico-pirimidínicos.
Por tanto, al perderse la estructura secundaria la absorbancia aumenta. El aumento de temperatura de
una solución de ADN, con la consiguiente pérdida de estructura secundaria, aumenta la absorbancia.
Además, con la desnaturalización también disminuye la viscosidad del ADN, siendo el ADN de doble
cadena más viscoso que el de cadena sencilla.

6 – Topología del ADN.

La doble hélice de ADN se puede plegar sobre sí misma para formar estructuras terciarias derivadas
del superenrollamiento. Los extremos del ADN lineal, aunque abiertos, están inmovilizados por
proteínas u otras moléculas, por lo que también se superenrollan.
Las moléculas de ADN in vivo se encuentran muy compactadas.
Cuando un ADN de doble hélice lineal se convierte en una molécula de ADN circular cerrada, puede
presentarse en forma relajada (normal) y con distintos grados de superenrollamiento.
El superenrollamiento es biológicamente importante porque: da una forma más compacta al ADN,
facilitando su empaquetamiento en la célula; y el superenrollamiento de las dos hebras influye en el
grado de desenrollamiento de cada una, afectando a sus interacciones con otras moléculas.

Una doble hélice de 260pb (25 vueltas) con dos vueltas desenrolladas, podrá plegarse en forma circular
relajada (Lk=23, Wr=0); o bien en forma de superhélice negativa o dextrógira (Lk=23, Wr=-2).

Alteración de la forma global del ADN.

Al ser más compacto, el ADN superenrollado se mueve más rápido que el relajado al ser centrifugado
o sometido a electroforesis, ya que atraviesa más fácilmente los poros del gel de agarosa.
El número de enlace (Lk), se define como el número de veces que una hebra de ADN se enrolla en
sentido dextrógiro alrededor del eje de la hélice cuando está contenido en un plano.
El número de vueltas superhelicoidales se denomina número de superenrollamiento (Wr).
Las moléculas que difieren únicamente en el número de enlace son isómeros topológicos
(topoisómeros) entre sí. Los topoisómeros del ADN pueden interconvertirse solamente cortando una o
ambas hebras del ADN y posteriormente volviéndolas a unir (topoisomerasas).
Por convenio, a un superenrollamiento levógiro se le asigna un número positivo, y al contrario con el
dextrógiro. La disminución de Lk provoca un superenrollamiento dextrógiro; y un aumento de Lk
provoca mayor grado de enrollamiento de la doble hélice y superenrollamiento levógiro.
19 ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN

ADN en la naturaleza. Superenrollamiento negativo.

La densidad de superenrollamiento de la mayor parte de las moléculas de ADN en la naturaleza es
aproximadamente -0’06. El superenrollamiento negativo prepara al ADN para los procesos que
requieren la separación de las hebras (replicación, recombinación y transcripción).
Los superenrollamientos negativos deben ser eliminados en estos casos.
El superenrollamiento positivo dificultaría la separación de las hebras, por lo que no es predominante.
Las topoisomerasas son enzimas que introducen o eliminan superenrollamientos. Las de tipo I
catalizan la relajación del ADN superenrollado y las de tipo II introducen superenrollamientos negativos.
TIPOS DE ARN 20

TEMA 1.6 – TIPOS DE ARN (1)

El ARN es el ácido nucleico más abundante en la célula. Es monocatenario, aunque existen algunos
virus con ARN bicatenario. Se pueden distinguir distintos tipos de ARN en las células:

ARN heterogéneo nuclear (ARNhn)

Moléculas de ARN de masa molecular muy elevada en el núcleo de las células, siempre unidos a
proteínas. Se considera precursor del resto de ARNs de citoplasma mediante un proceso de
fragmentación específica de “maduración del ARN”.

ARN nuclear pequeño (ARNsn)

Con 100-200 nucleótidos, forman parte de ribonucleoproteínas nucleares pequeñas (RNPsn). Son
importantes en la maduración del ARNhm, emparejándose con intrones complementarios, formando
bucles que son eliminados. También participan en reacciones de corte y empalme.

ARN transferente (ARNt)

Con 75-90 nucleótidos, representa un 20% del ARN celular. Se conocen unos 60 tipos en eucariotas,
que se encuentran en mitocondrias y citosol. Se unen a un aminoácido específico y lo ensamblan al
polipéptido creciente en el ribosoma. Su secuencia de nucleótidos tiene la particularidad de contener
algunas bases raras (pseudouridina Ψ, dihidrouridina D) y bases características del ADN (ribotimidina).
En estructura secundaria, presenta zonas de emparejamiento antiparalelo de bases por enlaces de
hidrógeno (60-70%), y el resto adopta una conformación al azar. El nucleótido 5’ suele ser pG, y los tres
nucleótidos terminales 3’, pC-C-Aoh.
Los cuatro bucles tienen estructura y funciones características. El bucle D (rico en dihidrouridina, D) y
el bucle variable presentan particularidades en cada ARNt, mientras que el bucle TΨC es prácticamente
universal, y a través de él se produce la interacción con el ARNr de la subunidad grande. El bucle del
anticodón, en la parte inferior, contiene una secuencia de tres bases complementaria del triplete que
porta el ARNm como codón característico de cada aminoácido. El tallo aceptor es el lugar en el que se
fijará el aminoácido, en el extremo 3’ del ARNt.
Los estudios de difracción de rayos X han proporcionado en los últimos años información sobre su
estructura terciaria, muy similar en todos ellos (generalmente en forma de “L”).

ARN ribosómico (ARNr)

Constituye aproximadamente el 75% del ARN celular. Los ribosomas incluyen en su arquitectura,
además de proteínas específicas, tres o cuatro especies moleculares de ARNr: una en la subunidad
menor (16S en procariotas, 18S en eucariotas) y dos (23S y 5S procariotas) o tres (28S, 5’8S y 5S) en la
subunidad mayor.
De los estudios de secuenciación se deduce que pueden presentar numerosas zonas de
emparejamiento antiparalelo dentro de la misma fibra. Sus funciones biológicas están vinculadas a la
estructura del ribosoma y al mecanismo de síntesis de proteínas. Es el componente catalítico del
ribosoma, donde se produce el enlace peptídico entre los aminoácidos de la proteína en formación.

ARN mensajero (ARNm)

Representa aproximadamente el 5% del ARN celular. Se sintetiza sobre un molde de ADN, y sirve de
pauta para la síntesis de una proteína. Su masa molecular es muy elevada, y es muy inestable. En
21 TIPOS DE ARN

procariotas es frecuente que un solo ARNm codifique la síntesis secuencial de varias proteínas distintas
(ARNm policistrónico). En eucariotas todos los ARNm son monocistrónicos, y el transcrito primario
pre-ARNm sufre un proceso de maduración (eliminación de intrones, modificaciones…). Está compuesto
exclusivamente por los cuatro nucleótidos habituales. También contiene señales para la iniciación y
terminación de la síntesis, así como fragmentos que no se traducen. La información genética que
transporta el ARNm está vinculada a su estructura primaria.

Además, existen moléculas de ARNt, ARNr y ARNm en las mitocondrias, con características especiales,
implicados en la síntesis de proteínas de la cadena transportadora de electrones y la ATP sintasa.
Otros tipos minoritarios de ARN son:

 ARNv: relacionado con virus de ARN (bacteriófago MS2, virus del mosaico del tabaco, poliovirus…).
Su ARN es utilizado como mensajero para la síntesis de proteínas víricas, o bien, por un proceso de
retrotranscripción, origina un ADN que puede incorporarse a la dotación génica de la célula.
 ARNmi: los micro ARNs, con unos 21 nucleótidos y no codificantes, se unen a moléculas de ARNm
complementarias e inhiben su traducción. Existen centenares, muchos solo de forma transitoria.
 ARNsi: los ARNs pequeños de interferencia, pequeños, también se unen al ARNm, a menudo en la
región 3’ no codificante, provocando su degradación o la inhibición de la traducción.

Los ARNmi y los ARNsi proporcionan a los investigadores unos potentes instrumentos experimentales
para inhibir la expresión de determinados genes en las células. El ARN también es un componente de la
telomerasa, una enzima que mantiene los telómeros cromosómicos durante la replicación.
GENÉTICA 22

TEMA 1.7 – GENÉTICA (4)

1 – Síntesis artificial de genes.

En primer lugar, el primer nucleósido se una a partículas esféricas y microscópicas de sílice mediante
su grupo hidroxilo 3’OH. Para evitar la reacción de las partículas de sílice con otros grupos, el 5’OH y los
grupos amino de la base se bloquean con un reactivo específico, como el dimetoxitritilo DMT.
Una vez unido el nucleósido a la partícula de sílice, se elimina el agente que bloquea al 5’OH.
Seguidamente, se añade el segundo nucleótido activado (en forma de desoxirribonucleósido-3’-
fosforamiditas protonadas). El grupo 5’OH de monómero activado y los grupos amino de la base
nitrogenada no reaccionan porque están bloqueados por los grupos protectores. Se establece un enlace
5’-3’ entre los dos nucleótidos.
Ahora se produce una oxidación para formar un triéster (grupo fosfato), y se repiten los pasos segundo
a cuarto hasta que se añadan todos los nucleótidos. Finalmente se eliminan los grupos protectores de
las bases, los grupos cianoetilo de los fosfatos, y se separa la nueva cadena de soporte de sílice.

Este método permite que el producto siga unido al soporte sólido hasta el último paso. Al término de
cada etapa, se eliminan los reactivos solubles y productos secundarios lavando las esférulas que sirven
de soporte a las cadenas en crecimiento. Permite sintetizar cadenas de ADN de hasta 100 nucleótidos,
que pueden emplearse como cebadores para iniciar la replicación por la enzima ADN polimerasa, lo que
tiene gran utilidad en la PCR. Permite diseñar genes nuevos a voluntad, produciendo así proteínas
nuevas, con características originales.

2 – Determinación de las secuencias de los ácidos nucleicos.

A día de hoy, existen numerosos métodos de secuenciación del ADN y ARN naturales rápidos y exactos.
A continuación, se describe el método de Sanger, que utiliza solo reacciones sencillas y electroforesis.

Obtención de fragmentos de ADN apropiados.

La mayor parte son demasiado grandes para secuenciarlas en una sola operación, por lo que suelen
fragmentarse mediante endonucleasas de restricción. Una endonucleasa es una enzima que cataliza la
hidrólisis dentro de una cadena de ácido nucleico en una región de secuencia de bases determinada,
generalmente palindrómica. Con ellas se pueden obtener fragmentos definidos de ADN. Para obtener
una cantidad suficiente de cada fragmento se recurre a técnicas como la PCR. Mediante la secuenciación
de fragmentos solapados es posible determinar la secuencia completa de la molécula larga.

Secuenciación con didesoxinucleótidos, método de Sanger.

Se basa en la síntesis de una serie de moléculas hijas incompletas (fragmentos), que difieren en un
único nucleótido, derivadas de la molécula de ADN a secuenciar. Los fragmentos poseen un origen 5’
común y terminaciones 3’ con bases específicas, que se crean mediante una interrupción de la síntesis
enzimática de la molécula in vitro, al incorporar análogos de nucleótidos que sirven como terminadores
de la cadena.

La molécula de ADN se emplea como molde en cuatro reacciones distintas catalizadas por la enzima
ADN polimerasa, que genera una cadena complementaria 5’-3’, y que necesita un cebador (extremo
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3’OH libre). Como primer se emplea un oligonucleótido sintetizado artificialmente y complementario de

una secuencia situada en uno de los extremos del fragmento de ADN a copiar.

Estas reacciones de polimerización se realizan en presencia de análogos desoxirribonucleósidos

trifosfato (dNTP), los 2’-3’-didesoxirribonucleósidos trifosfato (ddNTP), que actúan como factores de la
terminación de la extensión de la cadena, puesto que carecen de terminaciones 3’OH (con 3’H).
Cuando el enzima incorpora un didesoxinucleótido se interrumpe la síntesis (no hay 3’OH). Para
generar una serie de fragmentos con terminación A, se efectúa la reacción de la ADN polimerasa en
presencia de concentraciones equivalente de dATP, dCTP, dGTP y dTTP, junto con un décimo de
equivalente de ddATP (complementario a T, será insertado ocasionalmente en vez de dAMP).
Así, se acumulan una serie de fragmentos cuyo tamaño corresponde a la posición de las Ts en la
secuencia de nucleótidos del ADN molde. De igual modo, se identifican las posiciones de las C, G o A,
simplemente mediante la realización de reacciones de polimerasa comparables a la anterior con los
otros tres análogos didesoxi: ddGTP, ddCTP y ddTTP, respectivamente.

Una vez realizada la síntesis de cadenas fragmentadas, se separan unas de otras mediante
electroforesis (en función de su tamaño, forma, carga neta y composición química). Los productos se
cargan en pocillos adyacentes de un gel de poliacrilamida, capaz de separar cadenas de nucleótidos que
solo difieran en un residuo. También se utilizan condiciones desnaturalizantes para impedir la
hibridación de regiones complementarias.
Así, los fragmentos más pequeños, que corresponden a las posiciones de las bases más cercanas al
primer, se desplazan con mayor rapidez por el gel.

En el caso de que se utilice un marcaje radioactivo en las cadenas de ADN sintetizadas, se seca el gel y
se coloca sobre una película fotográfica para obtener una autorradiografía. Entonces, se lee la secuencia
desde la parte inferior de la película hasta donde pueden diferenciarse las bandas (a menudo hasta más
de 200 residuos).

La tecnología más reciente permite la determinación automatizada de la secuencia con el método de

Sanger, realizando una sola reacción de polimerización utilizando un cebador, los cuatro dNTPs y los
cuatro ddNTPs modificados, cada uno de ellos marcados con un fluoróforo que emite fluorescencia a
diferente longitud de onda. Esto proporcionará una fluorescencia característica a los fragmentos
terminados en A, G, C y T, que podrán ser discriminados por un detector de fluorescencia. Este método
permite la determinación de la secuencia sin isótopos radiactivos, así como la captación y
procesamiento informáticos de las secuencias de ADN.

3 – Reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

La PCR permite la amplificación selectiva de secuencias de ADN y ARN. Fue descrita en 1983 por Kary
Mullis, a quien se le ocurrió caminando por las montañas un viernes noche, y que le merecería el premio
Nobel de Química unos años más tarde. Solo requiere un tubo de ensayo, reactivos (ADN doble hebra,
dNTPs, Mg2+, cebadores, ADN polimerasa) y una fuente de calor y refrigeración.

Principio de la técnica.
La PCR se basa en la amplificación enzimática y exponencial de un fragmento de ADN, flanqueado por
dos oligonucleótidos (primers), cada uno para una cadena (primer up, primer down), con sus extremos
3’ enfrentados, a partir de los cuales comenzará a sintetizar la ADN polimerasa.
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Para poder amplificar un fragmento de ADN, debemos conocer al menos la secuencia de la región donde
van a hibridar los oligonucleótidos iniciadores. Las etapas de cada ciclo de una reacción típica son:

 Desnaturalización de las hebras de ADN (60s, 95oC).

 Templado a la temperatura óptima de hibridación de los oligonucleótidos (50s, 55oC).
 Elongación, fase en la que se sintetiza de nuevo el ADN (180s, 72oC).

Normalmente se realizan 35-40 ciclos. La desnaturalización se mantiene pocos segundos para evitar la
degradación del ADN por despurinación. La temperatura de hibridación de los primers depende de su
longitud y la proporción CG, AT. En la fase de elongación, se busca la temperatura óptima de síntesis de
la Taq polimerasa (72oC), una ADN polimerasa termoestable aislada de un microorganismo termófilo,
sintetizando unos 1000 nucleótidos por minuto.
Además, normalmente se añaden una etapa previa (9min, 95oC, para inactivar proteasas y nucleasas de
la muestra y asegurar la desnaturalización completa) y una etapa final (4min, 72oC, para permitir que se
completen todos los fragmentos).

Al final del primer ciclo, las dos nuevas hebras sencillas sobrepasan la posición de los primers. Al final
del segundo ciclo, dos de las cuatro nuevas hebras, las complementarias a las sintetizadas en el primer
ciclo, ya no sobrepasan la posición del primer (delimitadas en ambos extremos), comenzando a
delimitarse la amplificación del fragmento diana. A medida que se suceden los ciclos aumenta el
número de fragmentos correspondientes a la diana, que en ciclos sucesivos sólo producirán copias
idénticas.

Especificidad de la reacción.
Durante el proceso, se deben amplificar sólo los fragmentos deseados, y no otras regiones con las que
los primers puedan hibridar. Estos suelen estar formados por un mínimo de 20 nucleótidos, que suele
conferirles especificidad suficiente. También influyen la concentración de sales y la temperatura de
hibridación (a mayor temperatura menor probabilidad de hibridaciones inespecíficas). Los
oligonucleótidos deben diseñarse de forma que no hibriden entre ellos.
La gran sensibilidad de la técnica hace que la contaminación de muestras con el producto de la
amplificación procedente de otras muestras cause grandes problemas. Incluso la contaminación que
represente una millonésima de volumen de reacción puede causar resultados desastrosos, al originar
falsos positivos. Para evitar las contaminaciones se recomienda destinar áreas de trabajo distintas para
la preparación de las reacciones y para el análisis de los productos de la reacción.
25 BIBLIOGRAFÍA

BIBLIOGRAFÍA

1. NELSON DL, COX MM. Lehninger. Principios de bioquímica. Barcelona; 2018. 1304 p.

2. Mathews CK. Bioquímica. Madrid; 2013. 1376 p.

3. PhD JWB, FRCPath MHDDHM. Bioquímica Médica - 5a Edición. Barcelona; 2019. 704 p.

4. PhD LBJ, Carey JC, Bamshad MJ. Genética médica, 6e. 2020. 352 p.

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