Informe Covid19 Modemat
Informe Covid19 Modemat
Informe Covid19 Modemat
26 de marzo de 2020
1
identificación, y dada la alta propagación del contagio en la ciudad de Wuhan y en la provincia
de Hubei, China, la Organización Mundial de la Salud, el 30 de enero de 2020, bautizó al nuevo
virus como SARS-CoV-2, denominó COVID-19 al tipo de neumonía que produce el virus, y
declaró la emergencia médica mundial.
El SARS-CoV-2, al igual que el SARS-CoV y el MERS-CoV, es un virus beta-corona de ARN
monocatenario positivo y su origen es de orden zoonótico, es decir, saltó de un huésped animal
(todavía sin identificar) a uno humano.
Por otro lado, el número básico de reproducción (la cantidad de personas a las que una persona
infectada puede contagiar) de este nuevo coronavirus es relativamente alto en comparación
a otros virus similares. En efecto, en [Ruiyun et al] se estima que el número efectivo de
reproducción R e es de 2.38 (95 % CI: 2.04 - 2.77), lo que muestra una alta capacidad del virus
para sostener la transmisión en el tiempo. Un desafío, por tanto, es estimar este número con
la información local y, a partir de estas estimaciones, buscar mecanismos para reducirlo hasta
números por debajo de 1, lo que implicaría que la pandemia está controlada.
2
La OMS sostiene que la mayoría de las personas (alrededor del 80 %) se recupera de la
enfermedad sin necesidad de realizar ningún tratamiento especial. Alrededor de 1 de cada
6 personas que contraen la COVID-19 desarrolla una enfermedad grave y tiene dificultad
para respirar. Las personas mayores y las que padecen afecciones médicas subyacentes, como
hipertensión arterial, problemas cardíacos o diabetes, tienen más probabilidades de desarrollar
una enfermedad grave. En torno al 2 % de las personas que han contraído la enfermedad han
muerto (ver [OMS]).
3
(ver [Brauer Castillo-Chavez]).
En general, se considera que un individuo infectado transmite el virus, de acuerdo a un
proceso estocástico de Poisson con tasa β ([Miller]). Un proceso de Poisson es un proceso
estocástico (sucesión de variables aleatorias que ocurren en el tiempo) de tiempo continuo que
se usa para hallar eventos específicos (un contagio en nuestro problema) que se dan en un
período de tiempo. La tasa β representa, de modo general, el tiempo transcurrido entre dos
eventos consecutivos [Last-Penrose]. La carga viral es recibida por un individuo elegido al
azar de la población. Si el receptor es susceptible, entonces se vuelve infectado. Los individuos
infectados se recuperan siguiendo un proceso de Poisson de un solo paso con tasa γ y, una vez
recuperados, son inmunes a futuras infecciones. Este modelo se expresa mediante el siguiente
sistema de ecuaciones diferenciales ordinarias:
dS
dt = −βIS
dI
(2.1) dt = βIS − γ I
dR
dt = γI,
4
que ayuden a disminuir velocidad de contagio de la población, por un lado, y a aumentar la
proporción de la población que se recupera o que deja de ser suceptible (desarrollo de medicina
y vacunas, etc.).
El comportamiento de estos modelos se puede apreciar en la figura 1, donde se ve que la
población infectada alcanza un pico y desciende (curva a ser aplanada), la población suceptible
desciende de forma acelerada y la población recuperada crece proporcionalmente.
Estos modelos, con sus variantes, se han utilizado de forma eficiente en el análisis cualitativo
de varias epidemias, y han dado luces sobre la evolución de una infección y la proyección del
daño que puede causar en determinadas poblaciones.
Figura 1: Simulación con el modelo SIR, considerando β = 10 y γ = 1. Aquí, la tasa de infección es alta respecto a la
tasa de recuperación, lo que explica el crecimiento acelerado de la población infectada, llegando al pico de
la epidemia en un corto período de tiempo. Además, se ve el rápido descenso de la población suceptible.
Una extensión de los modelos SIR son los llamados modelos SEIR (Susceptibles, Expuestos,
Infectados y Removidos). La diferencia respecto de los modelos SIR es la incorporación de una
variable que mide la población expuesta a la infección. De este modo, se puede medir la evolución
de la población suceptible dividiéndola en personas no necesariamente expuestas a la infección
y aquellas que sí lo están, por ejemplo, gente del círculo íntimo de personas ya infectadas o
gente que ha tenido interacción con personas infectadas en sistemas de transporte público, etc.
La idea central es modelizar el porcentaje de la población que ha sido expuesta a la infección y
que, por algún tiempo, puede ser removida (porque no contrajo la infección) o ya pasa a ser
parte de la población infectada. Con esta información, se puede entender de mejor forma la
importancia de los cercos epidemiológicos en la propagación del virus. Estos modelos tienen la
siguiente formulación:
dS
dt = −βIS
dE
dt = βIS − αE
(2.2)
dI
dt = αE − γ I
dR
dt = γI.
Aquí, α es una tasa de exposición de la población (ver [Chowell]). Es sencillo ver que las
5
ecuaciones para la población suceptible S y la recuperada R son las mismas que en el caso del
modelo SIR. El cambio central en este modelo es la introducción de la ecuación que mide la
evolución de la población expuesta E. Esta ecuación mide la evolución de E, considerando la
diferencia entre la población suceptible y la población expuesta mediada por la tasa α. Por
otro lado, la ecuación para la población infectada I mide la evolución de la población infectada
considerando la diferencia entre los expuestos que eventualmente desarrollarán síntomas y los
infectados que se recuperan con tasa γ . Por la forma de estas ecuaciones, las dos poblaciones,
tanto la expuesta como la infectada, crecen en una primera etapa de forma exponencial, alcanzan
un pico, y descienden de forma también exponencial.
Figura 2: Simulación con el modelo SEIR, considerando β = 10, γ = 1 y α = 2. Al igual que el modelo SIR, la tasa de
infección es alta respecto a las tasas de exposición y recuperación, generando el crecimiento acelerado de
la población expuesta y, posteriormente, de la población infectada. Aquí trabajamos con una condición
inicial E(0) = r e I (0) = 0, es decir, suponemos que la proporción de población expuesta es conocida,
pero que al inicio de la epidemia no hay población infectada [Brauer-Castillo-Chavez].
Aún cuando este tipo de modelos resultan adecuados y suficientes para enfermedades virales
como la influenza, en el caso del SARS-CoV-2 resultan poco confiables debido a las particularida-
des de esta nueva enfermedad viral. En particular, la gran cantidad de casos que no se detectan
a tiempo de la enfermedad (Ver sección 1.2.1), demandan variantes importantes en el modelo y
en su aplicación.
6
el siguiente sistema:
dS i β i S i I ir µ i β i S i I iu Mi j S j M ji S i
= − +θ −θ
Í Í
dt Ni − Ni j N j −I r j N i −I r
j i
dE β i S i I ir µ i β i S i I iu Ei Mi j E j M ji E i
= + +θ −θ
Í Í
dt Ni Ni − Z j N j −I r j N i −I r
j i
d I ir I ir
dt = α EZi − D
(2.3)
d I iu I iu M i j I ju M ji I iu
= (1 − α) EZi − +θ −θ
Í Í
dt D j N j −I r j N i −I u
j i
d Ri I ir +I iu
dt = ρ D
Ni = Ni + θ Mi j − θ M ji .
Í Í
j j
7
3. identificación de parámetros
El modelo (2.3) posee una serie de parámetros que deben ser estimados de acuerdo a caracterís-
ticas de la enfermedad viral, así como formas de propagación en el país bajo estudio. Un objetivo
central del trabajo que realiza el Centro de Modelización Matemática consiste en identificar los
parámetros mediante técnicas de ajuste (fitting techniques), utilizando la información proporcio-
nada por organismos oficiales del Estado. En particular, gracias a una estrecha colaboración con
el Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación - INSPI, organismo rector en temas de
diagnóstico de enfermedades y epidemias en el Ecuador, hemos podido obtener información de
primera mano para realizar tal estimación.
Estudios previos realizados con gran cantidad de información (ver [Ruiyun et al]), aunque
en un contexto socio-cultural distinto, establecieron intervalos para los parámetros que deben
ser observados en el modelo (2.3), cualquiera sea la realidad local. Estos intervalos son los
siguientes:
donde n es el número de datos disponible para hacer la inferencia. Hallada la solución de este
problema, podemos considerar que la solución f (ti , P)
b da el modelo mejor ajustado a la serie
temporal ti , de acuerdo al criterio de mínimos cuadrados (ver [Chowell]).
8
Este esquema, sin embargo, tiene como inconveniente el no tomar en cuenta la incertidumbre
en los parámetros. Considerando a estos, así como a la solución, como variables aleatorias
con distribución gaussiana, podemos adoptar el paradigma Bayesiano para problemas inversos
y estimar los parámetros buscando minimizar la probabilidad condicional a-posteriori de los
parámetros, dadas las observaciones.
En el caso del SARS-CoV-2, asumiendo una sola provincia aislada e introduciendo el vector de
parámetros P := (α, β, µ, ρ)T , el problema inverso de identificación de parámetros está formulado
mediante:
(I r (ti ) − Iiobs )Ci−1j (I r (t j ) − I jobs ) + (P − P b )T B −1 (P − P b )
Õ
min
P i, j
dS βSI r µβSI u
s.t. =− − ,
dt N N
dE βSI r µβSI u E
= + − ,
(3.1) dt N N Z
dI r E Ir
=α − ,
dt Z D
dI u E Iu
= (1 − α) − ,
dt Z D
dR Ir + Iu
=ρ
dt D
obs
donde Ii , i = 1, . . . , n, son las observaciones históricas de infectados reportados, C = (Ci j )
corresponde a la matriz de covarianza de errores de observación y B es la matriz de covarianza
de errores de fondo. Mientras que la matriz C es estimada partir de la forma, más o menos,
adecuada de realizar el registro de infectados, la matriz B es obtenida, en nuestro caso, a partir
de un esquema de aprendizaje ensemble, realizando perturbaciones aleatorias en los parámetros
de referencia.
4. escenarios
En la primera etapa de este trabajo estimamos los parámetros necesarios para el modelo
utilizando la información real obtenida de los entes respectivos del país en días anteriores y
utilizando estos parámetros junto con condiciones iniciales actualizadas para obtener prediccio-
nes en distintos escenarios. Estos escenarios contemplan distintos porcentajes de la población
en aislamiento social: desde el 0 % hasta el 90 %. Cabe mencionar que la estimación de los
parámetros está hecha, en una primera etapa, de forma empírica a partir de los estimadores
obtenidos en [Ruiyun et al]. Posteriormente, conforme se incorpora mayor información real,
se procede a realizar el ajuste y la estimación de parámetros adaptados a la realidad nacional.
En la Figura 3 se pueden ver las predicciones para las personas infectadas en Pichincha, a
partir del 22 de marzo de 2020. Como se aprecia en las figuras, por ejemplo, hacia el 27 de marzo
con una cuarentena del 75 % de la población, se reportarían entre 100 y 150 infectados.
En la Figura 4 se muestran las proyecciones de casos reportados (personas infectadas reporta-
das por las autoridades) en Guayas (izquierda) y Pichincha (derecha), para la semana del 23 al
28 de marzo de 2020.
9
Figura 3: Personas infectadas reportadas, a partir del 22 de marzo de 2020 para la provincia de Pichincha: escala
logarítmica (izq.) y escala lineal (der.).
Figura 4: Proyección de personas infectadas reportadas en la semana del 23 al 28 de marzo de 2020, en escala
logarítmica, para la provincia del Guayas (izq.) y la provincia de Pichinhca (der.).
10
sobre el porcentaje de personas aisladas es menor, debido a que en Quito, particularmente, se
han impuesto condiciones de cuarentena más duras que en otras ciudades del país.
De las simulaciones se puede apreciar el efecto positivo que tienen las medidas de aislamiento
social, pero también que éstas no frenan el contagio definitivamente, si no se determina de forma
temprana a la población infectada. La estrategia debe mudar hacia el aislamiento de todas, o de la
gran mayoría, de las personas infectadas y al relajamiento de medidas de aislamiento paulatino
para el resto de la población. Esto tendrá éxito siempre que se detecte eficiente y efectivamente
a la mayor cantidad posible de infectados de forma temprana. Por este motivo, la recomendación
sigue siendo mantener condiciones de aislamiento social, pero emprender campañas agresivas
de diagnósitco (aplicación de pruebas) a toda persona con indicios de síntomas, por leves que
parezcan.
Para reforzar lo señalado en el párrafo anterior, mostramos un posible escenario de salida
de las medidas de aislamiento. En la Figura 5 se muestran las proyecciones del número de
personas infectadas reportadas en la provincia de Pichincha en un único escenario de salida
de la cuarentena: 15 días de cuarentena para el 90 % de la población, los siguientes 30 días la
cuarentena aplica al 75 % de la población, y posteriormente solamente al 50 % de la población.
Las distintas proyecciones (representadas por las distintas curvas en el gráfico) sin embargo
dependen de un parámetro clave: µ, el factor de reducción de la tasa de contagio de la población
infectada no reportada. El modelo, como quedó explicado, considera que las personas infectadas
no reportadas presentan una tasa de transmisión atenuada de µβ.
Así, la idea detrás de esta simulación es mostrar el efecto real que tiene la reducción de este
factor mediante el aislamiento eficiente y efectivo de la población infectada: cuantos más test
diagnósticos se realicen, más rápido será el aislamiento de los enfermos y se romperá la cadena
de contagio respectiva. En conclusión, la población Iiu se va reduciendo a cero. En la simulación
se puede ver que manteniendo las políticas de aislamiento (cuarentena) igual: 15 días al 90 % de la
población, 30 días más al 75 % y luego aislamiento al 50 %, pero sin reducir la tasa de contagio de
las personas infectadas no reportadas (µ = 1), el pico de la epidemia llegaría aproximadamente
en 3 meses con cerca de 55.000 personas infectadas reportadas. Por otro lado, con la reducción
de la tasa de contagio de las personas infectadas en un 50 % (µ = 0,5), el pico de la pandemia se
demoraría hasta 6 meses y tendría, aproximadamente, 30.000 enfermos reportados. El efecto de
los test diagnósticos masivos es claro y esto está en concordancia con la recomendación de la
OMS.
Esta simulación se hizo con los parámetros β = 1,5 y α = 0,23. Este último parámetro se
obtuvo por técnicas de ajuste con la información oficial.
5. recomendaciones
El objetivo principal de la lucha contra una epidemia es reducir el factor efectivo de transmisión
de la enfermedad R e . Este número depende de la misma naturaleza de la enfermedad y de la
virulencia del virus. Sin embargo, las simulaciones muestran que hay factores complementarios
en los cuales se puede incidir decisivamente para esta reducción: aislamiento social y detección
temprana.
En un determinado escenario de aislamiento social, el principal factor de reducción es la
11
Figura 5: Escenario de salida de cuarentena progresiva con implementación de test diagnósticos diferentes para la
provincia de Pichinhca.
referencias
[1] Fred Brauer and Carlos Castillo-Chávez. (2001). Mathematical Models in Population
Biology and Epidemiology. New York: Springer.
[2] Gerardo Chowell. (2017). Fitting dynamic models to epidemic outbreaks with quantified
uncertainty: A primer for parameter unertainty, identifiability, and forecast, Infectious Disease
Modelling, DOI: 10.1016/j.idm.2017.08.001.
[3] Di Wu, Tiantian Wu, Qun Liu and Zhicong Yang. (2020). The SARS-CoV-2 outbreak:
what we know, International Journal of Infectious Diseases, DOI: 10.1016/j.ijid.2020.03.004.
[4] Günter Last and Mathew Penrose. (2018). Lectures on the Poisson Process. Cambridge:
Cambridge University Press.
[5] Stephen A. Lauer, Kyra H. Grantz, Qifang Bi, Forrest K. Jones, Qulu Zheng, Han-
nah R. Meredith, Andrew S. Azman, Nicholas G. Reich, Justin Lessler. (2020). The
Incubation Period of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) From Publicly Reported Confirmed
Cases: Estimation and Application, Annals of Internal Medicine, DOI: 10.7326/M20-0504.
12
[6] Joel C. Miller. (2017). Mathematical models of SIR disease spread with combined non-sexual
and sexual transmission routes, Infectious Disease Modelling, DOI: 10.1016/j.idm.2016.12.003.
[7] Organización Mundial de la Salud. (2020). Preguntas y respuestas sobre la enfermedad por
coronavirus (COVID-19) https://www.who.int/es/emergencies/diseases/novel-coronavirus-
2019/advice-for-public/q-a-coronaviruses
[8] Benjamin Ridenhour, Jessica M. Kowalik y David K. Shay. (2015). El número reproductivo
básico (R0): consideraciones para su aplicación en la salud pública, Pan American Journal of
Public Health, DOI: 10.2105/AJPH.2013.301704.
[9] Ruiyun Li, Sen Pei, Bin Chen, Yimeng Song, Tao Zhang, Wan Yang and Jeffrey Sha-
man. (2020). Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel
coronavirus (SARS-CoV2), Science, DOI: 10.1126/science.abb3221.
13