Alineamiento de Secuencias de Adn y Generación de

UNIVERSIDAD NACIONAL DE
MOQUEGUA
ESCUELA
PROFESIONAL
DE INGENIERIA
AMBIENTAL
TEMA:
“ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE
ADN Y GENERACION UN ÁRBOL
FITOGENÉTICO”
CURSO:
BIOTECNOLOGIA
ESTUDIANTE:
ARRAZOLA CCOSI, MARIA MILAGROS
DOCENTE:
Dr. SOTO GONZALES, HEBERT H.
CICLO:
VII
FECHA DE ENTREGA:
22/10/2021
ILO-PERU
2021
INDICE
1 INTRODUCCION .................................................................................................... 3
2 OBJETIVOS.............................................................................................................. 5
2.1 OBJETIVOS GENERAL .................................................................................. 5
2.2 OBJETIVOS ESPECIFICOS ............................................................................ 5
3 MATERIALES.......................................................................................................... 5
4 METODOLOGIA ..................................................................................................... 5
5 RESULTADOS ......................................................................................................... 9
6 CONCLUSIONES .................................................................................................... 9
1 INTRODUCCION
En la actualidad, el análisis filogenético se basa, fundamentalmente, en el análisis
comparativo de secuencias génicas. En los métodos filogenéticos reconstruyen árboles en
los que las ramas y los modos unen diferentes taxones. Al recorrer las ramas desde los
modos Germinales hacia nodo original recorremos la historia evolutiva de ese peno
organismo. En los términos más generales, un árbol filogenético es una representación
esquemática de entidades biológicas que están conectadas por descendencia con pueden
ser especies o grupos taxonómicos mayores, la mayoría de árboles filogenéticos se crean
a partir de datos moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas.
El Nitrógeno (N) es un elemento necesario en la composición de proteínas, ácidos
nucleicos y otros componentes celulares, siendo así una molécula esencial para el
Crecimiento de todos los organismos. En la atmósfera el N ocupa aproximadamente 80%,
existiendo en la forma N=N, sin embargo, el N2, debido al triple enlace entre los dos
átomos de nitrógeno, que hace a la molécula casi inerte, no puede ser aprovechado por la
mayoría de las formas vivientes, sino solo por un pequeño grupo de microorganismos
altamente especializados, que incluyen algas, bacterias y actinomicetos. Para ser utilizado
en el crecimiento, este debe ser primero reducido y luego fijado" (combinado) en la forma
de iones amonio (NH4+) o nitrato (NO3-). El proceso a través del cual esos
microorganismos reducen el nitrógeno hasta una forma utilizable es conocido como
Fijación Biológica de Nitrógeno. El proceso puede ser llevado a cabo por los
microorganismos en vida libre o en simbiosis con plantas, y el mismo no solo permite
usar el nitrógeno atmosférico sino también revertir o reducir la degradación del suelo
(Allan y Graham, 2002, Parsons, 2004). Los genes mis también codifican una serie de
proteínas reguladoras implicadas en la fijación de nitrógeno, estas se encuentran en ambas

bacterias fijadoras de nitrógeno de vida libre y en bacterias simbióticas asociadas con
varias plantas
Para esta práctica utilizamos el programa informático de MEGA DNA, donde usamos
secuencias de ADN identificadas en la práctica N° 01 y luego arincamos cada organismo
con el gen Nilli (Fijación biológica de nitrógeno), utilizando el método evolutivo
UPGMA (Método de grupos de pares no ponderados con media aritmética) 1000
bootstrap, para posteriormente construir el árbol filogenético. Las Similitudes y
diferencias entre secuencias biológicas relacionadas (reveladas con alineamiento) han
sido analizadas y visualizadas en el contexto de árboles filogenéticos. De manera que nos
permitan comprender más acerca de su proceso evolutiva a partir de ancestros comunes.

2 OBJETIVOS
2.1 OBJETIVOS GENERAL
 Utilizar el Mega software para ver el árbol filogenético del organismo
2.2 OBJETIVOS ESPECIFICOS
 Alinear la secuencia del ADN bacteriano
 Construir un árbol Filogenético
3 MATERIALES
 Laptop
 Programa MEGA
 INTERNET
4 METODOLOGIA
 Abrimos el programa de MEGA

 Posteriormente damos click en (quería databank) abriéndose esta ventana
 En nucleótido se pone NIFH la cual mostrará muchas muestras y solo se escogerá
10 de ellas
 Seleccionamos la primera muestra posterior mente en T Add Alignmet donde se
nos mostrara una página de MIX: Aliganment Explorer

 Donde para todas las muestras se hará el mismo procedimiento, obtenemos de la
siguiente manera
 Para el alineamiento de secuencia de ADN Bacteriano; se procede dar a EDIT,
Buscar SELECT ALL y darle click, lo cual obtendremos lo siguiente:
 Seleccionamos MUSCULO y dar en ALING DNA, donde comienzan a alinearse
las muestras insertadas
 Se procede a hacer la eliminación de columnas vacías

 Para la formulación del árbol filogenético; se necesita dar click a DATA, click en
MEGA FORMAL/ALINEAMIENTO, Click en guardar con el nombre
ALINEAMIENTO
 El segundo se le pondrá ALINEAMIENTO y darle click en OK, dar click en YES
para la confirmación donde ir a MEGA X, click en PHYLOGENY otro clic en
CONSTRUCT/TES UPGMA TREE y por ultimo OK

5 RESULTADOS
Para la realización de esta filogenia se puede establecer analizando las similitudes y las
diferencias de los rasgos. Las especies que comparten muchos rasgos están estrechamente
relacionadas y se sitúan cerca en el árbol de vida. Se utilizo la herramienta MUSCLE para
la alineación de las 15 secuencias del Gen nifH, después se procedió a la elaboración del
árbol filogenético. El primer grupo está conformado por Mesorhizobium albiziae y
Mesorhizobium septentrionale. Estas dos son especies próximas ya que presentan una
cercanía de 100%, este grupo se encuentra a una cercanía de 98% con la especie
Mesorhizobium sp. El segundo grupo está conformado por Azospirillum brasilense y
Azospirillumformosense. Estas dos son especies próximas y a que presentan una cercanía
de 100%, este grupo se encuentra a una cercaníade 53%con el género 16 Mesorhizobium.
La especie Rhizobium leguminosarum bv trifollino es próxima debido a su cercanía de
35% y la especie Rhizobiumleguminosarumbvviciae tampoco se encuentra próxima
debido a su cercanía 30%.
6 CONCLUSIONES
Se concluye que el programa MBGA no es tan amigable con aria que no tiene
conocimiento de cómo funciones, pero es fácil de aprender a usarlo. Esta aplicación de
bioinformática es muy importante ya que nos facilidad contra la similitud de los
microrganismos. Además, al ser un programa instalado, la conectividad a internet no es
un limitante para su funcionamiento
El programa MEGA permite realizar alindamientos múltiples empleando dos algoritmos
diferentes ClustalW y Muscle, en este informe se trabajó con Muscle y con ello se ha
identificado las zonas conservadas de exones e entrones. Y si se logró alinear la secuencia
Los goles filogenéticos son generados para analizar las relaciones evolutiva chorad y
obtener información a partir de ellas. Se logró obtener un árbol filogenético que demostró
que las muestras tienen gran similitud entre ellas.

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En la actualidad, el análisis filogenético se basa, fundamentalmente, en el análisis

comparativo de secuencias génicas. En los métodos filogenéticos reconstruyen árboles en

organismo. En los términos más generales, un árbol filogenético es una representación

ser especies o grupos taxonómicos mayores, la mayoría de árboles filogenéticos se crean

a partir de datos moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas.

El Nitrógeno (N) es un elemento necesario en la composición de proteínas, ácidos

Crecimiento de todos los organismos. En la atmósfera el N ocupa aproximadamente 80%,

microorganismos reducen el nitrógeno hasta una forma utilizable es conocido como

microorganismos en vida libre o en simbiosis con plantas, y el mismo no solo permite

proteínas reguladoras implicadas en la fijación de nitrógeno, estas se encuentran en ambas

secuencias de ADN identificadas en la práctica N° 01 y luego arincamos cada organismo

con el gen Nilli (Fijación biológica de nitrógeno), utilizando el método evolutivo

UPGMA (Método de grupos de pares no ponderados con media aritmética) 1000

bootstrap, para posteriormente construir el árbol filogenético. Las Similitudes y

diferencias entre secuencias biológicas relacionadas (reveladas con alineamiento) han

sido analizadas y visualizadas en el contexto de árboles filogenéticos. De manera que nos

permitan comprender más acerca de su proceso evolutiva a partir de ancestros comunes.

2.1 OBJETIVOS GENERAL

 Utilizar el Mega software para ver el árbol filogenético del organismo

2.2 OBJETIVOS ESPECIFICOS

 Alinear la secuencia del ADN bacteriano

 Construir un árbol Filogenético

 Abrimos el programa de MEGA

 En nucleótido se pone NIFH la cual mostrará muchas muestras y solo se escogerá

 Seleccionamos la primera muestra posterior mente en T Add Alignmet donde se

nos mostrara una página de MIX: Aliganment Explorer

 Para el alineamiento de secuencia de ADN Bacteriano; se procede dar a EDIT,

Buscar SELECT ALL y darle click, lo cual obtendremos lo siguiente:

 Seleccionamos MUSCULO y dar en ALING DNA, donde comienzan a alinearse

las muestras insertadas

 Se procede a hacer la eliminación de columnas vacías

MEGA FORMAL/ALINEAMIENTO, Click en guardar con el nombre

 El segundo se le pondrá ALINEAMIENTO y darle click en OK, dar click en YES

para la confirmación donde ir a MEGA X, click en PHYLOGENY otro clic en

CONSTRUCT/TES UPGMA TREE y por ultimo OK

relacionadas y se sitúan cerca en el árbol de vida. Se utilizo la herramienta MUSCLE para

árbol filogenético. El primer grupo está conformado por Mesorhizobium albiziae y

Mesorhizobium sp. El segundo grupo está conformado por Azospirillum brasilense y

de 100%, este grupo se encuentra a una cercaníade 53%con el género 16 Mesorhizobium.

La especie Rhizobium leguminosarum bv trifollino es próxima debido a su cercanía de

35% y la especie Rhizobiumleguminosarumbvviciae tampoco se encuentra próxima

debido a su cercanía 30%.

conocimiento de cómo funciones, pero es fácil de aprender a usarlo. Esta aplicación de

bioinformática es muy importante ya que nos facilidad contra la similitud de los

microrganismos. Además, al ser un programa instalado, la conectividad a internet no es

un limitante para su funcionamiento

El programa MEGA permite realizar alindamientos múltiples empleando dos algoritmos

identificado las zonas conservadas de exones e entrones. Y si se logró alinear la secuencia

que las muestras tienen gran similitud entre ellas.

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