Daniela Acelas Prada - 2152513

Daniela Sánchez Ceballos - 2162170

TALLER #5. GLUCOPROTEÍNAS. SARS-CoV-2.

1. ¿Cuáles moléculas constituyen la estructura del SARS-CoV-2? Haga una

representación de la estructura del virus indicándolas.

Estructuralmente, la característica más predominante en el SARS-CoV-2 es el conjunto

de proteínas que están ubicadas en su superficie en forma de “picos” o “espículas”,
también llamadas ​proteína S. Cada una de estas proteínas están formadas por tres
péptidos que componen aproximadamente entre 1160 y 1400 aminoácidos y posee un
gran número de regiones glicosiladas, lo que facilita su unión a azúcares y otras
proteínas, además de ayudar al virus a no ser reconocido por los anti-cuerpos. En la
Figura 2 podemos ver la estructura tridimensional de una proteína S, donde sus hélices
alfa (rosado) están situadas a lo largo de esta, como especie de “espina dorsal” y sus
hojas betha (amarillo) se localizan en los extremos, con la función de fusionarse con la
célula para su proxima infección. Donde también se refleja la sección de la proteína
donde se encuentra el dominio de unión al receptor o RBD, lugar donde el virus se una
a una enzima en la superficie de la célula anfitriona sana, permiento la fusión y abriendo
paso al transporte del material genético viral. La secuencia de la ​proteína S del
SARS-CoV-2 contiene en este sitio cuatro aminoácidos RRAR
(arginina-arginina-alanina-arginina).

Figura 1.​ Modelo estructural del virus SARS-CoV-2.

FUENTE: ​SARS-CoV-2 Structure (COVID-19 Coronavirus). Molecular Memory.
 Figura 2.​ Estructura tridimensional de una proteína S (hélices ɑ en rosado y hélices β en amarillo) y en
enfasis en su sitio de unión a la célula (RBD).
FUENTE: ​SARS-CoV-2 Structure (COVID-19 Coronavirus). Molecular Memory. ​EDITADO:​ AUTORAS.

Dos de estos RBD están en una conformación descendente en la estructura y solamente uno
está en conformación “para arriba” que es de mayor energía, es en esta conformación donde
se realiza la unión a la célula receptora.

2. ¿Cuál es la proteína del SARS-CoV-2 responsable de su ingreso a las células? ¿Qué

características estructurales tiene?

Últimos estudios, han demostrado que es este sitio donde el RBD se encuentra en la
conformación requerida donde la enzima ​angiotensina 2​, conocida como ACE2, es el receptor
específico de las células que se fusiona con el virus. Esta interacción se da debido a que las
dos estructuras, la del virus como la de la enzima, se encuentran glicosiladas y la unión de
estas dos estructuras se estabiliza por interacciones débiles de van der Waals, como los
puentes de hidrógeno, entre las cadenas de los residuos aminoacídicos de cada una de ellas.
Por ejemplo, en la ​Figura 3, se puede observar la unión de RBD-ACE2 involucra varios enlaces
de hidrógeno formados por dos residuos de tirosina de las dos estructuras, y a su vez la
cadena lateral de un residuo de tirosina, correspondiente a ACE2, interacciona con el carbonilo
de la cadena lateral de la asparagina del RBD y este a su vez se une a través de su átomo de
hidrógeno de su grupo amino al carbonilo del residuo de glutamina de ACE2.
 Figura 3. ​Modelo de unión del sitio RBD perteneciente a la proteina S del SARS-CoV-2 con la enzima
receptora, ACE2. A su vez, un enfoque a algunas interacciones entre las cadenas laterales de los
residuos aminoacídicos de estas dos estructuras.
FUENTE: ​SARS-CoV-2 Structure (COVID-19 Coronavirus). Molecular Memory.

3. Explique ¿Cuál es la función de las proteínas ACE2 y TMPRSS2 humanas en el ingreso

del virus a las células?

Como se ha dicho anteriormente, la ​proteína S está conformada por tres péptidos, cada uno de
estos posee dos sub-unidades o dominios S1 y S2. La sub-unidad S1 actúa como mecanismo
de apertura o cierre para posibles fusiones, es allí donde se localizan las dos conformaciones
ya explicadas en el punto anterior donde se acopla al receptor ACE2 de la célula huésped. La
sub-unidad S2 posee dos regiones, HR1 y HR2, que contienen residuos hidrófobos que
participan en la fusión de las membranas.

La función principal de la enzima ACE2 ya la conocemos, pues ésta actúa como receptor
celular que se une a la región RBD de la proteína S viral y constituye un receptor de entrada
para el virus. Más específicamente, el dominio S1 se une a ACE2, mientras que el dominio S2
es activado por la proteasa TMPRSS2 (serin-proteasa), que es la proteasa transmembranal de
serina 2 asociada a la superficie del huésped, y regula la entrada viral en las células a través de
la fusión de las membranas celular y viral.

Es por esto que las acciones de estas proteínas juntas dan como resultado la fusión de la
membrana viral de la célula huésped y su genoma de ARN se libera en el citoplasma de la
célula para después ser duplicado por el ribosoma.

4. ¿Qué tipo de virus es el SARS-CoV-2?

El coronavirus tipo 2 del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-Cov-2) es uno de los siete
tipos de coronavirus, y el causante de la pandemia mundial del 2019, es de la familia de los
nidovirales, por lo que su genoma está formado por ARN monocatenario de sentido positivo, el
cual presenta la misma estructura que el ARNm eucariota, debido a ello, este tipo de virus
puede utilizar proteínas específicas de la célula huésped durante su replicación y expresión
génica la cual tiene lugar en el citoplasma. Además forma parte de la familia de coronavirus β al
igual que el SARS-Cov y el MERS-CoV, previamente identificados en China y Arabia Saudita
respectivamente, produciendo insuficiencia pulmonar e infecciones en el tracto respiratorio
altamente mortal.

5. ¿Cómo es reproducido el SARS-CoV-2 en las células humanas?

El SARS-CoV-2 ingresa al cuerpo humano y se aferra a las células de las vías respiratorias las
cuales producen la proteína ACE2, que actúa como llave vírica, al entrar en contacto el virus
con la célula y se fusiona con su membrana lipídica, se libera un fragmento de material
genético ARN. La membrana lipídica del virus consta de tres proteínas estructurales las cuales
son, la ​proteína S que permite que el virus entre a la célula, la ​proteína E la cual es una
pequeña proteína de la envoltura y permite la infección de más células y la proteína N, ella es
una fosfoproteína de la nucleocápside que permite camuflar el material genético viral, toda ellas
son clave en el proceso de secuestro de la célula y replicación del material virulento

Una vez dentro de la célula, el virus comienza el trabajo de replicar su material genético
utilizando el mecanismo celular humano, el cual una vez se encuentra infectado se dispone a
trabajar por completo para el patógeno.El ARN del virus el cual tiene al menos 30000
nucleótidos de longitud, entra en contacto en el citoplasma de la célula, donde allí tiene
contacto con los ribosomas y centros celulares de traducción del material genético y en los que
además se sintetizan proteínas, es en este preciso momento donde la célula humana se
confunde e interpreta el ARN viral como propio y sigue los pasos para replicar el ARN viral
creando millones de copias del virus dentro del organismo antes que la célula infectada colapse
y muera.

6. ¿Qué sabemos a cerca del desarrollo de vacunas contra el SARS-CoV-2?

El desarrollo de vacunas puede llevar años, pero las autoridades mundiales de salud y los
investigadores involucrados están apoyándose en las nuevas tecnologías a partir de vacunas
base que ya tienen desarrolladas por los brotes de coronavirus como el SARS o el MERS. Para
producir un vacuna contra el SARS-CoV-2 los científicos se están basando en las
modificaciones genéticas de vacunas, este tipo de vacunas usan ARN o ADN modificado
genéticamente, que tiene instrucciones para hacer copias de la ​proteína S y estas copias
generadas provocarán la respuesta inmunitaria al virus. Unos de los estudios más recientes
está siendo llevado a cabo por la compañía alemana ​BioNTech ​y el laboratorio farmacéutico
estadounidense ​Pfizer,​ los cuales afirman después de obtener resultados preliminares de su
proyecto conjunto de vacuna contra el coronavirus en 45 participantes, que estos muestran la
capacidad de generar una respuesta positiva de anticuerpos neutralizantes humanos a niveles
superiores o iguales a los observados en plasma extraído de pacientes infectados con
SARS-CoV-2 y que ya se han recuperado, incluso esta respuesta positiva se produce con dosis
relativamente bajas. Con estos estudios la fase l se logra superar y se esperan los resultados
para confirmar la efectividad del a fase ll, la cual es verificar que la segunda dosis aplicada a
los voluntarios sigue siendo efectiva.

BIBLIOGRAFÍA

[1] ​Villatoro, Francisco R. ​La estructura 3D de la glicoproteína espicular del coronavirus

SARS-CoV-2. (​ 2020).
[https://francis.naukas.com/2020/02/24/la-estructura-3d-de-la-glicoproteina-espicular-del-corona
virus-sars-cov-2/]

[2] ​Monteil, V., Kwon, H., Prado, P., Hagelkrüys, A., Wimmer, R. A., Stahl, M., … Penninger, J.
M. ​Inhibition of SARS-CoV-2 Infections in Engineered Human Tissues Using Clinical-Grade
Soluble Human ACE2. ​(2020). Cell.​ doi:10.1016/j.cell.2020.04.004

[3] ​Zhou, P. ​et al.​ ​A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat
origin.​ (2020). Nature 579, 270-273.

[4] ​Hoffmann, M. ​et al​. ​SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is
Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. (2020). Cell.
https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052

[5] ​Mulligan, M., Lyke, K., Kitchin, N., Absalon, J., Gurtman, A., & Lockhart, S. et al. (2020).
Phase 1/2 Study to Describe the Safety and Immunogenicity of a COVID-19 RNA Vaccine
Candidate (BNT162b1) in Adults 18 to 55 Years of Age​: Interim Report. Medrxiv. doi:
10.1101/2020.06.30.20142570