Taller Ecología del Paisaje

Objetivos del taller:

- Consolidar el aprendizaje de los conceptos tratados en el trascurso de la clase.
- Familiarizar a los estudiantes con el uso de herramientas gratuitas que permiten
abordar problemáticas ecológicas desde una perspectiva espacialmente
explícita.
Sección 1: Descarga de imágenes satelitales.
“Copernicus” es un programa de la unión europea que ofrece servicios de
información de manera libre y gratuita. Este programa se sustenta principalmente
en información colectada por un grupo de satélites denominados Sentinel y también
por información colectada “in-situ”. La información que proveen los servicios de
Copernicus puede ser usada para un amplio tipo de aplicaciones en una gran
variedad de áreas (Copernicus: Europe's eyes on earth, 2020).
Para mayor información sobre las características y distintos usos de que se dan de
este programa, pueden visitar la página principal que se menciona en la bibliografía.
 Ingresar a Copernicus: Utilizar el buscador de google y escribir “copernicus
open access” y dar click en el primer resultado. También pueden ir
directamente a través del link https://scihub.copernicus.eu/. Una vez se
encuentren en la página, deben dirigirse a la sección Open Hub y dar click,
esto los direccionará a una página desde la cual pueden ver un mapa
cartográfico de la tierra (Imagen 1).

Imagen 1: Vista general Copernicus Open Access Hub.

 Crear usuario: Para poder utilizar el servicio, primero se debe crear un
usuario con su respectiva contraseña. En la esquina superior derecha de la
página, encontrarán una figura con la forma de una persona, dar click sobre
ésta y luego dar click en “sign up”. Ingresen todos los datos que allí solicitan
(nombre, apellido, nombre de usuario, contraseña y correo electrónico); en la
sección de dominio deben seleccionar “land” y en uso, seleccionen
“education”. Al finalizar de llenar la información, se enviará un correo de
confirmación al correo que registraron para así validar la creación de la
cuenta de usuario.
 Ubicación y selección de imagen: Al regresar a la página de la Imagen 1 e
ingresar su nuevo usuario y contraseña, ustedes ya están listos para buscar
y descargar imágenes. Estando en el mapa, deben desplazarse hacia
Colombia y hacer zoom en la imagen hasta que ubiquen la ciudad de Bogotá.
Estando sobre Bogotá, deben generar un polígono que abarque la totalidad
de la ciudad, esto se hace utilizando el click derecho en su computador.
Después de haber generado el polígono, deben dirigirse a los criterios de
búsqueda en la esquina superior izquierda (círculo rojo, Imagen 2) y
desplazarse hacia abajo para agregar un “sensing period” y un “ingestión
period” entre el 01 y 10 de enero de 2020, seguir deslizando hacia abajo y
seleccionar la misión Sentinel 2 y, por último, colocar un filtro de cobertura
de nubes igual a [0 TO 10] (cuadro verde, Imagen 2).
Nota 1: El buscador permite filtrar las imágenes a través de múltiples criterios,
los cuales no serán tratados acá dado que no son necesarios para realizar el
taller, sin embargo, alentamos a aquellos estudiantes interesados a que
investiguen sobre la familia de satélites sentinel y los información que
colectan.

Imagen 2: Búsqueda y selección de imágenes.

 Descarga de imagen: Después de colocar las especificaciones mencionadas
en el punto anterior deben dar click en buscar. Lo anterior hará que se
muestren múltiples imágenes disponibles que cumplen con los criterios que
fueron ingresados. Como podrán notar, las opciones de imágenes que
aparecen tienen extensiones mucho más grandes que la ciudad de Bogotá.

Entre los diferentes resultados, deben seleccionar el primero que les aparece
y cuya referencia es S2A_MSIL1C_20200109T152631_N0208_R025_T18NWL_
(cuadro verde, Imagen 3). La página les permite tener una visualización
previa de la imagen (círculo rojo) para que se aseguren que es la imagen que
desean descargar (círculo amarillo). La descarga de la imagen puede tardar
varios minutos debido al tamaño de los archivos que se descargarán.

Imagen 3: Imagen a descargar.

Después de realizar el paso anterior, en sus computadores habrán

descargado una carpeta que contiene múltiples archivos. A diferencia de las
imágenes que la mayoría de ustedes están acostumbrados a utilizar y que
suelen venir en formatos JPG o PNG, éstas imágenes que ustedes acaban
de descargar traen un gran número de datos auxiliares o “metadatos” que
contienen la información que captan los satélites a través de sus sensores
(estos sensores tienen la capacidad de captar distintas longitudes de onda
del espectro electromagnético). Estos metadatos son los que realmente se
utilizan en investigación, ya que permiten calcular múltiples variables que dan
información sobre un área específica y que, teniendo varios datos en el
tiempo, permiten ver los cambios que sufren estas áreas.

Sección 2: Visualización y procesamiento de imágenes.

 De la misma forma en que existen programas para abrir imágenes en
formatos JPG o PNG, también los hay para abrir el tipo de imágenes que
ustedes acaban de descargar. Dos de los programas más utilizados para
trabajar con este tipo de imágenes son: ArcGIS y QGIS. Estos programas,
además de permitir visualizar este tipo de imágenes, también permiten crear,
editar y analizar varios tipos de información geoespacial.

QGIS al ser un programa gratuito y de libre acceso, será el que utilizado en

este taller.

 Descarga en instalación de QGIS: Para descargar e instalar el programa,

pueden buscar QGIS en google, dar click en el primer resultado que les
aparecerá y estando en la página principal, dar click en “descargar ahora”.
También pueden ir directamente a través del siguiente enlace
https://www.qgis.org/es/site/forusers/download.html.
Estando en la página mencionada arriba, deben deslizar hacia abajo hasta
encontrar la sección llamada “Repositorio de la versión con soporte a largo
plazo (más estable)” (cuadro rojo, Imagen 4) y dar click sobre alguna de las
dos opciones que allí se muestran dependiendo del sistema operativo de sus
computadores: 64 o 32 bits (círculos verdes, Imagen 4).

Imagen 4: Página descarga QGIS.

Nota 2: Se hace la descarga de una versión más antigua de QGIS dado que
estas versiones son más estables para trabajar, las versiones más recientes
están en constante actualización y en ocasiones no se pueden utilizar
algunas de sus funciones. Si desean conocer más de QGIS, pueden dirigirse
a su página web en donde encontrarán información más detallada.
 Después de haber descargado el programa (este proceso puede tardar varios
minutos dependiendo de la conexión a internet que tengan), podrán abrir el
asistente de instalación. Deben leer las indicaciones, aceptar los términos y
condiciones, especificar una carpeta de destino donde se guardará el
programa y dar click en “instalar”. Después de esperar varios minutos
mientras se instalan los contenidos, deben dar click en finalizar y ya estarán
listos para utilizar el programa.

 Abrir QGIS y descargar complementos: Abran la carpeta de destino donde

descargaron el programa y desde allí podrán abrir la aplicación QGIS
(aparecerá como QGIS Desktop 3.4), en computadores con Windows 8 o 10
podrán escribir en el buscador “QGIS” y también les aparecerá el acceso
directo. Cuando ingresen al programa, se encontrarán con una interfaz
similar a la de la Imagen 5; al principio puede parecer un poco abrumadora
la interfaz y la cantidad de íconos que aparecen, pero no se preocupen, cada
uno de los pasos van a mostrarse detalladamente.
La Imagen 5 muestra una interfaz muy similar a la que a ustedes les debe
aparecer. El cuadrado amarillo es la zona donde ustedes podrán visualizar
las imágenes una vez las abran en el programa. Los paneles de la sección
izquierda son simplemente accesos rápidos que permiten trabajar de forma
más cómoda: en el panel de navegación podrán buscar a través de carpetas
para abrir los archivos deseados y en el panel de capas podrán ver la lista de
archivos que han abierto/creado (cuadro verde y rojo respectivamente). Los
paneles que se muestran en su interfaz pueden ser modificados a su gusto,
esto lo pueden hacer dando click en la sección “Ver” (círculo azul) y luego en
“Paneles”.

Imagen 5: Interfaz QGIS.

Lo primero que harán, será instalar en QGIS bases de mapas con los cuales
la mayoría están familiarizados: Google maps y Google Satellite. Para lo
anterior, deben desplazar a través del navegador (cuadro verde, Imagen 5)
hasta encontrar una sección denominada XYZ Tiles ( ), dar click
derecho sobre ésta y luego en “conexión nueva” lo cual les abrirá una
ventana emergente como la de la imagen 6. Allí deben colocar como nombre
“Google Satellite” y en la sección de URL pegar el siguiente enlace:
https://mt1.google.com/vt/lyrs=s&x={x}&y={y}&z={z}.

Imagen 6: Agregar bases de mapas a QGIS.

Para instalar Google Maps deben repetir el mismo proceso, pero en la

sección de URL deben colocar el siguiente enlace:
https://mt1.google.com/vt/lyrs=m&x={x}&y={y}&z={z}. Al instalar estas dos
bases de mapas, pueden dar doble click sobre cualquiera y un mapa
aparecerá en la sección de visualización de la interfaz (al igual que si
estuvieran viéndolo a través de una web o desde una aplicación en sus
dispositivos móviles) (Imagen 7).
Nota 3: Pueden agregar varias bases de mapas a QGIS realizando los pasos
nombrados arriba, para obtener los enlaces de URL pueden ir a la siguiente
página https://gis.stackexchange.com/questions/20191/adding-basemaps-
from-google-or-bing-in-qgis y deslizando hacia abajo los encontrarán (Open
Source Options, 2020).
 Imagen 7: Visualización Google Satellite en QGIS.

Para desplazarse a través del cuadro de visualización deben dar click sobre
el ícono “Desplazar mapa” (círculo rojo, Imagen 7) y para acercar o alejar la
vista del mapa deben utilizar los íconos “Acercar zoom” o “Alejar zoom”
(círculos amarillos, Imagen 7).

Para finalizar esta sección, van a instalar un complemento para el programa

llamado “Semi-Automatic Classification Plugin (SCP)” el cual, además de
permitir realizar una clasificación de coberturas en imágenes tomadas con
sensores remotos, también provee de distintas herramientas para descargar
y procesar imágenes satelitales y para realizar cálculos de distintas variables
(Luca, 2016). Para realizar la instalación, deben dirigirse a la sección
“Complementos” en la barra de herramientas de QGIS (cuadro azul, Imagen
7) y allí dar click en “Administrar e instalar complementos”. Esto les abrirá
una nueva ventana en donde deben dirigirse a la sección “Todos” (Cuadro
rojo, Imagen 8) y en el buscador escribir “Semi”, esto será suficiente para que
les aparezca el complemento (cuadro amarillo, Imagen 8). Al seleccionarlo,
encontrarán una breve descripción del complemento, fecha en que fue
lanzado y descripción de las distintas actualizaciones que ha tenido. Estando
allí, deben dar click en “Instalar”.
 Imagen 8: Instalación del Semi-Automatic Classification Plugin

 Abrir y procesar imágenes: En esta sección visualizarán y procesarán las

imágenes que fueron descargadas al inicio del taller para poder trabajar con
ellas de una mejor manera.
Para empezar, van a abrir a través de QGIS las imágenes descargadas. Para
ello, primero deben tener claro en dónde están ubicadas las imágenes; deben
dirigirse a la carpeta que descargaron, abrirla (se darán cuenta que hay
múltiples carpetas en su interior), abrir la carpeta “GRANULE”, luego la
carpeta “L1C_T18NWL_...” y finalmente abrir la carpeta “IMG_DATA”. Al
ingresar a esta última carpeta, podrán ver que tienen en total 14 elementos
en formato JP2. Todos estos elementos poseen el mismo nombre que solo
cambia al final y es allí donde hace referencia a la banda específica del
satélite. En total el satélite Sentinel 2 cuenta con 13 bandas (de la 1 a la 12
y una banda llamada 8a) y, además, también tienen una banda con
terminación “TCI” que es una imagen en donde se combinó la información de
varias bandas (las B4, B3 y B2). Una vez tengan claro en dónde están
ubicadas las imágenes, van a ingresar a QGIS y abrir las que corresponden
a las bandas B2, B3, B4 y B8 que son con las cuales trabajaremos ya que
manejan la escala más detallada que es de 10m. Para abrir las imágenes en
QGIS, pueden hacerlo a través del navegador (cuadro verde, Imagen 5)
buscando entre las carpetas, o a través del ícono “Añadir capa ráster” en la
barra de herramientas izquierda desde donde pueden examinar más
fácilmente la carpeta donde se encuentran los archivos (cuadro rojo y verde,
Imagen 9).
Nota 4: Las bandas que uno utiliza dependen de lo que uno está intentando
mirar, por ejemplo, para ver mejor las diferencias entre cultivos se suelen
utilizar las bandas B11, B8 y B2 (GISGeography, 2019). Para mayor
información sobre los satélites Sentinel y sus bandas, pueden revisar la
página de GISGeography que está en la bibliografía.

Imagen 9: Abrir imágenes en formato ráster.

Una vez abiertas las imágenes, estas se mostrarán en la interfaz visual y

aparecerán en el panel de capas (cuadro rojo, Imagen 5). Recomiendo
también abrir Google satellite para tener una mejor percepción de la
ubicación y extensión de las imágenes. El siguiente paso, consiste en utilizar
el complemento SCP descargado anteriormente para obtener la reflectancia
de la superficie de las imágenes (leer Nota 5). Para obtener la reflectancia de
las bandas, deben dirigirse al botón SCP en la barra de herramientas,
seleccionar la opción de Preprocesamiento y dar click sobre Sentinel 2. Esto
los llevará a una ventana emergente en donde deben especificar el lugar
donde están los archivos con las bandas (cuadro verde, Imagen 10) y dar
click en aceptar. En este momento les debe aparecer una lista de 13 bandas
(cuadro rojo, Imagen 10). Recuerden que solo se utilizarán las bandas B2,
B3, B4 y B8, por lo tanto, deben quitar de la lista las demás bandas; esto se
hace a través del botón “suprimir fila” (cuadro amarillo). Finalmente, deben
seleccionar la opción “Aplicar la corrección atmosférica DOS 1”,
deseleccionar la opción de “Crear juego de bandas” y dar click en la opción
“Run” (cuadros azul, naranja y negro respectivamente). Deben seleccionar
una carpeta de destino dado que se crearán nuevos archivos; recomiendo
 desde antes crear una carpeta distinta a donde están las imágenes originales
para evitar confusiones con los nombres.

Imagen 10: Complemento SCP, proprocesamiento de imágenes.

Nota 5: La reflectancia (también llamada reflectancia espectral) se define

como la proporción o tasa de incidencia-a-reflejado del flujo radiante sobre
longitudes de ondas específicas y es una propiedad inherente de un objeto
que, a diferencia del resplandor y otros valores de irradiación, es
independiente de la intensidad y la naturaleza de la iluminación (Peddle et
al., 2001). En otras palabras, es una característica de los objetos que no varía
en relación a variables ambientales y que no puede ser medida de forma
directa por los satélites, por esto es que debe ser derivada a través del
procesamiento de las imágenes. El por qué se utiliza y cuáles son las
características de la reflectancia son temas complejos que no son relevantes
para el desarrollo de este taller.
Después de esperar unos pocos minutos, ya tendrán sus “capas” de
reflectancia cargadas en QGIS, estas tienen el mismo nombre que sus capas
originales, exceptuando que al inicio tienen “RT”.

 Crear juego de bandas y recortar: En esta sección, crearán un conjunto o

juego de bandas con las capas de reflectancia que obtuvieron en la sección
anterior. Nuevamente deben dirigirse al botón SCP en la barra de
herramientas y luego dar click en “Juego de bandas” lo que los llevará a una
ventana emergente (Imagen 11). Dado que ustedes ya tienen sus capas
cargadas en QGIS, solo deben dar click en la opción “recargar lista” en la
sección “Single band list” (cuadro rojo, Imagen 11). Luego deben seleccionar
las 4 capas de reflectancia y añadirlas al Bandset a través del botón “Agregar
 bandas” (cuadro amarillo). Finalmente, en la sección de “Configuración
rápida de longitud de onda” deben seleccionar la opción sentinel 2 (cuadro
verde). Después de dar click en “Run” y especificar una carpeta donde se
guarde la información, ya tendrán su juego de bandas definido (
).

Imagen 11: Creando juego de bandas.

Teniendo el juego de bandas establecido, ustedes podrán jugar con las

combinaciones de estas para visualizar de distintas formas el área de la imagen.
Dando click en la sección “RGB” en la esquina superior izquierda de QGIS,
podrán hacer las combinaciones que deseen (Imagen 12). QGIS trae por defecto
dos de las combinaciones más utilizadas: 3-2-1 (Bandas B4, B2 y B2) y 4-3-2
(Bandas B8, B4 y B3). La última combinación mencionada es la que más se
utiliza para diferenciar zonas de vegetación de zonas urbanas.

Imagen 12: Utilizar distintas combinaciones de bandas.

Deben tener presente que el orden en que quedaron sus bandas en el “Bandset”,
es en el que aparecen en la sección de RGB, por ello las bandas B8, B4, B3 y
B2 quedaron como 4, 3, 2 y 1 respectivamente. Dado que solo estamos
utilizando 4 bandas de las 13 que maneja el satélite Sentinel 2, las opciones de
combinación son limitadas. Si desean ver otras combinaciones de bandas, los
invito a utilizar el “Playground” de la página Sentinel Hub: https://apps.sentinel-
hub.com/sentinel-playground/?source=S2&lat=4.626046294262076&lng=-
74.15359497070312&zoom=11&preset=1-NATURAL-
COLOR&layers=B01,B02,B03&maxcc=20&gain=1.0&gamma=1.0&time=2019-
07-01%7C2020-01-12&atmFilter=&showDates=false.
Por último, dado que la extensión de las imágenes descargadas es mucho mayor
que la de la ciudad de Bogotá, ustedes van a recortarlas para ver solo la
extensión de la zona de interés. Esto tiene como finalidad que ustedes aprendan
cómo obtener imágenes de alta resolución de cualquier zona de interés.
Diríjanse nuevamente a la sección SCP y en “Preprocesamiento” den click sobre
la opción “Recortar múltiples rásters”. En la ventana emergente que les
aparecerá (Imagen 13), ustedes deben especificar la zona que desean recortar.
Hay dos formas de delimitar la zona: pueden hacerlo de forma manual a través
del botón “Establecer área en el mapa” (cuadro verde, Imagen 13) y formando
un polígono en el área de Bogotá con click derecho (teniendo activa la capa de
Google Satellite les será más sencillo ubicar el área de Bogotá), o ingresando
las coordenadas de forma directa. Las coordenadas para recortar son:
UL 578551.848y 537042.936 LR 609014.681 y 492815.415

Imagen 13: Cortar capas en un área específica.

Al igual que en los pasos anteriores, deben dar click en “Run” y especificar una
carpeta de salida. Los nombres de las nuevas capas creadas empezarán por “clip”,
deben volver a generar el juego de bandas con estas capas y visualizar el área de
Bogotá con las dos combinaciones posibles del RGB. Al final, deberán tener un
resultado como el que se muestra en la imagen 14.

Imagen 14: Bogotá vista con las dos combinaciones de bandas.

Después de haber realizado todos los pasos y teniendo las imágenes procesadas,
ya están listos para responder las preguntas del taller.
PREGUNTAS:
- Visualice la imagen que usted obtuvo después de realizar los pasos anteriores
y compárela con la imagen que le proporciona Google Satellite ¿Ambas
imágenes son iguales o se parecen? Si existen diferencias entre ambas ¿A qué
cree que se puedan deber estas diferencias?
- Mencione dos ventajas que tenga realizar los pasos anteriores con imágenes
compuestas por múltiples bandas (en contraste a si se mirara una imagen de
Google Satellite).
- Utilizando el juego de bandas 4-3-2, identifique al menos 5 zonas al interior de
la ciudad en donde se refleje una alta presencia de vegetación (ej: parques,
corredores verdes, universidades, etc.).
- Ejercicio: Deben seleccionar y visitar 3 de las zonas que se mencionan a
continuación. En cada una de estas zonas, ustedes deben “muestrear” la
avifauna y consignar los datos en una tabla como se muestra en el ejemplo. Sus
muestreos pueden ser a través de transectos (caminando al interior de las
zonas) o de estaciones fijas y deben tener una duración de 10 minutos cada
uno, intercalados por períodos de 30 minutos en que no están muestreando.
Utilizando la imagen que desarrollaron durante este taller, información que
puedan obtener de los sitios que eligieron muestrear y todos los conocimientos
que han adquirido durante el módulo de ecología, deben dar una explicación
elaborada de los patrones de distribución y abundancia de las especies que
logren documentar.

Nota: La guía de aves de la ciudad de Bogotá puede descargarse de forma

gratuita a través del siguiente link
http://www.bogotaturismo.gov.co/sites/default/files/BogotaGuiadeAves2019.pdf
No es necesario que sepan los nombres de todas las aves, aquellas que no
puedan identificar correctamente pueden llamarlas como “Morfotipo”.

Zonas: Parque Simón Bolívar, Campus Universidad Nacional, Parque Nacional,

Parque El Chicó-Virrey, Sendero Quebrada la Vieja, Sendero Las Delicias y
Corredor arbóreo del Park Way.
Tabla ejemplo:

Número de
Zona Muestreo Hora Especies
individuos
Chulo (Coragyps atratus) 3
Pava andina (Penelope
1
6:30 a. montagnii)
1
m. Torcaza (Zenaida
7
auriculata)
Morfotipo 1 (Colibrí) 2
Torcaza (Zenaida
4
auriculata)
Sendero 7:10 a.
2 Alizafiro grande
Quebrada la m. 2
(Pterophanes cyanopterus)
Vieja
Morfotipo 2 1
Torcaza (Zenaida
4
auriculata)
Petirrojo (Pyrocephalus
7:50 a. 1
3 rubinus)
m.
Cucarachero (Troglodytes
2
aedon)
Mirla (Turdus fuscater) 2
Bibliografía:
 Congedo, Luca (2016). Semi-Automatic Classification Plugin Documentation.
DOI: http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.29474.02242/1
 Copernicus: Europe´s eyes on earth (09 de enero de 2020). About
Copernicus: Copernicus in Brief. Recuperado de:
https://www.copernicus.eu/en/about-copernicus/copernicus-brief
 GISGeography (22 de noviembre de 2019). Sentine 2 Bands and
Combinations. Recuperado de: https://gisgeography.com/sentinel-2-bands-
combinations/
 Open Source Options. (16 de enero de 2019). QGIS Add Google Satellite,
Hybrid, Maps, Terrain and other custom basemaps (Version 3.x) [Archivo de
video]. Recuperado de: https://www.youtube.com/watch?v=M_w8IEADIo0
 Peddle, D. R., White, P., Soffer, R. J., Miller, J. R., LeDrew, E. F. (2001).
Reflectance processing of remote sensing spectroradiometer data.
Computers and Geosciences, 27(2), 203-213.