Guía de Epigenetica
Guía de Epigenetica
Guía de Epigenetica
UCE 2016
Epigenetica
INTRODUCCIÓN
Hasta ahora, hemos dicho que un genotipo es el estado de una secuencia de DNA. En
otras palabras, un fenotipo de tipo salvaje o wild-type se asocia con una secuencia de DNA
de tipo salvaje (wild-type); mientras que un fenotipo mutante mendeliano o monogénico se
asocia con una secuencia mutante, y un fenotipo mutante complejo (o poligénico) se asocia
con muchos cambios de secuencia en diferentes genes del DNA. Sin embargo, a veces la
herencia de un fenotipo está determinada por factores distintos a la secuencia de DNA. El
estudio dichos factores y sus consecuencias se conoce como epigenética. En
consecuencia, desde ahora sabemos que las unidades de herencia también incluyen (pero
no se limitan a): podrá
1. Secuencia de DNA.
2. Modificaciones del DNA.
3. Proteínas y RNAs que se unen al DNA.
Histonas
Tautológicamente hablando, "proteinas no-histonas" (las cuales incluyen factores de
transcripción, represores, etc.)
ncRNAs such as XIST
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Factores ambientales.
Posicion cromosómica del gen.
Posicion nuclear del gen.
Interacciones entre genes homólogos.
EPIGENÉTICA
La mayoría de las células en un individuo contienen un genoma idéntico, pero tienen rasgos
muy diferentes, lo que les permite llevar a cabo sus funciones especializadas dentro del
cuerpo. Por lo tanto, se requiere la utilización selectiva del genoma y es instigado a través
de la creación o establecimiento de patrones apropiados de expresión génica. De ello se
desprende que pueden surgir estados patológicos cuando los mecanismos epigenéticos
que controlan la expresión génica de células específicas están alterados.
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En los términos más sencillos que podemos emplear, la epigenetica son las modificaciones
introducidas al DNA que funcionan como un encendedor/apagador eléctrico (switcher) ya
que dichas modificaciones activan o inactivan la expresión de un gen. De esta manera, la
adición de grupos metilos a la estructura del DNA puede distinguir la copia del gen
heredado de la mama o del papa. Otro ejemplo, podríamos mencionar que el tabaquismo y
el comer en exceso pueden originar una sobre-expresión de los genes para la obesidad y
sub-expresión para los genes de la longevidad. Los hombres que fuman antes de la
pubertad tienden a tener hijos varones con azoospermia-oligozoospermia severa, y esos
hijos tienden a tener un índice de masa corporal mayor al de sus pares y una disminución
en la expectativa de vida. Los cambios epigenéticos tienen la potencialidad de ser
permanentes y se pueden heredar, pero una vez que el agente estresante es eliminado, las
marcas se desvanecen y el código del DNA volverá a su programación original.
Los investigadores han identificado cuatro tipos de vías epigenéticos: metilación del DNA
(metilación de citosinas en dinucleótidos CpG, es decir, citosina seguido de guanina),
modificación de las histonas (modificaciones post-traduccionales en la porción amino-
terminal), remodelación del nucleosoma (empaquetamiento del DNA en la cromatina
nuclear), y vías mediadas ARN no codificante. Estos procesos afectan la estabilidad de
transcripción, el plegado de DNA, el posicionamiento de nucleosomas, compactación de la
cromatina, y en última instancia, la organización nuclear. Individual o conjuntamente, estas
vías epigenéticas se entrelazan para regular la expresión de genes y determinar si o
cuando un gen o un conjunto de genes son silenciados o se activan, y es probable que
otras vías más allá de estas cuatro conocidas sean descubiertos en el futuro. De esta
manera, ninguna de estos mecanismos individuales funcionan aisladamente; estos y
posiblemente otras grupo de modificaciones epigenéticas se establecen de forma
secuencial durante el desarrollo embrionario fetal y al principio de vida postnatal, y
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METILACIÓN DE DNA
En la metilación del DNA, un grupo metilo se añade de forma covalente al quinto carbono
del anillo de citosina para formar 5-metil citosina. La citosina es uno de los cinco
nucleótidos en los ácidos nucleicos de DNA y RNA. A lo largo de la cadena de DNA lineal,
hay sitios de DNA, donde una citosina es seguido por y unida a través de un fosfato a la
guanina, otro nucleótido. Estos sitios se denominan sitios CpG. Regiones de DNA que
tienen una alta densidad de sitios CpG se denominan islas CpG. La metilación del DNA se
produce predominantemente en las islas CpG. La mayor parte de los dinucleótidos CpG en
todo el genoma son metilados, con la excepción de los que residen en las islas CpG de alto
contenido de GC, que tienden a colocalizarse con los promotores de los genes. La
metilación del DNA es catalizada por metiltransferasas de DNA (DNMTs): DNMT3A y
DNMT3B metilan citosinas no metiladas, mientras que la metiltransferasa de mantenimiento
DNMT1 reconoce DNA hemimetilado.
Una vez establecido durante el desarrollo, los patrones de metilación de CpG en células
específicas se heredan mitóticamente a través de la replicación semi-conservativa y son
muy estables en las células y tejidos diferenciados. La metilación CpG es también estable
durante la recolección y almacenamiento de tejidos y se puede analizar en cantidades
diminutas de DNA. Por estas razones, la gran mayoría de los estudios epigenéticos se han
centrado en la metilación del DNA.
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Los roles naturales de metilación del DNA en mamíferos incluyen imprinting genómico,
inactivación del cromosoma X, mantenimiento de la heterocromatina, control de procesos
del desarrollo y crecimiento, controles de la expresión tisular específica.
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Las histonas se enrollan alrededor del DNA al que están unidas y están sujetas a una gran
cantidad de modificaciones, incluyendo la metilación, acetilación, fosforilación,
ubiquitinación. Estas modificaciones se encuentran a menudo en las porciones N-
terminales de las histonas que salen del núcleo de nucleosoma. Diferentes marcas se
correlacionan con diferentes estados de actividad génica; esto se complica aún más por el
efecto de la localización y extensión de la modificación. Por ejemplo, la metilación de los
residuos de lisina 4 en la histona 3 (H3K4) se asocia típicamente con cromatina activa, con
el estado de trimetil (me3) comúnmente encontrado en los promotores, mientras que el
estado de monometil (ME1) marca potenciadores. En contraste, la metilación de H3K9 y
H3K27 general silencia la cromatina. Se ha sugerido que la combinación de modificaciones
específicas de las histonas constituye un código que dicta el reclutamiento de factores y,
por lo tanto, el estado transcripcional de los genes.
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Los estados patologicos pueden ser causados por cambios en los perfiles de expresion
genica cellular, los cuales pueden ocurrir como un resultado de cambios en la
configuracion de la cromatina (por ejemplo, metilacion (m) del DNA o de histona,
acetilacion (a) de histona). Esto puede ser directamente causado por factores ambientales
o pueden surgir como resultado de mutaciones en genes que codifican los genes
reguladores del estado de la cromatina (KMT). Estas mutaciones pueden ser heredadas o
surgir de novo.
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CÁNCER.
Se han observado cambios epigenéticos en prácticamente cada etapa del desarrollo y
progresión tumoral. Los tumores muestran hipometilación global del DNA e hipermetilación
del DNA en sitios específicos. Se cree que la hipometilación del DNA inicia la inestabilidad
cromosómica y activación aberrante de determinados genes, incluyendo los oncogenes.
Una célula maligna puede tener 20 a 60% menos de la metilación genómica que su
homólogo normal. Por el contrario, la hipermetilación del DNA puede iniciar el
silenciamiento de genes supresores de tumores, genes del ciclo celular, y genes de
reparación del DNA. Además los cambios en la metilación del DNA están asociados con la
pérdida de una impronta genómica apropiada. Se está evaluando los marcadores
epigenéticos como un medio para el diagnóstico precoz del cáncer y la predicción del
resultado clínico. Esto es de uso particular cuando los patrones de metilación de DNA
anormal son marcadores tempranos presentes en tipos de células fácilmente accesibles,
así como el tumor primario; por ejemplo, los perfiles de metilación en las células de la orina
de pacientes con cáncer de próstata en células sanguíneas en el caso de enfermedades
hematológicas malignas. Curiosamente, la metilación del DNA aberrante se observa en
tejidos pre-malignos después de la exposición a agentes carcinógenos, tales como la
inflamación crónica, y la acumulación de metilación se correlaciona con el riesgo de cáncer.
Esto sugiere que los cambios epigenéticos contribuyen a la predisposición al cáncer
adquirido. Además, se ha observado valor pronóstico en la evaluación de los niveles
globales de las modificaciones de las histonas. Los niveles más bajos de H3K4me2 se
asocian con peores resultados en cáncer de próstata, pulmón y riñón. Los niveles más
bajos de H3K18ac y H3K9me3 predicen un peor resultado en cáncer de pulmón y de riñón,
mientras que se ha observado una menor supervivencia en pacientes con tumores de
cáncer de pulmón que expresan los niveles más altos de H3K9ac. Los patrones específicos
de H3K9me se asocian con los resultados clínicos en la leucemia mieloide aguda (146). Por
otra parte, las terapias basadas en estrategias epigenéticas también están siendo
consideradas para el tratamiento y prevención del cáncer. Además, se está investigado
cómo los cambios epigenéticos pueden ser un mecanismo de tipos de cáncer inducido por
productos químicos ambientales.
ENVEJECIMIENTO
La metilación del DNA disminuye a medida que las células envejecen. Los gemelos
idénticos son epigenéticamente indistinguibles en los primeros años de vida, pero tienen
diferencias sustanciales en los marcadores epigenéticos con la edad. Esta observación
sugiere un papel importante del medio ambiente en la formación del epigenoma. Se ha
demostrado que el proceso de envejecimiento implica algunas vías epigenéticas que se han
identificadas en el proceso de la carcinogénesis. Se han asociado alteraciones en la
expresión génica, metilación del DNA, modificación de las histonas, y la organización del
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Los niveles de atención materna durante las primeras semanas de vida parecen ser
cruciales. En los roedores, como en los seres humanos, un pobre cuidado materno en
etapas tempranas de la vida origina conductas disfuncionales: Los animales adultos que
fueron expuestos a tales factores estresantes muestran trastornos depresivos y de
ansiedad, así como respuestas inadecuadas a los situaciones estresantes, y tienden a
perpetuar la falta de atención a su propia descendencia. Tomando cachorros nacidos de
madres que exhiben pobre cuidado materno y colocándolos al cuidado madres que brindan
muy buena atención materna se rescata los fenotipos, lo que demuestra un mecanismo no-
genético.
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depósitos de grasa y energía, dando lugar a alteraciones metabólicas en la vida adulta. Las
modificaciones epigenéticas son un mecanismo de programación fetal. La nutrición y otros
factores estresantes en vida fetal también pueden tener efectos adversos sobre la salud
mental de los hijos y han demostrado ser factores de riesgo para el Trastorno del Espectro
Austista, esquizofrenia (200) y otros trastornos del estado de ánimo.
Otras enfermedades humanas. Hay evidencia creciente de que los cambios epigenéticos
juegan un papel crítico en el desarrollo de ciertas enfermedades humanas, tales como,
trastornos neurológico del desarrollo, enfermedades cardiovasculares, diabetes de tipo 2, la
obesidad y la infertilidad. Además, para los siguientes trastornos de origen genético se
conocen los mecanismos epigenéticos involucrados en la aparición del mismo
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-- IMPRINTING GENOMICO:
• Sindrome de Beckwith-Wiedemann
• Sindrome de Prader-Willi
• Sindrome de Angelman
• Diabetes mellitus neonatal transitoria
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Los metales pesados (por ejemplo, cadmio) pueden interrumpir la metilación del
DNA.
Vinclozolin, un pesticida ampliamente utilizado, puede alterar la metilación del DNA
en los animales de laboratorio expuestos. Estos cambios persisten en la
descendencia no expuesta a través de varias generaciones.
Las deficiencias de ácido fólico y metionina, los cuales están involucrados en los
procesos celulares que suministran grupos metilo necesarios para la metilación del
DNA, pueden cambiar la expresión (imprinting) de los genes del factor de
crecimiento (IGF-1).
El humo del cigarrillo puede estimular la desmetilación de genes metastásicos en las
células de cáncer de pulmón.
CONCLUSIONES
Los cambios epigenéticos, tales como modificaciones de la cromatina pueden actuar como
biomarcadores, factores pronósticos de enfermedad, o dianas terapéuticas. Hemos hablado
de lo que consideramos que son tres áreas clave de los mecanismos epigenéticos de la
enfermedad (Figura 1). En primer lugar, las mutaciones genéticas pueden alterar la
expresión de los reguladores de la cromatina, lo que conduce directamente a enfermedades
monogénicas a través de mecanismos epigenéticos. En segundo lugar, las mutaciones
genéticas pueden alterar la expresión de los reguladores de la cromatina, lo que conduce a
enfermedades multifactoriales cuando se combinan con otros eventos. Esto incluye
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