Mathijsen spielte zunächst bei VOAB in seiner Geburtsstadt [[Goirle]], einem Vorort der im Süden der Niederlande gelegenen Großstadt [[Tilburg]]. Als Neunjähriger wechselte er zu [[Willem II Tilburg]] und durchlief dort die weiteren Jugendmannschaften, bis er 1998/99 im Aufgebot der ersten Mannschaft in der niederländischen [[Eredivisie]] stand. 1999 hatte er seinen ersten Erstligaauftritt. Nachdem der [[Abwehrspieler]] im folgenden Jahr schon öfter eingesetzt worden war, konnte er sich im dritten Jahr endgültig durchsetzen. Von 2001 bis 2004 war er Stammspieler in der Abwehrmitte und bestritt fast alle Pflichtspiele für den Verein.
Seinen Durchbruch hatte Mathijsen nach seinem Wechsel zum [[AZ Alkmaar]]. Zusammen mit [[Tim de Cler]] und [[Kew Jaliens]] bildete er ein Abwehrtrio, das zu dieser Zeit auch zum Teil die Abwehr in der [[Niederländische Fußballnationalmannschaft|niederländischen Nationalmannschaft]] darstellte. In seiner [[Eredivisie 2004/05|ersten Saison]] fürmit dieden NordholländerNordholländern kam er zu 25 Einsätzen und erzielte ein Tor; am Endebelegte der SaisonVerein stand einden dritterdritten Platz für AZ Alkmaar. Ferner kam er zu zehn Einsätzen und drei Torenerreichte im [[UEFA-Pokal 2004/05|UEFA-CupPokal]],in dem der AZ Alkmaar bis insdas Halbfinale kam. In den beiden Halbfinalspielen gegen [[Sporting Lissabon]] kam Mathijsen verletzungsbedingt nicht zum Einsatz. In der [[Eredivisie 2005/06|nächsten Saison]] kam er in 25 Eredivisie-Spielen zum Einsatz und erreichte mit AZ am Ende die Vizemeisterschaft. Im UEFA-Cup kam er zu fünf Einsätzen. 2006/07 kam Mathijsen für Alkmaar noch zu einem Einsatz; im August 2006 verließ er den Verein.
==== Hamburger SV ====
Am 23. August 2006 wechselte Mathijsen zum deutschen [[Fußball-Bundesliga|Bundesligaverein]] [[Hamburger SV]], bei dem er einen Vierjahresvertrag unterzeichnete.<ref>{{Internetquelle | url=http://www.kicker.de/news/fussball/bundesliga/startseite/353989/artikel_hsv-holt-mathijsen.html#omsearchresult | titel=HSV holt Mathijsen | autor=kicker online (Hrsg.) | hrsg= | datum=2006-08-23 | zugriff=2012-08-28}}</ref> Am 27. August 2006 debütierte er am dritten Spieltag im Spiel gegen [[Hertha BSC]] in der Anfangself. BeimAm Hamburger SV war Mathijsen Stammspieler20. InOktober seiner2007 erstenerzielte SaisonMathijsen machteim erSpiel 32gegen Spiele;den er[[VfB erreichteStuttgart]] mitsein dererstes MannschaftBundesligator nachund einer schwachen Hinrunde nochzugleich den siebten2500. TabellenplatzTreffer unddes qualifizierteHSV sichin fürder dieBundesliga. TeilnahmeamBeim [[UI-Cup]].Hamburger InSV derwar [[UEFAer ChampionsStammspieler Leagueund 2006/07|Championskam League]]bestritt kam148 MathijsenSpiele, in allendenen er sechs GruppenspielenTore zum Einsatzerzielte. AmAußerdem 20. Oktober 2007 erzielteabsolvierte er imsechs SpielSpiele gegenin dender [[VfBUEFA StuttgartChampions League 2005/06]] sein erstes Bundesligator und zugleicherreichte mit den 2500. Treffer des HSVNorddeutschen in derden [[Fußball-Bundesliga.Er2008/09|Saisons kam2008/09]] und [[Fußball-Bundesliga 20072009/0810|20072009/0810]] indas 31Halbfinale Bundesligaim UEFA-SpielenPokal zum Einsatzbzw. Imder [[UEFA-CupkamEuropa MathijsenLeague in2009/10|UEFA allenEuropa zehn Spielen seiner Mannschaft zum EinsatzLeague]].
In der Saison [[Fußball-Bundesliga 2008/09|2008/09]] spielte Mathijsen mit dem HSV um die Meisterschaft mit und wurde am Ende Fünfter, im [[DFB-Pokal 2008/09|DFB-Pokal]] und im [[UEFA-Pokal 2008/09|UEFA-Pokal]] erreichte man jeweils das Halbfinale. In der Bundesliga kam Mathijsen in 33 Spielen zum Einsatz und erzielte zwei Treffer, im UEFA-Pokal spielte er in 13-mal und erzielte ein Tor. 2009/10 erreichte man in der [[UEFA Europa League 2009/10|UEFA Europa League]], Nachfolgewettbewerb des UEFA-Pokals, das Halbfinale; Mathijsen steuerte hierzu in 14 Spielen einen Treffer bei. In dieser Spielzeit kam er in der Bundesliga in 33 Spielen zum Einsatz und erzielte ein Tor. Der HSV beendete die Saison als Tabellenachter. Mathijsen und der HSV spielten somit 2010/11 nicht international. 2010/11 kam Mathijsen wegen eines doppelten Bänderrisses und einer Knöchelverletzung nur in 19 Partien (zwei Tore) zum Einsatz. Am Ende der Saison stand der siebte Tabellenplatz.
==== FC Málaga und Karriereende in den Niederlanden ====
