El Motril va arribar per primera vegada a la tercera divisió l'any 1997, i va romandre sis temporades consecutives a la categoria. L'any 2001–02, inclòs, va acabar la temporada regular en primera posició (en el grup IV), però va perdre en els playoffs d'ascens contra el Getafe CF, 0–1 en el global.
De 2003 a 2012, el Motril va tornar a competir en el quart nivell, apareixent als playoffs d'ascens en cinc ocasions, sempre sense èxit. El juliol de 2012 l'equip es va dissoldre, a causa dels grans deutes i les dificultats financeres.[1]